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AULA_10_TÉCNICAS BIO MOL ACH4157 – Genética Molecular BIOLOGIA MOLECULAR • A partir do final dos anos 60 e começo dos anos 70, estudos na área de Biologia Molecular se intensificam cada vez mais, e o resultado disso foi o conhecimento de processos celulares revelando insumos e meios que proporcionaram a criação de metodologias e sua utilização em laboratórios de pesquisa e com o tempo, também utilizados como recursos tecnológicos. APLICAÇÕES SÍNTESE DNA SÍNTESE DNA • INSUMOS PARA UMA REAÇÃO DE POLIMERIZAÇÃO DE DNA IN VITRO: • DNA MOLDE • DNA POLIMERASE • PRIMERS (INICIADORES) • NUCLEOTÍDEOS SÍNTESE DNA • POSSIBILIDADE DE OBTER UMA SEQUÊNCIA DE DNA DE INTERESSE: GCTGTGATGTCGACTGTCTTTTTCCCTTCATTAGTATCGTACGTTAGTACTCGTCTCTCGAAATAGCTTTTCAGTATCCTACAGAGGT AATCGGGGACTCTCATGACATGTAGCGCCTTGGCTATCTCTATCCAGCTTGCGCTATTAAAGGCATTTCTAACGTCTATCGTCGTTAT AGCACAGAAGCGGTTACCCCGTATTTTTTGCTTCCGCGCCTTGTCGGTGGTCTCTATGACTTTTTTAATGGCCTCAATCGCCGATCTC CCTTTTCGAAATCCGAATTGTTCGTTCGACAGTCCGTGCTCGCCCTCCGTGTGTTTTCTTAGTCTATTCAGGATCGCGGTTTCCAGCA TTTTTCCCAACCCATCCAACAAGCATATAGGTCTATATGATGATGGCTTGTCTGGCGGTTTCCCTGGTTTTGGTATTAAGACCAACTT CTGTTTCTTCCATATTTGAGGAAAATATCCGTCGTCGAGGCACTTCTGCATTGTCAATCTGAGCATGTTAGGCTTTGCGCATGCTGCT GTCTTCAGAGCTATATTGGGGATTCCATCTGGTCCTGGCGCTTTGTTATTTTTTGGCTTTTGTGCAGCCATCTGGATCTCTTCTACAG TGATCGACCGTTCAAGTCTGACCTCTCTATTCTAACATTCTCGTTTCTGGCCCTTTGCATCCTCCTTCTTGTCTTAAAACAAATTGTT CGCAGAAGTCTTATTTCGTCGTTCCACCAAAATGCCGGTTTTCGCCCATTCCTCGGTTCCATCCTACTTGGCATCGCCGCGTCACATG CATTCACCATTTCTTTCGTCAATTCTTCTGCAGATTTCTCTTCGTGATCGTCTTTTGATTGGAGATATTCCTTAAAAACTTCTTGATC GAAATTTCCGGTTCTCCATCTTCGCTCTCTTCTATGAGTCATTTGTCTTGTTGCCTCTGTACACTTTTTCACGGTGTATCTCAATGCC TGGTGATCGCTGTGTGTGTAACTTTCGTCGACTCTCCAGTTCAGACTTGGAACTAGTACTGGACTGCAGAATGTCACGTCAATAATCG ACTCTCGCCCATTCTTGCGGAATGTAGTTGCATTTCCCACGTTTGCCAGAACCAAATTTAATCTAGCTAGCGCTTCTTGCAGACTGAA GCCTCTATCATTTGTGAATCTACTACCCCACTCAACTGCCCATGCGTTAAAATCACCTCCAATATGAACTGGGTTGAGTCCCGTCAGT TCTCCTGTGAGTAAATCTAACATTCGTTCAAACTGCAGAATCGTCCATCTTGGTGGTGCATAGCAGCTGGCAATATACTACATGGGGT GAAAAGTCCGCGGCCTTGCAATGAAAGAACTAACTTTTATATATGAAATTAATTTTATTCTTCAACGTAGTCTCCCTGAAGGGAAATG CACTTAGTCCAACGGTCCTGCAACATTTGGATACCTTTGGTATAATAGGATTTCTCCAACCCTGCAAAATAGGCCTCTGTTTCGGATA TCACCTCATCATTAGAGTAAAATCTTTTTCCCTGTAGCCATCTTTTTAAGTTTGGGAACAAATAGTAGTCGCTGGGGGCCAGATCTGG