Baixe o app para aproveitar ainda mais
Prévia do material em texto
08/07/2020 1 ENZIMAS ENZIMAS Parte II: NOMENCLATURA, ESTRUTURA, PROPRIEDADES Humberto Muquingue, hmuking@gmail.com Julho de 2020 Objectivos educacionais, Partes I e II • Identificar o papel de pelo menos 5 personagens relevantes na história das enzimas. • Identificar a aplicação da enzimologia na prática clínica e no quotidiano. • Apresentar uma definição de “enzima” usando palavras próprias. • Identificar o tipo de classificação de uma enzima. • Caracterizar as classes EC das enzimas. • Definir os seguintes conceitos: cofactor, coenzima, ligando, grupo prostético, holoenzima, apoenzima. • Diferenciar entre coenzima, cofactor e grupo prostético. • Dar exemplos de cofactores inorgânicos e relacionar com as implicações metabólicas da sua deficiência. • Dar exemplos de coenzimas e respectivas fontes dietárias. • Explicar a relação entre a velocidade enzimática e a equação de Michaelis-Menten. • Explicar a relação entre as equações/gráficos de Michaelis-Menten e a de Linewearver-Burk. • Interpretar o valor de Km. • Interpretar o significado de via metabólica. • Explicar como acontece a regulação da actividade enzimática. • Diferenciar as diferentes formas de inibição enzimática: competitiva, não competitiva e descompetitiva. • Explicar o que são e como funcionam as enzimas alostéricas. • Caracterizar 3 enzimopatia, à escolha. 1 2 08/07/2020 2 DEFINIÇÃO As enzimas são catalisadores biológicos. Elas são muito específicas e catalisam um só tipo de reacção e quase invariavelmente sobre um único substrato ou um grupo muito pequeno de substratos. Praticamente todas as reacções químicas que ocorrem nos seres vivos são catalisadas por enzimas. Aumentam a eficiência de uma reacção química entre 103 a 1015. Exemplo, a reacção da anidrase carbónica que converte CO2 e H2O em bicarbonato (diferença de 10 7). As enzimas iguais de diferentes espécies de organismos contêm a mesma sequência de aminoácidos. ESTRUTURA • O peso molecular das enzimas varia de 12.000 a mais de um milhão de Daltons. • A mais pequena enzima conhecida é orotato fosforibosiltransferase (E. coli), com 13 aminoácidos. • A subunidade enzimática mais pequena é a 4- oxalocrotonato tautomerase, com 62 aminoácidos. • A piruvato desidrogenase é a maior enzima conhecida (3.750 KDa). 3 4 08/07/2020 3 ESTRUTURA • Com excepção de um número pequeno de moléculas de RNA com actividade catalítica (ribozimas), todas as enzimas são proteínas. • Algumas enzimas são simples, i.e., contém apenas proteínas. • Outras enzimas têm a sua parte proteica associada a um açúcar, lípido ou ácido nucleico: elas são conhecidas como enzimas complexas. Uma enzima pode necessitar para a sua actividade de substâncias não-proteicas que colaboram na catálise. → Essas substâncias chamam-se cofactores. Estes cofactores podem ser iões inorgânicos (Fe++, Mg++, Mn++, Zn++, Se++, etc). → Cerca de 1/3 das enzimas precisam de um ou mais cofactores provenientes de sais minerais. ►isto mostra a importância dos minerais no funcionamento e crescimento de organismos; a deficiência de minerais no organismo resulta em doença. Exemplos? As enzimas que precisam de um ião metálico chamam-se metaloenzimas. ESTRUTURA 5 6 08/07/2020 4 COFACTORES ENZIMÁTICOS Elemento Enzima Associada Zn2+ Desidrogenases, anidrase carbónica, RNA e DNA polimerases Mg2+ Fosfohidrolases , fosfotransferases, fosfatases Mn2+ Arginases, peptidases, quinases Mo2+ Nitrato reductase, dinitrogenase Fe2+, Fe3+ Citocromos, catalases, ferrodoxina, peroxidases, nitrito reductase Cu2+ Citocromo oxidase, tirosinase, lisina oxidase, ácido ascórbico oxidase, superóxido dismutase Ca2+ 1,3 β-glucano sintetase, calmodulina, lipase K+ Piruvato fosfoquinase, ATPase Ni2+ Urease O que têm de comum estes cofactores? COENZIMAS Quando o cofactor é uma molécula orgânica ou metalo- orgânica, ele se chama coenzima. As coenzimas têm como papel transportar grupos químicos de um composto para outro. Muitas das coenzimas são formadas a partir de vitaminas. Qual é a importância clínica deste facto? Algumas coenzimas comuns são: - nicotinamida adenina dinucleótido fosfato reduzido (NADPH), - nicotinamida adenina dinucleotido (NAD), - flavina adenina dinucleótido (FAD), - piridoxal, biotina, tiamina, ácido tetrahidrofólico, ácido pantoténico, cobalamina, etc. 7 8 08/07/2020 5 Coenzimas e respectiva Função e Fonte na dieta Coenzima Grupos químicos transferidos Precursor na dieta (mamíferos) Biocitina CO2 Biotina Coenzima A Grupos acil Ácido pantoténico 5’-desoxiadenosil- cobalamina (coenzima B12) Átomos H, grupos alquilo Vitamina B12 Flavina adenina dinucleótido Electrões Riboflavina (vitamina B2) Lipoato Electrões, grupos acil (não necessário) Nicotinamida adenina dinucleótido Ião hidrido Ácido nicotínico (niacina) Piridoxal fosfato Grupos amino Piridoxina (vitamina B6) Tetrahidrofolato Grupos de 1 carbono Ácido fólico Tiamina pirofosfato Aldeídos Tiamina (vitamina B1) • Quando os cofactores ou as coenzimas se apresentam fortemente (covalentemente) ligados à enzima, eles chamam-se grupos prostéticos. • Quando a coenzima associa-se apenas temporariamente à holoenzima, ela recebe o nome de co-substrato (ex, piridoxal fosfato). • A enzima completa e cataliticamente activa recebe o nome de holoenzima. • A parte proteica de uma chama-se apoenzima ou apoproteína. A parte não proteica denomina-se cofactor. HOLOENZIMA = APOENZIMA + COFACTOR 9 10 08/07/2020 6 Como são adicionados os cofactores à apoproteina? • Ligação de aminoácidos modificados durante a tradução do mRNA; Exemplo: selenocisteína • Ligação de coenzimas durante o processamento pós-transcripcional; Exemplo: flavina adenina dinucleótido (FAD) Quimotripsina DIFERENTES REPRESENTAÇÕES DA ESTRUTURA DE ENZIMAS Diagrama planar 11 12 08/07/2020 7 Quimotripsina vermelha: ser 195, asp 102, his 57 Diagrama de Richardson Quimotripsina vermelha: ser195, asp 102, his57 Superfície 13 14 08/07/2020 8 Quimotripsina SÍTIO ACTIVO Para que seja convertido quimicamente, o substrato liga-se a uma região dedicada da enzima designada por centro activo. Este centro contém: → um sítio de ligação formado por aminoácidos que entram em contacto com o substrato; → um sítio catalítico formado por aminoácidos directamente implicados no mecanismo da reacção. 15 16 08/07/2020 9 Ligação do substrato ao sítio activo Identifique o sítio catalítico e o sítio de ligação… Sítio activo da quimotripsina 17 18 08/07/2020 10 PROPRIEDADES DAS ENZIMAS As enzimas apresentam propriedades derivadas do facto de simultaneamente serem proteínas e serem catalizadores. A.Como proteínas, as enzimas possuem uma conformação mais estável de entre as demais possíveis, dado que alterações na sua conformações implicam alterações na sua actividade catalítica. B.Como catalizadores, as enzimas caracterizam- se pelas seguintes propriedades: PROPRIEDADES DAS ENZIMAS COMO CATALIZADORES • São eficazes em pequenas quantidades. • Possuem um número de turnover muito alto, entre 100 e 36 milhões. Este número, também conhecido por actividade molar (Kcat), é definido como a quantidade de substrato transformada por unidade de tempo, por uma certa quantidade de enzima. → A anidrase carbónica é a enzima mais rápida: hidrata 106 moléculas de CO2 por segundo! • Não se alteram durante as reacções em que participam. 19 20 08/07/2020 11 • Aceleram o processo de obtenção de equilíbrio numa reacção reversível. • A sua actividade pode ser regulada. • Apresentam especificidade, com uma acção extremamente selectiva sobre substratos específicos. PROPRIEDADES DAS ENZIMAS COMO CATALIZADORES A sua especificidade diferencia as enzimas de catalizadores inorgânicos. Esta especificidade apresenta diferentes graus: → A sacarase é muito específica, rompendo a ligação β-glicosídica da sacarose e de compostos semelhantes,mas… ► A sacarose é o substrato natural da enzima, ie, onde ela actua com maior eficiência. ► A maltose a isomaltose são substratos análogos da sacarase. PROPRIEDADES DAS ENZIMAS COMO CATALIZADORES 21 22 08/07/2020 12 → As enzimas digestivas como a quimotripsina são pouco específicas. Elas quebram as ligações amida de proteínas e péptidos de diferentes tipos. Outras enzimas pouco específicas: peptidades, fosfatases, esterases, hexoquinases PROPRIEDADES DAS ENZIMAS COMO CATALIZADORES ESPECIFIDADE ENZIMÁTICA Existem 4 tipos distintos de especificidade enzimática… – Absoluta – quando apenas um substrato é alvo da acção enzimática. – De grupo – quando a enzima actua sempre que esteja na presença de substratos diferentes mas com o mesmo grupo químico funcional (ex, amino, metil, etc). – De ligação – quando a enzima actua mediante o reconhecimento de um determinada ligação química (ex, éster, covalente, etc). – Estereoquímica – quando a enzima distingue os isómeros L e D do mesmo composto, pelo posicionamento espacial de grupos específicos. 