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1 Genética 1 × Allana Garcia × Medicina UEPA DNA Ácido desoxirribonucleico. Consiste em duas longas cadeiras dispostas em dupla hélice, sendo composto por 4 tipos de monômeros chamados nucleotídeos, que são estruturalmente formados por uma pentose (açúcar desoxirribose), um grupo fosfato e uma base nitrogenada (adenina, guanina, citosina e timina). A quantidade de bases nitrogenadas obedece à Regra de Chargaff, de modo que bases complementares sempre estarão em mesma quantidade. Assim, sempre haverá no DNA a mesma porcentagem de adenina e de timina, assim como sempre haverá a mesma porcentagem de guanina e citosina. Esses nucleotídeos se organizam obedecendo ao modelo de Watson Crick, de modo que o grupo fosfato e a pentose ficam na região externa da dupla hélice (formando o “corrimão”), e são ligados entre si por ligações fosfodiéster e as bases ficam voltadas para o meio, sendo ligadas entre si por pontes de hidrogênio, de modo que uma purina (A ou G) se liga a uma pirimidina (T ou C). São criados sulcos/depressões na molécula do DNA, utilizados na adesão de proteínas. As fitas de DNA ou RNA têm direcionalidade, ou seja, as duas extremidades de uma fita de DNA ou de RNA são diferentes entre si. Na extremidade 5' da cadeia, o grupo fosfato do primeiro nucleotídeo está livre. O grupo fosfato é ligado ao carbono 5' do anel de açúcar, por isto chama-se de extremidade 5'. Na outra extremidade, chamada de extremidade 3', a hidroxila do último nucleotídeo adicionado à cadeia fica exposta. O grupo hidroxila é ligado ao carbono 3' do anel de açúcar, por isto chama-se de extremidade 3'. RNA Ácido ribonucleico. É um polímero linear que consiste em uma fita simples, sendo composto por 4 tipos de nucleotídeos estruturalmente formados por uma pentose (ribose), um grupo fosfato e uma base nitrogenada (adenina, guanina, citosina e uracila*). Toda molécula de RNA é proveniente do DNA, sendo formada como fita complementar a uma fita do DNA pelo processo da transcrição. Funções: levar a informação genética até o local da síntese proteica; catalisar a formação de cadeias polipeptídicas (ribozimas são os RNAs com propriedades catalíticas). Genética 1: Bases moleculares (do DNA à proteína) Allana Karine Gatinho Garcia × Medicina UEPA × Módulo 2 Uracila A uracila, na verdade, é a timina sem o grupo metil do 5º carbono da cadeia; sua presença no DNA tornaria a molécula instável e passiva de problemas no processo de correção de erros, uma vez que a desaminação da citosina produz uracila; desse modo, se houvesse uracila naturalmente no DNA, não seria possível distinguir se esta seria a base correta ou uma citosina danificada. Como a timina substitui a uracila no DNA, a uracila é reconhecida como uma base danificada e é substituída por citosina. 2 Genética 1 × Allana Garcia × Medicina UEPA As cadeias de RNA podem se enovelar sob diversas formas, sendo as principais: RNAm (RNA mensageiro): filamento simples, proveniente da transcrição, que leva a informação sobre o tipo de proteína a ser formada. Através da sequência de suas bases, determina a posição dos aminoácidos nas proteínas, de acordo com o código genético. É proveniente do núcleo, mas encontra-se em maior quantidade no citoplasma. RNAt (RNA transportador): assume uma conformação semelhante a um trevo de quatro folhas, e transporta os aminoácidos até o ribossomo, tendo função crucial no mecanismo de tradução. As suas quatro extremidades são a aceptora, que se liga ao aminoácido; o anticódon, que corresponde ao aminoácido e se liga ao códon do RNAm; o braço D, que contém diidrouridinas; e o braço T, com o trinucleotídeo. RNAr (RNA ribossômico): faz parte da composição dos ribossomos, nos quais o RNAm é traduzido em proteínas. É sintetizado no nucléolo. Cromossomo e cromatina Um cromossomo é uma longa