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Estudo Dirigido- REO3 Nutrigenética e Epigenética 1- Descreva as principais características dos fenômenos epigenéticos. Resposta: Epigenética é o estudo de mudanças hereditárias na expressão gênica que não envolvem alteração da sequência do DNA. Fenômenos epigenéticos ocorrem de forma natural e podem ser influenciados por fatores como idade, ambiente e estilo de vida. A metilação do DNA, modificação das histonas e o RNA não-codificante são alguns dos principais elementos responsáveis pela iniciação e manutenção de fenômenos epigenéticos. 2- Em que se baseia a epigenômica nutricional? Resposta: Alterações na expressão de genes ocasionadas por eventos epigenéticos (metilação do DNA, alterações nas histonas e regulação por miRNA) são potencialmente reversíveis, especialmente por influência de moléculas que atuam modulando os mecanismos epigenéticos. Dessa forma, nutrientes e CBA podem modular tais eventos de forma a promover ou prejudicar a saúde, induzindo silenciamento ou ativação transcricional de genes específicos, que alteram a função e o metabolismo celular. As evidências de que eventos epigenéticos auxiliariam na elucidação dos mecanismos envolvidos na interação entre genoma e alimentação despertou o interesse de pesquisadores, dando origem a epigenômica nutricional. Componentes dietéticos podem provocar diversas alterações epigenéticas através da alteração do padrão metilacional, modificação de histonas e microRNAs. Por exemplo: fontes alimentares de grupo metil, como ácido fólico, atuam como moduladores da metilação do DNA; alguns ácidos graxos de cadeia curta, metabólitos finais da fermentação de fibras, estão relacionados com a modulação da resposta imune através da inibição das histonas desacetilases, que estão envolvidas na regulação da expressão de genes pró-inflamatórios em doenças inflamatórias crônicas. 3- Defina Nutrigenética: Resposta: A Nutrigenética é o campo da Genômica Nutricional, que estuda o impacto da variação genética na resposta metabólica à dieta. A nutrigenética surgiu como um importante campo de estudo da Genômica Nutricional, explorando o efeito da variação genética sobre a interação entre dieta e doença, com o objetivo de gerar recomendações dietéticas, de acordo com um fenótipo específico associado a um polimorfismo genético; isto é, a nutrigenética pode ser referida como o estudo da relação entre um genótipo específico e o risco do desenvolvimento de uma doença relacionada à alimentação, como câncer, diabetes, e doenças cardiovasculares. 4- À medida que pessoas são incluídas nos projetos de descoberta de variantes, variantes adicionais (e raras) serão certamente descobertas. Se uma variante é considerada formalmente como um polimorfismo ou não, depende inteiramente se sua freqüência populacional é superior a 1% dos alelos na população, e não do tipo de mutação que o causou, de quão grande é o segmento do genoma envolvido, ou se ele tem um efeito aparente sobre o indivíduo. A localização de uma variante em um gene também não determina se a variante é um polimorfismo. Dessa forma, cite com SUAS palavras o que é um polimorfismo, onde pode ser encontrado e quais possíveis consequências ele pode trazer. Resposta: Os polimorfismos são basicamente variações no DNA. Polimorfismos de seqüência podem estar localizados entre genes ou dentro de íntrons e pode ser que sejam irrelevantes para o funcionamento de qualquer gene; outros podem estar localizados na seqüência codificante dos próprios genes e resultar em proteínas variantes diferentes que podem, por sua vez, levar a diferenças distintivas em populações humanas. Outros ainda estão em regiões reguladoras e também podem ter efeitos importantes sobre a transcrição ou a estabilidade do RNA. 5- Os polimorfismos são elementos-chave para o estudo da genética humana e médica. A capacidade de distinguir diferentes formas de herança de um gene ou diferentes segmentos do genoma fornece ferramentas essenciais para uma vasta gama de aplicações, tanto na pesquisa quanto na prática clínica. Dessa forma, dê 3 exemplos de aplicações, após a descoberta desses polimorfismos. Resposta: 1 - Para diagnóstico pré-natal de doenças genéticas e para detecção de portadores de alelos deletérios, bem como em bancos de sangue e tipagem de tecidos para transfusões e transplantes de órgãos. 2 - No esforço contínuo de fornecer medicina personaliza baseada em genômica, na qual o cuidado médico individual é adaptado conforme o paciente carregue ou não variantes que aumentam ou diminuem o risco para transtornos comuns em adultos (como doenças cardíacas coronarianas, câncer e diabetes) ou que influenciam a eficácia ou segurança de medicamentos específicos. 3 - Ferramentas de pesquisa poderosas para mapear um gene em uma determinada região de um cromossomo por análise de ligação ou por associação alélica. 