23 24 08/07/2020 13 FACTORES QUE INFLUENCIAM AS ENZIMAS • pH • Temperatura • Concentração de enzima • Cofactores/activadores • As enzimas possuem radicais químicos ionizáveis (carboxilo -COOH; amino -NH2; tiol - SH; imidazol, etc.) nas cadeias laterais dos seus aminoácidos. → Consoante o pH do meio, os radicais podem ter carga eléctrica positiva, negativa ou neutra. • O pH é determinado pela concentração de protões no meio. • Para além de alterar a estrutura da enzima e do substrato, os protões podem intervir também na reacção enzimática, seja como substrato ou como produto. EFEITO DO pH SOBRE ENZIMAS 25 26 08/07/2020 14 • Em qualquer das circunstâncias, a concentração de protões afecta directamente a velocidade da reacção. • Dado que a conformação espacial das proteínas depende em parte das cargas eléctricas dos radicais dos aminoácidos, há um valor de pH no qual a conformação será a mais apropriada para a actividade catalítica. → Esse valor designa-se por pH óptimo (pHo). pH ÓPTIMO V e lo c id a d e d a r e a c ç ã o pH óptimo Velocidade máxima 27 28 08/07/2020 15 pH ÓPTIMO P e rc e n ta g e m d e a c ti v id a e m á x im a Pepsina Urease Arginase Valores de pHo de algumas enzimas ENZIMA pH ÓPTIMO Pepsina 1,5 Fosfatase ácida 5,0 Catalase 7,6 Tripsina 7,7 Fumarase 7,8 Ribonuclease 7,8 Fosfatase alcalina 9,0 Arginase 9,7 29 30 08/07/2020 16 • Em valores de pH acima ou abaixo do pH óptimo pode produzir-se a desnaturação da enzima e consequentemente a sua inactivação. • A maior parte das enzimas possuem actividade máxima na proximidade da neutralidade, variando de 6 a 8. • Tampões fisiológicos: são sistemas críticos, eficientes e complexos para manter estável o pH intracelular e evitar a desnaturação enzimática provocada por variações de pH. EFEITO DA TEMPERATURA SOBRE ENZIMAS • Os aumentos de temperatura aceleram todas as reacções químicas: por cada 10ºC de incremento, a velocidade de uma reacção não enzimática duplica. • As reacções catalizadas por enzimas obedecem a esta regra: com o aumento da temperatura aumenta o número de colisões entre moléculas de substrato e de enzima → mais produto é formado! • Contudo, a sua natureza proteica faz com que as enzima se desnaturem pelo calor a partir de uma certa temperatura, com a energia cinética aumentada quebrando as ligações entre aminoácidos. 31 32 08/07/2020 17 EFEITO DA TEMPERATURA SOBRE ENZIMAS • A temperatura na qual uma certa enzima apresenta o máximo da sua actividade catalítica recebe o nome de temperatura óptima (to). • Acima desta temperatura, o aumento da velocidade da reacção por aumento da temperatura é compensado pela perda de actividade catalítica por desnaturação térmica, geralmente em torno dos 45oC. TEMPERATURA ÓPTIMA V e lo c id a d e d a r e a c ç ã o Temperatura óptima Velocidade máxima 33 34 08/07/2020 18 EFEITO DA TEMPERATURA SOBRE ENZIMAS • No ser humano, a temperatura óptima da maior parte das enzimas varia de 35 a 40 oC. A desnaturação enzimática ocorre aos 45 oC. • A temperatura óptima do corpo humano é de 37 oC. • Organismos termófilos têm enzimas com to de 50 oC. Algumas pululanases (Klebsiella) tem to acima de 135 oC. • Qual é a importância clínica destas noções? CONCENTRAÇÃO DE SUBSTRATO • As enzimas funcionam melhor quando existe bastante substrato’ou seja à medida que a concentração de substrato aumenta, também aumenta a velocidade enzimática. • Esse aumento não é infinito: chega-se a um ponto em que a enzima fica saturada de substrato e já não há enzima suficiente para processar o substrato. 