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Técnicas de transferência e hibridização Nomeadas na forma de trocadilhos ◦ Southern blot (DNA) ◦ Northern blot (RNA) ◦ Western blot (Proteínas) São técnicas capazes de identificação da sequência-alvo em meio a uma mistura complexa. São sequências de DNA ou RNA marcadas, geralmente, com isótopos radioativos. ◦ Trítio (H3) DNA: timidina RNA: uridina As membranas com amostras de DNA ou RNA são expostas a uma emulsão fotográfica. Como o DNA ou RNA estão marcados com H3, serão revelados por raio-X. O Southern blot é uma técnica que permite obter informação sobre a massa molecular e a quantidade relativa de uma determinada sequência de DNA. A técnica, desenvolvida por Edwin Southern, é uma combinação de eletroforese em gel do DNA (após digestão com enzimas de restrição), transferência deste para uma membrana e hibridização com uma sonda marcada (radioativa ou fluorescente). https://www.youtube.com/watch?v=3I9wzwj 0b_A Transferência Hibridização (1) Os fragmentos de DNA separados em um gel e desnaturados (NaOH 0,5 M) para formar fitas- simples. (2) As bandas são transferidas para uma membrana de nylon ou nitrocelulose por capilaridade, mas mantém a posição relativa no gel original. (3) O gel é colocado sobre um papel de filtro Whatman, cujas pontas estão imersas em tampão de transferência SSC (NaCl 3M/citrato). Sobre o gel coloca-se a membrana de nylon e sobre ela uma pilha de papel absorvente comum. Por fim coloca-se uma placa de plástico resistente e um peso sobre tudo (overnight). Procedimento: (4) O aparato de hibridização é cuidadosamente desmontado e a membrana é colocada sob pré- hibridização. Pode ser empregado soluções prontas ou de Ficoll, polivinil pirrolidona e albumina sérica. Esta etapa é fundamental pois reduz a ligação inespecífica da sonda de DNA ou RNA (background), isto porque os sítios restantes de ligação são bloqueados. O procedimento pode ocorrer durante 1 hora a 42ºC. Procedimento: (5) A membrana deve ser seca e o DNA fortemente ligado ao nylon, o que é obtido com a exposição do material ao UV. Em seguida coloca-se a membrana num saco para congelamento contendo a solução de hibridização e a sonda marcada. Após várias horas ou dias a membrana, já com a sonda aderida às regiões com complementaridade, é retirada, lavada e colocada em contato com um filme raio X O filme é retirado, revelado e as bandas observadas indicarão as posições no gel onde houve reconhecimento de sequências pelas sonda. O Northern blot estuda o perfil de expressão de RNAm ou determinar se determinada sequência do DNA pode ser transcrita em um RNAm. Pode determinar onde, quando e quanto de determinado RNAm está presente numa dada amostra. É uma das formas mais simples de determinar em que altura certos genes estão a ser expressos em sistemas vivos. Neste processo, o RNA é separado numa eletroforese em gel, desnaturado com formaldeído, transferido para uma membrana e detectado de forma similar ao DNA no Southern blot. O Western blot usa o mesmo princípio do Southern blot e do Northern blot mas é aplicado a proteínas. Uma mistura de proteínas são separadas usando SDS-PAGE. As proteínas após a transferência (blot) são hibridizadas e especificamente identificadas por reação com anticorpos (sondas). Para evitar as ligações inespecíficas das sondas a membrana é tratada com soro albumina fetal (BSA) e Tween 20. Anticorpo primário: após o bloqueio a membrana é tratada com uma solução anticorpo primário, BSA e salina, sob leve agitação. Anticorpo secundário: após enxague dos 1ºAb, a membrana é exposta ao anticorpo secundário que é específico ao anterior. Este é ligado a uma enzima reveladora. Revelação: a enzima reveladora geralmente é a peroxidase que pode ser revelada por autoradiografia ou ELISA. Diagnóstico de doenças genéticas (RFLP) DNA - Fingerprint Detecção por Northern e Western blot