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Questionário 3 de Bioquímica 1. Uma solução contendo a enzima hexocinase incubada a 45º C perdeu 50% da sua atividade em 12 minutos, mas quando incubada na mesma temperatura na presença de altas concentrações de um dos seus substratos, no mesmo período apresentou uma perda de apenas 3% na sua atividade. Explique. Em altas temperaturas, é sabido que as enzimas sofrem um processo chamado de desnaturação, em que perdem sua forma e consequentemente função esperada. Quando a enzima está ligada ao seu substrato, essas interações fracas auxiliam na estabilidade da enzima, o que faz com que elas sejam menos suscetíveis à mudanças de temperatura. 2. O modelo chave-fechadura de complementaridade enzima-substrato apresenta uma incoerência. Aponte e explique. Na verdade, a enzima não é inicialmente uma complementação perfeita ao substrato, como o modelo sugere. Até porque, se fosse, ela seria uma enzima ineficiente (o substrato se “acomodaria” ali, não haveria reação). O que acontece de fato é que ocorre um ‘induced-fit’, novas ligações vão se formando e outras vão se desfazendo até que, por fim, o complexo enzima-substrato fica complementar. Essas ligações fracas que acontecem são essenciais para fornecer a energia necessária para o complexo superar a energia de ativação e a reação ocorrer. 3. Entre as afirmativas: I – Em um meio onde a concentração de um dado substrato é de 100 mM, uma enzima com Km de 12 mM para esse substrato estará completamente ativa, enquanto que uma com Km de 720 mM estará relativamente inativa. Sim. Quanto menor o Km, maior a afinidade da enzima pelo substrato. A enzima que necessita de uma concentração de 720mM para ter metade da sua atividade máxima estará relativamente inativa em 100mM. II – Na presença de um inibidor competitivo, a atividade máxima de uma enzima com Km de 3 mM será 6 mM. Sim. O Km relativo aumentará pois esse inibidor competirá pelo sítio ativo com o substrato, portanto será necessário mais substrato para “vencer essa luta”. III - Na inibição acompetitiva, mudanças na conformação da enzima resultantes das interações de ligação geralmente resultam na exposição de um domínio que interage com o inibidor. Sim. Na competição acompetitiva o inibidor se ligará em uma região no complexo enzima-substrato (não é no sítio ativo). IV – Na inibição mista, o inibidor pode competir com o substrato ou ligar-se à enzima em um sítio distinto, diminuindo assim a Vmax mas aumentando o Km aparente. Errado. O inibidor não compete com o substrato porque ele se liga num sítio diferente ao sítio ativo. É verdade que o inibidor pode se ligar tanto a E como a ES, mas sempre em sítios distintos do ativo e isso de fato vai diminuir Vmáx e aumentar o Km aparente. Quais estão corretas e quais estão erradas? Justifique. *A justificativa foi feita após as afirmativas. 4. Observe o gráfico abaixo de atividade enzimática relativa de duas enzimas (A e B): Se o eixo x horizontal representasse uma escala de pH de 0 a 14, qual curva (A ou B) estaria representando a pepsina e qual estaria representando a fosfatase alcalina? A pepsina tem a função de quebra de peptídeos, agindo em pH estomacal (ácido), portanto curva A. A fosfatase alcalina, como o próprio nome já indica, atua em pH básico, curva B. 5. O que são zimogênios? Por que são tão importantes no processo de digestão enzimática de proteínas no lúmen do estômago? Zimogênios são precursores enzimáticos inicialmente inativos e que precisam ser hidrolisados para formar a enzima ativa, revelando o seu sítio ativo. Proteínas envolvidas nos papéis digestivos, como a quimiotripsina e tripsina são inicialmente zimogênios. É essencial que elas sejam inicialmente inativas e venham a ser ativadas somente no local de atuação, fora das células onde foram sintetizadas, senão acabariam degradando as proteínas da própria célula. 