Roteiro de estudos Bioquimica

Prévia do material em texto

Roteiro de Estudos 
Tabela Útil: 
 
 
 
Desoxirribose 
 
 
 
Adenosina 
Trifosfato 
 
 
Guanina 
 
 
 
Adenina 
 
 
 
 
Guanosina 
 
 
Guanosina 
Difosfato 
 
 
 
Citosina 
 
 
 
Fosfato 
 
 
 
 
Citidina 
 
 
 
 
Desoxitimidina 
Monofosfato 
 
 
 
Uracila 
 
 
 
Uridina 
Trifosfato 
 
 
Roteiro de Estudos 
 
 
 
Timidina 
 
 
 
 
Timina 
 
 
Para responder a 1: 
As bases nitrogenadas são classificadas em dois grupos: ​purinas​ e ​pirimidinas​. 
As purinas tem 2 cadeia heterocítricas, as pirimidinas tem apenas 1. 
Base nitrogenada com uma pentose e um fosfato são nucleotídeos. 
Um nucleosídeo é um nucleotídeo sem o grupo fosfato. 
2 funções dos nucleotídeos: ​armazena informação genética e produzem 
energia(como ATP). 
Como se forma os ácidos nucléicos? ​São formados por nucleotídeos(base 
nitrogenada + açucar + grupo fosfato) porém o nucleosídeo não tem o grupo fosfato. 
Quais os átomos de carbono do resíduo de açúcar que estão conectados por 
ligações fosfodiéster? ​A ligação fosfodiester ocorre entre nucleotídeos. Com o 
carbono 3’ e o carbono 5’. 
Desenhe as estruturas da desoxirribose, guanina e do fosfato e classifique 
suas solubilidades relativas em água. ​Estruturas na tabela, a solubilidade fica: 
Fosfato>Desoxirribose>Guanina. 
Como essas solubilidades influenciam na estrutura da fita dupla do DNA? ​As 
três estruturas são polares e se ligam a açucares da parte externa da dupla hélice 
do dna, quando em meio aquoso. Então as bases hidrofóbicas da dupla hélice ficam 
no interior do dna. 
Dada a seqüência de bases de um segmento de DNA (5’)GTCAATCG(3’): 
(a) O que (5´) e (3´) significa? ​São os carbonos presentes nas extremidades da fita 
de DNA. 
b) Qual o grupo químico encontrado na porção terminal 5’ da cadeia de DNA? 
E na porção terminal 3’? ​5’ vem do grupo hidroxila e 3’ do grupo fosfato. 
 
Roteiro de Estudos 
c) Qual a seqüência complementar? 
Ver esse vídeo para entender:​https://www.youtube.com/watch?v=3voSMs3X_8Q 
A só se liga com T e vice-versa, e o C só se liga com o G e vice-versa. (A=T e C=G) 
Então fica CAGTTAGC. 
Descreva o modelo tridimensional da estrutura do DNA proposto por Watson e 
Crick. ​Dupla hélice(2 polímeros), que têm um esqueleto de açúcar e fosfato e bases 
nitrogenadas planares e empilhadas. 
Quais interações moleculares são importantes para manter essa estrutura? 
Pontes de hidrogênio(não-covalente, hidrogênio com elemento eletronegativo). 
Mostre as interações de ponte de hidrogênio entre A-T e C-G. ​Adenina e Timina 
fazem 2 ligações ponte de hidrogênio e Citosina e Guanina fazem 3 ligações ponte 
de hidrogênio. 
Amostras de DNA isoladas de bactérias de duas espécies não identificadas 
continham 32% e 17 % de adenina, respectivamente, do total das bases. 
Assumindo que as duas espécies possuem genoma de DNA fita dupla, quais 
proporções relativas de guanina, timina e citosina você esperaria encontrar? 
DNA de qual espécie desnaturaria com maior facilidade quando aumenta a 
temperatura? 
Cada genome tem 3,2 bilhões de pares de bases nitrogenadas em cada célula. 
Adenina e Guanina são maiores e tem mais de um anel, então estariam em 
proporções maiores. Timina e Citosina são menores e compostas apenas por um 
anel então estão em proporções menores. 
O que desnatura é a quebra das pontes de hidrogênios entre as bases 
nitrogenadas. Então quanto mais bases, mais pontes e mais desnaturação. 
O que são histonas? São proteínas com carga positiva, que enovelam o DNA, 
compactando-o, formando a estrutura denominada nucleossomo, que são os blocos 
construtores dos cromossomos. A maioria do DNA nas células eucarióticas está 
empacotada em nucleossomo. 
 
