É importante que durante o processo de solubilização das proteínas, já a partir da lise celular, tenha-se o cuidado de inibir as proteases (catalisam a clivagem hidrolítica das ligações peptídicas). Se a de interesse for alvo de fosforilação, também é importante inibir as fosfatases (catalisam a hidrólise do grupo fosfato). Outro ponto importante é trabalhar na temperatura e pH estável para aquela molécula. Trata-se de: