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Caroline Lima Pires GENÉTICA – REPLICAÇÃO DO DNA (RESUMO PARA PROVA) 1. INTRODUÇÃO Uma célula vai replicar o seu material genético quando ela for gerar novas células. Uma célula com 46 cromossomos, para conseguir gerar mais duas (cada uma com 46 cromossomos), precisa antes duplicar o seu material genético (o que antes era 46 passa a ser 92) e, só depois disso dividir e cada uma ficar com 46 cromossomos. 2. REPLIÇÃO SEMI-CONSERVATIVA: É um processo que vai gerar duas moléculas a partir de uma. Portanto, o material final tem uma característica híbrida, ou seja, nessa nova molécula vai conter uma parte velha e a outra parte nova. Isso acontece porque o processo conserva e usa como modelo as fitas velhas. O DNA é replicado por meio da deselicoidização dos dois filamentos da dupla-hélice e da construção de um novo filamento complementar em cada um dos filamentos separados da dupla-hélice original. Nas bactérias, como o DNA é circular, existe um único ponto de origem para a replicação. Já no caso da espécie humana e de outras espécies que contenham um material genético mais jovem e mais complexo, vai haver múltiplas origens (são os pontos de início desse processo). E essas origens estão espalhadas em torno do material genético. Esses locais de iniciação são ricos em adenina e timina (inclusive muito mais do que citosina e guanina. E isso se dá porque entre adenina e timina existem 2 pontes de hidrogênio, enquanto que citosina e guanina possuem 3 pontes. 3. ABERTURA DA DUPLA FITA: DNA HELICASE: Promove a quebra das pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas para a fita de DNA iniciar o processo de replicação. TOPOISOMERASES: São enzimas importantes para abertura da fita de DNA, junto com as helicases, no processo de desnaturação. Essas topoisomerases atuam desenrolando e relaxando a molécula, desfazendo a tensão nela e evitando que ela se quebre. A principal topoisomerase é a girase Existem alguns tipos de topoisomerases; elas diferem na sua função. Podem estar distribuídas em quantidades diferentes, em diferentes espécies celulares (procariontes e eucariontes). 4. PROTEÍNAS LIGADORAS DE FITA SIMPLES (SSB): Atuam de maneira a manter a fita simples separada uma da outra, evitando o anelamento. Essas proteínas, portanto, ajudam a evitar a renaturação, reaproximação e consequente estabelecimento das ligações de hidrogênio (até então desfeitas pela helicase). 5. DNA POLIMERASE: É a enzima que faz o polímero de DNA. É a enzima que gera o encadeamento, faz a união entre os monômeros (nucleotídeos) e forma o monômero chamado de DNA. Essa enzima atua polimerizando o material genético. 6. VISÃO GERAL DA REPLICAÇÃO DO DNA: A DNA polimerase III catalisa a síntese de DNA na forquilha de replicação. A medida em que a DNA pol III avança, a dupla-hélice é continuamente desenrolada à frente da enzima para expor comprimentos adicionais de filamentos de DNA simples que atuarão como moldes. Tendo em vista que a DNA polimerase sempre adiciona nucleotídios na extremidade 3′ em crescimento, apenas um dos dois filamentos antiparalelos pode atuar como molde para a replicação na direção da forquilha de replicação. Em relação a esse filamento, a síntese pode ocorrer de modo contínuo e suave na direção da forquilha; o novo filamento no sentido líder é denominado filamento contínuo (no sentido líder, leading). Caroline Lima Pires A polimerase sintetiza um segmento, em seguida se movimenta de volta para a extremidade 5′ do segmento, onde a forquilha em crescimento expôs o novo molde e inicia o processo novamente. Esses trechos de DNA recém-sintetizado são denominados fragmentos de Okazaki. Os primers são sintetizados por um conjunto de proteínas denominado primossomo, do qual um componente central é uma enzima denominada primase, um tipo de RNA polimerase. No filamento contínuo, é necessário apenas um primer inicial, tendo em vista que, após a ação do primer inicial, o filamento de DNA em crescimento atua como primer para a adição contínua. Entretanto, no filamento descontínuo, cada fragmento de Okazaki necessita de seu próprio primer. Uma DNA polimerase diferente, pol I, remove os primers de RNA com sua atividade de exonuclease 5′ para 3′ e preenche as lacunas com sua atividade de polimerase 3′ para 5′. Outra enzima, a DNA ligase, une a extremidade 3′ do DNA que preencheu a lacuna à extremidade 5′ do fragmento de Okazaki. O novo filamento assim formado é denominado filamento descontínuo (lagging). Tendo em vista que a primase não apresenta uma função de revisão, o primer de RNA apresenta maior probabilidade de conter erros do que o DNA. A necessidade de manter a alta fidelidade da replicação é um motivo pelo qual os primers de RNA nas extremidades dos fragmentos de Okazaki precisam ser removidos e substituídos por DNA. A replicação do DNA ocorre na forquilha de replicação, onde a dupla-hélice está desenrolando e os dois filamentos estão se separando. A replicação do DNA prossegue continuamente na direção da forquilha de replicação em deselicoidização no filamento contínuo. O DNA é sintetizado em segmentos curtos, na direção para longe da forquilha de replicação, no filamento descontínuo. A DNA polimerase necessita que um primer, ou uma cadeia curta de nucleotídios, já esteja posicionado para iniciar a síntese. 