BIOLOGIA MOLECULAR I

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Existem diferentes formas de sequenciar um genoma, sendo que cada uma se aplica dependendo da realidade do pesquisador em questão, podendo ser técnicas recentes, que são mais robustas e sofisticadas, ou então, técnicas mais antigas, que, ainda assim, demonstram um excelente resultado, apesar de serem mais complicadas e menos automatizadas. Sobre essas técnicas, associe os itens, utilizando o código a seguir: I- Sequenciamento de Sanger. II- Next Generation Sequencing. III- Sequenciamento de terceira geração. ( ) Método de primeira geração, mais conhecido por utilizar nucleotídeos terminados de cadeia (ddNTP). ( ) Método que permite a análise da sequência de nucleotídeos em uma única molécula de DNA, sem a necessidade de amplificação dessa molécula, em tempo real. ( ) São métodos de nova geração, que não utilizam nucleotídeos terminadores de cadeia para o processamento das amostras. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A
I - III - II.
B
I - II - III.
C
II - I - III.
D
III - II - I.
2O gráfico a seguir ilustra uma curva de amplificação da PCR em tempo real. De acordo com a interpretação do gráfico, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas: ( ) A amostra A possui maior quantidade do gene avaliado, uma vez que possui menor Ct. ( ) A amostra C possui maior quantidade de amostra, pois quanto maior o Ct, maior a quantidade de material disponível para iniciar a amplificação do gene de interesse. ( ) A amostra B ultrapassou o Threshold após o ciclo 20, apresentando uma quantidade intermediária de amostra, quando comparadas às amostras A e C. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A
F - F - V.
B
V - F - F.
C
V - V - F.
D
V - F - V.
3A terceira geração de métodos de sequenciamento de DNA, possibilitaram analisar as sequências de nucleotídeos de uma única molécula de DNA, sem a necessidade de amplificar a molécula. Sobre esses métodos, assinale a alternativa CORRETA:
A
É o mais recente avanço em biologia molecular, que permite o sequenciamento de DNA de forma portátil, capaz de sequenciar grandes moléculas de DNA em pequenos equipamentos, semelhantes a pen drives. A plataforma MinION é a mais utilizada.
B
A terceira geração de sequenciamento utiliza DNA fragmento que é transformado em fragmentos de DNA circular, os quais são replicados em chips com nano-poços. A cada novo nucleotídeo adicionado à nova fita, ocorre a emissão de fluorescência e a detecção ocorre em tempo real.
C
É um método totalmente automatizado, também conhecido como Illumina, em que o DNA a ser sequenciado é fragmentado por nebulização e os fragmentos são acoplados a uma placa de vidro por meio de primers adaptadores, formando uma biblioteca de DNA, que será submetida ao PCR.
D
Para os métodos de terceira geração, são utilizadas plataformas 454, que são esferas sólidas, nas quais são ligadas as sequências adaptadoras, com o DNA a ser sequenciado, formando uma biblioteca de DNA.
4Uma das técnicas essenciais em biologia molecular é a capacidade de sequenciar o gene de um organismo. Esse sequenciamento é importante, pois identifica possíveis mutações, cadeias de transmissão e origem da chegada do vírus a uma região específica. De acordo com as técnicas empregadas para o sequenciamento de DNA, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas: ( ) Os didesoxinucleotídeos (ddNTP) são utilizados para o sequenciamento com o método de Sanger, em que, posteriormente, faz-se a identificação da sequência com eletroforese. ( ) O pirosequenciamento tem como base a formação de pirofosfato a cada novo nucleotídeo adicionado à nova fita. ( ) O método empregado na plataforma Illumina foi a base para o desenvolvimento dos testes de sequenciamento que conhecemos atualmente, sendo a primeira geração de sequenciamento de DNA. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A
V - F - F.
B
F - F - V.
C
V - V - F.
D
V - F - V.
5As endonucleases de restrição são produzidas naturalmente por diversas bactérias. De acordo com essas enzimas, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas: ( ) As enzimas de restrição são utilizadas para fragmentar o DNA em regiões específicas, permitindo a manipulação do DNA. ( ) Cada bactéria produz uma enzima de restrição específica, que pode ser isolada e purificada a partir de colônias dessas bactérias. ( ) As enzimas de restrição não reconhecem sequências específicas, apresentando regiões de clivagem aleatórias de 4 a 8 nucleotídeos. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A
F - V - F.
B
V - V - F.
C
V - F - F.
D
F - F - V.
6O sequenciamento Shotgun, o qual é aplicado como estratégia para o sequenciamento de grandes sequências de nucleotídeos, especialmente genomas inteiros dos mais diversos organismos. Sobre o sequenciamento Shotgun, avalie as asserções a seguir e relação proposta entre elas: I- Devido ao grande volume de informação gerado por esse procedimento, é necessário que programas computacionais sofisticados sejam utilizados para a determinação da sequência do material em estudo. PORQUE II- Na técnica Shotgun, o material clonado é sequenciado diversas vezes, fornecendo uma quantidade de dados de cerca de 10 vezes o tamanho do material genético que está sendo estudado, assegurando que todos os nucleotídeos presentes no material genético sejam detectados e inseridos na sequência final do DNA. Assinale a alternativa CORRETA:
A
As asserções I e II são proposições falsas.
B
As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
C
As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
D
A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
7O processo de replicação do DNA é relativamente simples, envolvendo diversas enzimas para que a síntese de uma nova fita de DNA seja realizada. Com base nas enzimas envolvidas no processo de replicação in vivo, analise as sentenças a seguir: I- A enzima DNA polimerase realiza a adição de novos nucleotídeos à nova fita do DNA que está sendo sintetizada, podendo atuar de modo independente do sentido da fita (3'-5' ou 5'-3'), já que não necessitam de iniciadores. II- As primases são enzimas responsáveis por adicionar primers (iniciadores) à fita de DNA que está sendo sintetizada, pois a DNA polimerase necessita de uma extremidade 3' disponível para a inserção do novo nucleotídeo. III- As enzimas, DNA girase e helicase, são as responsáveis por abrir a dupla fita de DNA, e cortar as pontes de hidrogênio entre os nucleotídeos, permitindo, assim, a separação da fita e síntese de uma nova fita. Assinale a alternativa CORRETA:
A
Somente a sentença II está correta.
B
As sentenças I e II estão corretas.
C
As sentenças II e III estão corretas.
D
Somente a sentença III está correta.
8Os ciclos do PCR (reação em cadeia da polimerase) são críticos para o sucesso da técnica. Em torno de 20-40 ciclos são programados no termociclador, a fim de se obter milhares de cópias de DNA. Sobre os ciclos do PCR associe os itens, utilizando o código a seguir: I- Desnaturação. II- Anelamento. III- Extensão. ( ) Estágio em que os primers se ligam à fita do DNA na sua sequência complementar. ( ) Estágio inicial, em que ocorre abertura da dupla fita, liberando os nucleotídeos de cada uma das fitas simples. Esta etapa ocorre em uma alta temperatura, em cerca de 95º C. ( ) Estágio correspondente à adição de nucleotídeos pela DNA polimerase específica, denominada como Taq DNA polimerase, em uma temperatura de 72º C. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A
I - II - III.
B
III - II - I.
C
II - I - III.
D
I - III - II.