O RNA transportador (tRNA) e o RNA ribossômico (rRNA), ao contrário do mRNA procariótico, são gerados por quebras e outras alterações dos transcritos recém-sintetizados. De uma única cadeia nascente de RNA contendo regiões espaçadoras podem ser produzidas, por exemplo: três tipos de moléculas de rRNA e uma de tRNA, vários tipos de tRNA ou, até mesmo, várias cópias de um mesmo tRNA - sendo isso determinado pela seqüência do transcrito
Aproximadamente 80 por cento do RNA total em células de mamíferos de crescimento rápido é rRNA, e 15 por cento é tRNA. O ARNm que codifica a proteína constitui, assim, apenas uma pequena porção do ARN total. Os transcritos primários produzidos a partir da maioria dos genes de rRNA e de genes de tRNA, como pré-mRNAs, são extensivamente processados para produzir as formas funcionais maduras desses RNAs.
Quando genes pré-rRNA foram inicialmente identificados no nucléolo por hibridização in situ , não se sabia se algum outro DNA era necessário para formar o nucléolo. Experiências subsequentes com linhagens de Drosophila transgênicas demonstraram que uma única unidade completa de transcrição de pré-rRNA induz a formação de um pequeno nucléolo.
Alguns snoRNAs são expressos a partir de seus próprios promotores por RNA polimerase II ou III. Notavelmente, no entanto, a grande maioria dos snoRNAs são intrões em splicing de genes que codificam mRNAs funcionais. Esses genes invariavelmente codificam proteínas envolvidas na síntese ou tradução do ribossomo . Alguns snoRNAs são intrões emendados de mRNAs aparentemente não funcionais. Os genes que codificam esses mRNAs parecem existir apenas para expressar snoRNAs a partir de introns extirpados.
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