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UNIVERSIDADE PAULISTA – UNIP RELATÓRIO DE AULAS PRÁTICAS CURSO: BIOMEDICINA DISCIPLINA: BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA À BIOMEDICINA NOME DO ALUNO: SIMONE SOUZA FAGUNDES R.A: 2027520 POLO: SETOR BUENO/ GOIÂNIA DATA: 10/ 11 / 2021 AULA 01 – USO DE MICROPIPETADORES INTRODUÇÃO: Pipeta é o instrumento utilizado para manipular líquidos em um ambiente laboratorial. Outras vidrarias também podem ser usadas para essa finalidade, mas, no entanto, as pipetas são materiais mais específicos para aplicações onde é necessária uma quantidade mais exata de um líquido. É por isso que as pipetas podem ter diversos tamanhos, que possibilitam a transferência de volumes variados de fluidos. Além disso, as pipetas podem ter diversos tipos, veja alguns exemplos a seguir: • Pipeta pasteur: muito comum na maioria dos laboratórios, essa pipeta possui uma abertura na parte inferior para sugar o fluido e um balão disposto na superfície, que permite sorver e despejar os líquidos. • Pipeta volumétrica: essas pipetas são muito utilizadas quando é necessária uma quantidade muito precisa de líquidos. • Pipeta graduada: este tipo de pipeta possui graduações em seu exterior que permitem transportar diferentes volumes de fluidos. • Micropipeta monocanal: esse tipo de pipeta possui um êmbolo que permite sugar os líquidos. Além disso, essa pipeta necessita da utilização de tips, ponteiras adequadas e específicas para determinados volumes, que são selecionados pelo usuário no momento da pipetagem. Geralmente, essas pipetas permitem transportar no máximo 5 ml por pipetagem e são muito usadas quando é necessária uma quantidade muito pequena de determinado fluido. • Micropipeta multicanal: essa pipeta possui basicamente as mesmas funções da pipeta monocanal, com o adicional de permitir a utilização de diversas ponteiras por pipetagem. • Micropipeta digital: as pipetas digitais cumprem o mesmo papel das automáticas, mas em contrapartida, seu volume é selecionado de forma digital, através de seu display acoplado. A pipetagem pode ser resumida como um processo de transferência de líquidos. Esse procedimento é essencial quando é necessário utilizar uma quantidade específica de um fluido em determinada ação, como em experimentos, em uma solução ou reação. OBJETIVO: • aprender a utilizar e reconhecer a importância dos micropipetadores. • Fundamento: saber reconhecer a forma correta de se fazer uso do equipamento, do ajuste e das diferenças de volume, cuidados com a calibragem e a precisão. MATERIAIS PROCEDIMENTOS Atividade 1. Observe as pipetas disponíveis no laboratório e complete a tabela a seguir identificando a pipeta e qual o intervalo de volume que pode ser coletado Atividade 2. Escolha, dentre as pipetas disponíveis no laboratório, a pipeta adequada para coletar os volumes a seguir. Anote, ao lado, a sua escolha Atividade 3. Faça a pipetagem dos volumes listados no exercício 2 e observe. Atividade 4. Utilização de micropipetas com volumes entre 1-20 µL. Procedimento: identifique os microtubos, marcando A, B e C. Prepare os tubos conforme o quadro a seguir: Optite 20-200µ Boeco Germany 20µ Boeco Germany 250µ Kasvi basic 100-1000µ 0,1-2,5 10-100 100-1000 0,1 – 2,5 20 100-1000 20-200 100-1000 0,1-2,5 0,1-2,5 Um total de 20 µL foi adicionado a cada tubo; para verificar se a pipetagem foi correta, ajuste a pipeta P20 para 20 µL e, cuidadosamente, meça o volume de cada tubo. Para refletir: Como estava preenchida a ponteira? R: Estava cheia do líquido Algum espaço com ar? R: Não havia espaços nem bolhas Ficou algum volume no tubo? R: Uma mínima quantidade Houve alguma diferença? R: Não, ficaram iguais Qual explicação você daria? R: poderia ter alguma diferença, pois não sabemos se as pipetas estavam corretamente calibradas. Atividade 5. Utilização de micropipetas com volumes entre 100-1000 µL. Procedimento: identifique os microtubos, marcando D, E e F. Prepare os tubos conforme o quadro a seguir: Um total de 1000 μL foi adicionado a cada tubo; para verificar se a pipetagem foi correta, ajuste a pipeta para 1000 μL e, cuidadosamente, meça o volume de cada tubo. AULA 02 – EXTRAÇÃO DE DNA DA CEBOLA E DO MORANGO OBJETIVO: o aluno irá aplicar, na prática, os princípios da extração de DNA. FUNDAMENTO: os alimentos que comemos são partes de seres vivos e, portanto, têm células com DNA. Então, quando comemos um simples morango, estamos ingerindo além de água, sais minerais e vitaminas, também proteínas, carboidratos e DNA. É possível extrair o DNA de qualquer ser vivo. Usaremos uma técnica simples para extrair o DNA do morango. 1. Por que é necessário macerar o morango e picar a cebola? R: A maceração quebra a parede celular , que é a estrutura extracelular que envolve e protege a célula vegetal. 2. Em que etapa do procedimento ocorre o rompimento das membranas das células do morango? Explique. R: Na etapa em que é acrescentado o detergente. 