7. CARACTERÍSTICAS IMPORTANTES DA DNA POLIMERASE: Enzima que catalisa a adição de nucleotídeos a extremidades 3’ de uma fita de DNA; Precisa de um molde – cadeia molde complementar; Mecanismo de polimerização é no sentido 5’-3’ (5’ com fosfato e 3’ com pentose); Incapaz de fazer DNA do zero (precisa ter extremidade 3’OH livre); Possui mecanismo de correção de erros no sentido 3’-5’. As fitas de DNA são antiparalelas, atuando em sentidos opostos sendo, portanto, um processo bidirecional. A extremidade com 3’OH livre é encontrada na ribose (açúcar do RNA), ou seja, a replicação começa com nucleotídeos de RNA. Com isso, irão ficar pedaços de RNA misturados com os DNAs, porém, no final do processo, isso será removido e substituído por nucleotídeos de DNA. CONCLUSÃO – REPLICAÇÃO A replicação é um processo que ocorre para que a célula seja dividida, e acontece na fase S do ciclo celular (interfase), antes da mitose; A replicação é semiconservativa (conserva metade do material genético da fita mãe); É um processo bidirecional, pelo fato da polimerase trabalhar em um único sentido (5’-3’) e as fitas serem antiparalelas; Tem um repertório muito grande de enzimas, o que torna o processo relativamente complexo. 8. REAÇÃO EM CADEIA DA POLIMERASE: Processo realizado em vários ciclos com diferentes temperaturas, que serão importantes para substituir algumas funções de enzimas que são utilizadas no processo in vivo da replicação. Na reação de PCR é utilizado a mostra do paciente ou do vírus ou da bactéria - DNA a ser amplificado. Primers: Vão dar a região 3’ OH livre para a polimerase trabalhar. E o primer é desenhado tanto para a fita de cima quanto para a de baixo – Forward e Reverse, respectivamente (Sence e anti Sence); Caroline Lima Pires dNTPs: Nucleotídeos; DNA polimerase; MgCl2: Funciona como co-fator para a ativação da polimerase (a polimerase não funciona bem sem ele); H2O, RNASE e DNASE FREE: água específica livre de enzimas RNASE E DANSE: para isso existem processos de purificação da água, como destilações, juntamente com irradiações ultravioletas, para retirar essas enzimas da água; Tampão: utilizado para manter o pH estável da reação.9. REAÇÃO DE PCR – DIVIDIDA EM 3 FASES: 1. DESNATURAÇÃO: é a quebra das pontes de hidrogênio, e consequentemente, separação da dupla fita (in vivo quem tinha essa função era a helicase). 2. HIBRIDIZAÇÃO OU ANELAMENTO DOS PRIMERS: É quando os primers se encaixam na sequência de interesse a ser amplificada, ou seja, quando eles formam um pareamento especifico em determinada região e deixam a extremidade 3’ OH livre, para que o DNA polimerase possa estender o restante da fita. 3. EXTENSÃO: É quando todo o fragmento é estendido, com a atuação da enzima Taq DNA POLIMERASE. É uma polimerase que foi extraída de uma bactéria que vive em ambientes quentes com altas variações de temperatura. E mesmo sendo extraída de uma bactéria, ele consegue fazer a síntese do DNA, consegue fazer a replicação do DNA, pelo fato de o DNA ser quimicamente universal. 10. ELETROFORESE: É uma técnica de separação de fragmentos moleculares. Pode ser utilizada para proteínas, RNA, DNA. Após a técnica de PCR, pode-se utilizar a técnica de eletroforese, que utiliza uma matriz gelatinosa para a separação desses fragmentos e posterior visualização deles. É possível identificar o material genético após a eletroforese utilizando uma luz ultravioleta que evidencia esse material; O gel fica em um polo negativo e o DNA irá migrar para o polo oposto que é o pólo positivo, por ter muito fosfato. 11. TIPOS DE PCR: PCR convencional: É o mais utilizado; Nested PCR: é utilizado quando, ao fazer uma amplificação, o resultado sai bem fraco. Caroline Lima Pires PCR em tempo real (q PCR): Não precisa de eletroforese; o resultado sai de imediato. O “q” é porque ele é quantitativo, mostra o número de cópias. RT-PCR: é uma reação que faz uma transcrição reversa antes de começar. RT significa transcriptase reversa. Utiliza o RNA e com a transcriptase ele se transforma em DNA; PCR multiplex: No mesmo tubo faz o diagnóstico de 4 a 5 vírus diferentes com uma única amostra. O papel da maior parte das enzimas é substituído por temperatura ou reagentes utilizados na técnica; É aplicada para fins diagnósticos na identificação, quantificação e análise de processos fisiopatológicos.
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