AGAGTAGGGTGGGTGGTGGAGTAATTCATAGCCCAAAGAGTCCAGTTTCACAGTTGCTTTTATGGATGAATGCGCTGGTGCATTGTCA TGATGAAACAGGACCTTTTTCTTCTGCATATGCGGTCGTTTTCTCTTGATCTCGTTGTCGAGCTGTTCCAATAATGTGACATAGTACT CGCCAGTTATTGTTTTTCCTTTCTTCAAATAGTCGATAAATATTATGCCATGCGCATCCCAAAAAATCGTGGCCATAACCTTGCCTGC AGAACGCTGTGCCTTTGGGCGCTTCGGTCGGCTTTGACCAAATTCTAACCACTCTGCAGACTGTCTATTGGACTCTGGTGTATAGTAA TGAATCCACGTTTCATCAATCGTGACAAATCTACGCAAAAACTCCGGTGGATTACGCTCGAACAAAGCTAAATTACGCTCTGAATCGT CAAGACGGTGCTGCTTTTGATCAATTGTTAGAAAACGCGGCACCCATCGCGCAGAAAGCTTTTTCATGTCCAAATACTCATGTAAAAT GTGTCGCACCCGTTCTGTTGATATTTTGAGGATGTCAGCTATTTCACTAACTTTAACTTTCCGATCAGCCACAACAATACGATGGATT SÍNTESE DNA • POSSIBILIDADE DE OBTER UMA SEQUÊNCIA DE DNA DE INTERESSE: GCTGTGATGTCGACTGTCTTTTTCCCTTCATTAGTATCGTACGTTAGTACTCGTCTCTCGAAATAGCTTTTCAGTATCCTACAGAGGT AATCGGGGACTCTCATGACATGTAGCGCCTTGGCTATCTCTATCCAGCTTGCGCTATTAAAGGCATTTCTAACGTCTATCGTCGTTAT AGCACAGAAGCGGTTACCCCGTATTTTTTGCTTCCGCGCCTTGTCGGTGGTCTCTATGACTTTTTTAATGGCCTCAATCGCCGATCTC CCTTTTCGAAATCCGAATTGTTCGTTCGACAGTCCGTGCTCGCCCTCCGTGTGTTTTCTTAGTCTATTCAGGATCGCGGTTTCCAGCA TTTTTCCCAACCCATCCAACAAGCATATAGGTCTATATGATGATGGCTTGTCTGGCGGTTTCCCTGGTTTTGGTATTAAGACCAACTT CTGTTTCTTCCATATTTGAGGAAAATATCCGTCGTCGAGGCACTTCTGCATTGTCAATCTGAGCATGTTAGGCTTTGCGCATGCTGCT GTCTTCAGAGCTATATTGGGGATTCCATCTGGTCCTGGCGCTTTGTTATTTTTTGGCTTTTGTGCAGCCATCTGGATCTCTTCTACAG TGATCGACCGTTCAAGTCTGACCTCTCTATTCTAACATTCTCGTTTCTGGCCCTTTGCATCCTCCTTCTTGTCTTAAAACAAATTGTT CGCAGAAGTCTTATTTCGTCGTTCCACCAAAATGCCGGTTTTCGCCCATTCCTCGGTTCCATCCTACTTGGCATCGCCGCGTCACATG CATTCACCATTTCTTTCGTCAATTCTTCTGCAGATTTCTCTTCGTGATCGTCTTTTGATTGGAGATATTCCTTAAAAACTTCTTGATC GAAATTTCCGGTTCTCCATCTTCGCTCTCTTCTATGAGTCATTTGTCTTGTTGCCTCTGTACACTTTTTCACGGTGTATCTCAATGCC TGGTGATCGCTGTGTGTGTAACTTTCGTCGACTCTCCAGTTCAGACTTGGAACTAGTACTGGACTGCAGAATGTCACGTCAATAATCG ACTCTCGCCCATTCTTGCGGAATGTAGTTGCATTTCCCACGTTTGCCAGAACCAAATTTAATCTAGCTAGCGCTTCTTGCAGACTGAA GCCTCTATCATTTGTGAATCTACTACCCCACTCAACTGCCCATGCGTTAAAATCACCTCCAATATGAACTGGGTTGAGTCCCGTCAGT TCTCCTGTGAGTAAATCTAACATTCGTTCAAACTGCAGAATCGTCCATCTTGGTGGTGCATAGCAGCTGGCAATATACTACATGGGGT GAAAAGTCCGCGGCCTTGCAATGAAAGAACTAACTTTTATATATGAAATTAATTTTATTCTTCAACGTAGTCTCCCTGAAGGGAAATG CACTTAGTCCAACGGTCCTGCAACATTTGGATACCTTTGGTATAATAGGATTTCTCCAACCCTGCAAAATAGGCCTCTGTTTCGGATA TCACCTCATCATTAGAGTAAAATCTTTTTCCCTGTAGCCATCTTTTTAAGTTTGGGAACAAATAGTAGTCGCTGGGGGCCAGATCTGG