Microbiota é um conjunto de microrganismos que habitam um local, e que possuem funções benéficas para esse ambiente ou hospedeiro. A microbiota animal está presente no trato gastrointestinal, nos tratos geniturinário, respiratório e entre outros. Sua principal função é a manutenção e saúde do organismo. O contato inicial (no nascimento) com esses microrganismos benéficos estimulam funções no trato gastrointestital e do sistema imune. Posteriormente ao contato com os microrganismos o sistema imune inicia sua maturação, onde se torna capaz de reconhecer patógenos e desenvolver respostas imunes contra as mesmas, mantendo assim o hospedeiro protegido. Já no trato gastrointestinal, a microbiota matem a integridade da mucosa e controla a presença de organismos patogênicos.
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