A detecção do ácido nucleico é realizada por meio de métodos moleculares, como a hibridização in situ e a amplificação de ácidos nucleicos. A hibridização in situ utiliza sondas marcadas com fluorescência para detectar vírus como o papiloma, citomegalovírus e herpes. Já as técnicas de amplificação de ácidos nucleicos, como a PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e a bADN (amplificação de DNA baseada em isoterma), são utilizadas para o monitoramento do HIV e do vírus da hepatite C. A PCR em tempo real é uma técnica que potencializa o uso dos métodos moleculares.
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