provas bioinformatica

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Qual dos cientistas a seguir teve grande contribuição para o avanço da bioinformática como área da ciência?
		
	
	Alexander Fleming, com a descoberta da penicilina.
	
	Werner Karl Heisenberg, pela criação da mecânica quântica.
	 
	Magaret Dayhoff, que usou computadores para o estudo de proteínas, criando o primeiro ¿Atlas de Proteínas¿.
	
	Marie Curie, pela sua pesquisa sobre dois novos elementos químicos: o rádio e polônio.
	
	Charles Darwin, com a publicação do livro ¿A origem das espécies¿.
	Por que o "Projeto Genoma Humano" tem uma grande relação com a história da bioinformática?
		
	
	Pois ficou provado que as ferramentas computacionais não eram essenciais para determinar e interpretar o genoma humano.
	
	Foi durante esse projeto que se descobriu do que é feita e como se organiza a molécula de DNA.
	
	Durante o período de execução desse projeto, a bioinformática ficou estagnada, e poucos avanços ocorram nessa área.
	
	Porque foi a primeira vez que uma ferramenta computacional foi aplicada para analisar dados biológicos.
	 
	Pois muitas ferramentas computacionais precisaram ser desenvolvidas e aprimoradas para determinar todo o genoma humano e interpretar essas informações.
	
	
	Sobre a bioinformática, qual das afirmativas abaixo está incorreta?
		
	 
	Um bioinformata não é capaz de desenvolver ferramentas computacionais que ajudam na interpretação de dados obtidos de experimentos na bancada, ele só utiliza essas ferramentas.
	
	Um bioinformata atua interpretando dados biológicos e desenvolvendo/aprimorando algoritmos computacionais.
	
	A bioinformática usa ferramentas computacionais para estudar informações biológicas.
	
	A bioinformática é considerada uma área interdisciplinar, que envolve profissionais de diferentes graduações.
	
	O desenvolvimento de tecnologias para sequenciar o DNA foi um dos principais pilares para o surgimento da bioinformática.
	A seguir temos três afirmativas sobre as potencialidades da bioinformática. Julgue-as como verdadeiras ou falsas.
I) A análise de sequências possibilita comparar várias sequências de genes e determinar a relação evolutiva entra elas.
II) A análise de sequências permite encontrar genes em meio a longas sequências de DNA.
III) Com apenas a sequência do gene não é possível determinar sua através de métodos de bioinformática.
		
	
	Apenas a afirmativa III está correta.
	 
	As afirmativas I e II estão corretas.
	
	Apenas a afirmativa II está correta.
	
	Apenas a afirmativa I está correta.
	
	Todas as afirmativas estão corretas.
	Um profissional em bioinformática precisa ter conhecimento em qual das seguintes áreas abaixo?
		
	
	Computação.
	
	Biologia molecular.
	
	Matemática.
	
	Estatística.
	 
	Todas as alternativas anteriores.
		A partir do Dogma Central da Biologia Molecular, podemos entender como uma molécula de DNA pode ocasionar a formação de uma proteína. Sobre a síntese proteica, marque a alternativa correta:
	
	
	
	Para que a tradução ocorra, é necessário que se forme uma molécula de RNA por replicação de DNA.
	
	
	Uma proteína é formada a partir de um ácido nucleico, e o processo inverso é denominado transcrição reversa.
	
	
	Uma proteína é formada a partir da leitura, pelos ribossomos, de uma sequência do DNA.
	
	
	O processo de síntese proteica é denominado transcrição.
	
	
	Para formar uma proteína, é necessária a união de vários aminoácidos, correspondendo ao padrão de códons presentes no RNAm.
		São afirmativas relacionadas à terapia gênica, exceto:
	
	
	
	Forma de tratamento que consiste na transferência de material genético exógeno para dentro de células de um indivíduo.
	
	
	Técnica em que são inseridos genes funcionais em uma célula para que ela interrompa a produção de proteínas defeituosas.
	
	
	Manipulação ou correção da expressão gênica em células-alvo.
	
