Avaliação 2

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1-No processo de digestão in gel, os spots contendo as proteínas de interesse são submetidos a um processo de hidrólise química e enzimática, formando fragmentos proteicos menores, capazes de migrar pela malha do gel e se difundir no sobrenadante, formando a amostra que será analisada por espectrometria de massas. De acordo com a digestão in gel, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(v ) As proteínas são apenas separadas de acordo com sua massa molecular, embora, nesse caso, as bandas obtidas do gel representem populações de proteínas com massas similares.
( f ) A análise no espectrômetro de massas necessita que a carga líquida se torne negativa, ou seja, o processo de ionização não é necessário.
(v ) A cromatografia líquida é utilizada como método de fracionamento, em que os peptídeos presentes na amostra são dissolvidos em uma fase líquida, bombeadas para passar por uma fase estacionária e direcionadas para espectrometria de massas.
(v ) As amostras podem ser submetidas a outro fracionamento prévio à análise por MS, com o objetivo de reduzir a complexidade da amostra ou apenas complementar o fracionamento já realizado na eletroforese.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A) V - F - F - V.
B) F - F - V - F.
C) V - V - F - V.
D) V - F - V - V.
2-Uma das abordagens efetuadas pela genômica funcional se trata da atribuição de anotações funcionais para os possíveis genes encontrados nos genomas. Para tanto, o genoma é vasculhado em busca de regiões que possivelmente codifiquem para proteínas. De acordo com o exposto, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
( v ) A genética reversa se dá a partir da observação de um DNA ou de uma proteína que não se saiba qual a origem genética, ou seja, que não se tenha informação sobre os genes associados.
( v ) Através da genética reversa, estuda-se a função de uma proteína desconhecida que pode ser investigada, de maneira reversa ao processo de síntese proteica.
( f ) Os genes não podem ser submetidos a experimentos de mutagênese in vitro para a investigação de outras informações relativas à funcionalidade.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A) F - V - F.
B) F - F - V.
C) V - F - F.
D) V - V - F.
3-Diferentemente do genoma, que é idêntico em todas as células somáticas de um mesmo organismo, uma importante característica do transcriptoma é ser específico em cada tipo celular e se apresenta de maneira bastante variável a diferentes condições, refletindo efeitos de diferentes estímulos, sejam eles químicos, fisiológicos, patológicos, entre outros. Sobre as técnicas utilizadas para análise do transcriptoma, assinale a alternativa CORRETA:
A) A técnica do microarray, ou microarranjos de DNA limita a busca de genes a um pequeno número de cDNA, pois necessita de sondas específicas marcadas com fluoróforo.
B) Tanto a metodologia utilizada pela EST quanto a ORESTES, comparam os dados obtidos com bancos de dados disponíveis, como o BLAST, a fim de identificar os genes correspondentes.
C) O método EST tem todo o cDNA clonado sequenciado, fornecendo informações sobre a região codificadora do RNA mensageiro.
D) A ORESTES sequencia somente as extremidades do cDNA, identificando o RNA por meio de comparações com bancos de dados, como o BLAST.
4-O proteoma representa todo o conjunto de proteínas expressas em determinado momento, em um determinado organismo, tecido, célula ou até mesmo em bio-fluídos, como plasma ou muco. Através desta avaliação, é possível conhecer as proteínas que compõem esse proteoma, bem como processos biológicos em que elas possam estar envolvidas. Com base na avaliação de proteínas, analise as sentenças a seguir:
I- O método 2D-DIGE (eletroforese de fluorescência diferencial em gel 2D) tornou possível a avaliação concomitante das proteínas presentes em duas ou mais amostras, executando as corridas no mesmo gel.
II- O método clássico para a avaliação de proteínas consiste na aplicação da técnica de eletroforese bidimensional em gel de acrilamida (2DE), o qual se aplica para a análise da expressão diferencial das proteínas entre duas amostras distintas.
III- Os métodos 2DE e 2D-DIGE são muito eficientes e são capazes de identificar a sequência de aminoácidos que compõem uma proteína.
Assinale a alternativa CORRETA:
A) As sentenças I e II estão corretas.
B) Somente a sentença I está correta.
C) Somente a sentença II está correta.
D) As sentenças I e III estão corretas.
