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Estudo dirigido Bioquímica Básica II 1 – Por que dizemos que o fluxo de energia em um sistema é unidirecional? E com relação ao fluxo de nutrientes? RESPOSTA – Diz-se que o fluxo é unidirecional, pois segundo a primeira lei da termodinâmica que trata da conservação de energia e infere que “para qualquer mudança física ou química, a quantidade total de energia no universo permanece constante; a energia pode mudar de forma ou pode ser transportada de uma região para outra, mas não pode ser criada ou destruída”. Muitas reações nominalmente reversíveis ocorrem, dessa forma, de modo unidirecional. Essa sucessão de reações metabólicas acopladas e acompanhada por uma mudança geral na energia livre, que favorece o fluxo unidirecional de metabolitos, análogo ao fluxo de água atraves de um tubo no qual uma extremidade esta mais baixa do que a outra. As curvas ou dobras no cano simulam as etapas individuais catalisadas por enzimas com uma pequena variação negativa ou positiva na energia livre. Contudo, o fluxo de água pelo cano permanece unidirecional devido à variação total na altura, a qual corresponde à variação total na energia livre em um percurso que possibilita a espontaneidade das reações e do fluxo energético. 2 – Como ficam as relações de energia entre as vias catabólicas e as vias anabólicas? RESPOSTA – As reações do catabolismo são reações que partem de um intermediário de alta energia para produtos menos energizados, nessas reações ocorrem produção de moléculas ricas em energia (ATP, NADH, FADH2). As reações do anabolismo partem de um nível baixo de energia para um nível alto e por isso precisam do investimento de energia que é feito normalmente com a transferência de fosfatos altamente energizados. 3 – Qual a importância da energia de ativação para estabilidade das espécies moleculares? RESPOSTA- Numa reação química, podemos dizer que a energia de ativação funciona como uma espécie de barreira energética, que precisa ser transposta para que a reação aconteça efetivamente. Dessa forma, a energia de ativação determina a velocidade com a qual a reação se processa. Quanto menor for a energia de ativação, menor será a barreira a ser ultrapassada e mais rápida será a reação. Por outro lado, quando a energia de ativação é muito alta, maior é a barreira energética e mais lenta será a transformação química. Existem substâncias que, quando aplicadas às reações químicas, são capazes de criar um caminho alternativo com uma barreira de energia de ativação menor e, como consequência, acelerar o desenvolvimento da reação. Essas substâncias são chamadas de catalisadores. Sem ela(energia de ativação), às reações ocorreriam de maneira desenfreada nos organismos, dando um período de vida muito curto às moléculas produzidas. 4 – Como se aplica a primeira e segunda lei da termodinâmica aos sistemas biológicos? RESPOSTAS- A primeira lei da termodinâmica declara que a energia total de um sistema, inclusive em seus arredores, permanece constante. Isso significa que, dentro do sistema total, a energia nao é perdida nem adquirida durante qualquer alteração. No entanto, a energia pode ser transferida de uma parte do sistema para outra ou ainda ser transformada em outra forma de energia. Nos sistemas vivos, a energia química pode ser transformada em calor ou em energia elétrica, radiante ou mecânica. A segunda lei da termodinâmica afirma que a entropia total de um sistema deve aumentar quando um processo ocorre de forma espontânea. A entropia e a extensão da desordem ou da aleatoriedade do sistema e se torna máxima quando se aproxima do equilíbrio. Há a tendência natural à desordem no universo, por ser energeticamente mais favorável. 