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Estrutura Tridimensional das Proteínas Profa. Dra. Ana Carolina Silva Siquieroli 2013 UNIVERSIDADE FEDERAL DE UBERLÂNDIA INSTITUTO DE GENÉTICA E BIOQUÍMICA CURSO DE AGRONOMIA - MONTE CARMELO DISCIPLINA DE BIOQUÍMICA Estrutura Tridimensional das Proteínas A estrutura tridimensional de uma proteína é determinada por sua sequência de Aa A função de uma proteína depende de sua estrutura B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Protéica Estado estrutural que possa ser atingido sem romper as ligações covalentes As proteínas, em qualquer de suas conformações enoveladas funcionais, são denominadas proteínas nativas Conformação é a denominação dada ao arranjo espacial dos átomos de uma proteína Estrutura Tridimensional das Proteínas B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Entre as interações químicas que estabilizam a conformação nativa incluem: Ligações dissulfeto, ligações fracas (não-covalentes), as ligações de hidrogênio e as interações hidrofóbicas e iônicas O termo estabilidade pode ser definido como sendo a tendência á manutenção de uma conformação nativa Estrutura Protéica Estrutura Tridimensional das Proteínas B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 1. Ligação Dissulfeto (covalente) 2. Interações eletrostáticas ou iônicas 3. Ligações de H 4. Interações Hidrofóbicas 5. Forças de van der Waals Forças que estabilizam a Estrutura Terciária B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Tridimensional das Proteínas B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Primária Este é o nível estrutural mais simples e mais importante, pois dele deriva todo o arranjo espacial da molécula Ela resulta de uma longa cadeia de Aa semelhante a um ‘colar de contas’, com uma extremidade amino terminal e uma extremidade carboxi terminal É estabilizada por ligações pepetídicas B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Primária B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Secundária Refere-se ao arranjo espacial dos radicais de Aa que estão pertos uns dos outros na sequência linear A alfa-hélice e a fita beta são elementos da estrutura secundária B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Secundária É o arranjo mais simples que uma cadeia polipeptídica pode assumir com suas ligações peptídicas rígidas α-hélice É uma estrutura helicoidal Nessa estrutura, a cadeia polipeptídica é fortemente retorcida em torno de um eixo imaginário longitudinal Com os grupos R dos resíduoas de Aa projetando-se para a face externa da hélice BI O Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 α-hélice Estrutura Secundária B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estabilizada exclusivamente por ligações de H entre O da carbonila de uma ligação peptídica e N amídico de outra ligação peptídica 4 Aas distante Desestabilizadas na presença de Pro, Gly e R volumosos Estrutura Secundária α-hélice B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Secundária Pro: Ligação peptídica que N da Pro não tem H ligado ao N (não forma ligação de H). Essa ligação peptídica pode estar na configuração Cis (promovendo dobra no esqueleto polipeptídico) Desestabilizadas na presença de Pro, Gly e R volumosos Gly: possui uma flexibilidade conformacional maior do que a dos demais resíduos de Aa e tendem a assumir estruturas enoveladas bem distintas de uma α-hélice B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Secundária É uma conformação na qual a cadeia polipeptídica estende-se em uma estrutura em ziguezague Conformação β As cadeias polipeptídicas em ziguezague podem ser dispostas lado a lado, para formar uma estrutura que se assemelha a uma série de pregas Os segmentos podem ser antiparalelas ou paralelas B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Secundária Nesse arranjo, as ligações de hidrogênio são formadas entre os segmentos adjacentes da cadeia polipeptídica Conformação β Os grupos R de Aa adjacentes projetam-se em direções opostas a partir da estrutura em ziguezague, criando um padrão alternado B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Antiparalela Estrutura Secundária Conformação β B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Secundária Conformação β B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Conformação β Estrutura Secundária B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 α-Hélice ~78% da mioglobina ~39% do Citocromo c ~40% da Lisozima ~26% da Ribonuclease ~38% da Carboxipeptidase ~14% da Quimotripsina Folha β ~40% da Quimotripsina ~35% da Ribonuclease ~17% da Carboxipeptidase ~12% da Lisozima Uma mesma proteína pode apresentar segmentos em α-Hélice e em Folha β Estrutura Secundária B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . Dra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 É o arranjo tridimensional global de todos os átomos em uma proteína Estrutura Terciária B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Fita Mesh Contorno Esfera e haste Bola Fita e Esfera-haste Estrutura Terciária B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Quartenária Refere-se ao modo pelo qual duas ou mais cadeias polipeptídicas interagem Cada uma das cadeias apresenta os três níveis estruturais citados É mantida principalmente por ligações iônicas, pontes de hidrogênio e por interações do tipo hidrofóbicas B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estabilizada pelas mesmas forças que a estrutura terciária, exceto ligação dissulfeto Estrutura Quartenária Hemoglobia Adulta (HbA) : α2β2 B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Estrutura Quartenária Podemos classificar as proteínas em dois grupos principais: Proteínas fibrosas Proteínas globulares B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Proteínas fibrosas Estrutura Tridimensional das Proteínas Possuem cadeias polipeptídicas em arranjos de folhas ou feixes Fornecem suporte, formas e proteção externa aos vertebrados Colágeno, queratina B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Proteínas globulares Estrutura Tridimensional das Proteínas Possuem cadeias polipeptídicas enoveladas em formas esféricas ou globulares Enzimas, proteínas transportadoras, proteínas motoras, imunoglobulinas e proteínas regulatórias B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Desnaturação Protéica Alteração da conformação com perda parcial ou total da atividade biológica A estrutura primária não é alterada Alterações modestas no meio em que se localiza a proteína podem levar a alterações estruturais que afetam a sua função B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 Desnaturação Protéica O estado desnaturado não necessariamente corresponde a um desnovelamento completo da proteína A maioria das proteínas pode ser desnaturada pelo calor, que afeta as interações fracas em uma proteína (principalmente as ligações de hidrogênio) Mas também por extremos de pH, por solventes orgânicos miscíveis com a água, como álcool ou a acetona, por certos solutos como a uréia, ou por detergentes B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3 B IO Q ÍM IC A A G R O P ro fa . D ra . A n a C a ro li n a S il v a S iq u ie ro li /2 0 1 3
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