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UNIVERSIDADE PAULISTA – UNIP Fernanda Oliveira Dias R.A: 2146324 RELATÓRIO DE BIOENGENHARIA E BIOTECNOLOGIA APLICADA A BIOMEDICINA Prof.º Roberta 2023 São Paulo – SP – Polo Tatuapé INTRODUÇÃO Bio significa vida, associada a palavra tecnologia tem como conceito melhorar e criar ferramentas biológicas. A biotecnologia abrange diversas áreas como: alimentícia, industrial, farmacêutica, cosmetológica etc. (BRUNO, A. N. et al. 2014) A biotecnologia é uma ciência futurística, sempre visando a evolução. Como exemplo temos as leveduras, que por meio delas, com o estudo, conhecimento e testes obtivemos queijos, bebidas fermentadas, antibióticos dentre outros. Esse tipo de conhecimento foi obtido por meio da biotecnologia antiga, a cerca de 10 mil anos atrás. Além das leveduras, temos um impacto genético com o marco da clonagem da ovelha Dolly, a descoberta da dupla fita do DNA, genômica, enfim, um grande marco da biotecnologia clássica. Esse conhecimento teve como estopim a segunda guerra mundial, que proporcionou descobertas como a penicilina, acetona etc. (BRUNO, A. N. et al. 2014) Chamamos de biotecnologia, todo produto produzido com organismos vivos para melhoria ou fabricação de alimentos, vacinas, clonagem etc. Nesse roteiro vamos abordar a tecnologia que envolve a extração de DNA, a fabricação de primers, proteases, leveduras e fungos. (BORZANI, W., SCHMIDELL, W., LIMA, U.A., AQUARONE, E. 2001) A extração de DNA permite que possamos identificar doenças genéticas, vírus e bactérias, criar organismos modificados no intuito de produzir insulina, antibióticos como a penicilina e hormônios. (VITOLO, M. 2014) Já com o PCR ou reação em cadeia da polimerase, consegue ampliar ou copiar uma região do DNA específica através de primers. Método que hoje faz-se extremamente necessário principalmente na fase da pandemia para determinar quem estava ou não contaminado com o SARS-CoV-2. (BORZANI, W., SCHMIDELL, W., LIMA, U.A., AQUARONE, E. 2001) Esses e outros assuntos como enzimas e suas funções na indústria serão abordados durante o roteiro, e nele iremos abordar experimentos e aplicabilidade da biotecnologia. AULA 01 – ROTEIRO 01 – EXTRAÇÃO DE DNA Objetivo: Extração de DNA de cebola utilizando produtos de uso doméstico (detergente para lavar louça, sal de cozinha e álcool). A extração de ácidos nucleicos (DNA e/ou RNA) geralmente é a primeira de várias etapas para o estudo da biologia molecular de qualquer organismo. Nesta aula, serão utilizados produtos de uso doméstico para a extração de DNA da cebola (Allium cepa), para demonstrar que procedimentos para extração de ácidos nucleicos são simples e podem ser executados mesmo em laboratórios sem infraestrutura específica para esse fim. PROCEDIMENTOS: 1. Rale a cebola e coloque o material ralado em um dos frascos (retirar as sépalas). 2. Adicione 100 mL de uma solução feita com 80 mL de água quente, 20 mL de detergente e uma colher de sopa de sal (NaCl) – solução de lise. Misture bem a solução com a cebola ralada. Aguardar aproximadamente 5-10 min. 3. Coloque o frasco com a cebola ralada em um banho de gelo (recipiente com um pouco de água e gelo). À medida que a suspensão onde está a cebola ralada esfriar, deverá ser possível observar que o líquido parece estar “talhando” (formando grumos). 4. Quando a suspensão com a cebola ralada estiver fria, filtre-a com gaze e colete o líquido filtrado em um frasco limpo. 5. Incline o frasco de vidro com o líquido filtrado (ângulo de 30º a 40º) e derrame vagarosamente, pela parede lateral, o álcool gelado. Você verá que o álcool não se mistura prontamente com a solução filtrada, havendo a formação de duas fases (na superior fica o álcool). Entre as duas fases, é possível observar a formação de um precipitado com aspecto de “fiapos” esbranquiçados, que são os ácidos nucleicos. 6. Com a ajuda do bastão ou da pipeta de vidro, é possível enrolar os ácidos nucleicos que estão precipitando, ou seja, você pode “pescar” o DNA da cebola. 