5 – Qual a relação entre variação de energia livre e o equilíbrio de uma reação? RESPOSTA- A composição de um sistema reagente (uma mistura de reagentes e produtos químicos) tende à variação contínua até que o equilíbrio seja atingido. Nas concentrações de equilíbrio dos reagentes e dos produtos, as velocidades das reações direta e inversa são exatamente as mesmas, e não ocorre variação líquida adicional do sistema. Quando o sistema reagente não está em equilíbrio, a tendência em direção ao equilíbrio representa uma força motriz cuja intensidade pode ser expressa como a variação de energia livre para a reação, ∆G. 6 – Como podemos interpretar a variação de energia livre real das reações bioquímicas? RESPOSTA- A variação da energia livre real, ∆G, é uma função das concentrações dos reagentes e produtos e da temperatura que prevalece durante a reação, e nenhum desses parâmetros será necessariamente igual às condições-padrão. ∆G de qualquer reação que ocorra espontaneamente em direção ao seu equilíbrio é sempre negativo, torna-se menos negativo ao longo da reação, e é zero no ponto de equilíbrio, indicando que não pode mais ser realizado trabalho pela reação. A variação de energia livre para uma reação é independente da via pela qual a reação ocorre; ela depende apenas da natureza e das concentrações dos reagentes iniciais e produtos finais. Portanto, as enzimas não podem alterar as constantes de equilíbrio; mas o que elas fazem é aumentar a velocidade pela qual a reação ocorre no sentido determinado pela termodinâmica. 7 – O que explica o ATP ser um excelente doador de energia para as reações que dependem de investimento energético? Por que a glicose, por exemplo, não pode ser um bom doador de energia já que a energia proveniente para a síntese de ATP vem da glicose. RESPOSTA- A hidrólise de ATP em ADP e Pi, é muito exergônica: ATP+H2O ADP + Pi (-30,5 ∆G kJ/mol).A hidrólise da ligação do anidrido do ácido fosfórico (fosfoanidrido) terminal do ATP separa um dos três fosfatos negativamente carregados, aliviando assim parte da repulsão eletrostática no ATP; o Pi liberado é estabilizado pela geração de formas de ressonância que não são possíveis no ATP. Uma característica mais química do ATP é crucial para sua função no metabolismo: embora em solução aquosa o ATP seja termodinamicamente instável, sendo, portanto, um bom doador de grupos fosforil, ele é cineticamente estável. Devido à enorme energia de ativação (200 a 400 kJ/mol) necessária para a clivagem não enzimática de sua ligação fosfoanidrido, o ATP não é capaz de doar espontaneamente grupos fosforil para a água ou para as centenas de outras potenciais moléculas aceptoras na célula. A transferência dos grupos fosforil do ATP ocorre somente quando estão presentes enzimas específicas para reduzir a energia de ativação. A célula é, portanto, capaz de regular a disponibilidade de energia transportada pelo ATP por meio da regulação das várias enzimas que atuam sobre ele. A glicose, uma molécula complexa, armazena energia potencial química graças à sua estrutura, a forma como os seus átomos estão arranjados. No entanto a glicose é uma molécula altamente hidrofílica que precisa ser preparada e receber um investimento energético para então poder doar energia para sintetizar ATP, ou seja, a glicose serve de arcabouço para gerar energia em reações posteriores. 8 – Pense bioquímica e matematicamente para explicar porque o universo tende à desordem, sendo esse um processo bastante favorável. Use a equação ΔG=ΔH - TΔS para tornar as coisas mais fáceis! RESPOSTA- Sistemas organizados requerem um alto custo energético, e são frutos de reações em que ocorre investimento de força de trabalho, pois apresentam ΔG>0 (reações não espontâneas), portanto o universo tende a desordem, para fugir dessa necessidade demasiada de investimento energético, moléculas altamente energéticas possuem seus átomos altamente organizados (P/Ex. ATP). Em uma visão matemática, onde o ΔS positivo significa um aumento na entropia, quanto maior o ΔS, menor será o valor de ΔG, mostrando que são grandezas inversamente proporcionais e, que a reação será espontânea e exergônica, pois partirá de uma molécula altamente energética e com grande organização para uma molécula com menor energia e nível de organização. 9 – Quais as fases da glicólise e importânciade cada uma? RESPOSTA- Na fase inicial preparatória da glicólise (fase de investimento), a glicose é fosforilada duas vezes por ATP e clivada em duas trioses fosfato. Nesta fase, a célula gasta duas moléculas de ATP, o cátion Mg2+ é indispensável para as reações, e processam-se cinco reações bioquímicas. Nenhuma energia é armazenada, pelo contrário, duas moléculas de ATP são investidas nas reações de fosforilação. Na fase de geração de ATP (de rendimento), gliceraldeído-3-fosfato (uma triose fosfato) é oxidado pelo NAD e fosforilada usando fosfato inorgânico. A ponte de fosfato de alta energia gerada nesta etapa é transferida ao ADP para formar ATP. O fosfato restante é também rearranjado para formar outra ponte de fosfato de alta energia que é transferida ao https://pt.wikipedia.org/wiki/ATP https://pt.wikipedia.org/wiki/Energia https://pt.wikipedia.org/wiki/ATP ADP. Como há dois moles de triose fosfato formados, o resultado da fase de geração de ATP é de quatro ATPs e dois NADH. O resultado é uma produção global de dois moles de ATP, dois moles de NADH e dois moles de piruvato por mol de glicose. 