cadeia de DNA associada a proteínas histonas e proteínas não histonas; é constituído pelo centrômero, pelos braços e pelos telômeros (extremos). Na composição da cadeia de DNA existem as origens de replicação, que são locais específicos do DNA nos quais o processo de replicação é iniciado, contendo um complexo de reconhecimento da origem (ou ORC, a sigla em inglês). Esses cromossomos são presentes apenas em momentos de divisão celular, uma vez que durante a interfase (fase metabólica) o material genético se encontra sob a forma de cromatina. A cromatina é classificada em heterocromatina (mais condensada, do tipo constitutiva, que é sempre condensada, e do tipo facultativa, que pode se descondensar e transformar em eucromatina) e em eucromatina (menos compactada, com DNA ativo, pronto para sintetizar moléculas de RNA). Em micrografias eletrônicas é possível perceber a heterocromatina como uma região mais escura do núcleo, mais próxima da carioteca. A condensina é a proteína responsável por fazer a cromatina se enrolar diversas vezes, a fim de caber no núcleo. Cariótipo Conjunto de cromossomos de determinada espécie, havendo uma quantidade e uma morfologia características. Para a formação do cariótipo, são utilizadas células somáticas e elas são estimuladas a entrar em mitose; essa divisão celular é interrompida na metáfase, etapa em que os cromossomos atingem sua condensação máxima e alinham-se no centro da célula. 3 Genética 1 × Allana Garcia × Medicina UEPA Organiza-se o cariótipo ordenando os pares de cromossomos que possuem o mesmo tamanho e a mesma posição dos centrômeros. Seres humanos possuem 23 pares de cromossomos, totalizando 46 cromossomos, sendo um par alossômico, responsável por características sexuais, e 22 pares autossômicos. A cariotipagem permite analisar os cariótipos de indivíduos e perceber algumas alterações genéticas, como as estruturais e numéricas. A fim de possibilitar uma melhor visualização dos cromossomos, são utilizadas técnicas de bandeamento cromossômico, que podem se dar de diversas maneiras, submetendo os cromossomos a substâncias específicas que ajudam a detectar cromossomopatias. É através do bandeamento que podemos ver aquelas imagens em que os cromossomos parecem “fatiados”, com cada gene bem delimitado por faixas claras e escuras. São usadas substâncias como a quinacrina mostarda, no caso de Bandeamento Q, Giemsa, no caso de bandeamento G ou R, entre outras. Gene Unidade do cromossomo; um gene é um segmento do DNA que é traduzido em um produto funcional (proteína ou RNA), carregando informações sobre uma característica hereditária particular. O conjunto de todos os genes, incluindo íntrons (região não codificadora do gene, removida do RNAm por splicing) e exons, (sequência codificadora de aminoácidos) é chamado de genoma, que contém toda a informação hereditária de um organismo. Genótipo Refere-se ao total de informação genética de um indivíduo, ou seja, a todos os genes que ele possui, os quais são herdados. É conhecido por meio da inferência (visualização do fenótipo, análise de familiares) ou pelo sequenciamento do genoma. Fenótipo Relacionado à expressão das características do indivíduo, sendo resultado da interação entre a constituição gênica com o ambiente. Geralmente é possível de observar diretamente, ou através de exames complementares. Código genético Refere-se às regras que determinam a equivalência entre trincas de nucleotídeos (códons) no DNA ou no RNA e aminoácidos na proteína. Diz-se que é degenerado/redundante, pois códons diferentes codificam o mesmo aminoácido (ex. AUU, AUC e AUA codificam a Isoleucina), universal*, pois todos os organismos obedecem às mesmas regras de equivalência, e específico, pois um códon sempre codifica o mesmo aminoácido. * A universalidade não se refere ao DNA mitocondrial, que codifica proteínas diferentes do esperado pelos códons da tabela. 