Os neurotransmissores podem ser constituídos por diferentes tipos de moléculas, dependendo do tipo de neurotransmissor. A maioria dos neurotransmissores mais comuns é baseada em proteínas, podendo ser constituídos por moléculas de proteínas pequenas ou grandes. Os neurotransmissores de pequenas moléculas, com exceção da acetilcolina, são aminoácidos ou um tipo de aminoácido chamado amina. Já as moléculas maiores são constituídas por peptídeos, que são proteínas formadas por um pequeno número de aminoácidos, sendo chamadas de neuropeptídios.
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