Já os aminoácidos não-primários são sobras, ou colocando de uma maneira melhor, são resíduos dos próprios aminoácidos. Estes aminoácidos não-primários são formados a partir de resíduos que já fazem parte de um polipeptídico. Dessa maneira, alguns exemplos destes compostos (aminoácidos não-primários) são selenocisteína, g-carboxiglutamato, 4-hidroxilisina, 6-N-metilisina, 4-hidroxiprolina e desmosina.
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