35 36 08/07/2020 19 Concentração de substrato V e lo c id a d e d a r e a c ç ã o Concentração de substrato Velocidade máxima NOMENCLATURA DAS ENZIMAS Três formas de denominação das enzimas são utilizadas: • nome trivial • nome sistemático • nome EC ou da comissão de enzimas (EC, Enzyme Commission da IUBMB) 37 38 08/07/2020 20 NomeTrivial • Antigo, arbitrário, geralmente dado pelo cientista que descobria ou identificava a enzima. EXEMPLOS: diastase, emulsina, ptialina, zimase… • Algumas enzimas possuem ainda nomes triviais frequentemente usados hoje em dia: pepsina, quimotripsina, etc. Nome sistemático Consta de três partes: • Substrato preferencial da enzima + tipo de reacção catalizada + sufixo (ase) • Qualquer enzima possui o sufixo ase no fim do nome do substrato ou do tipo de reacção que catalisa, salvo raras excepções. • EXEMPLOS: glicose 6-fosfato desidrogenase; glicose-fosfato isomerase 39 40 08/07/2020 21 Nome sistemático No entanto, muitas enzimas catalizam reacções irreversíveis e nesta classificação não existe modo de identificar em qual dos sentidos a enzima é mais eficiente. EXEMPLO: a glicose-fosfato isomerase, que isomeriza a glicose 6-fosfato em fructose 6- fosfato, pode ser chamada de fructose- fosfato isomerase… Nome sistemático • Quando a enzima realiza hidrólises, a segunda parte do nome é omitida. EXEMPLO: a lactose hidrolase é comummente conhecida por lactase. • Outros nomes sistemáticos foram consagrados pelo uso. EXEMPLO: A glicose:ATP fosforiltransferase é conhecida habitualmente por glicoquinase. 41 42 08/07/2020 22 Nomes da EC A IUBMB possui uma classificação complexa mas exacta: • Classe 1: OXIDO-REDUCTASES • Classe 2: TRANSFERASES • Classe 3: HIDROLASES • Classe 4: LIASES • Classe 5: ISOMERASES • Classe 6: LIGASES • Classe 7: TRANSLOCASES Classificação EC Classe Principal Descrição da Função I. Oxidoredutases Catalizam reacções de remoção/ adição de átomos de hidrogénio. II. Transferases Transferem grupos funcionais, p.e. Pi, NH3 e CH3 III. Hidrolases Quebram ligações com uso de água. IV. Liases Removem/adicionam componentes da água, amónio e CO2 criando ligações duplas. V. Isomerases Geram isómeros. VI. Ligases Formam ligações com O, N, S. VII. Translocases Catalizam o movimento de moléculas ou iões através de membranas. 43 44 08/07/2020 23 Classificação EC • O nome da enzima é identificado por um código numérico, começando pelas letras EC (Enzyme Commission), seguidas de quatro números separados por pontos. • O primeiro número indica a qual das seis classes pertence a enzima. • O segundo refere-se às distintas subclasses dentro de cada grupo. • O terceiro e quarto números referem-se a grupos químicos específicos que intervêm na reacção. Classificação EC • EXEMPLO: A glicose:ATP fosforiltransferase (glicoquinase) corresponde à enzima EC 2.7.1.2: → O número 2 indica que é uma transferase, → o número 7 revela que é uma fosfotransferase, → o 1 indica que o aceptor é um grupo OH, → o último 2 indica que é um OH da D-glucose que aceita o grupo fosfato. 45 46 08/07/202024 OXIDO-REDUCTASES • Catalizam reacções de oxido-redução, ie, a transferência de hidrogénio (H) ou electrões (e-) de um substrato a outro, segundo a reacção geral: • AH2 + B A + BH2 • Ared + Box Aox + Bred • EXEMPLOS: succinato desidrogenase, citocromo c oxidase • IMPORTÂNCIA? Oxido-reductases • Esta classe contém as enzimas relacionadas com as oxidações e reduções biológicas que são fundamentais na respiração celular • As oxido-reductases são essenciais em algumas cadeias metabólicas, por exemplo, na quebra de glicose para produzir ATP • Há duas subclasses principais: → oxidases → desidrogenases • A classe contém mais de uma centena de enzimas que têm como doadores (de quê?) vários álcóois, cetonas, aldeídos, aminoácidos, NADH, NADPH, etc. 47 48 08/07/2020 25 TRANSFERASES • Catalizam a transferência de um grupo químico (distinto do hidrógenio) de um substrato a outro, segundo a reacção: • A-B + C A + C-B • EXEMPLO: glicoquinase glicose + ATP glicose 6-fosfato + ADP • IMPORTÂNCIA? HIDROLASES • Catalizam as reacções de hidrólise: • A-B + H2O AH + B-OH • EXEMPLO: lactose hidrolase lactose + H2O glicose + galactose • IMPORTÂNCIA? 49 50 08/07/2020 26 Hidrolases • Estas enzimas agem habitualmente sobre os grandes polímeros do citoplasma, ie, proteínas, glicogénio e gorduras. • A sua acção catalítica é expressa pela quebra de ligações C-N ou C-O, com hidrólise simultânea de uma molécula de água e união do oxigénio e hidrogénio resultantes às duas metades resultantes da cisão. • Pertencem a este grupo enzimas muito conhecidas: pepsina (segregada pelo suco gástrico), tripsina e tripsinogénio (do suco pancreático), que têm muita importância nos processos digestivos. LIASES • Catalizam reacções de rotura ou ligação de substratos: • A-B A + B • EXEMPLO: acetacetato descarboxilase ácido acetoacético acetona + CO2 • IMPORTÂNCIA? 