Roteiro_Bioinformática_2024 (1) (1)-1 (1)

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BIOINFORMÁTICA
THALIA AMANDA ABADIA
21911QMI220
1. Escolher uma proteína que seja expressa em Homo sapiens e tenha sua sequência depositada no National Center for Biotechnology Information (NCBI) - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ou no Uniprot - https://www.uniprot.org/
a) Nome da proteína escolhida: ACTINA BETA [Homo sapiens]
b) Código de acesso no NCBI e no Uniprot: KAI4012806.1
c) Sequência no formato FASTA: >KAI4012806.1 actina beta [Homo sapiens]
MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKVGVFPA
d) Número de resíduos de aminoácidos: 334 aa
2. Estrutura secundária pelo Psipred - http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ 
a) Arranjo predominante (alfa-hélice ou conformação-beta):
3. Estrutura terciária pelo AlphaFold - https://alphafold.ebi.ac.uk/ ou Protein Data Bank (PDB) - http://www.rcsb.org/pdb/
a) Código de acesso: P60709
b) Função biológica: A actina é uma proteína altamente conservada que se polimeriza para produzir filamentos que formam redes reticuladas no citoplasma das células ( PubMed:29581253 ). A actina existe nas formas monomérica (G-actina) e polimérica (F-actina), ambas as formas desempenhando funções essenciais, como motilidade e contração celular ( PubMed:29581253 ). Além de seu papel no citoesqueleto citoplasmático, a actina G e F também se localiza no núcleo e regula a transcrição gênica e a motilidade e o reparo do DNA danificado ( PubMed:29925947 ). Parte do filamento ACTR1A/ACTB em torno do qual o complexo de dinactina é construído. O complexo multiproteico de dinactina ativa o motor molecular dineína para transporte ultraprocessivo ao longo dos microtúbulos (por semelhança).
c) Na estrutura 3D, copiar a imagem em qualquer um dos ângulos utilizando o Prt Sc:
4. Sítios e domínios ligantes pelo ScanPROSITE - https://prosite.expasy.org/scanprosite/
a) Indicar pelo menos um sítio ou domínio, com resíduo ou intervalo de aminoácidos: 
5. Localização subcelular pelo PSORT - https://psort.hgc.jp/form2.html
a) Distribuição celular majoritária (% e compartimento): 
69.6 %: cytoplasmic
 13.0 %: mitochondrial
 13.0 %: nuclear
 4.3 %: cytoskeletal
6. Vias metabólicas ou de sinalização envolvidas pelo KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html
a) Em Search, selecione PATHWAY e identifique a(s) via(s) metabólica(s) na(s) qual(is) há participação da proteína escolhida. Selecione um dos mapas e visualize em Pathway map. Copie a imagem:
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