	
	Não há risco na sua utilização e, desta forma, a terapia gênica não apresenta potencial para desencadear outras doenças.
	
	
	Transferência de genes para células com finalidade terapêutica.
	
	Uma molécula de RNA é formada a partir de uma molécula de DNA, que atua como um molde. Esse processo é denominado de:
	
	
	
	transcrição reversa.
	
	
	 replicação.
	
	
	tradução.
	
	
	transcrição.
	
	
	reprodução
		Qual das alternativas abaixo não está relacionada ao controle pós-transcricional de um gene?
	
	
	
	Adição de cauda poli-A e do CAP 5'. 
	
	
	Ocorrência após a RNA-polimerase ter se ligado ao promotor do gene e iniciado a síntese do RNA.
	
	
	Modificação covalente de ambas as extremidades do RNA.
	
	
	Remoção de íntrons e união dos éxons.
	
	
	Atuação de ativadores e de repressores eucarióticos por meio de vários mecanismos.
		Sobre o splicing, é incorreto afirmar que:
	
	
	
	Consiste em um processamento necessário para tornar o mRNA funcional.
	
	
	Necessária a formação de grandes arranjos compostos por snRNPs e precursores de RNAm.
	
	
	Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os éxons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
	
	
	Mecanismo complexo, altamente regulado, onde uma mutação em um elemento regulador, pode ocasionar uma falha no processo.
	
	
	Consiste na retirada de sequências não codificadoras denominadas íntrons.
		A partir do Dogma Central da Biologia Molecular, podemos entender como uma molécula de DNA pode ocasionar a formação de uma proteína. Sobre a síntese proteica, marque a alternativa correta:
	
	
	
	O processo de síntese proteica é denominado transcrição.
	
	
	Para formar uma proteína, é necessária a união de vários aminoácidos, correspondendo ao padrão de códons presentes no RNAm.
	
	
	Uma proteína é formada a partir da leitura, pelos ribossomos, de uma sequência do DNA.
	
	
	Para que a tradução ocorra, é necessário que se forme uma molécula de RNA por replicação de DNA.
	
	
	Uma proteína é formada a partir de um ácido nucleico, e o processo inverso é denominado transcrição reversa.
		São afirmativas relacionadas à terapia gênica, exceto:
	
	
	
	Forma de tratamento que consiste na transferência de material genético exógeno para dentro de células de um indivíduo.
	
	
	Técnica em que são inseridos genes funcionais em uma célula para que ela interrompa a produção de proteínas defeituosas.
	
	
	Não há risco na sua utilização e, desta forma, a terapia gênica não apresenta potencial para desencadear outras doenças.
	
	
	Transferência de genes para células com finalidade terapêutica.
	
	
	Manipulação ou correção da expressão gênica em células-alvo.
		Uma molécula de RNA é formada a partir de uma molécula de DNA, que atua como um molde. Esse processo é denominado de:
	
	
	
	transcrição.
	
	
	transcrição reversa.
	
	
	 replicação.
	
	
	reprodução
	
	
	tradução.
	
	Qual das alternativas abaixo não está relacionada ao controle pós-transcricional de um gene?
	
	
	
	Modificação covalente de ambas as extremidades do RNA.
	
	
	Ocorrência após a RNA-polimerase ter se ligado ao promotor do gene e iniciado a síntese do RNA.
	
	
	Remoção de íntrons e união dos éxons.
	
	
	Adição de cauda poli-A e do CAP 5'. 
	
	
	Atuação de ativadores e de repressores eucarióticos por meio de vários mecanismos.
		Sobre o splicing, é incorreto afirmar que:
	
	
	
	Mecanismo complexo, altamente regulado, onde uma mutação em um elemento regulador, pode ocasionar uma falha no processo.
	
	
	Necessária a formação de grandes arranjos compostos por snRNPs e precursores de RNAm.
	
	
	Consiste na retirada de sequências não codificadoras denominadas íntrons.
	
	
	Consiste em um processamento necessário para tornar o mRNA funcional.
	
