Exercicios Modelagem Molecular

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1. Sobre o campo de força, responda: 
A) Qual é a sua finalidade? 
B) Quais são tipicamente os termos que o compõe? 
C) “Não existe campo de força Universal”. Você concorda com essa afirmação? 
Justifique. 
 
2. A Análise conformacional envolve a barreia de energia de rotações intramoleculares 
(torções). De modo geral a busca conformacional ocorre visando a estrutura de menor 
energia. Entretanto, não existe correlação entre conformação mais estável e 
conformação bioativa. Como resolver esse problema no estudo da Modelagem 
Molecular? 
 
3. O artigo sobre Modelagem trata de forma simplificada as interações de van der 
Waals entre os átomos (ver figura). Busque no outro artigo e na literatura equações 
que representem essas interações. Busque também a expressão associada ao 
potencial eletrostático, que trata das interações eletrostáticas. Compare ambas e 
explique sua semelhanças e/ou diferenças. 
 
4. Os métodos semi empíricos são baseados no mesmo formalismo dos métodos ab 
initio, mas a substituição de um grande número de integrais por parâmetros os tornou 
mais utilizados em vários trabalhos acadêmicos. Na realidade, o que muda de um 
método semi empírico para outro é o ajuste dos parâmetros. Como realizar a escolha 
mais adequada ao sistema a ser simulado? 
 
5. Como garantir que a molécula está localizada na Superfície de Energia Potencil (SEP) 
em um mínimo local e não em um estado de transição (ET)? 
 
6. O que é o “princípio da transferabilidade”? Qual é a sua importância, na sua opinião, 
para a realização de estudos de Modelagem Molecular: