Para identificar em qual alternativa a supressão da vírgula altera o sentido da frase, vamos analisar cada uma delas: (A) "Nos primeiros milênios de sua história, o homo sapiens começava a interferir na vida do planeta." - A vírgula aqui separa a oração principal da oração adverbial, e sua supressão não altera o sentido. (B) "O autor mostra sua desconfiança quanto aos deuses irresponsáveis, que se sentem insatisfeitos." - A vírgula separa a oração principal da oração adjetiva explicativa. Se a vírgula for retirada, a frase pode mudar o sentido, pois pode passar a indicar que todos os deuses são irresponsáveis e insatisfeitos. (C) "Não se leve tão em conta o louvor ao progresso, já que nem todos são tocados por ele." - A vírgula aqui é uma pausa que não altera o sentido se retirada. (D) "Mesmo nos impérios e nas grandes conquistas, a miséria não deixou de marcar presença." - A vírgula é uma pausa que não altera o sentido se retirada. (E) "Houve ciclos de aumento na capacidade humana, mas não necessariamente em favor de todos." - A vírgula é uma pausa que não altera o sentido se retirada. Após essa análise, a alternativa que apresenta alteração de sentido com a supressão da vírgula é a (B). Portanto, a resposta correta é: (B).