51 52 08/07/2020 27 ISOMERASES • Catalizam a interconversão de isómeros: A B • EXEMPLOS: fosfotriose isomerase, fosfoglicose isomerase • IMPORTÂNCIA? Isomerases • Existem várias subclasses: → epimerases → racemases → mutases → isomerases cis-trans → isomerases conformacionais (macromoleculares) 53 54 08/07/2020 28 LIGASES • Catalizam a união de dois substratos com hidrólise simultânea de um nucleótido trifosfato (ATP, GTP, etc.): A + B + XTP A-B + XDP + Pi • EXEMPLO: piruvato carboxilase piruvato + CO2 + ATP oxaloacetato + ADP + Pi • IMPORTÂNCIA? TRANSLOCASES • A (lado a) → A (lado b) • O transporte pode ser de catiões e aniões inorgânicos, glícidos, aminoácidos, etc. • O transporte pode estar ligado a reacções de oxido-redução, hidrólise de nucleósidos trifosfato, hidrólise de difosfatos ou uma reacção de hidoxilação. • EXEMPLOS: Ca2++ ATPase; PO4 ATPase • IMPORTÂNCIA? 55 56 08/07/2020 29 CATÁLISE MOLECULAR Um catalizador modifica a velocidade de uma reacção química sem ser consumido e sem aparecer como um dos produtos da reacção. Numa reacção química, o substrato S é convertido no produto S. A reacção química S → P ocorre porque uma parte das moléculas de S possui muito mais energia do que as restantes o que permite que moléculas de S alcancem um estado activado e se transformem em produto. A energia de activação (Ea) é a quantidade de energia necessária para que todas as moléculas de um mole, a uma dada temperatura, alcancem o estado reactivo. O estado de transição é o estado rico em energia das moléculas que interagem acima da barreira de activação. Uma reacção é tanto mais rápida quanto maior a concentração de complexo S-P no estado de transição. CATÁLISE MOLECULAR 57 58 08/07/2020 30 • Os compostos no estado de transição não são estáveis e tendem a decompor-se em seus reagentes originais. 59 60 08/07/2020 31 Uma reacção química na célula viva pode ser acelerada de uma das seguintes formas: 1) Aumentando a temperatura: aumenta a energia cinética das moléculas, sendo também maior o número de moléculas que alcançam o estado de transição. 2) Adicionando um catalisador biológico: ele diminui a energia de activação, reduz o tempo em estado de transição e aumenta a velocidade da reacção. Porque a célula viva não pode utilizar catalisadores não biológicos? CATÁLISE MOLECULAR • Uma enzima reduz mais eficientemente a energia de activação de uma reacção do que um catalisador inorgânico, o que permite que uma reacção se realize a uma temperatura mais baixa no corpo humano. Porque isto é importante no organismo humano? As enzimas participam apenas em reacções metabólicas? 61 62 08/07/2020 32 Exemplo de catalisadores Reacção (dando H2O2) Energia de activação (Kcal*mol-1) H2 O + O2 (espontânea) 18 H2 O + O2 (com ferro) 13 H2 O + O2 (com platina) 12 H2O + O2 (com a peroxidase) 5 Mecanismo de catálise enzimática A actuação de uma enzima consiste em: (1) permitir que os reactantes (substratos) se unam ao seu centro activo com uma orientação óptima para que a reacção ocorra. (2) modificar as propriedades químicas do substrato unido a seu centro activo, debilitando as ligações existentes e facilitando a formação de novas ligações. CINÉTICA ENZIMÁTICA O que é cinética? E cinética enzimática? 63 64 08/07/2020 33 Mecanismo de catálise enzimática Duas características ressaltam na ligação do substrato à enzima: • Constrangimento – a ligação entre a enzima e o substrato altera as ligações previamente existentes, para um estado que impede que um segundo substrato se ligue. • Proximidade e orientação – o substrato complexado à enzima orienta e induz intimidade entre os grupos químicos reagentes. Interacções no sítio activo • A enzima e o substrato devem possuir uma relação espacial íntima. Esta relação é expressa por 2 modelos: → modelo chave-fechadura → ajustamento induzido 65 66 08/07/2020 34 Ajustamento induzido • O contacto com o substrato leva a enzima alterar a sua estrutura terciária de modo a ajustar-se à configuração do substrato (Daniel Koshland, 1958). Estados conformacionais da enzima: a) Sem substrato e b) Com substrato. Note que a enzima ajusta-se ao seu substrato. 