O financiamento do SUS é composto por recursos financeiros do Orçamento da Seguridade Social, além de recursos da União, dos Estados e dos Municípios. Esses recursos são administrados pelos Fundos de Saúde, que são fiscalizados pelos Conselhos de Saúde e pelos Órgãos de Controle. Em cada esfera de governo existe um Fundo de Saúde que é o gestor financeiro dos recursos. Na esfera federal, o gestor financeiro é o Ministério da Saúde (Fundo Nacional de Saúde - FNS); na esfera estadual, são os Fundos Estaduais de Saúde (FES) (Secretarias Estaduais de Saúde); e na esfera municipal, são os Fundos Municipais de Saúde (FMS) (Secretarias Municipais de Saúde). O repasse financeiro é feito diretamente do FNS para os fundos dos Estados e Municípios, ou dos FES para os Fundos Municipais, e a modalidade de transferência é chamada de repasse fundo a fundo. Já a gestão do SUS é realizada pelos representantes do poder executivo no âmbito dos municípios, dos estados, do Distrito Federal e da União. Cada uma das estruturas que compõe a direção do SUS nas diferentes esferas do governo possui uma organização própria. O Ministério da Saúde formula, normatiza, fiscaliza, monitora e avalia políticas e ações em articulação com o Conselho Nacional de Saúde. A Secretaria Estadual de Saúde participa da formulação das políticas e ações de saúde, presta apoio aos municípios em articulação com o conselho estadual e participa da Comissão Intergestores Bipartite (CIB) para aprovar e implementar o plano estadual de saúde. A Secretaria Municipal de Saúde planeja, organiza, controla, avalia e executa as ações e serviços de saúde em articulação com o conselho municipal e a esfera estadual para aprovar e implantar o plano municipal de saúde. Os Conselhos de Saúde são compostos por representantes do governo, prestadores de serviço, profissionais de saúde e usuários, atuando na formulação de estratégias e no controle da execução da política de saúde na instância correspondente, inclusive nos aspectos econômicos e financeiros, cujas decisões serão homologadas pelo chefe do poder legalmente constituído em cada esfera do governo. A Comissão Intergestores Tripartite (CIT) é um foro de negociação e pactuação entre gestores federal, estadual e municipal, quanto aos aspectos operacionais do SUS, enquanto a Comissão Intergestores Bipartite (CIB) é um foro de negociação e pactuação entre gestores estadual e municipais, quanto aos aspectos operacionais do SUS. O Conselho Nacional de Secretário da Saúde (Conass) é uma entidade representativa dos entes estaduais e do Distrito Federal na CIT para tratar de matérias referentes à saúde, enquanto o Conselho Nacional de Secretarias Municipais de Saúde (Conasems) é uma entidade representativa dos entes municipais na CIT para tratar de matérias referentes à saúde. Os Conselhos de Secretarias Municipais de Saúde (Cosems) são entidades que representam os entes municipais, no âmbito estadual, para tratar de matérias referentes à saúde, desde que vinculados institucionalmente ao Conasems, na forma que dispuserem seus estatutos.
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