10 – Explique como ocorre o controle da via glicolítica, citando os pontos onde ocorre o controle. RESPOSTA- A via glicolítica tem um papel duplo, que é a degradação da glicose para gerar ATP e o fornecimento de substratos para reações de síntese de algumas substâncias. A velocidade de conversão de glicose à piruvato é regulada para atender essas duas principais necessidades. A glicólise é provavelmente regulada cuidadosamente em todas as células, de modo que a energia é liberada a partir dos carboidratos somente na medida em que é necessária. Isto é confirmado pelo efeito do O2. Na glicólise, as reações catalisadas pela hexocinase, fosfofrutocinase e piruvato cinase são virtualmente irreversíveis: portanto espera-se que tenha papel regulador além de catalítico. HEXOQUINASE ● Regulada negativamente pelo excesso de Glicose 6 fosfato. PFK-1 ● Regulada positivamente por AMP; Frutose 2,6 bisfosfato. ● Regulada negativamente por ATP; H+ e Citrato. PIRUVATO QUINASE ● Regulada positivamente por Frutose 1,6 bisfosfato . ● Regulada negativamente por ATP e alanina. 12 – Onde se encontram as enzimas da glicólise? RESPOSTA- No citosol celular. 13 – Onde se encontram as enzimas da via das pentoses fosfato? Como ocorre o controle dessa via, uma vez que o mesmo substrato dessa via também é compartilhado com a glicólise? RESPOSTA- No citosol celular, o controle da via das pentoses ocorre sob a enzima marca-passo da rota, a glicose-6P desidrogenase. Esta enzima é inibida quando a http://www.ledson.ufla.br/wp-content/uploads/2016/01/inibidores.jpg relação entre as concentrações de NADPH e NADP+([NADPH]/[NADP+]) estiver alta e é ativada quando a relação estiver baixa. A entrada da glicose 6-P na via glicolítica ou na via das pentoses-P depende das necessidades momentâneas da célula, assim como, da relação entre as concentrações Citosólicas de NADPH e NADP+([NADPH]/[NADP+]).Quando o NAPDH é formado mais rapidamente do que é consumido nas reações de biossíntese em que participa, a sua concentração aumenta e, por conseguinte inibe alostéricamente a primeira enzima da via, a glicose 6-P desidrogenase, e, portanto mais glicose 6-P está disponível para a glicólise. Por outro lado, quando o NAPDH é consumido mais rapidamente do que é produzido, a concentração de NADP+ aumenta, ativando alostéricamente a enzima glicose 6-P desidrogenase, determinando o aumento do fluxo de glicose 6-P pela via das pentoses-P. 14 – Quais os produtos da via das pentoses fosfato e suas finalidades? RESPOSTA- Na fase oxidativa são produzidos ribose 5- fosfato e NADPH. ● As riboses 5-fosfato são precursoras de nucleotídeos, coenzimas e ácidos nucleicos. ● Os NADPH formados na fase oxidativa são usados para produzir glutationa reduzida (GSH) a partir de glutationa oxidada (GSSG) e para participar das biossínteses redutoras Na fase não oxidativa são restaurados os intermediários Frutose 6-p e gliceraldeído 3 fosfato que podem ser utilizados na glicólise ou na gliconeogênese, respectivamente para gerar mais glicose 6-p que pode novamente entrar na via das pentoses. 15 – Onde se encontram as enzimas da gliconeogênese e de que forma ocorre o controle da via? RESPOSTA- A piruvato carboxilase é uma enzima mitocondrial, enquanto as outras enzimas da gliconeogênese são citoplasmáticas. A Gliconeogênese possui regulação reciproca com a glicólise com a intenção de que quando uma estiver ativa a outra esteja inativa, evitando ciclos fúteis e gasto energético, A gliconeogênese portanto é regulada nos mesmos pontos que a glicólise. PIRUVATO CARBOXILASE ● Regulada positivamente por Acetil-CoA; ● Regulada negativamente por ADP. FOSFOENOLPIRUVATO CARBOXIQUINASE ● Regulada negativamente por ADP. FRUTOSE 1,6 BISFOSFATASE ● Regulada