4 Genética 1 × Allana Garcia × Medicina UEPA Replicação do DNA A duplicação doDNA ocorre durante a fase S da divisão celular e produz duas duplas hélices completas a partir de uma molécula de DNA original. Diz-se que essa duplicação é semiconservativa, uma vez que a nova molécula de DNA possui uma fita antiga, proveniente da molécula mãe, e uma fita nova, recém sintetizada. Ocorre nas seguintes etapas: 1. Início nas Origens de Replicação, região do DNA que será aberta e possui um complexo de reconhecimento da origem (ou ORC, a sigla em inglês), nos quais se unem proteínas como a CDC6, que formam o complexo replicativo e permitem o início da replicação do DNA. Uma vez que a replicação ocorre, as proteínas ligadas ao ORC são fosforiladas e dissociadas do complexo, impedindo a rerreplicação a partir da mesma origem num mesmo ciclo celular; 2. As origens de replicação estão presentes em diversos pontos do DNA, então surgem as chamadas bolhas de replicação, cujo tamanho aumenta conforme a fita vai sendo duplicada; 3. A enzima topoisomerase ou DNA-girase faz com que o DNA perca a conformação helicoidal e torne- se plano. Ela também diminui a tensão entre as fitas, quebrando ligações muito “apertadas”. 4. A enzima helicase é responsável por separar a dupla hélice do DNA, quebrando as ligações de hidrogênio que unem as fitas e expondo as bases nitrogenadas à ação da DNA-polimerase, formando uma forquilha de replicação; 5. A DNA-polimerase é a enzima responsável por sintetizar a nova fita a partir da fita molde, utilizando uma primer (pequeno fragmento de RNA), sintetizado pela enzima primase, para dar início ao processo. 6. A DNA-polimerase sempre adiciona as novas bases da extremidade 5’ para a extremidade 3’. Uma das cadeias é feita de modo contínuo, a chamada cadeia líder, que cresce sem problemas pois obedece a regra de extremidade 5’ para extremidade 3’. 7. Entretanto, a forquilha de replicação também comporta uma cadeia que corre na direção contrária, indo da extremidade 3’ para a 5’, de modo que a DNA-polimerase não consegue sintetizar a nova fita continuamente. 8. Então, a DNA-polimerase adiciona novos fragmentos da fita nova de modo descontínuo, acabando um e voltando a um pedaço da fita molde anterior ao que foi formado, dando origem aos fragmentos de Okazaki, que se ligam entre si à medida que são formados. 9. Os primers de RNA utilizados nesse processo são removidos ao fim da duplicação por meio da ação da enzima exonuclease. Os espaços onde havia primers são preenchidos por DNA pela DNA- polimerase. 10. Por fim, a enzima DNA-ligase conecta a fita recém-sintetizada à fita molde, criando a nova cadeia de DNA. [animação em vídeo para melhor entendimento] https://www.youtube.com/watch?v=X6TfDHCd1zg&ab_channel=BioSapientia 5 Genética 1 × Allana Garcia × Medicina UEPA Transcrição É a primeira etapa da expressão gênica. É realizada por enzimas chamadas RNA polimerases, que funcionam de modo parecido com a DNA- polimerase e catalisam a formação de ligações fosfodiéster que unem os nucleotídeos e formam a cadeia de RNA. Possui três estágios: 1. Iniciação: a RNA polimerase inicia o processo de formação do RNA mensageiro quando se une (por meio de fatores de transcrição) a uma região de DNA chamada de promotor, encontrada próxima ao início de um gene. Cada gene tem seu próprio promotor. Quando o contato da RNA-polimerase com o promotor é efetivado, ela abre a dupla hélice (utilizando energia proveniente da redução do ATP em ADP), separando as fitas e expondo os nucleotídeos do DNA, provendo o molde de um só filamento necessário para fazer a síntese do RNA. 2. Alongamento: a RNA-polimerase constrói uma molécula de RNA a partir da “leitura” da fita molde, utilizando nucleotídeos complementares e formando uma cadeia que vai crescendo da extremidade 5’ para a extremidade 3’. O RNAm carrega a mesma informação que o codificador (fita molde de DNA). 