Os aminoácidos apolares tendem a se localizar no interior da proteína, onde não há contato com a água. Já os aminoácidos polares neutros podem ser encontrados tanto na superfície quanto no interior da proteína, dependendo das interações específicas que estabelecem. Por fim, os aminoácidos polares carregados, como ácidos e bases, são frequentemente encontrados na superfície da proteína, onde podem interagir com a água e outras moléculas carregadas.
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