A teoria neutralista e a teoria selecionista são duas teorias que buscam explicar a evolução molecular. A teoria neutralista foi proposta por Motoo Kimura em 1968 e a teoria selecionista foi proposta por Charles Darwin em 1859. A teoria neutralista parte do pressuposto de que a maioria das mutações moleculares são neutras, ou seja, não afetam a função da proteína. Segundo essa teoria, a evolução molecular ocorre principalmente por deriva genética, ou seja, pela aleatoriedade na fixação de mutações neutras. Um exemplo que apoia essa teoria é a observação de que a taxa de evolução molecular é constante ao longo do tempo. Já a teoria selecionista parte do pressuposto de que a maioria das mutações moleculares são deletérias, ou seja, prejudicam a função da proteína. Segundo essa teoria, a evolução molecular ocorre principalmente pela seleção natural, ou seja, pela eliminação de mutações deletérias e fixação de mutações benéficas. Um exemplo que apoia essa teoria é a observação de que as proteínas que desempenham funções importantes tendem a ser mais conservadas ao longo do tempo. Nenhuma das duas teorias é capaz de explicar sozinha a natureza das variações genéticas observadas na natureza porque ambas são simplificações da realidade. Na prática, a evolução molecular é influenciada tanto pela deriva genética quanto pela seleção natural, e a importância relativa desses dois processos varia de acordo com as condições ambientais e as características das populações em questão.
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