positivamente por citrato. ● Regulada negativamente por frutose 2,6 bisfosfato e AMP. 16 – Como são resolvidos os problemas de irreversibilidade das reações da glicólise para se chegar à glicose a partir de piruvato? ● RESPOSTA- 1° desvio: Dentro da mitocôndria, a piruvato-carboxilase catalisa a formação de oxalacetato a partir de ATP e CO2, liberando ADP + Pi. A partir daí, pode-se tomar 2 caminhos: a) Ação da PEP-carboxilase (PEPCK) mitocondrial, formando fosfoenolpiruvato a partir de GTP, e liberando GDP + CO2. b) Redução do oxalacetato para produção de malato, ganhando dois H. O malato, por sua vez, irá sair da mitocôndria e será oxidado, perdendo 2 H e voltando a ser oxalacetato. Este oxalacetato sofrerá ação da PEP-carboxilase citosólica, que o transformará em fosfoenolpiruvato. O caminho a ser tomado depende da concentração de NADH citosólico. Se for alta, a via b é inibida, pois causa acúmulo de produtos (malato e oxalacetato). O piruvato então toma a via a, transformando-se em fosfoenolpiruvato ainda dentro da mitocôndria. Caso a concentração de NADH no citosol seja baixa, acontece o contrário, e a via b é estimulada por falta de produtos. ● 2º desvio: No citosol, a frutose-1,6-bifosfato é hidrolisada pela frutose-1,6-bifosfatase, liberando um Pi e formando frutose-6-fosfato, que logo em seguida será isomerizada a glicose-6-fosfato pela fosfoglicose-isomerase. ● 3º desvio: Nesta etapa faz-se a conversão de glicose-6-fosfato em glicose. O grupo fosfato ligado ao carbono 6 da glicose-6-fosfato sofre hidrólise catalisada pela glicose-6-fosfatase. O produto dessa reação é a glicose não fosforilada que, assim, pode atravessar a membrana plasmática. A enzima glicose-6-fosfatase só ocorre no fígado e rins. 17 – Como poder redutor da mitocôndria pode ser utilizado na gliconeogênese? RESPOSTA- Quando a concentração de NADH no citosol é baixa o piruvato terá que ser carboxilado a oxaloacetato e reduzido a malato, ganhando 2H. O malato, por sua vez, irá sair da mitocôndria e será oxidado, perdendo 2H e voltando a ser oxalacetato. Este oxalacetato sofrerá ação da PEP-carboxilase citosólica, que o transformará em fosfoenolpiruvato que entrará na gliconeogênese para produzir glicose. 18 – Qual a importância da reação catalisada pela lactato desidrogenase para a via glicolítica na condição de anaerobiose? https://pt.wikipedia.org/wiki/Hidr%C3%B3lise https://pt.wikipedia.org/wiki/F%C3%ADgado https://pt.wikipedia.org/wiki/Rins RESPOSTA- A reação catalisada pela lactato desidrogenase oxida o NADH produzido na via glicolítica e regenera NAD+ que pode retornar, pois em anaerobiose só ocorre a oxidação da glicose a piruvato o restante da oxidação é dependente do oxigênio. Na fermentação são produzidos 2 ATP´s por mol de glicose. 19 – Como ocorre a ativação da gicogênio fosforilase? RESPOSTA- A glicogênio fosforilase, a enzima responsável pela glicogenólise, é um dímero e existe em duas formas: a forma b(inativa/DESFOSFORILADA) e a forma a (ativa/FOSFORILADA). A ativação da enzima é obtida por fosforilação de um resíduo de serina de cada monômero da forma b (inativa),que se converte na forma a (ativa). A reação é catalisada pela glicogênio fosforilase quinase, que também existe em duas formas, uma inativa(DESFOSFORILADA) e outra ativa(FOSFORILADA). 1. Ligação de epinefrina a receptores β da PKA; 2. Modificação da proteína G e troca de GDP por GTP; 3. Ativação da adenilato ciclase pela subunidade α da proteína G, ligada a GTP; 4. Produção de cAMP pela adenilato ciclase; 5. Ligação de cAMP às subunidades reguladoras da PKA, liberando as subunidades catalíticas, ativas; 6. Fosforilação, e ativação, da glicogênio fosforilase quinase pela PKA; 7. Fosforilação da forma b da glicogênio fosforilase pela glicogênio fosforilase quinase, convertendo-a na forma a, ativa; 8. Degradação do glicogênio pela glicogênio fosforilase. 20 – Como ocorre a regulação da glicogênio fosforilase? ● Forma fosforilada é mais ativa; ● Insulina ativa desfosforilação (Inativação); ● Glicose (6 P) ativa PP1 A PP1 livre desfosforila a glicogênio fosforilase e a glicogênio sintase b, conduzindo à inativação da degradação do glicogênio e à ativação da síntese; ● Glucagon/Adrenalina = fosforilação; ● Ca2+ e AMP ativam fosforilação.
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