67 68 08/07/2020 35 O modelo de ajuste induzido implica que o substrato é rígido e o sítio activo é espacialmente flexível. A relação entre a enzima e o substrato pode ser rígida e complementar, do tipo chave e fechadura (Emil Fisher, 1894). Este modelo é válido em muitos casos, mas nem sempre está correcto. 69 70 08/07/2020 36 Velocidade enzimática • É definida como a formação do produto ou transformação de substrato por unidade de tempo. • Também referida pelo “turnover number”. • É o numero máximo de moles de um substrato que podem ser transformados em produto quando todas as moléculas de enzima encontram-se ocupadas pelo substrato. • A actividade específica é o número de unidades de enzima por miligrama de proteína. • A actividade enzimática é expressa em moles de substrato transformado por minuto. Esta é também designada de unidade de actividade enzimática (U). • No SI: a unidade de actividade enzimática é a quantidade de enzima que transforma 1 mole de substrato por segundo. Esta unidade designa-se por katal (kat). [Não confundir com Kcat…] Velocidade enzimática 71 72 08/07/2020 37 Como 1 mole são 106 µmoles e 1 minuto são 60 segundos… → 1 katal equivale a 60 x 106 U Frequentemente se usam os submúltiplos: - microkatal (µkat, 10-6 kat) - nanokatal (nkat, 10-9 kat). Velocidade enzimática • A quantificação da velocidade enzimática é feita pela equação de Michaelis-Menten: V= Vmáx * [S] Km + [S] Onde, • V é a velocidade da enzima • Vmax é a velocidade máxima da enzima • Km é a constante de Michaelis-Menten; é a concentração do substrato necessária para que a enzima atinja metade da velocidade máxima.• [S] é a concentração do substrato. 73 74 08/07/2020 38 A representação gráfica da função V vs [S] é uma hipérbole. Curva da equação de Michaelis-Menten Concentração do substrato, S (mM) V e lo c id a d e i n ic ia l, V o ( M / m in ) 75 76 08/07/2020 39 • Quando a concentração do substrato é bastante elevada, o Km deixa de ter efeito na equação. Assim, a velocidade da enzima é igual a Vmáx. • [S]>>>>>Km então, V= Vmax * [S] [S] • Quando a concentração do substrato é igual ao Km, então a velocidade da enzima é igual à metade da velocidade máxima. • [S]=Km então, V= Vmax * [S] ou Km + [S] V= Vmax * [S] ou 2[S] V= Vmax 2 77 78 08/07/2020 40 • Quando a concentração do substrato é muito reduzida a velocidade depende exclusivamente do Km: [S]<<<<<Km então, V= Vmax * [S] Km + [S] • Então, a soma da [S] ao Km não altera o denominador. Assim, V= Vmax * [S] Km • Isto significa que quando as concentrações do substrato estão muito abaixo do valor do Km, sendo a Vmax e o Km constantes em cada enzima, a velocidade da actividade enzimática é directamente proporcional à concentração do substrato. 79 80 08/07/2020 41 Km: Um parâmetro cinético importante • O Km equivale à concentração de substrato na qual a velocidade da reacção está em metade da velocidade máxima. • O Km dá uma ideia da afinidade da enzima pelo substrato: Com menor Km, maior será a afinidade da enzima pelo substrato. Com maior Km, menor será a afinidade. • O Km do substrato natural é sempre menor que a dos substratos análogos. • Os valores de Km de muitas enzimas estão próximos da concentração fisiológica de seus substratos, de forma que ligeiras variações na [S] podem resultar em grandes mudanças na velocidade de toda uma via metabólica. O gráfico de Linewearver-Burke • A hipérbole da equação de Michaelis-Menten é de pouco uso prático. • Por isso, a equação é transformada no gráfico linear de Lineweaver-Burke pela conversão da equação de Michaelis-Menten no seu inverso matemático. 81 82 08/07/2020 42 INIBIÇÃO ENZIMÁTICA • É o processo químico mediante o qual a actividade enzimática é negativamente influenciada, de forma reversível ou irreversível. • A inibição assume importância vital em: - processos metabólicos regulares; - condições patológicas (venenos; tumores benignos e malignos; inflamações); - terapêutica (p.ex: o metotrexato é um fármaco anti- canceroso por inibir a diidrofolato reductase, um análogo de folato). • Há 3 formas de inibição enzimática reversível: competitiva; não competitiva; descompetitiva. 