5-A grande vantagem da utilização do RNA-seq é que, nesta tecnologia, não é necessário que se tenha prévio conhecimento do genoma ou dos transcritos que serão avaliados. Algumas das aplicações relacionadas a essa técnica são: a avaliação da expressão gênica diferencial, análise do perfil do transcriptoma e a investigação de SNPs. Com base nas etapas para do método da transcriptoma RNA-seq, ordene os itens a seguir:
I- Fragmentar as moléculas por ação de enzimas de restrição, sonicação ou nebulização, formando fragmentos que serão ligados a adaptadores (pequenas sequências de nucleotídeos que indicam onde o sequenciamento deve ser iniciado em cada molécula).
II- Isolar e fragmentar o RNA a ser sequenciado e convertê-lo em cDNA.
III- Aplicar métodos de sequenciamento para sequenciar pequenas porções, compostas por 30 a 200 pb (pares de bases), de cada um dos fragmentos.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A) II - III - I.
B) II - I - III.
C) I - II - III.
D) I - III - II.
6-As ciências ômicas buscam o entendimento do funcionamento celular dos organismos e suas alterações biológicas. A era das diferentes ciências "ômicas" está intimamente relacionada entre si. Sobre as "ômicas", associe os itens, utilizando o código a seguir:
I- Transcriptoma.
II- Proteoma.
III- Metaboloma.
( ) Estudo das proteínas e enzimas expressas.
( ) Estudo dos metabólitos resultantes de processos biológicos.
( ) Estudo do RNA mensageiro, ou seja, quais genes são lidos.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A) I - II - III.
B) II - III - I.
C) II - I - III.
D) I - III - II.
7-A genômica estrutural busca determinar qual é esse local e onde estão os marcadores associados a cada um dos genes encontrados. Sobre os termos utilizados para denominar os locais de um cromossomo, assinale a alternativa CORRETA:
A) O termo homólogo se refere aos diferentes cromossomos, que apresentam genes heterógenos.
B) O termo locus se refere a uma das formas em que um gene pode ser encontrado em um cromossomo.
C) O alelo se refere ao local ou posição ocupada por um gene em um determinado cromossomo.
D) O termo locus se refere ao local ou posição ocupada por um gene em um determinado cromossomo.
8-Embora a frequência de variações no genoma não seja alta, quando uma determinada variação ocorre em pelo menos cerca de 1% da população, o que a torna uma variação comum, essa variação passa a ser tratada como um polimorfismo genético. Com base nos polimorfismos, analise as sentenças a seguir:
I- Os polimorfismos genéticos podem ser gerados por mudanças como deleção, duplicação ou inversão de apenas um ou vários pares de bases nitrogenadas na sequência do DNA.
II- As alterações no DNA podem ocorrer na região codificadora (éxon) e na região não codificadora (íntron) de um gene.
III- Os polimorfismos em regiões reguladoras não podem afetar o fenótipo do indivíduo. 
Assinale a alternativa CORRETA:
A) Somente a sentença II está correta.
B) As sentenças I e III estão corretas.
C) Somente a sentença III está correta.
D) As sentenças I e II estão corretas.
9-As informações obtidas no processo de digestão proteica são relativas à m/z dos diferentes peptídeos. Contudo, é de grande interesse que as sequências de aminoácidos que compõem as proteínas sejam também identificadas. De acordo com a detecção da sequência dos aminoácidos de uma proteína, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
( v ) No processo de fragmentação dos íons peptídicos,são utilizadas técnicas que favorecem a formação de fragmentos que sejam opostos e complementares.
( v ) A sequência de aminoácidos dos peptídeos pode ser deduzida por softwares apropriados para o sequenciamento, que podem formar a sequência completa da proteína.
( f ) Os processos de dissociação induzida por colisão (CID) ou por transferência de elétrons (ETD) formam íons de massa molecular elevada, que são aplicados ao primeiro ciclo de cromatografia líquida. 
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A) V - F - F.
B) F - F - V.
C) V - F - V.
D) V - V - F.
10-A função do genoma pode ser investigada por meio da supressão da função gênica e, para tanto, algumas técnicas podem ser aplicadas, como, por exemplo, a promoção de mutações gênicas diretamente no DNA, a interferência na expressão gênica com a utilização de RNA de interferência (iRNA). Sobre os RNAs de interferência (iRNAs), assinale a alternativa CORRETA:
A) A utilização do iRNAs alteram a expressão gênica diretamente no DNA.
B) Os iRNAs promovem modificação permanente na expressão gênica.
C) Os iRNAs modificam a expressão ou tradução gênica, não afetando o DNA diretamente.
D) O uso de moléculas de RNA conhecidas como microRNAs (miRNAs) se ligam a partes específicas do DNA e sinalizam para degradação do material genético.