	
	Antes considerados DNA lixo, sabe-se atualmente que os éxons permitem a codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene, através do splicing alternativo.
		O processo de extração tem como objetivo isolar o ácidos nucleico dos demais componentes celulares. Baseado neste processo marque a alternativa incorretaSubstâncias com ação de detergentes podem ser utilizadas para remoção dos lipídios da amostra
	
	
	A remoção do RNA é uma etapa exclusiva da extração de DNA
	
	
	A precipitação do ácido nucleico pode se realizada com etanol ou álcool isopropílico.
	
	
	A primeira etapa da extração é a lise de membranas onde são utilizados substância com ação de solvente
	
	
	O fenol clorofórmio é um insumo muito utilizado para promover a precipitação de proteínas.
		Eduardo está desenvolvendo uma pesquisa para investigar a associado de mutações em células da mucosa da laringe com o desenvolvimento de câncer. Assim, ele recrutou pacientes saudáveis e com câncer de laringe para fazer a coleta do material. Após a biopsia Eduardo não sabia como armazenar este espécime clinico e de uma forma precisa e correta sua amiga Luana o orientou a: 
	
	
	
	Manter  o tecido em geladeira (2º a 8ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
	
	
	
Armazenar o tecido no freezer (-10ºC ) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
	
	
	 
Armazenar o tecido em nitrogênio líquido (-196ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
	
	
	
Manter o tecido no freezer (-70ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
	
	
	 
Manter o tecido no freezer (2º a 8ºC) para posterior extração do DNA das células do tecido da laringe
		A coleta e o armazenamento de amostras destinadas as técnicas de biologia molecular devem ser realizadas com muito cuidado devido ao alto risco de degradação das moléculas de ácidos nucleicos. A respeito destes processos marque a alternativa CORRETA.  
	
	
	
	Não há necessidade de transportar as amostras coletadas em caixas isotérmicas com gelo seco.
	
	
	A coleta de tecido proveniente de biópsia pode ser armazenado e transporta resfriado a temperatura de 2º a 8ºC
	
	
	Independente do tipo de amostra, a coleta de espécimes clínicos destinados a extração de DNA e RNA devem ser realizadas com estabilizadores
	
	
	Para amostras de sangue e de medula as amostras destinadas a extração do RNA devem ser armazenadas em freezer -70ºC
	
	
	As amostras de tecido destinadas a extração do DNA devem obrigatoriamente ser armazenadas em nitrogênio líquido.
	Uma fita de DNA apresenta a seguinte sequência:
TCAAGT
Marque a alternativa que indica corretamente a sequência encontrada na fita complementar:
		
	 
	AGUUGA
	 
	AGTTCA
	
	AGUUCA
	
	UCTTGU
	
	ATAAUA
	Marque a alternativa que melhor define um gene.
		
	
	O gene é uma porção da célula.
	 
	O gene é uma sequência de nucleotídeos em que está contida a informação que será usada para a síntese de proteínas.
	
	 O gene é uma região do DNA que é responsável pela síntese de carboidratos, determinando nossas características.
	
	Trecho do RNA que contém sequências de nucleotídeos que são usados para a síntese de proteínas.
	
	O gene é uma porção da molécula de RNA que determina uma característica.
	
(PUC-SP) [¿] De outro lado, o galardão de química ficou com os inventores de ferramentas para estudar proteínas, os verdadeiros atores do drama molecular da vida.
É verdade que a Fundação Nobel ainda fala no DNA como o diretor da cena a comandar a ação das proteínas, mas talvez não seja pretensioso supor que foi um lapso, e que o sinal emitido por essas premiações aponta o verdadeiro futuro das pesquisas biológicas e médicas muito além do genoma e de seu sequenciamento (uma simples soletração). (¿)
* LEITE, Marcelo. De volta ao sequenciamento. Folha de S. Paulo- 20 out. 2002.
O autor refere-se às proteínas como ¿atores do drama molecular¿ e ao DNA como ¿diretor de cena¿. Essa referência deve-se ao fato de:
		
	
	as proteínas não terem controle sobre o metabolismo celular.
	
