O sistema nervoso dos répteis contém a mesma base do cérebro do anfíbio, mas cérebro e cerebelo do réptil são ligeiramente maiores. Os hemisférios cerebrais são maiores que os dos anfíbios e totalmente separados. Esse aumento de tamanho esta associado a um melhor sistema olfativo. O lóbulo óptico e o cerebelo também são maiores, o que reflete numa maior precisão visual e uma coordenação mais refinada das funções musculares. A maioria dos sentidos típicos são bem desenvolvidos, com algumas exceções. Há doze pares de nervos cranianos.
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