O DNA e as proteínas possuem propriedades químicas diferentes que permitem a marcação específica de uma ou outra macromolécula com um isótopo radioativo. No caso do DNA, a presença de grupos fosfato em sua estrutura permite a marcação com isótopos radioativos de fósforo, como o 32P. Já as proteínas possuem aminoácidos com grupos funcionais específicos, como o grupo carboxila (-COOH) e o grupo amino (-NH2), que permitem a marcação com isótopos radioativos de carbono, nitrogênio e enxofre, como o 14C, 15N e 35S.
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