7. Uma vez enrolados no bastão, os ácidos nucleicos devem secar por alguns minutos ao ar para a evaporação do etanol; depois, o material deve ser transferido da extremidade do bastão para um tubo com 0,5 mL de água destilada. Assim, a amostra será reidratada rapidamente e o DNA em solução poderá posteriormente ser analisado por eletroforese em gel de agarose (caso tenha os aparelhos para tal). MATERIAIS E MÉTODOS Cebola, cubeta, água quente, detergente e NaCl (solução de lise) , gelo, etanol gelado, bastão de vidro, tubo, água destilada e aparelho de eletroforese e gel de agarose. Imagem do meu arquivo pessoal CONCLUSÃO Ao passar no aparelho de eletroforese o resultado foi inconclusivo, não houve material genético suficiente. Imagem do meu arquivo pessoal AULA 01 – ROTEIRO 02 – DESENHO DE OLIGONUCLEOTÍDEOS (primers) Objetivo: Introduzir os bancos de dados de anotação genômica e apresentar as ferramentas de bioinformática, como o primer blast. Fundamento: os oligonucleotídeos iniciadores (primers) são necessários para a síntese de DNA in vitro. O desenho de iniciadores adequados é importante para o bom rendimento da reação de PCR. O iniciador direto (forward) amplifica fragmentos na mesma direção da transcrição, enquanto o iniciador Reverso (reverse) amplifica fragmentos na direção inversa à transcrição. Atualmente, estão disponíveis diversos softwares para o desenho de primers. Contudo, certas recomendações devem ser seguidas e a análise visual detalhada é primordial para a escolha do par correto. Os primers são muito importantes nas reações de PCR, em tempo real, para o diagnóstico da COVID-19. Para a realização dessa reação são desenhados primers específicos para as 3 regiões do RNA viral, o gene que codifica para o nucleocapsídeo (N), o que codifica para RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) e o envelope (E). A avaliação desses genes por PCR, em tempo real, permite avaliar se o paciente está ou não contaminado pelo vírus. A seguir, são listadas algumas regras essenciais para o desenho de primers: 1. Presença de uma extremidade OH livre no carbono 3’; 2. Conteúdo GC bem distribuído em todo o primer (35% a 60%); 3. Complementaridade com a fita molde (é tolerável algum mau pareamento ou mismatch, exceto na extremidade 3’); 4. Temperatura de pareamento (52 a 58 ºC, e não passar de 5 ºC de diferença, entre o direto e o reverso); 5. Tamanho do primer (18 a 24 nt); 6. Distância máxima e mínima entre os primers (20 pb a 20 Kb; média: 100 pb e 5 Kb); 7. Concentração iônica ideal da solução (50 mM de MgCl2); 8. Evitar self-annealing (autopareamento) e dimers (dímeros). MATERIAL: Esta aula deverá ser desenvolvida no laboratório de informática. Os alunos irão precisar de acesso à internet. Tarefas a serem realizadas no computador: 1. Entrar no site: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/; 2. Escolher a base de dados “genome” e digitar “sars cov 2” na busca; 3. Discutir com os alunos as informações apresentadas; 4. Clicar no link que aparece em “RefSeq”; 5. Após, clicar em FASTA (sequência completa do DNA) e Grafics (Organização genômi- ca com a posição dos genes). Aproveitar para introduzir o conceito de ORF e discutir com os alunos alguns genes apresentados; 6. Copiar a referência do genoma no NCBI NC_045512.2; 7. Entrar no site: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/; 8. Colar a referência copiada no primeiro quadro branco que aparece [Enter accession, gi, or FASTA sequence (A refseq record is preferred)]; 9. Clicar em “Get primers”, no final da página; 10. Aguardar a sugestão de primers pelo programa e discutir com os alunos os parâmetros apresentados (tamanho, temperatura de melting, conteúdo GC, autocomple- mentariedade); 11. Cheque os seus resultados e eleja a melhor opção, justificando-a;12. Desenhe os novos primers, alterando os parâmetros. EXERCÍCIOS: 1. A qual organismo pertence a sequência trabalhada? A que tipo de produto ela corresponde? SARS-CoV-2 2. Qual seria melhor: um primer com o tamanho igual a 15 ou igual a 23 b (considere as condições ideais iguais para os demais parâmetros)? Justifique. 