 
 
Roteiro de Estudos 
Replicação de DNA 
‘Replicação do DNA é semiconservativa.” Explique essa frase. 
A síntese semiconservativa do DNA vai ocorrer de modo a formar uma nova cadeia 
complementar à cadeia da molécula mãe que lhe serve de molde. E a cada novo 
DNA sintetizado, metade do DNA antigo é conservado. 
Considerando que as duas fitas de DNA são antiparalelas e que as DNA 
polimerases só adicionam nucleotídeos à extremidade 3’ da cadeia em 
crescimento, como é possível duplicar as duas fitas simultaneamente 
seguindo a forquilha de replicação? ​De forma descontínua, ou seja, em sentidos 
opostos. Sendo assim, uma fita tem replicação de forma contínua, e outra por em 
fragmentos (fragmentos de Okasaki) 
DNA polimerases podem apresentar atividades de exonucleases além de 
catalisar a formação da ligação fosfodiéster. Para que serve essas atividades 
de exonucleases? ​A atividade de exonuclease da DNA polimerase I tem uma 
função de revisão na polimerização e podem aumentar a precisão da replicação. 
Qual é a função de telomerase? ​A telomerase é uma enzima capaz de realizar a 
transcrição reversa, pois sintetiza curtos segmentos de DNA a partir de uma 
molécula-molde de RNA, um de seus principais componentes. 
O que é uma sequência consenso? ​São sequências que diferem geralmente em 
não mais que uma ou duas bases. 
Transcrição 
Descreva semelhanças e diferenças entre o processo de replicação do DNA e 
a transcrição. 
A replicação do DNA se inicia com a quebra das ligações de hidrogênio que une as 
bases nitrogenadas do DNA. Nesse momento, outros nucleotídeos aproximam-se 
de cada fita-molde e inicia o pareamento entre A-T e G-C, resultando em duas 
novas moléculas de DNA, que são idênticas à molécula inicial. É desse modo que o 
DNA é replicado. A transcrição ocorre quando um RNA se forma a partir do DNA. 
 
 
Roteiro de Estudos 
Replicação Transcrição 
DNA polimerase RNA polimerase 
Fita Dupla Fita Simples 
A-T, G-C A-U, G-C 
5’-3’ 5’-3’ 
 
O que é promotor? Dê exemplos. É a região que vai determinar o local de início 
da transcrição na fita e a incorporação do 1º nucleotídeo na posição +1. TATA BOX, 
CAAT BOX E GC BOX. 
O que são os fatores de transcrição? São proteínas que ajudam a encontrar a 
RNA polimerase a encontrar o ponto de início da transcrição. O ​TFIID(Transcription 
factor iid) reconhece o local de início. A TBP (​TATA Binding Protein) vai reconhecer 
o TATA box​. Tem o fator 2 de transcrição que ajuda a RNA 2 polimerase a sintetizar 
RNA mensageiro, e o fator basal que auxilia a RNA polimerase a se aderir ao 
promotor e ao sítio de ligação. 
O que é transcrito primário?​ ​É o RNA resultante da transcrição. 
Quais processamentos acontecem no transcrito primário para produzir 
mRNA? ​Remoção das sequências intercalares não traduzidas (íntrons), que 
paralisam a sequência codificante. 
O que é splicing alternativa? Certos exons podem ser deixado de fora o 
mecanismo de splicing pode reconhecer os pontos alternativos para os introns. 
Cite duas diferenças entre a transcrição em procarioto e em eucarioto. Nos 
eucariotos ocorrem no citoplasma, tem outros fatores, que vão reconhecer o 
capacete 5’ e vai ligar no mRna. 
Qual é a principal diferença entre procarioto e eucarioto em relação ao 
mecanismo de controleda expressão gênica? ​Genes eucariotos não se 
organizam em operons, os procariotos sim. 
 