83 84 08/07/2020 43 Inibição enzimática Tipo de Inibição Local de ligação do inibidor Efeito sobre a cinética enzimática Competitiva Substrato tem conformação espacial similar a do inibidor. Ambos ligam-se, reversivelmente, ao centro activo da enzima. A inibição é suplantada pelo substrato. Mantém-se a Vmáx Aumenta o Km Não competitiva O inibidor liga fora do centro activo; não altera a ligação do substrato e pode ligar-se a E ou ao complexo ES. O aumento de [S] não reverte a inibição. Diminui a Vmáx Mantém-se o Km Descompetitiva A ligação do substrato altera a enzima e propicia a ligação do inibidor. O inibidor liga-se apenas a ES. O aumento de [S] não reverte a inibição. Diminui a Vmáx Diminui o Km. De que tipo de inibições se trata? A B C 85 86 08/07/2020 44 Gráfico da inibição competitiva Gráfico da inibição competitiva 87 88 08/07/2020 45 Gráfico da inibição não-competitiva Gráfico da inibição descompetitiva 89 90 08/07/2020 46 Gráfico da inibição descompetitiva REGULAÇÃO DA ACTIVIDADE ENZIMÁTICA A regulação pode assumir uma ou mais das seguintes formas: 1. Alteração do número de moléculas enzimáticas 2. Alteração da velocidade da enzima 3. Interferência com as etapas que determinam o fluxo de metabólitos nas reacções (regulação por produto). 4. Compartimentação das enzimas 5. Modificação da enzima 91 92 08/07/2020 47 ALTERAÇÃO DO NÚMERO DE MOLÉCULAS ENZIMÁTICAS • A quantidade de moléculas enzimáticas depende do equilíbrio entre a sua síntese e degradação. • A síntese de qualquer molécula proteica depende da velocidade dos processos de transcrição e tradução. • Envolve a regulação da expressão dos genes que codificam a proteína enzimática. ALTERAÇÃO DO NÚMERO DE MOLÉCULAS ENZIMÁTICAS • A degradação é influenciada pela idade, capacidade degradativa (integridade do sítio activo) e estado de conservação da proteína enzimática (tear and wear). • As vias degradativas das enzimas são pouco conhecidas. • Em alguns casos a enzima a ser destruída é “marcada” mediante a sua ligação a ubiquitina, seguindo-se o encaminhamento do complexo enzima-ubiquiina para vacúolos especializados (proteosomas). 93 94 08/07/2020 48 ALTERAÇÃO DA VELOCIDADE DA ENZIMA • Através de espécies de baixo peso molecular: Pi • Através do substrato: tendo como referência o Km, as diferentes concentrações do substrato podem determinar a velocidade da reacção. Enzimas alostéricas • São enzimas que possuem um sítio activo (para o substrato) e um sítio espacialmente diferente (alostérico) para um regulador. • Podem ser monoméricas ou poliméricas. • O composto regulador recebe o nome de efector alostérico. Pode ser positivo (activador) ou negativo (inibidor). • Dependendo da ligação e tipo de efector, a enzima alterna, de forma não bem conhecida, entre: → um estado T(enso), de baixa afinidade pelo substrato e baixa actividade catalítica e… → um estado R(elaxado), de elevada afinidade e actividade. 95 96 08/07/2020 49 Efector Substrato Enzima Estado T Estado R Enzimas alostéricas • EXEMPLOS de enzimas alostéricas: - glicogénio fosforilase (efector: AMP) - fosfofructoquinase (efectores: ATP; fructose 6-fosfato) - aspartato transcarbamoilase (efector: CTP) • Quando o efector alostérico é o substrato da enzima, também se designa por efector homotrópico. • Quando o efector alostérico é diferente do substrato, ele chama-se heterotrópico. • Nas enzimas alostéricas multiméricas, a actividade de cada subunidade enzimática influencia a das outras. A este efeito dá-se o nome de cooperatividade. • As enzimas alostéricas não seguem a cinética de Michaelis-Menten. Porquê? 97 98 08/07/2020 50 v [S] Curva hiperbólica de Michaelis- Menten Curva sigmoidal de cooperatividade O fluxo de metabólitos numa determinada via metabólica pode ser influenciado por mecanismos que agem ao nível de um ou mais produtos dessa via. A estes mecanismos dá-se o nome de regulação por produto. Estes mecanismos funcionam quase invariavelmente como uma retroalimentação. INTERFERÊNCIA COM O FLUXO DE METABÓLITOS 99 100 08/07/2020 51 REGULAÇÃO POR PRODUTO É geralmente uma retroalimentação negativa (negative feedback). Numa via com fluxo de metabólitos, um deles é usado como composto de referência – o seu aumento leva à diminuição da actividade de uma ou mais das enzimas da via envolvidas na síntese desse composto. EXEMPLO: treonina desaminase (isoleucina) Em raros casos trata-se de uma retroalimentação positiva (feedforward): um metabólito estimula a formação de mais moléculas de produto. Formas de retroalimentação • Mecanismo básico de inibição: O produto (P) inibe o passo cometido (A⇀B). 