AGAGTAGGGTGGGTGGTGGAGTAATTCATAGCCCAAAGAGTCCAGTTTCACAGTTGCTTTTATGGATGAATGCGCTGGTGCATTGTCA TGATGAAACAGGACCTTTTTCTTCTGCATATGCGGTCGTTTTCTCTTGATCTCGTTGTCGAGCTGTTCCAATAATGTGACATAGTACT CGCCAGTTATTGTTTTTCCTTTCTTCAAATAGTCGATAAATATTATGCCATGCGCATCCCAAAAAATCGTGGCCATAACCTTGCCTGC AGAACGCTGTGCCTTTGGGCGCTTCGGTCGGCTTTGACCAAATTCTAACCACTCTGCAGACTGTCTATTGGACTCTGGTGTATAGTAA TGAATCCACGTTTCATCAATCGTGACAAATCTACGCAAAAACTCCGGTGGATTACGCTCGAACAAAGCTAAATTACGCTCTGAATCGT CAAGACGGTGCTGCTTTTGATCAATTGTTAGAAAACGCGGCACCCATCGCGCAGAAAGCTTTTTCATGTCCAAATACTCATGTAAAAT GTGTCGCACCCGTTCTGTTGATATTTTGAGGATGTCAGCTATTTCACTAACTTTAACTTTCCGATCAGCCACAACAATACGATGGATT PCR AMPLIFICAÇÃO DNA- PCR • CICLOS SUCESSIVOS AMPLFICAM O DNA! AMPLIFICAÇÃO DNA- PCR • A AMPLIFICAÇÃO É EXPONENCIAL: AMPLIFICAÇÃO DNA- PCR • EM CADA CICLO, TRÊ EVENTOS SUCESSIVOS SÃO NECESSÁRIOS: AMPLIFICAÇÃO DNA- PCR • EM CADA CICLO, TRÊ EVENTOS SUCESSIVOS SÃO NECESSÁRIOS: • DESNATURAÇÃO DO DNA: ROMPER AS PONTES DE HIDROGÊNIO COM ALTA TEMPERATURA (95oC); • ANELAMENTO: PERMITIR A INTERAÇÃO DOS PRIMERS COM AS REGIÕES COMPLEMENTARES- ABAIXANDO A TEMPERATURA DA REAÇÃO; • EXTENSÃO DA CADEIA: ATUAÇÃO DA DNA POLIMERASE INCORPORANDO NUCLEOTÍDEOS A PARTIR DOS PRIMERS (68oC). • PARA SER UM PROCESSO COM SIGNIFICADO, A SEQUÊNCIA DE DNA PRECISA SER OBTIDA EM GRANDE QUANTIDADE (NÚMERO DE MOLÉCULAS); • ISSO É POSSÍVEL REPETINDO (AMPLIFICANDO) A SEQUÊNCIA DE DNA DESEJADA REITERADAS VEZES. AMPLIFICAÇÃO DNA- PCR RT-PCR AMPLIFICAÇÃO DNA- PCR AMPLIFICAÇÃO DNA- PCR • DNA POLIMERASE DA Thermus aquaticus SÍNTESE DNA • POSSIBILIDADE DE CONHECER A SEQUÊNCIA DE UMA MOLÉCULA DE DNA GCTGTGATGTCGACTGTCTTTTTCCCTTCATTAGTATCGTACGTTAGTACTCGT CTCTCGAAATAGCTTTTCAGTATCCTACAGAGGTAATCGGGGACTCTCATGACA TGTAGCGCCTTGGCTATCTCTATCCAGCTTGCGCTATTAAAGGCATTTCTAACG TCTATCGTCGTTATAGCACAGAAGCGGTTACCCCGTATTTTTTGCTTCCGCGCC TTGTCGGTGGTCTCTATGACTTTTTTAATGGCCTCAATCGCCGATCTCCCTTTT CGAAATCCGAATTGTTCGTTCGACAGTCCGTGCTCGCCCTCCGTGTGTTTTCTT AGTCTATTCAGGATCGCGGTTTCCAGCATTTTTCCCAACCCATCCAACAAGCAT ATAGGTCTATATGATGATGGCTTGTCTGGCGGTTTCCCTGGTTTTGGTATTAAG ACCAACTTCTGTTTCTTCCATATTTGAGGAAAATATCCGTCGTCGAGGCACTTC TGCATTGTCAATCTGAGCATGTTAGGCTTTGCGCATGCTGCTGTCTTCAGAGCT ATATTGGGGATTCCATCTGGTCCTGGCGCTTTGTTATTTTTTGGCTTTTGTGCA GCCATCTGGATCTCTTCTACAGTGATCGACCGTTCAAGTCTGACCTCTCTATTC