23 b pois quanto mais bases menor o índice de especificidade 3. Por que é importante considerar a temperatura de pareamento na hora de confeccionar o primer? A temperatura de pareamento ou TM se for muito alta não irá anelar, e se for muito baixa terá muitos anelamentos (inespecíficos) 4. Quais parâmetros devem ser analisados na síntese de primers para o PCR? TM, tamanho do primer (18 a 23 b), quantidade de guanina e citosina e o dímero do primer. CONCLUSÃO Com está ferramenta é possível identificar o organismo, desenhar primers, e identificar dados importantes sobre o tipo de gene que iremos analisar, treinar este tipo de ferramenta será essencial para trabalhar com biologia molecular. Durante o roteiro acessamos o computador da faculdade aonde aprendemos o básico sobre desenhar primes e fazer pesquisa sobre doenças. Imagem do meu arquivo pessoal Quando desenhamos o primer selecionamos a melhor opção, no caso acima a melhor opção seria o primer 01 que possui o TM mais próximo. É importante levar em consideração as especificações do material para selecionar um primer adequado, além disso, existem parâmetros a serem seguidos ao desenhar um primer. AULA 02 – ROTEIRO 01 – OBSERVAÇÃO DE LEVEDURAS Objetivo:As leveduras ou fermentos são microrganismos de grande importância econômica. Como agentes biológicos da fermentação alcoólica, as leveduras participam tanto na produção de biocombustíveis (etanol de cana-de-açúcar) como na indústria de alimentos (pães, bolos, bebidas alcoólicas). PROCEDIMENTOS: A. Observação macroscópica Observar e comparar a textura, a cor e o cheiro do fermento seco e do fermento fresco. Cor Cheiro Textura Umidade FRESCO + ++++ Pastoso ++++ SECO +++ + Granulado - B. Observação microscópica Observar, no microscópio, um pouco de levedura fresca em uma gota de água. C. Observação de colônias 1. Abrir um pacote de fermento e, com uma espátula bem limpa, transferir uma pitada de fermento para um tubo de ensaio com 5 mL de água esterilizada. 2. Molhar um cotonete na suspensão de leveduras. 3. Em condições assépticas, abrir a placa e deslizar o cotonete sobre a superfície do meio nutriente. 4. Fechar a placa. 5. Incubar a temperatura ambiente de 48 a 72 horas. 6. Observar as colônias. 7. Desenhar ou fotografar as colônias. 8. Pode-se fazer coloração de Gram ou tinta nanquim. 9. Discutir sobre o uso de leveduras em biotecnologia com artigos. 10. Recomenda-se a leitura do artigo disponível em: http://www.biotecnologia.com.br/Revista/bio12/proteinas.pdf. Usamos uma placa Petri com colônia do fungo sabourad, com ajuda de um swab umedecido em água para injeção, raspamos um pouco do fungo e passamos para uma placa Petri nova com espalhamento em zigzag e colocamos em estufa. Como não obtivemos o resultado imediato da colônia por necessitar 48/72h para crescer, observamos o material já disponível no laboratório feito por outras turmas. http://www.biotecnologia.com.br/Revista/bio12/proteinas.pdf Imagem do meu arquivo pessoal MATERIAIS • Levedura seca • Levedura fresca • Azul de metileno • Azul de astra • Lâminas e lamínulas, álcool, água destilada e microscópio. Lâmina de fermento fresco com azul astra: Imagem do meu arquivo pessoal Lâmina de fermento seco com azul de metileno: Imagem do meu arquivo pessoal CONCLUSÃO Durante a aula foi nos dado o embasamento teórico sobre a importância da levedura para a biotecnologia a nível industrial. Na aula iniciamos fazendo a fixação das lâminas, meu grupo usou o corante Astra e azul de metileno por 2min nas leveduras, lavamos com água destilada, fixamos a lamínula com álcool 70%. Por fim, visualizamos no microscópio as leveduras, ambas em formato arredondado, porém, a seca aparentava ser um pouco menor, provavelmente pelo seu ressecamento. Em relação ao cultivo de fungos e bactérias, estes se fazem úteis em antibiograma, além de ser um meio qualitativo para leveduras, fungos e outros