A principal diferença entre as teorias neutralista e selecionista da evolução molecular é que a teoria neutralista considera que a maioria das mutações moleculares são neutras e não afetam a aptidão do organismo, enquanto a teoria selecionista considera que a seleção natural é o principal mecanismo que molda a evolução molecular. A teoria neutralista se baseia em um equilíbrio entre taxa de mutação e tamanho efetivo de população, enquanto a teoria selecionista se baseia na seleção natural. As teorias discutem a natureza da variabilidade (neutra ou genes codificantes) e as forças evolutivas que geram e diminuem a variabilidade (seleção natural normalizadora, seleção natural balanceada, etc).
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