TAACATTCTCGTTTCTGGCCCTTTGCATCCTCCTTCTTGTCTTAAAACAAATTG TTCGCAGAAGTCTTATTTCGTCGTTCCACCAAAATGCCGGTTTTCGCCCATTCC TCGGTTCCATCCTACTTGGCATCGCCGCGTCACATGCATTCACCATTTCTTTCG TCAATTCTTCTGCAGATTTCTCTTCGTGATCGTCTTTTGATTGGAGATATTCCT TAAAAACTTCTTGATCGAAATTTCCGGTTCTCCATCTTCGCTCTCTTCTATGAG TCATTTGTCTTGTTGCCTCTGTACACTTTTTCACGGTGTATCTCAATGCCTGGT GATCGCTGTGTGTGTAACTTTCGTCGACTCTCCAGTTCAGACTTGGAACTAGTA CTGGACTGCAGAATGTCACGTCAATAATCGACTCTCGCCCATTCTTGCGGAATG TAGTTGCATTTCCCACGTTTGCCAGAACCAAATTTAATCTAGCTAGCGCTTCTT GCAGACTGAAGCCTCTATCATTTGTGAATCTACTACCCCACTCAACTGCCCATG CGTTAAAATCACCTCCAATATGAACTGGGTTGAGTCCCGTCAGTTCTCCTGTGA GTAAATCTAACATTCGTTCAAACTGCAGAATCGTCCATCTTGGTGGTGCATAGC AGCTGGCAATATACTACATGGGGTGAAAAG ? SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS • INCORPORAÇÃO DE NUCLEOTÍDEOS TERMINADORES DA POLIMERIZAÇÃO (DIDEOXINUCLEOTÍDEOS) SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS • INCORPORAÇÃO DE NUCLEOTÍDEOS TERMINADORES DA POLIMERIZAÇÃO (DIDEOXINUCLEOTÍDEOS) SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS • 4 REAÇÕES DIFERENTES APLICADAS EM UM GEL PARA SEPARAÇÃO DOS FRAGMENTOS SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS • UTILIZAÇÃO DE FLUORÓFOROS SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS • GELEM CAPILAR Bacteriófagos são vírus especializados em infectar bactérias. Introduzem seu DNA na bactéria que passa a controlar a maquinaria da célula. Com isso a bactéria replica o DNA do vírus e sintetiza proteínas para os componentes do capsídeo viral. Os vírus são montados e liberados com o rompimento da célula. ENZIMAS DE RESTRIÇÃO Um mecanismo de defesa das bactérias para se precaverem da infecção é a utilização de enzimas de restrição que quebram o DNA viral As bactérias modificam sítios reconhecidos pela enzima de restrição presente no seu próprio DNA e dessa forma se protegem da clivagem ENZIMAS DE RESTRIÇÃO ENZIMAS DE RESTRIÇÃO • As enzimas de restrição reconhecem e cortam sequências específicas de DNA. ENZIMAS DE RESTRIÇÃO • Cada bactéria com sua enzima de restrição reconhecendo diferentes sequências de DNA. ENZIMAS DE RESTRIÇÃO • Utilização das enzimas de restrição: cortar pedaços de DNA diferentes para poder juntá-los. DNA RECOMBINANTE DNAs DE ESPÉCIES DIFERENTES PODEM SER COMBINADOS Após o pareamento de bases complementares e a formação