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Mutações são consequência de erros da enzima DNA polimerase e todos os genes codificadores de proteínas de um mesmo genoma são polimerizados pela mesma enzim. Assim, a melhor explicação da razão de porque genes diferentes apresentam taxas diferentes de evolução molecular é a de que: 
Alternativas
o relógio molecular não funciona de uma maneira linear, mas estocástica fruto da união de forças determinísticas e do acaso, o que promove uma alta variância na taxa de evolução em genes diferentes.
alguns genes estão localizados em hot-spot de mutação, ou seja, em regiões cromossômicas repetitivas nas quais a probabilidade de mutação é maior.
mutações em genes que codificam proteínas importantes aumentam de frequência pela seleção natural positiva, o que aumenta a taxa de evolução desses genes.
a seleção natural negativa atua diferencialmente nos genes de um genoma, eliminando variação nova principalmente em genes que codificam proteínas importantes.
os efeitos da deriva gênica são menores em determinados genes, dependendo do efeito-carona e do coeficiente de seleção dos genes adjacentes no cromossomo causando a diferença.