	o material genético ser constituído por proteínas.
	
	o DNA controlar a produção de proteínas e também atuar como catalisador de reações químicas celulares.
	 
	o DNA controlar a produção de proteínas e estas controlarem a atividade celular.
	
	não ocorrer uma correlação funcional entre DNA e proteínas no meio celular.
	(UFMG) Se o total de bases nitrogenadas de uma sequência de DNA de fita dupla é igual a 240, e nela existirem 30% de adenina, o número de moléculas de guanina será:
		
	
	168
	
	120
	 
	48.
	
	144
	 
	72
	
Para resolver essa questão, é necessário saber algumas noções de porcentagem.
Inicialmente temos que achar o valor real de adenina:
100%-----240
30%--------x
x= 72
Como a adenina só se liga à timina, há 72 timinas na fita. Temos, portanto, um total de 144 bases correspondentes à timina e adenina. Subtraímos esse valor de 240 e obtemos 96. Esse valor corresponde à quantidade de bases citosina e guanina. Como elas também se ligam, temos a metade para cada uma: 48 citosinas e 48 guaninas.
	Em relação às macromoléculas que constituem a maioria dos seres vivos, é correto afirmar que
		
	
	as enzimas e os esteroides são proteínas.
	
	o glicogênio e o amido são polissacarídeos produzidos pelas células vegetais
	
	os triglicerídeos e polissacarídeos são carboidratos
	 
	 os ácidos nucleicos, DNA e RNA, são formados por várias unidades chamadas de nucleotídeos.
	
	os lipídeos e os peptideoglicanos compõem a membrana plasmática de todos os eucariotos.
	Sobre a estrutura do DNA, marque a alternativa incorreta:
		
	
	Os cromossomos são formados principalmente por DNA.
	
	O DNA carrega as informações genéticas do indivíduo.
	 
	Os cromossomos são formados principalmente por RNA.
	
	O DNA, assim como o RNA, é formado por nucleotídeos, que são constituídos por um fosfato, um açúcar e uma base nitrogenada.
	 
	Os nucleotídeos que formam o DNA diferenciam-se do RNA por apresentarem uma ribose e a base timina.
	A respeito dos sequenciadores, marque a alternativa INCORRETA.
		
	
	No SoLiD, a reação de sequenciamento é catalisada por uma DNA ligase e não pela DNA polimerase
	 
	O Ilumina assim  como o método de Sanger realiza síntese usando DNA polimerase e dideoxinucleotídeos marcados e não constrói biblioteca.
	
	Os sequenciadores de 1º geração produzem fragmentos sequenciados maiores, porém os de 2º geração são muito mais rápidos.  
	 
	O Ion Torrent que é um equipamento entre 2º e 3º geração utiliza a variação do pH como mecanismo de detecção.
	
	 O pirossequenciador mede a liberação do pirofosfato por quimioluminescência
		Em relação às ômicas e sua importância para as pesquisas científicas, qual das alternativas a seguir está incorreta:
	
	
	
	Um projeto de pesquisa só pode ser iniciado a partir de sequências genômicas conhecidas, não havendo possibilidade de efetuar estudos com sequências desconhecidas.
	
	
	A metabolômica pode auxiliar na demonstração de como os genótipos estão associados aos fenótipos, além de permitir simulações de mecanismos celulares em larga escala.
	
	
	A tecnologia de microarranjos de DNA possibilita a avaliação simultânea da expressão de milhares de genes em diferentes tecidos de um determinado organismo, e em diferentes estágios de desenvolvimento ou condições ambientais.
	
	
	A genômica pode ser estrutural ou funcional; a primeira objetiva a caracterização da natureza física dos genomas completos e a segunda busca caracterizar a função biológica dos genes.
	
	
	Entre os grandes dificultadores nos estudos de biologia molecular estão a necessidade de acesso a várias fontes de dados para responder uma questão simples e a utilização de ferramentas de análise sofisticadas.
		As alternativas a seguir estão relacionadas à transcriptômica, exceto:
	
	
	
	É usada para quantificar a abundância, modificação e interação de peptídeos.
	