6- Sabe-se que as formas mais comuns de polimorfismos são as deleções e os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs). Dessa forma, a partir de seus conhecimentos, descreva abaixo detalhes sobre esses polimorfismos e, além disso, contribua para a nossa atualização, fazendo uma pesquisa e nos informando o que tem de novidade acerca desses processos ( por exemplo, novos locais que estão sendo empregados , estudos acerca de uma nova função, entre outros). Resposta: Os mais simples e comuns de todos os polimorfismos são os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs, do inglês,single nucleotide polytttorphisms).Um locus caracterizado por um SNP geralmente tem apenas dois alelos, que correspondem a duas bases diferentes que ocupam uma localização específica no genoma. Como mencionado anteriormente, os SNPs são comuns e são observados em média uma vez a cada 1.000 pb no genoma. Entretanto, a distribuição de SNPs é desigual em todo o genoma; muito mais SNPs são encontrados em regiões não codificantes do genoma, em íntrons e em seqüências que estão a alguma distância de genes conhecidos. No entanto, há ainda um número significativo de SNPs que ocorrem em genes e em outros elementos funcionais conhecidos no genoma. Para o conjunto de genes codificantes de proteínas, mais de 100.000 SNPs exônicos foram documentados até o momento. Cerca de metade desses não alteram a seqüência de aminoácidos prevista para a proteína codificada e são assim denominados de sinônimos, enquanto a outra metade altera a sequência de aminoácidos e compreende os chamados não sinônimos. Outros SNPs introduzem ou alteram um códon de parada, e outros ainda alteram um sítio de spliciing conhecido; esses SNPs são candidatos a apresentar conseqüências funcionais significativas. A importância da grande maioria dos SNPs para a saúde é desconhecida e é objeto de pesquisas em andamento. O fato de os SNPs serem comuns, não significa que eles não apresentem efeito na saúde e na longevidade. Isto quer dizer que qualquer efeito de SNPs comuns está mais provavelmente envolvido na alteração relativamente sutil de suscetibilidade a doenças, do que na causa direta de doenças sérias. Resumindo: A partir de dados do sequenciamento do DNA humano, constatou-se que, apesar das profundas diferenças existentes entre os indivíduos quanto a seus fenótipos, como cor da pele, tipo de cabelo, peso e altura, seus genomas apresentam similaridade de cerca de 99,9%. A pequena variação interindividual de 0,1% se dá, principalmente, por meio de alterações discretas na sequência do DNA conhecidas como polimorfismos de nucleotídeo único (SNP, pronunciam-se “snips”), que existem aos milhões no genoma humano. Muitas vezes, os SNPs podem levar a mudanças na estrutura, função, quantidade ou localização das proteínas codificadas, alterando inúmeros processos fisiológicos. Além de interferirem em características físicas, os SNPs também podem influenciar o risco para doenças crônicas não-transmissíveis (DCNT),necessidades de nutrientes e resposta aos alimentos. Uma segunda classe de polimorfismos resulta de variações causadas por inserção ou deleção (in/deis ou simplesmente indels) em qualquer parte, variando de um único par de bases até aproximadamente 1.000 pb, embora indels maiores também tenham sido bem documentadas. Mais de um milhão de indels têm sido descritas, na casa de centenas de milhares em qualquer genoma individual. Aproximadamente metade de todas as indels é referida como "simples", porque elas apresentam apenas dois alelos — ou seja, presença ou ausência do segmento inserido ou deletado. Outras indels, entretanto, são multialélicas, devido a números variáveis de um segmento de DNA que é inserido em tandem em um determinado local, constituindo assim o que é chamado de microssatélítes. Eles consistem em trechos de DNA compostos por unidades de dois, três ou quatro nucleotídeos, como TGTGTG, CAACAACAA ou AAATAAATAAAT, repetidos entre uma e algumas dúzias de vezes em um local específico no genoma. Os diferentes alelos em um polimorfismo de microssatélite são resultado de diferentes números de unidades de nucleotídeos repetidas, contidas dentro de qualquer microssatélite e são, portanto, por vezes também chamadas de polimorfismos de repetições curtas em tandem (STR, do inglês, short tandem repeat). 7- Descreva as diferenças entre SNP sinônimo/silencioso, não-sinônimo/missense, nonsense. Com base nisso, analise a afirmativa: “ O polimorfismo diferencia-se dos demais tipos de mutação por sempre apresentar caráter prejudicial ao indivíduo que o porta” . Diga se essa afirmativa é verdadeira ou não, justificando sua resposta com exemplo. Resposta: SNP sinônimo/silencioso: é quando a substituição de base ocorre em região codificadora, mas não altera o aminoácido codificado. SNP não-sinônimo/missense: é quando a substituição de base ocorre em região codificadora e altera o aminoácido codificado, provocando mudanças estruturais e síntese de proteínas com funções e estabilidades modificadas. Nonsense: quando a troca de nucleotídeo resulta em um códon de terminação/ stop códon. A afirmativa é falsa. Polymorphisms of the GR gene. This polymorphism increases muscle mass in males and reduces waist to hip ratio in females, and is associated with greater insulin sensitivity, and lower total and low-density lipoprotein cholesterol levels, indicating that this polymorphism has a beneficial effect on longevity by reducing glucocorticoid action. Ref: https://doi.org/10.1016/B978-0-12-375097-6.10029-0 8- Quais são os pontos a serem considerados para que os SNPs sejam alvo de estudos de nutrigenética? • Devem se encontrar em genes que respondem à alimentação e que são ativados cronicamente nas doenças. • Devem se encontrar em genes que codificam proteínas consideradas essenciais no metabolismo e que apresentem papel hierárquico nas cascatas biológicas. • Devem ter consequências funcionais importantes. • Devem ter alta prevalência na população de interesse. • Devem se encontrar em genes biomarcadores associados. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-375097-6.10029-0 9- O que são genes candidatos e qual a sua influência? Genes candidatos são os genes que possuem influência em processos fisiológicos relevantes como absorção, transporte, biotransformação, utilização, ligação, estoque e excreção, influenciando diretamente mecanismos patogênicos. Alterações nesses genes revelam aspectos importantes relacionados aos efeitos das variações genéticas no metabolismo, nas necessidades de nutrientes e no risco de desenvolvimento de doenças. 10- Comente sobre estudos de associação ampla do genoma (GWAS). Enquanto a abordagem baseada nos genes candidatos avalia a influência de alguns SNPs no desenvolvimento de doenças, o GWAS se refere à mensuração e análise de centena de milhares de variações na sequência de DNA ao longo de todo o genoma humano. Tem como objetivo identificar fatores de risco genético para doenças comuns na população e utilizar tais fatores de risco na identificação de bases biológicas de susceptibilidade a doenças, para o desenvolvimento de estratégias de prevenção e tratamento. Esse tipo de estudo contribui para a seleção de polimorfismos que podem ser utilizados em estudos de replicação para confirmar sua associação com o desenvolvimento de determinadas doenças. Com essa confirmação, outros estudos de intervenção podem ser realizados, visando à promoção da saúde e à redução do risco de desenvolvimento de DCNT. 11- Do ponto de vista nutricional, os SNPs podem ter papel importante na variação individual quanto à absorção e ao metabolismo de nutrientes. Por exemplo, o polimorfismo que parece alterar o transportador do ácido fólico diminui a atividade enzimática e pode fazer com que indivíduos com esse SNP necessitem de recomendações aumentadas de ácido fólico. Descreva no mínimo outros dois exemplos de polimorfismos que podem afetar a biodisponibilidade de nutriente. Resposta: Polimorfismos no gene que codifica para VDR poderiam estar associados a diferenças individuais quanto à absorção intestinal de cálcio, devido uma redução na transcrição do gene para VDR, possivelmente em virtude de menor ativação de seu promotor por fatores de transcrição. Isso poderia resultar em menor número de moléculas do receptor em células-alvo da vitamina D, com menor sensibilização de enterócitos. Polimorfismos nos genes que codificam os transportadores ZnT e Zip, alteram a estrutura dos transportadores e, consequentemente, sua atividade e afinidade por zinco, e isso afeta o metabolismo e as necessidade desse micronutriente. 12- Níveis elevados de homocisteína (Hcy) no plasma têm sido associados à presença de polimorfismo no gene da Metilenotetrahidrofolato Redutase (MTHFR), ou relacionados com quadros nutricionais que podem alterar uma das duas vias metabólicas que envolvem os precursores no metabolismo da Hcy, remetilação ou trans-sulfuração. Desta forma, os polimorfismos gênicos associados ao metabolismo da vitamina B12 e folato podem conferir níveis elevados de homocisteína, assim como diminuição nos níveis de folato e vitamina B12 plasmática, produzindo complicações durante a gravidez, bem como alterações na metilação do DNA e, consequentemente, evoluir para doenças cardíacas, vasculares, câncer, síndrome de Down, defeitos de fechamento de tubo neural e baixo peso ao nascer. Descreva resumidamente como o polimorfismo na MTHFR interfere na sua atividade. Resposta: A 5,10-metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR) é uma enzima-chave no metabolismo de folatos e de homocisteína, pois catalisa a redução de 5,10- metilenotetrahidrofolato para 5-metiltetrahidrofolato, que é a forma primária e predominante do ácido fólico na circulação, atuando como doador de radicais metil para a remetilação de homocisteína em metionina, reação catalisada, na maioria dos tecidos, pela metionina sintase, que requer a vitamina B12 como cofator. A ocorrência do polimorfismo C677T, no gene da MTHFR, resulta em termolabilidade enzimática devido à substituição de citosina por timina no nucleotídeo 677 (C677T), resultando na troca de alanina por valina na proteína; essa substituição leva a redução da atividade enzimática em 70% e 35% nos indivíduos homozigotos (TT) e heterozigotos (CT), respectivamente. Consequentemente indivíduos com essa alteração possuem níveis maiores de homocisteína no organismo, aumentando o risco de câncer e doenças cardiovasculares, e em gestante aumentando o risco de abortos. Recomenda-se que indivíduos portadores desse polimorfismo tenham uma dieta com maior ingestão de grupos doadores de metil como folato, vitaminas B12 e B6, a fim de compensar a baixa atividade da enzima em questão.
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