microrganismos. AULA 02 – ROTEIRO 02 – AS PROTEASES NOS PRODUTOS COMERCIAIS Objetivo: Identificar a presença de proteases nos produtos comerciais para a lavagem de roupas. As enzimas nas máquinas de lavar roupas. Nos produtos comerciais para a lavagem de roupas, as enzimas se encontram em proporção de 1% a 2%, às vezes ainda menor. No entanto, essa quantidade é considerada suficiente porque, sendo catalisadores, as enzimas se recuperam intactas ao finalizar a reação química que promovem. Seu papel é aproximar as moléculas, diminuindo a energia necessária para formar ou romper uma ligação química. Além de eficientes, as enzimas são específicas. Como um sistema de chave e fechadura, cada uma exerce sua ação sobre um substrato específico: as proteases atuam sobre as proteínas; as amilases, sobre o amido; as lipases, sobre gorduras e azeites; e as celulases, sobre a celulose. As enzimas são proteínas e, por conseguinte, biodegradáveis. As enzimas incluídas nos produtos para lavagem de roupas eliminam a necessidade de esfregar, um trabalho pesado e que desgasta as roupas. Contudo, é necessário deixar as peças de molho durante um tempo para facilitar a ação das enzimas. Estas hidrolisam as substâncias orgânicas específicas, fragmentando-as e facilitando sua remoção. Na lavagem de roupas, as enzimas utilizadas respondem a condições determinadas de temperatura (200 a 500º C) e pH (alcalino, entre 9 e 11). Evita-se, assim, o aquecimento da água para lavar a roupa, assegurando-se também a coexistência da enzima com o surfactante. A remoção de manchas As manchas podem ser constituídas por proteínas, amido e outros carboidratos, ácidos graxos e lipídios, sais inorgânicos, argila e pigmentos. As principais enzimas das máquinas de lavar roupas são as proteases e as amilases. Em geral, estas hidrolisam seus respectivos substratos quando os encontram na roupa, mas também eliminam as manchas por digestão das proteínas que as grudam ao tecido. Durante a lavagem, as lipases não eliminam mais do que a quarta parte das manchas específicas; porém, elas apresentam um efeito de tipo residual particularmente interessante. Adsorvidas pelos lipídios, as lipases não são eliminadas totalmente no enxágue. Além de continuar agindo durante a secagem, facilitam a remoção da mancha na lavagem seguinte. Também são incluídas celulases para remover as fibrilas que formam bolinhas desagradáveis no tecido, com o objetivo de melhorar o aspecto das roupas, suavizando-as ao tato e realçando suas cores. ATIVIDADE PRÁTICA Os produtos para lavagem de roupas comprados em armazéns e supermercados têm sua composição detalhada na embalagem. Nem todos levam enzimas. As proteases são enzimas que fragmentam as proteínas que pigmentam algumas manchas, facilitando sua remoção. Como identificar a presença de proteases em um produto? PROCEDIMENTOS: 1. Rotular os copos (controle, produto 1, produto 2, produto 3 e produto 4). 2. Preparar a gelatina conforme as instruções da embalagem. 3. Distribuir quantidades iguais nos 5 copos e completar os passos 4, 5 e 6. 4. Colocar 1 colher de água em um dos copos (controle) e misturar bem. 5. Colocar 1 colher do primeiro produto no copo correspondente e misturar bem. 6. Repetir o item anterior com os produtos restantes. 7. Depois de duas horas, colocar na geladeira, até que a gelatina do copo controle solidifique. 8. Observar se a gelatina solidificou ou não nos copos restantes. 