	
	Várias técnicas podem ser aplicadas para o estudo, dentre elas, a técnica de microarranjos de DNA (DNA microarray).
	
	
	A atividade das proteínas codificadas pelos mRNAs é regulada em vários níveis após a sua expressão
	
	
	A abundância do mRNA nem sempre é bem correlacionada com a abundância da proteína.
	
	
	Determina os perfis da expressão de todos os genes presentesem um genoma.
		Com relação aos bancos de dados e uma melhor cobertura das análises metabolômicas, podemos afirmar que: 
	
	
	
	A normalização dos dados é desnecessária em quaisquer análises metabolômicas.
	
	
	Para garantir maior confiabilidade, as análises não devem se restringir ao uso de uma única base de dados . 
	
	
	Atualmente, os bancos de dados são atualizados o suficiente para garantir uma ampla cobertura sem entradas replicadas. 
	
	
	As ferramentas usadas para as análises de transcriptômica e proteômica são totalmente apropriadas para as análises metabolômicas. 
	
	
	Os dados gerados por microarranjos de DNA são suficientes para gerar bancos de dados completos. 
		São aspectos relacionados à transcriptômica, exceto:
	
	
	
	Sua análise é característica de cada tipo de célula, e pode diferir em função de diferentes situações fisiológicas ou patológicas.
	
	
	Tem como objetivo determinar os perfis da expressão de todos os genes presentes em um genoma.
	
	
	Tem sido utilizada para o estudo das respostas metabólicas de organismos a fatores bióticos e abióticos.
	
	
	Uma de suas limitações está relacionada ao fato de que a abundância do mRNA nem sempre é bem correlacionada com a abundância da proteína.
	
	
	Várias técnicas podem ser aplicadas para seu estudo, a exemplo dos microarranjos de DNA.
	
	Assinale a alternativa que corresponde à descrição a seguir: "consiste na análise global e em larga escala dos conjuntos de proteínas e suas isoformas expressas em uma amostra biológica, ou seja, em um organismo, tecido, biofluido ou célula."
	
	
	
	metabolômica
	
	
	proteômica
	
	
	metagenômica
	
	
	genômica
	
	
	transcriptômica
		O BLAST e o CLUSTALW são ferramentas comuns utilizadas nos estudos de bioinformática, mas essas ferramentas são constituídas de algoritmos distintos que vão buscar parâmetros diferentes. A respeito desta afirmativa assinale a questão incorreta sobre essas ferramentas.
	
	
	
	 O Clustal é um algoritmo de alinhamento múltiplo local que se baseia na distância evolutiva.
 
	
	
	O BLAST é um algoritmo de alinhamento local que busca de forma rápida pequenas regiões de similaridades
	
	
	De maneira geral, a opção pelo uso do Blast ou do ClustalW vai depender do objetivo da pesquisa. 
	
	
	ClustalW efetua um alinhamento mais complexo que estabelece a relação evolutiva entre todas as sequências utilizadas.
	
	
	 O BLAST efetua um alinhamentos mais simples que comparam apenas regiões de alta similaridade entre apenas duas sequências.
		Á respeito da temática "alinhamento genômico" marque a opção correta.
	
	
	
	Os alinhamentos genômicos são técnicas de comparação entre sequências biológicas, que utilizam algoritmos computacionais apenas para apontar as diferenças localizadas na mesma posição das sequências analisadas
	
	
	Os alinhamentos multiplos globais são método  que exigem pouca capacidade computacional e, dependendo da quantidade de sequências envolvidas, pode requerer tempos curtos para processamento.
	
	
	O BLAST é uma ferramenta de busca por alinhamento global básico par-a-par 
	
	
	Os traços que podem aparecer nas sequencias após o alinhamento  são os indels, que representam as translocações que foram realizadas naquele genoma.
	