de pontes de hidrogênio, as cadeias são ligadas de forma covalente pela atuação da DNA ligase. PLASMÍDEO São moléculas de DNA encontradas nas bactérias além do DNA cromossômico. São pequenas moléculas circulares encontradas em dezenas de unidades e capazes de se replicar de forma independente do cromossomo. Os plasmídeos carregam consigo alguns genes, dentre eles, genes que conferem resistência aos antibióticos. Acredita-se que os plasmídeos confiram vantagem adaptativa num ambiente competitivo PLASMÍDEO As bactérias podem adquirir plasmídeos diretamente do meio, processo denominado transformação. Essa é uma forma de transmissão horizontal. Os plasmídeos então, passam a ser transmitidos para células filhas com a divisão celular. PLASMÍDEO Enzimas de restrição possibilitam obter fragmentos de DNA de interesse e ligá-los em plasmídeos. Os fragmentos de interesse são denominados inserto e o plasmídeo de vetor (carregador). DNA RECOMBINANTE Em laboratório, células sofrem tratamentos que as deixam mais competentes para a transformação (facilitando esse processo). CLONAGEM CLONAGEM O vetor carregando o inserto pode usado para transformar bactérias competentes. Bactérias portando plasmídeo (que foram transformadas) podem ser selecionadas favoravelmente em relação as bactérias não transformadas. clone CLONAGEM Clones são crescidos em meio líquido com antibiótico; Bactérias proliferam com plasmídeos; Bactérias são lisadas e DNA plasmidial é purificado dos demais componentes celulares. clone CLONAGEM A clonagem pode ser checada utilizando enzimas de restrição no DNA plasmidial. CLONAGEM Número do slide 1 BIOLOGIA MOLECULAR Número do slide 3 SÍNTESE DNA SÍNTESE DNA SÍNTESE DNA Número do slide 7 Número do slide 8 Número do slide 9 Número do slide 10 Número do slide 11 Número do slide 12 RT-PCR Número do slide 14 Número do slide 15 SÍNTESE DNA SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS SEQUENCIAMENTO DE NUCLEOTÍDEOS Número do slide 22 Número do slide 23 ENZIMAS DE RESTRIÇÃO ENZIMAS DE RESTRIÇÃO ENZIMAS DE RESTRIÇÃO Número do slide 27 Número do slide 28 Número do slide 29 Número do slide 30 Número do slide 31 Número do slide 32 Número do slide 33 Número do slide 34 Número do slide 35 Número do slide 36
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