101 102 08/07/2020 52 Formas de retroalimentação • Inibição com retroalimentação sequencial: Os produtos finais P1 e P2 inibem o primeiro passo cometido das suas vias individuais (C⇀D ou C⇀F). Se ambos produtos estiverem presentes em abundância todas as vias a partir de C ficam bloqueiadas. Tal leva ao acúmulo de C que por sua vez inibe o primeiro passo cometido A⇀B. Regulação por retroalimentação • Multiplicidade enzimática: Cada produto final inibe tanto o primeiro passo individualcometido e uma das enzimas que cataliza o passo cometido comum. 103 104 08/07/2020 53 Regulação por retroalimentação • Inibição por retroalimentação concertada: Cada produto final inibe o primeiro passo cometido individual. Ambos inibem o primeiro passo cometido comum. Regulação por retroalimentação • Inibição por retroalimentação cumulativa: Cada produto final inibe o primeiro passo cometido individual. Além disso, cada produto final inibe parcialmente o primeiro passo cometido comum. 105 106 08/07/2020 54 M e c a n is m o s h a b itu a is d e re g u la ç ã o p o r re tro a lim e n ta ç ã o COMPARTIMENTAÇÃO • Diferentes tecidos/compartimentos possuem necessidades metabólicas diferentes e levam a cabo processos metabólicos distintos. • Há duas formas de compartimentação: - espaços distintos; - isoenzimas • É preciso por vezes isolar uma via para que os seus metabólitos não seja consumidos por uma enzima de uma via sem prioridade. 107 108 08/07/2020 55 COMPARTIMENTAÇÃO • Em outros casos a enzima tem características particulares em função do tecido onde se encontra. Nesse caso, fala-se de isoenzimas. O que é uma isoenzima? • As isoenzimas podem ter diferenças em: - estrutura primária - afinidade pelo substrato - comportamento cinético - forma de regulação COMPARTIMENTAÇÃO O cérebro possui uma hexoquinase (a enzima que anexa o grupo PO4 nas hexoses) com um Km muito baixo. Isso permite assegurar a entrada de glicose nos neurónios, mesmo na presença de glicémia baixa. O fígado possui uma isoenzima da hexoquinase (glicoquinase) com um Km alto. Apenas fica activa quando os níveis de glicose na circulação são bastante elevados [o suficiente para activar a produção de ácidos gordos…]. • OUTROS EXEMPLOS de isoenzimas: - Lactato desidrogenase: tetramérica, com 5 isoenzimas (coração, rins, hemácias, cérebro, leucócitos, músculo, fígado) 109 110 08/07/2020 56 CONTROLO POR MODIFICAÇÃO DA ENZIMA 1. Modificação covalente: consiste em adicionar ou remover um resíduo à molécula de enzima. É reversível. A modificação pode ser: - Fosforilação/desfosforilação: é a forma mais comum de modificação covalente. Quinases adicionam o fósforo; fosfatases removem-no – assim a enzima é activada (se for fosforilada) ou inactivada (se for desforforilada). - Outras formas: acetilação; carboxilação; sulfação; adenilação; uridilação; metilação. Qual é a diferença entre regulação alostérica e controlo por modificação da enzima? Modificacão Molécula doadora Exemplo de proteína modificada Função da poteína Fosforilação ATP Glicogénio fosforilase Homeostase da glicose; transdução de energia Acetilação Acetyl CoA Histonas DNA ; transcrição Miristoilação Miristoil CoA Src Transdução de sinais ADP-ribosilação NAD RNA polimerase Transcrição Farnesilação Farnesil pirofosfato Ras Transdução de sinais γ-Carboxilação HCO3 - Trombina Coagulação Sulfação 3′- Fosfoadenosina- 5′-fosfosulfato Fibrinogénio Coagulação Ubiquitinação Ubiquitina Ciclina Controlo do ciclo celular 111 112 08/07/2020 57 CONTROLO POR MODIFICAÇÃO DA ENZIMA 2. Proteólise (ou activação proteolítica) • Enzimas digestivas e factores de coagulação são secretados como proenzimas (ou zimogénios). A remoção de resíduos de aminoácidos confere-lhes a actividade esperada. • EXEMPLOS: - pro-colagenase; pro-elastase - pepsinogénio; pró-carboxipeptidase; tripsinogénio; quimotripsinogénio - pró-trombina; fibrinogénio 113 114 08/07/2020 58 FIM DA PARTE II 115
Compartilhar