3. Término: a síntese é finalizada quando a RNA- polimerase encontra no DNA uma região chamada terminador ou finalizador, que sinaliza que o transcrito está completo. Depois disso, o RNAm recém sintetizado e a fita molde são liberados. Nos eucariotos, esse processo forma o chamado transcrito primário. Esse RNAm precisa passar por um processamento extra, ainda no núcleo, antes de ir para o citoplasma e direcionar a tradução. › Capeamento: adição de um nucleotídeo atípico que dá origem à extremidade 5’; › Poliadenilação: adição de uma cauda poli A à outra ponta, fornecendo a extremidade 3’; › Splicing, no qual os íntrons são removidos e os exons remanescentes são unidos novamente. Os íntrons possuem uma sinalização de remoção por meio de enzimas chamadas “pequenas partículas de ribonucleoproteína nuclear” (snurps). Tradução A tradução envolve "decodificar" um RNA mensageiro (RNAm) e usar sua informação para produzir um polipeptídio ou cadeia de aminoácidos; essa decodificação ocorre no citoplasma e obedece às regras do código genético. Ocorre em etapas: 1. O RNA transportador capta aminoácidos do citoplasma; a enzima aminoacil-RNAt sintetase catalisa a ligação desse aminoácido ao braço aceptor do RNAt. Fatores de transcrição A RNA-polimerase não se liga diretamente ao promotor; na verdade, elas se ligam a pontos de apoio no DNA chamados de fatores de transcrição, que são proteínas acessórias que se associam aos promotores. Após essa associação, o gene se curva, e a RNA-polimerase é capaz de encontrar o ponto de início da transcrição. Muitos promotores possuem uma sequência não codificante chamada TATA box, rica em timina e adenina, na qual se ligam as Proteínas de Ligação TATA (TBP – TATA binding protein), componente do Fator de Transcrição II D (TFIID). Posteriormente, outros fatores se juntam ao complexo. Quando a transcrição inicia, os fatores são liberados. 6 Genética 1 × Allana Garcia × Medicina UEPA 2. Forma-se o complexo de iniciação, composto pela união do RNAm ao ribossomo e ao primeiro RNAt (transporta a metionina, o primeiro aminoácido da proteína). Para que essas peças se encontrem de maneira ordenada, existem proteínas auxiliares chamadas de fatores de iniciação. 3. O primeiro códon a ser traduzido é o AUG, que codifica a metionina, por isso, recebe o nome de códon de iniciação. 4. O RNA mensageiro é lido, três bases por vez. À medida que cada códon é lido, um RNA transportador proporciona o aminoácido correspondente, que é adicionado a uma crescente cadeia de aminoácidos formada no ribossomo. 5. O RNA ribossômico, presente nos ribossomos, auxilia no reconhecimento entre os códons do RNAm e os anticódons do RNAt. Depois que a tradução acaba, ocorre um processamento extra e o polipeptídeo é dobrado em uma estrutura 3D. Desse modo, nessa etapa, alguns aminoácidos podem ser alterados ou removidos da cadeia polipeptídica; além disso, proteínas auxiliares chamadas de chaperonas auxiliam o dobramento das proteínas. A tradução é o momento crucial para a formação de proteínas e para o metabolismo das células. A partir do bloqueio dessa tradução é possível matar uma célula, e isso é utilizado pelo mecanismo de antibióticos, por exemplo, que se associam ao ribossomo bacteriano e paralisam a tradução. O RNAm é recebido por um sítio específico e “desliza” entre as subunidades maior e menor do ribossomo; na subunidade maior, os sítios relacionam-se ao RNAt, de modo que o sítio A recebe o RNAt e liga-o ao RNAm, o sítio P faz a ligação peptídica entre os aminoácidos que vão compondo a cadeia polipeptídica da proteína em formação e o sítio E libera o RNAt. [animação em vídeo – transcrição e tradução – ativar legendas em português] https://youtu.be/oxBPO_xTFD4 https://youtu.be/oxBPO_xTFD4