A estrutura primária de uma proteína é a sequência linear de aminoácidos que forma a molécula. A estrutura primária é a base da identidade de uma proteína. A modificação de apenas um aminoácido, altera a estrutura primária e cria uma proteína diferente. Esta proteína diferente pode ser inativa ou ter outra função biológica.
A estrutura secundária de uma proteína é gerada pela maneira que os aminoácidos interagem, formando ligações intermoleculares. Estas interações criam uma conformação espacial filamentosa de polipeptídeo. As conformações secundárias mais estudadas das proteínas são a alfa-hélice e a estrutura beta-plana.
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