Roteiro de Estudos 
Como a histona acetilase pode regular a expressão gênica? ​Remove o grupo 
acetil da histona, fazendo com que a molécula ganhe força novamente, 
condensando o DNA. 
O que é PCR? Como essa técnica pode ser utilizada nas práticas médicas? 
PCR é reação em cadeia da polimerase. Pode ser usada para fazer DNA in vintro. 
As afirmações falsas. 
A transcrição se refere ao processo de síntese de RNA mensageiro 
(mRNA), único tipo de molécula de RNA presente nas células 
eucarióticas.​Falsa pois não é o único tipo de RNA 
Na transcrição, mRNA é sintetizada na direção de 3´-5´, enquanto que na 
replicação a fita nova de DNA é sintetizada na direção de 5´- 3´. ​Sempre 
de 5’-3’ 
Tanto RNA polimerase quanto DNA polimerase usam 
desoxirribonucleotídeos como o substrato para síntese de novas 
moléculas. ​Falsa. Só o DNa usa. 
DNA polimerase catalisa a formação de ligação fosfodiéster, enquanto 
que RNA polimerase catalisa a formação de ligação ribonucleotídica. ​As 
duas fazem ligação fosfodiester. 
Se houver deleção do promotor de um gene, a transcrição deste gene 
será altamente estimulada, uma vez que o deslizamento de RNA 
polimerase ao longo do gene vai ser mais rápido. ​Sem o promotor a 
ligação não fica mais rápida. Tem dificuldade até pra começar 
Fatores de transcrição são moléculas de DNA onde RNA polimerase se 
liga para iniciar a transcrição. ​Fatores de transcrição são proteínas 
presentes nos eucariontes e elas se ligam no promotor RNA polimerase 
Tanto em procariotos quanto em eucariotos, a molécula de RNA 
recém-sintetizada sofre diversas modificações pós-transcricionais. ​Só 
nos eucariotos. Eucariotos: CAP, Cauda poli A, Splicing Alternativo. 
No processamento de RNA, a cauda poli A é adicionada na extremidade 
5’, enquanto o CAP (7-metilguanosina) é adicionado na extremidade 3’. ​É 
ao contrárioJ 
os íntrons dos genes procarióticos são transcritos, porém removidos 
posteriormente pelo processo de splicing. 
14. Após o término da transcrição, RNA polimerase e o complexo de 
transcrição se dissociam, porém as duas fitas DNA permanecem 
separadas. ​Os procariontes não tem splicing 
Transcrição reversa se refere ao processo de síntese de RNA no sentido 
contrário da fita codificadora.​Falsa, Transcrição reversa. RNA vira 
DNa(vírus) 
Assinale falso ou verdadeiro e corrija as afirmativas falsas. 
___ ​Nucleotídeos são monômeros constituintes de ácidos nucléicos e 
 
Roteiro de Estudos 
são formados de pentose, fosfato e ácido nítrico.​Isso são as bases 
Nitrogenadas 
___ ​Os nucleotídeos servem somente para síntese de ácidos nucléicos. 
ele também é cofator, molécula emergente e de sinalização. 
___ ​Em ácidos nucléicos, a ligação que une os nucleotídeos é a 
glicosídica. ​É fosfodiester e ponte de hidrogênio. 
___ ​Única diferença entre RNA e DNA é a presença de grupo fosfato no 
carbono 5´de pentose. ​desoxirribose e ribose 
___ ​DNA presente no nosso organismo possui uma estrutura de dupla 
hélice, sendo que uma das interações mantêm as duas fitas de DNA 
unidas é a ponte de hidrogênio entre grupo fosfato e açúcar. essa é feita 
nas bases 
___ ​Catalisar a formação da ligação fosfodiester é a única atividade 
enzimática que DNA polimerase consegue exercer. ​ela adiciona 
nucleotídeos e verifica 
___ ​As helicases tem como função romper pontes de hidrogênio entre o 
grupo fosfato e açúcar.​rompe entre as bases 
___ ​A DNA polimerase catalisa a formação da ligação fosfodiester, 
adicionando nucleotídeos na extremidade 5´ do primer. ​é na 3’