	
	Softwares de alinhamento genômico analisam os diferentes tipos de alinhamentos e nos sugerem o ¿alinhamento ótimo¿ no final do processo.
		Em relação ao desenho de primers, é incorreto, afirmar que:
	
	
	
	O número máximo de repetições aceitável é de 4 dinucleotdeos
	
	
	Primers de tamanho muito curto leva a  baixa especifcidade, resultando em amplifcação não específca
	
	
	Incompatibilidade signifcativa do par de primers pode levar à má amplifcação
	
	
	Repetições não aumenta o potencial de anelamento incorreto/inespecífco
	
	
	O tamanho dos primers determina especificidade e afeta seu anelamento com o DNA molde
	
	Em relação ao alinhamento de sequência, ela pode ocorrer sendo alinhamento global ou local. Em relação ao alinhamento global, é correto, afirmar que:
	
	
	
	Localiza similaridades apenas de um ponto específico da sequência.
	
	
	identificam regiões de similaridade dentro de sequencias longas que são geralmente bastante divergentes em um todo.
	
	
	é uma forma de otimização global que "força" o alinhamento a cobrir todo o comprimento de todas as sequencias interrogadas (query).
	
	
	É realizado através do desenho primer
	
	
	Ocorre pelo programa clustal W
		A anotação funcional de um gene inclui saber a função da proteína codificada pelo gene e também identificar a qual processo biológico aquela proteína faz parte. Dentre os processos que ocorrem em uma célula podemos incluir as reações metabólicas e o processamento da informação genética.  Qual dos bancos de dados abaixo auxilia na busca por informações sobre processos biológicos?
	
	
	
	KEGG.
	
	
	Nenhuma das opções anteriores.
	
	
	PDB.
	
	
	GenBank.
	
	
	SWISS-Prot.
		Escolha a sequência correta de etapas envolvidas no processo de interpretação do genoma de um organismo:
	
	
	
	sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional -> extração do DNA.
	
	
	extração do DNA -> predição gênica -> sequenciamento -> anotação funcional.
	
	
	extração do DNA -> sequenciamento -> anotação funcional -> predição gênica.
	
	
	extração do DNA -> sequenciamento -> predição gênica -> anotação funcional.
	
	
	predição gênica -> extração do DNA -> anotação funcional -> sequenciamento.
		"Um programa usado para anotação gênica de procariotos normalmente pode ser utilizado para anotação gênica de eucariotos". Julgue a afirmativa anterior.
	
	
	
	Falsa, porque existem poucas espécies de bactérias e milhares de espécies de organismos eucariotos.
	
	
	Falsa, devido à complexidade da estrutura gênica em eucariotos, que possuem íntrons interrompendo as regiões codificantes, por exemplo.
	
	
	Falsa, devido à ausência de membrana nuclear nos procariotos e a dispersão do DNA pela célula.
	
	
	Verdadeira, devido a característica universal do código genético.
	
	
	Verdadeira, pois os dois grupos de organismos possuem DNA como material genético.
		O repositório mundial de estruturas 3D de grandes moléculas biológicas, incluindo proteínas e ácidos nucleicos é o:
	
	
	
	GenBank.
	
	
	KEGG.
	
	
	PDB.
	
	
	SWISS-Prot.
	
	
	Gene Ontology (GO).
		Julgue as afirmativas abaixo usando seus conhecimentos sobre bancos de dados biológicos utilizados para anotação gênica.
I- Diversos bancos de dados podem ser utilizados para anotação de um gene, cada um deles focando em um conjunto de informações, como sequência, estrutura e vias metabólicas.
II- Os bancos de dados biológicos usados para anotação gênica só podem ser acessados mediante o pagamento de uma mensalidade pelo usuário.
	
	
	
	As afirmativas I e II são proposições falsas.
	
	
	Nenhuma das afirmativas anteriores.
	
	
	As afirmativas I e II são proposições verdadeiras.
	
	
	A afirmativa I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
	
	
	A afirmativa I é uma proposição verdadeira, e a II é uma proposição falsa.