6. O metanol, quando ingerido, é metabolizado pela enzima álcool desidrogenase no fígado, a qual converte este composto em formaldeído. O formaldeído, composto tóxico, danifica diversos tecidos, causando, por exemplo, perda de visão. Um paciente que tenha sofrido intoxicação com metanol geralmente é submetido a um tratamento de infusão intravenosa com etanol, um composto com similaridade estrutural ao metanol, por período prolongado. Qual o princípio bioquímico envolvido nesse processo? Por o metanol ser parecido com etanol, ele pode competir pelo sítio ativo da enzima álcool desidrogenase (ADH), agindo como um inibidor enzimático. Dessa forma, a velocidade de conversão do metanol em formaldeído diminui, e nesse tempo os ruins conseguem filtrá-lo, e é excretado pela urina. 7. As coenzimas são moléculas que possuem grupamentos reativos capazes de realizar catálise. No entanto, quando incubados com o substrato isoladamente, sem a presença da enzima, a catálise não acontece. Explique por que. Isso porque a enzima propicia um microambiente favorável para que as reações ocorram, em função da existência de um sítio ativo que pode induzir ligações e então fornecer a energia necessária para superar a energia de ativação. As coenzimas sozinhas não possuem essas características. 8. Considere o gráfico da atividade de uma enzima em diferentes situações abaixo: As curvas 1, 2 e 3 correspondem, respectivamente: a)1=enzima alostérica sem inibidor; 2=enzima alostérica com inibidor competitivo; 3=enzima alostérica com inibidor acompetitivo; b) 1=enzima na presença de ativador alostérico; 2=enzima sem moduladores; 3=enzima na presença de inibidor alostérico; c)1=enzima sem modulador; 2=enzima com inibidor acompetitivo; 3=enzima com inibidor competitivo d) 1=enzima sem modulador; 2=enzima com inibidor competitivo; 3=enzima com inibidor não-competitivo e)1=enzima sem modulador; 2=enzima com inibidor competitivo; 3=enzima com inibidor acompetitivo Justifique a resposta. Alternativa E. Quando há inibidor competitivo, Km aumenta e Vmax permanece igual. O inibidor acompetitivo vai diminuir tanto o Km como Vmáx porque estabiliza o complexo ESI. 9. Explique a diferença entre um inativador “suicida” e um inativador comum. Em qual destes tipos a penicilina se encaixa? Justifique. Ambos são exemplos de inibidores irreversíveis, que se ligam ou destroem um grupo funcional essencial para a atividade da enzima. Inibidores comuns se ligam à qualquer parte da enzima, inibindo-a irreversivelmente. Um inativador “suicida” é uma classe especial dentre os inibidores irreversíveis. Eles se ligam aos sítios-ativos das enzimas e passa pelas primeiras etapas de uma reação enzimática, mas ao invés de ser convertido em produto, ele é convertido em um composto muito reativo que se combina irreversivelmente. A penicilina é um antibiótico do grupo dos beta-lactâmicos que é capaz de inativar a transpeptidase, uma enzima envolvida na formação das ligações cruzadas da parede celular de bactérias. A transpeptidase reconhece uma região D-Ala-D-Ala do precursor do peptidoglicano, promovendo a formação de uma ligação éster e então liberando uma D-Ala. Um grupo amino de um segundo precursor então ataca essa ligação éster, ligando-se e deslocandoa enzima. Porém, a penicilina mimetiza uma conformação de D-Ala, como que “enganando” a transpeptidase. O sítio ativo da transpeptidase então ataca a penicilina formando uma ligação covalente entre enzima-penicilina. Esse complexo covalente irreversível impede que a transpeptidase atue na construção da parede celular, e a longo prazo a bactéria morre porque se tornou muito frágil. Ela se encaixa como inativador suicida. 10. A lactato desidrogenase é uma enzima do metabolismo anaeróbio presente no citoplasma de procariontes e eucariontes. Um ensaio comum para determinar a sobrevivência de células é a avaliação da atividade desta enzima no meio de incubação. Explique o princípio desta técnica – por que a atividade da lactato desidrogenase no meio de incubação pode dar uma informação sobre a integridade celular? A lactato desidrogenase (LDH) catalisa a transformação de lactato em piruvato por meio da conversão de NAD+ em NADH. Células mortas que perderam a integridade da membrana podem ser avaliadas pela passagem de certas moléculas do seu citoplasma ao meio de cultura. Nessa técnica, utiliza-se uma maior quantidade de NAD+ para que se possa visualizar colorimetricamente a conversão em NADH pela enzima e assim medir a concentração dessa meio de cultura, avaliando a integridade celular.
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