3. Qual é a função do sal de cozinha? R: O sal ajuda a manter as proteínas dissolvidas no líquido extraído impedindo que elas precipitem com o DNA. 4. Qual é o papel do álcool? R: O DNA não é dissolvido em etanol por isso promove o agrupamento dos filamentos e torna-se visível. Quanto mais gelado, menos solúvel e melhor para ocorrer a separação dos filamentos. 5. Por que você não pode ver a dupla hélice do DNA extraído? R: Não é possivel visualizar a dupla hélice, pois é extremamento pequena para ser observada, mas é possivel sim ver o emaranhado contendo inúmeros filamentos da molécula lembrando uma nuvem de algodão. 6. Considerando os procedimentos da extração do DNA genômico, você espera obtê-lo sem as quebras mecânicas e/ou químicas? R: Para visualizar é preciso que haja rompimento da membrana, sem essa etapa não é possivel extrair. 7. Qual é a função do detergente? 8. Qual é a função do sal? R: O detergente ajuda a dissolver a bicamada lipídicaque compõe a membrana plasmática e a membrana das orgnanelas. 9. Qual é a importância da temperatura neste procedimento? R: A temperatura é essencial no desarranjo dos fosfolipídios das membranas e desnaturação parcial das enzimasevitando que o DNA seja fragmentado dificultando sua extração. 10. Para que filtrar o extrato? R: O excesso de partículas maiores do vegetal poderão dificultar a separação dos filamentos de DNA. 11. Qual é a função do álcool etílico? R: O DNA não pe solúvel em etanol por isso promove o agrupamento dos filamentos de DNA tornando-os visíveis. AULA 03 – BUSCA DE MUTAÇÕES E PROCURA DE GENES NO PUBMED OBJETIVO Aprender a utilizar as ferramentas de bioinformática para a análise de genes e mutações. FUNDAMENTO: a mucopolissacaridose do tipo I (MPSI) é uma doença autossômica recessiva, caracterizada pela deficiência total ou parcial da enzima α-L-iduronidase (IDUA) que cliva os glicosaminoglicanos (GAGs) dermatan e heparan sulfatos; a sua deficiência bloqueia a degradação desses GAGs, que são constituintes importantes da matriz extracelular, líquido das juntas e tecido conectivo em todo o corpo; dessa forma, eles se acumulam, progressivamente, no lisossomo, causando a disfunção da célula, do tecido e do órgão, por mecanismos fisiopatológicos, em grande parte, desconhecidos. Pacientes com MPS I apresentam variados fenótipos clínicos, o mais severo deles é a síndrome de Hurler, com uma progressiva disfunção neurológica, esquelética e anomaliasdo tecido frágil que podem levar à morte na primeira década. Nas formas menos severas da doença, tais como a síndrome de Hurler-Scheie e a síndrome de Scheie, mais branda, não ocorre o retardo mental, somente alguns sintomas leves. Os diferentes graus de severidades são devido ao efeito de várias mutações no gene humano IDUA, localizado no braço curto do cromossomo 4. Os homozigotos e os heterozigotos para algumas mutações (W402X e Q70X) resultam no fenótipo mais severo, a síndrome de Hurler, enquanto algumas alterações que permitem a atividade residual da enzima resultam num fenótipo brando. MATERIAL Esta aula deverá ser desenvolvida no laboratório de informática. Os alunos irão precisar de acesso à internet. Tarefas a serem realizadas no computador: 1. Entrar no site: www.pubmed.gov/. Na aba da esquerda, selecionar a palavra “gene”; 2. Digite o nome do gene: IDUA e procure o seu código. http://www.pubmed.gov/ Lembre-se que existem vários tipos de IDUA e que queremos procurar o “humano”. Responda: a) Qual é o nome do gene? R: IDUA alfa L-iduronidase [Homo sapiens (humano)] b) Qual é a identidade do gene? R: Codifica a proteína αL- iduronidase ID do gene - 3425 c) Qual é a localização desse gene e quantos éxons ele possui? R: Localizado no cromossomo 4p 16.3 (braço curto do cromossomo 4 na região 1; banda 6; subbanda 3. Possui 14 éxons d) Cite os três locais onde ele é mais expresso? R: baço 3608 RPKM; estômago 3504 RPKM; gordura 2965 PKPM e) Qual é o número da proteína? R: NP – 000194.2 / NP – 001350505.1 / XP – 011511763.1 / XP – 016862652.1 f) Quantos transcritos esse gene possui? R: 4 variantes transcritas. g) Na aba NCBI Reference Sequences (RefSeq) clicar em GenBank. Qual é o tamanho do gene? R: Possui 17521 pb que codificam 653 aminoácidos (aa) – 17568nt h) Voltar na página original e ir para a aba mRNA and Protein(s), clicar em NM_000203.5. Qual é o tamanho do mRNA? R: 2174 pb mRNA 4) Procure um artigo no pubmed sobre uma doença genética que você tenha interesse. Lembre-se de procurar o nome da doença em inglês. Escreva, aqui, o número do artigo. R: https://doi.org/10.1590/S1415-52732006000300009 Fenilcetonúria no Brasil: evolução e casos REFERÊNCIAS • ALBERTS, B.; BRAY, D.; LEWIS, J. Biologia Molecular da Célula. 6a Edição, São Paulo: ArtMed. 2017. (Minha Biblioteca) • MENCK, Carlos M. Genética Molecular Básica. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2017. https://doi.org/10.1590/S1415-52732006000300009 • JUNQUEIRA, Luiz Carlos Uchoa; CARNEIRO, José. Biologia celular e molecular. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2015. (Minha Biblioteca)
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