A pepsina, segregada pelo estômago, promove a quebra das ligações peptídicas das proteínas transformando-as em cadeias polipeptídicas menores. A pepsina digere 10 a 20 % do total de proteínas ingeridas. As enzimas proteolíticas do pâncreas continuam o processo digestivo, fragmentando-as em fragmentos ainda menores. Estas cadeias são desdobradas em dipéptidos, tripéptidos e aminoácidos pelas peptidases ligadas às microvilosidades do intestino delgado. Os aminoácidos entram nas células epiteliais na forma de tripéptidos ou dipéptidos (ou aminoácidos simples embora em menor quantidade do que os anteriores) onde são desdobrados nas suas unidades constituintes. Os aminoácidos resultantes saem da célula para o sistema porta que os conduz ao fígado. No fígado os aminoácidos podem ser modificados ou libertados para o sangue e serem distribuídos através do organismo. A maior parte dos aminoácidos é utilizada como partes constituintes de novas proteínas mas alguns podem ser utilizados como fonte de energia.
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