Primeiro o artigo 12 do CP diz: Legislação especial Art. 12 - As regras gerais deste Código aplicam-se aos fatos incriminados por lei especial, se esta não dispuser de modo diverso.

Existe uma regra que diz que a lei especial prevalece sobre a lei geral (PRINCÍPIO DA Especialidade). Portanto, digamos que temos uma regra no código penal que homicidio culposo é pena de 02 a 06 anos, porém nos crimes de transito temos esse mesmo homicidio com 02 a 04 anos.
A lei nos crimes de transito por sei uma lei especial vai prevalecer sobre a lei geral, no caso do homicidio do Codigo penal.  Por isso que o artigo diz: "as regras gerais deste código aplicam-se aos fatos incriminados por lei especial, se esta não dispuser de modo diverso" leia-se: Se a lei especial não dispor de modo diverso ( ou seja, em conflito com a norma do codigo penal, senão vai aplicar esta porque é especial), as normas do codigo penal (regras gerais) irão ser aplicadas normalmente. Por exemplo latrocínio, roubo seguido de morte, quando alguem o faz no trânsito envolvendo roubo de veiculo, não temos isso tipificado nas leis de transito, logo aplica-se o codigo penal.

Espero que tenha entendido, se ainda tiver duvidas fique a vontade para perguntar, não esqueça de aprovar a resposta. Boa Sorte!