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ISOLAMENTO MICROBIANO • Estudar e caracterizar a espécie, condições para crescimento, identificação, exigências nutricionais • Separar numa amostra uma única espécie para avaliação das características • Ferramenta de diagnóstico clínico • Esgotamento do inóculo em placas • Estudar a amostra antes do isolamento, conhecer a espécie que se deseja isolar • Tomar cuidado com assepsia • Bioprospecção de fenótipos específicos • Características das amostras: microbiota normal, patógenos e contaminantes o existem microrganismos que estão normalmente presentes o separar os grupos o em amostras de água geralmente as células estão longes Esgotamento em placa • amostra com mistura de células • separar fisicamente e colocar no meio de cultura • incubação • formação de colônias (cada célula separa anteriormente vai dar origem a uma colônia) • conta-se as colônias depois • Decisões: o Qual meio de cultivo utilizar? o Quais tipos de demandas dos microrganismos que devem ser supridas pelo metabolismo? o Qual condição de incubação a ser utilizada? ▪ Temperatura ▪ Luz ▪ pH ▪ aerobiose ou anaerobiose o Quais fatores abióticos que podem influenciar o crescimento microbiano? ▪ Atmosfera, pH, temperatura, luz • Técnicas de isolamento: estria simples e composta • Esgotamento do inóculo • Simples: alça de repicagem desliza em forma de estria em zig-zag usando toda extensão possível. Não voltar com a alça. • Composta: faz várias estrias em zig zag na mesma placa, divide em setores a placa. Puxa as estrias e para, flamba a alça novamente e espera a esfria, encosta no setor 1 e vai fazendo as estrias do próximo setor. o Formar colônias separadas/isoladas o Placa girada no sentido anti-horário o Estrias do último quadrante não devem tocar o inóculo do primeiro quadrante o Fazer marcações na placa, com os setores a serem feitas as estrias • Não aplicar pressão excessiva para evitar estragar o ágar • Possíveis erros: o Sobreposição de estrias (uma região fica com maior carga microbiana, atrapalha crescimento da cultura) ▪ Não fez zig zag constante ▪ Descontinuidade, parou e iniciou de novo o Não utilizar toda a extensão da superfície da placa ▪ As estrias tem que ir de um lado ao outro o Na estria composta: não tocou no último setor para fazer o próximo o Ausência de esgotamento ▪ Fez número pequeno de estrias • Quanto mais próximos os microrganismos estiverem, maior será a competição por nutrientes e as colônias vão se desenvolver menos • Quando estiverem mais longes, haverá menos competição e maior disponibilidade de nutrientes por área, sendo favorável ao crescimento das colônias • Estria simples não permite esgotamento quando a amostra tem densidade populacional muito grande, nesse caso o esgotamento eficiente será feito com estria composta • Uma colônia isolada nem sempre é uma cultura pura • Uma colônia pode ter mais de uma espécie de bactéria que vivem bem (até em simbiose) • O objetivo do isolamento é separar as espécies, mas nem sempre isso acontece • Para identificar se é colônia pura pode fazê-la crescer em um outro meio de cultura específico, ou fazer esfregaço e coloração de gram • Colônia pura só possui 1 espécie ENUMERAÇÃO DE MICRORGANISMOS EM AMOSTRA • Acompanhar curva de crescimento, observar a evolução • Contagem de colônias em placas • Contar somente microrganismos viáveis • Identificar se alimento está próprio para consumo • Saber se uma colônia é afetada por uma condição ambiental, comportamento em diferentes situações de cultivo • Verificar se água está potável • Métodos: o Contar diretamente no microscópio o Contadores eletrônicos o Número mais provável o Colônias em placa • Amostra natural: um único meio de cultivo não consegue simular as exigências de todos os microrganismos em uma determinada amostra natural o Diferentes espécies crescem em velocidades diferentes o Crescimento de uma colônia pode inibir a formação de outra o Período de incubação curto: valor real subestimado • Podemos usar diluição seriada + plaqueamento? o Usar diferentes meios de cultivo o Diferentes condições físico-químicas 9temperatura, pH, atmosfera, luz) o Tempo de incubação diferente (24 h, 3 dias, 7 dias, etc.) o Adição de agente inibidor (observar fungos, matar bactérias) o Usar ou não enriquecimento o Repetições: duplicata, triplicata, quadriplicada (ter resultado mais representativo) • Procedimentos para diluição seriada: o Identificar os tubos com diluições diferentes (contagem de densidade populacional em diferentes diluições) o Pipetar uma amostra de 1 ml, transferir para o tubo com 9 ml de salina (diluição de 10-1) o Pipetar 1 ml para tubo com 9 ml de salina (diluição de 10-2) o Repetir esses procedimentos até diluição 10-7 o Identificar a diluição e espécie na borda da placa de Petri o Fazer plaqueamento com método de semeadura em profundidade (pour plate) ▪ Homogeneizar a amostra e pipetar 1 ml ▪ transferir para placa estéril sem meio de cultivo (placa vazia) ▪ Verter meio de cultivo fundido na placa (meio sólido em forma líquida) ▪ Homogeneizar a amostra e meio de cultivo, movimentos em sentido horário e anti-horário, ou forma de infinito (melhor). Fazer 6 vezes em um sentido e 6 vezes no outro. ▪ Fazer incubação, depois de 10 minutos (tempo de solidificação e esfriar) ▪ Colônias crescem na superfície e interior do ágar o Método da semeadura em superfície (spread plate) ▪ Meio já está solidificado na placa ▪ Usar alça de Drigalsky (de vidro em formato de L) para espalhar a amostra na superfície do meio ▪ Usar alíquota de 0,1 ml ▪ Esterilizar a alça (chama do BB) e esfriar no interior da tampa da placa ▪ Fazer movimentos por toda placa até que sinta resistência (quer dizer que já foi tudo absorvido pelo meio) ▪ Devolver a alça para o pote com álcool ▪ Colônias irão crescer na superfície do meio ▪ Incubar as placas (fundo para cima e tampa para baixo) • Selecionar placas com 30-300 colônias • Nessa foto a diluição que contem esse número é a placa com diluição 10-4 • A contagem é realizada com o auxílio de um contator de colônias (possui uma lupa e apoio para placa, lâmpada, caneta eletrônica (vai marcando as colônias e ele registra no sistema e aparece na tela o número de colônias) • Tem também o contador manual, vai apertando o botão • Calcular a densidade populacional expressa em UFC/mL Cálculo do número de UFC/ml • Pegar número de colônias na placa com diluição que contenha de 30-300 colônias • Encontrar a média do número de colônias (somar as contagens e dividir pelo número de placas que foram feitas) • Multiplicar o nº médio de colônias pelo FD (fator de diluição) • Depois dividir pelo volume da alíquota plaqueada (ml) • Pronto, tem-se o número de células • FD é correção • Colocar o resultado em notação científica, exemplo: 3,7 x 107 UFC/ml • Considerando que a diluição seriada foi de 1 grama de solo + 9 ml de salina (85%), podemos escrever o resultado assim: 3,7 x 107 UFC/g de solo • Se 2 diluições tiverem na faixa de 30-300 colônias, faz a contagem separada. Se o resultado de uma for mais que o dobro de outra, iremos usar a diluição menor. Se o resultado for menor que o dobro, podemos somar os 2 resultados e tirar média • A diluição menor tem menos erros experimentais Contagem microbiana em amostras naturais (outros métodos) • Citometria de fluxo • Sequenciamento de DNA metagenômico • Possível contar: células totais, grupos específicos, células metabolicamente ativas
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