9. Interpretar os resultados. O procedimento não apresenta maiores dificuldades.Se a gelatina não solidificar, o produto contém proteases. Contudo, se a gelatina solidificar, o resultado pode ser considerado ambíguo: o produto não tem proteases ou simplesmente não conseguimos detectá-las (devido ao tempo insuficiente de incubação, por exemplo). Como as proteases são as enzimas mais frequentes nos produtos para lavar roupas, é provável que algum deles forneça um resultado positivo. Um bom indício relativo à presença de proteases é o conselho, na embalagem, de evitar o uso do produto para lavar lã e seda. Dependendo do contexto, pode-se realizar essa atividade como um teste cego, identificando os produtos só quando finalizar a atividade. MATERIAIS 1. Sabão Ipê 2. Sabão Ases 3. Sabão Brilhante • Gelatina sem sabor incolor • Banho Maria • Geladeira Separamos quatro frascos dos quais foram numerados de 1 a 3 e o quarto foi nomeado controle. Nosso controle foi classificado como (-) sendo esperado que seu estado permaneça solido. Já os sabões por “conterem” enzimas espera-se que após um tempo fiquem em estado líquido ou minimamente semi solido. CONCLUSÃO Após os testes os sabões ases e brilhante não tiveram a reação esperada, já o sabão Ipê ao final da aula obteve a reação esperada, que seria a ação das enzimas sobre a proteína da gelatina. Porém a professora, trouxe algumas marcas e experiências com outras marcas. Possivelmente, os sabões ases e brilhante não contém proteases. Seria necessário mais testes para uma avaliação assertiva. Houve reação (+) Não houve reação (-) Ipê Brilhante Ases AULA 02 – ROTEIRO 03 – BIOPLASTICOS/PLÁSTICOS DE AMIDO Objetivo: Preparar um bioplástico a partir de amido e óleo vegetal. A transformação de um polímero de origem biológica em bioplástico ocorre quando se altera sua estrutura com alguma substância dispersante. Nesta atividade, o óleo vegetal cumpre a função de agente dispersante do amido (polissacarídeo). PROCEDIMENTOS: 1. Misturar em um saco plástico 2 colheres de sopa de amido, 2 colheres de sopa de água e umas gotas de corante para alimentos. 2. Acrescentar 4 ou 5 gotas de óleo vegetal no saco plástico e misturar muito bem o conteúdo. 3. Fechar o saco, deixando uma abertura na ponta. 4. Esquentar no micro-ondas por 30 ou 40 segundos. 5. Aguardar até a temperatura abaixar e distribuir em formas. 6. Deixar secar a temperatura ambiente. 7. Analisar algumas das características do bioplástico obtido (dureza, flexibilidade, degradabilidade, por exemplo). Controle: repetir o procedimento, substituindo, no item 2, o óleo vegetal por água Trata-se de uma atividade muito simples que sempre tem sucesso. Na hora de retirar o saco plástico do forno micro-ondas, devem-se extremar os cuidados para evitar queimaduras. À medida que o plástico vai secando, perde a flexibilidade e, depois de um ou dois dias, fica rígido. Comparar os bioplásticos obtidos com diferentes fontes: maisena, farinha de trigo, fécula de batata, fécula de mandioca etc. Comparar os bioplásticos obtidos com diferentes dispersantes: óleo de soja, óleo de girassol, óleo de milho etc. Modificar as proporções de maisena e óleo. MATERIAIS Amido de milho, óleo vegetal, corante e água. Usamos um saco plástico e nos separamos em quatro grupos: grupo Ian, grupo Cida, grupo Vanessa e grupo Priscila. Separamos sacos: saco A (contendo óleo vegetal, amido, água e corante), saco B (contendo amido, água e corante) e a professora fez um saco C (contendo amido, água, corante e muito óleo vegetal) Cada grupo colocou duas espátulas de amido em cada saco, variando quantidade de corante, água variando de 25mL a 30mL e aproximadamente 5 gotas de óleo para os sacos A. Após homogeneizar os conteúdos de ambos os sacos todos foram ao micro-ondas por 40 segundos. Então analisamos os seguintes parâmetros: flexibilidade, dureza e degradabilidade. Flexibilidade Dureza Degradabilidade Grupo Ian B>A B>A B>A Grupo Cida A>B B>A B>A Grupo Vanessa B>A B>A B>A Grupo Priscila A>B A>B A>B CONCLUSÃO Apesar da variação nos resultados, a grande maioria teve a mesma impressão de que sem o óleo o bioplástico é mais flexível e mais degradável. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS BRUNO, A. N. et al. Biotecnologia I: princípios e métodos. Porto Alegre: Artmed, 2014. (Tekne). BORZANI, W., SCHMIDELL, W., LIMA, U.A., AQUARONE, E. Biotecnologia Industrial –Fundamentos (Vol 1). São Paulo: Edgard Blucher Ltda, 2001. VITOLO, M. Biotecnologia farmacêutica: Aspectos sobre aplicação industrial, Editora Edgard Blucher Ltda, 2014.
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