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Peptídeos e protéinas • Peptídeos → cadeias de AA; • Ligadas covalentemente por uma ligação peptídica; • Formada pela remoção de OH do grupo -carboxil e de um H -amino no outro. Cadeias polipeptídicas Sequência de AA em uma cadeia polipeptídica se converte na estrutura tridimensional de uma proteína. Estrutura das proteínas 1. A função de uma proteína depende de sua estrutura; 2. Uma proteína isolada normalmente existe em um pequeno número de formas estruturais; 3. As forças mais importantes de estabilização das estruturas são as interações não covalentes (fracas); 4. Pode-se reconhecer alguns padrões estruturais que ajudam a organizar a arquitetura das proteínas Níveis estruturais em proteínas É a sequência de aminoácidos unidos por ligação peptídica que forma a cadeia polipeptídica; A estrutura tridimensional de uma proteína é determinada por sua sequência de aminoácidos. Estrutura primária Conformação local de alguma parte do polipeptídeo (resíduos de aminoácidos adjacentes numa estrutura primária). É o arranjo de aminoácidos particularmente estáveis, dando origem a padrões estruturais recorrentes. É estabilizado por Pontes de Hidrogênio Estrutura secundária • Ocorrem pela atração de um átomo de hidrogênio e outro elemento mais eletronegativo geralmente oxigênio ou nitrogênio. Pontes de Hidrogênio Modelos de -hélices Modelo de esfera e vareta mostrando as ligações de H Modelo visto de uma de suas extremidades Modelo de volume atômico Projeção helicoidal de uma -hélice Conformação folha β O esqueleto da cadeia está em “zigue-zague”, ao invés de uma estrutura helicoidal As folha β, as pontes de hidrogênio ocorrem entre cadeias polipeptídicas vizinhas em vez de no interior da cadeia, como na α-hélice. Conformação volta β -Conformação em “volta” ou “loop”, quando a cadeia de polipeptídeo muda a direção. -Elementos que conectam cadeias de -hélices e folha β. - Volta 1800 envolvendo quatro resíduos Frequência dos aminoácidos nos três tipos de estruturas Alfa-hélice Folhas β Arranjo estrutural É o arranjo tridimensional de todos os átomos de uma proteína. Aminoácidos que estão distantes num polipeptídeo e que participam de estruturas secundárias distintas podem interagir dentro de uma proteína totalmente estruturada. Resulta de dobras na estrutura da proteína estabilizadas por interações entre os radicais dos aminoácidos. Estrutura terciária • Pontes de hidrogênio • Ligações iônicas ou salinas • Ligações hidrofóbicas • Ligações covalentes • Forças de Van der Waals Ligações que mantém a Estrutura Terciária • Ocorre entre grupos eletricamente carregados • Atração eletrostática entre grupamentos com cargas opostas Ligações Iônicas • São estabelecidas entre radicais de aminoácidos apolares. • Estes radicais se aproximam e repelem água. Ligações Hidrofóbicas Ligações Covalentes • Unem átomos formando moléculas duráveis e resistentes • Ocorre quando átomos compartilham elétrons Exemplo de ligação covalente presente na estrutura terciária: ponte de dissulfeto Formam-se entre os átomos de enxofre de dois resíduos de cisteína. Esta ligação resulta da oxidação dos grupos sulfidrilo das cisteínas, que resulta numa ligação covalente entre os átomos de enxofre (-S-S-). Dificilmente se formam na superfície e uma proteína porque existem muitas substâncias de natureza redutora no citoplasma. Forças de Van der Waals • Forças de atração inespecíficas entre moléculas de baixa polaridade • Distância entre os centros atômicos deve ser inferior a 0,5nm • A especificidade surge quando um grande número deste tipo de ligação ocorre simultaneamente Estrutura terciária: duas classes principais de proteínas •Proteínas fibrosas •Proteínas globulares Seda Fibroína da seda, queratina, colágeno Estrutura terciária:Proteínas fibrosas -são moléculas alongadas, geralmente apresentando repetições de um único tipo de estrutura secundária como arranjo conformacional -são insolúveis em água, devido ao grande número de resíduos hidrofóbicos no interior e na superfície da proteína - empacotamento de várias cadeias de polipeptídeos Proteínas Fibrosas Colágeno Queratina Principal componente da camada externa da pele, do cabelo, das unhas e dos chifres Presente em ossos, tendões,cartilagens, matrizes fibrosas da pele e vasos sangüíneos -são mais complexas, geralmente tem vários tipos de estruturas secundárias na mesma cadeia polipeptídica. Apresentam forma compacta e esferoidal. Estrutura terciária: Proteínas Globulares Albumina humana Proteínas Globulares Enzimas, de transporte, motoras, reguladoras, imunoglobulinas, etc Mioglobina -Primeira a ter a estrutura desvendada - Armazena oxigênio nos músculos (grupo heme) - Estrutura compacta vem principalmente das interações hifrofóbicas (no interior só caberiam 4 moléculas de água) Proteínas Globulares superfície Hemoglobina É o arranjo espacial das subunidades proteicas; Resulta de interações entre as subunidades de proteínas multiméricas A associação das cadeias polipeptídicas pode servir a funções variadas; Estrutura Quaternária Hemoglobina – Transportar oxigênio para os tecidos Estrutura Quaternária Resumindo....Níveis estruturais em proteínas De uma forma geral, a função de uma proteína é determinada pela sua estrutura. -A manutenção de uma estrutura é vital para o funcionamento correto da proteína, existindo por isso situações patológicas associadas a maus enrolamentos da estrutura de determinadas proteínas. -As enzimas têm de ter uma conformação espacial tal que possam reconhecer o seu substrato, havendo necessidade de uma complementaridade espacial para uma eficiente catálise. -Proteínas estruturais como o colágeno têm de sofrer stress mecânico e ainda assim serem capazes de manter uma matriz regular onde as células podem aderir e proliferar. -Proteínas com funções motoras têm de ser capazes de converter energia química em movimento de uma forma precisa, como no caso de poros na membrana que regulam a entrada e saída de ions da célula. Estrutura e função Desnaturação de proteínas Físicos Químicos Alterações de temperatura Raio X Ultra-som Ácidos e bases fortes (pHs extremos) Detergentes Solventes orgânicos (álcool, acetona) Uréia, cloridrato de guanidina Mercaptoetanol HS-CH2-CH2-OH Agentes Desnaturantes - Químico: agentes desnaturantes (pH, solventes orgânicos. detergentes, ureia) representam um tratamento relativamente brando no sentido de que nenhuma ligação covalente na cadeia polipepitídica é rompida. - Os solventes orgânicos (uréia e detergente) agem principalmente de modo a promover o rompimento de interações hidrofóbicas que estabilizam as proteínas globulares Desnaturação de proteínas por alteração do pH do meio Os extremos de pH alteram a carga líquida da proteína, provocando a repulsão eletrostática e rompimento de algumas ligações de hidrogênio. • Redução da solubilidade • Aumento da digestibilidade • Perda da atividade biológica (enzimas, hormônios, anticorpos, etc...) Alterações das propriedades de uma proteína desnaturada Predição de estrutura e função de proteínas A sequência primária de aminoácidos fornece informações importantes: - estrutura tridimensional e função - localização subcelular - evolução Determinação da sequência de aminoácidos: - sequenciamento de peptídeos - sequência de DNA Análises computacionais (de bioinformática) Sequência de DNA - Evolução: Alinhamento de sequências Sequência Primária da Proteína