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Data Assunto Responsável 28/01 Genética Molecular (P3) Messias 04/02(07/ 02 Ligação e Crossing over: (P3) Messias/Sergio Aguardar Débora 18/02 Ligação e Crossing over: Mapas de Ligação (P3) Messias/Sergio 25/02 (Prova III) Messias/Sergio 04/03 Probabilidade na Herança; (P4) Análise de Pedigree Messias/ Sergio 11/03 Genética de Populações (P4) Messias/ Sergio 18/03 Genética de Populações (P4) Messias/ Sergio 25/03 Prova IV Messias/Sergio 01/04 Final Todos Cronograma das aulas; Sala 118 E1 ( das 9 às 12 h) Genética Molecular Introdução Disciplina: Genética Aplicada Prof. Messias Gonzaga Pereira Prof. Colaborador: Helaine C. C. Ramos Genética Molecular Introdução • Livros – Genética na Agropecuário - Ramalho (Livro texto) – Introdução à Genética – Griffiths et.al. – Conceitos de Genética – Klug et al. – Engenharia genética - – Internet.... Conteúdo • Plano analítico – Introdução – Importância – Componentes básicos do ácido nucléico – Replicação do DNA – Transcrição – Código Genético – Tradução Introdução • Genética clássica versus Genética molecular • Genética clássica – As leis que controlam a hereditariedade • Existe uma clara integração dos princípios clássicos e moleculares • Genética Mendeliana – Conceitual - Fundamentos • Citogenética – base nos cromossomos Introdução • Lema: “Composição química, estrutura e função estão intimamente relacionados” • Conhecer a base molecular da herança: – Qual a constituição química e estrutura do gene – material genético? – Como ele funciona para produzir os fenótipos que observamos? – Por que existem tantas diferenças entre os indivíduos? Natureza química do material genético • A maioria das pesquisas foram realizadas com bactérias e vírus: – Ciclo reprodutivo muito curto; – Fácil manuseio em laboratório; – Grande número de descendentes; – Menor complexidade do material genético; • Após o trabalho de Mendel aumentou o interesse em se conhecer a constituição química do material hereditário. Natureza química do material genético • O pensamento da época • Havia relutância em aceitar o DNA como responsável pela transmissão genética por ser muito simples. • O DNA teria que reunir as seguintes características: – Capacidade de auto-replicação – Capacidade de codificar informações em grande número • Resultado dos primeiros estudos • Conhecimento dos “blocos” constitutivos do DNA, mas a sua estrutura não era conhecida. Estes blocos são nucleotídeos formados de: Desoxirribose, Base nitrogenada, Fosfato HISTÓRICO 1915 – THOMAS MORGAN Concluiu que os genes estavam organizados de maneira linear nos cromossomos Propôs, pela 1ª vez, uma correlação entre um gene (genótipo) e uma característica física (fenótipo) 1941 – BEADLE e TATUM Demonstraram que os genes agiam através da regulação de diferentes eventos químicos HIPÓTESE: UM GENE UMA ENZIMA Erwin Chargaff estabeleceu proporções entre as bases nitrogenadas • A quantidade de nucleotídeos pirimidínicos (T+C) é sempre igual a quantidade total de nucleotídeos purínicos (A+G) • A Quantidade de T = A; C = G • A Quantidade de A+T é diferente de G + C • A relação A + T / G + C é espécie específica 1953 – James Watson e Francis Crick • propuseram a “Dupla hélice” baseando-se nos dados de Rosalind e Wilkins e nas relações de Chargaff • Começa a era da Biologia Molecular Todos os nucleotídeos apresentam uma estrutura em comum: radical fosfato pentose ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS Açúcares ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS Pirimidinas Purinas ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS O grupo hidroxil ligado ao carbono 3 da pentose de um nucleotídeo forma uma ligação fosfodiéster com o fosfato do outro nucleotídeo DNA • Duas fitas de polinucleotídeos associadas formando uma estrutura de dupla hélice onde as pentoses e os radicais fosfato compõe a fita e as bases projetam-se para o interior da mesma • As fitas mantêm-se unidas através da formação de pontes de hidrogênio entre as bases o que contribui para a estabilidade da dupla hélice . Adenina (A) pareia com Timina (T) através de 2 pontes de hidrogênio . Guanina (G) pareia com Citosina (C) através de 3 pontes de hidrogênio DNA Antiparalelismo Complementaridade Semiconservativa out/2007 19 Dupla Hélice do DNA - As bases são hidrofóbicas, e a molécula de DNA é constituída de duas hélices pareadas. - Duas cadeias polinucleotídicas ligam-se por forças termodinâmicas (fracas), formando uma molécula de DNA. Propriedades Químicas e Físicas do DNA Estrutura do RNA • Principais diferenças entre RNA e DNA: – O açúcar é a ribose; – A timina é substituída pela Uracila (U); – Apresenta uma única fita; – Os seguintes pareamentos são observados: A/U e G/C. Tipos de RNA • RNA mensageiro • Responsável pelo transporte da informação genética do núcleo até o citoplasma. • RNA ribossômico • Maior proporção do RNA celular. Após se associar com proteínas ribossômicas formam os ribossomos , cuja função é participar da síntese de proteínas. • RNA transportador • Moléculas pequenas de RNA (73-93 nucleotídeos) que tem a função de receptar e transportar aminoácidos. Tipos de RNA Tipos de RNA tRNA rRNA Funções do material genético Material genético Replicação Armazenamento da informação Expressão de informações Variação por mutação Replicação Dogma central da biologia molecular Replicação do DNA São necessárias várias enzimas e proteínas para copiar uma dupla hélice de DNA. Evento essencial e complexo. REPLICAÇÃO • Dois filamentos da dupla hélice se desenrolam como a abertura de um zíper • Duas cadeias atuam como moldes para a deposição de nucleotídeos livres • Polimerização – catalisado pela DNA polimerase • Cada molécula filha é metade velha e metade recém-polimerizada (semiconservativo) Modos de replicação Experimento de Meselson-Stahl Centrifugação de equilíbrio de sedimentação Replicação semiconservativa em eucariotos Experimento com pontas de raiz de feijão-fava. DNA marcado com 3H-timidina (precursor radioativo do DNA). Técnica: Auto-radiografia Unidades de replicação A enzima DNA-polimerase orienta a síntese de DNA Presença dos 4 desoxirribonucleotídeos Fita molde de DNA Iniciador de RNA Iniciação da síntese de DNA Síntese de DNA Desenrolamento da dupla hélice Proteínas helicases desestabilizam a dupla hélice. Proteínas SSBPs estabilizam a conformação aberta. DNA-girase DNA-topoisomerase. DNA + complexo de polimerases + enzimas associadas replissomo. Síntese contínua e descontínua Síntese da fita líder e da fita tardia Origem das forquilhas em procariotos Fitas da hélice são desenroladas forquilha de replicação. Formação do REPLICON (segmento de DNA replicado). Origem da replicação em procariontes região oriC Uma origem bidirecional Final da replicação região ter Origens múltiplas da replicação em eucariotos Forquilha de replicação eucariótica Transcrição Processo de transferência da informação dadupla fita de DNA para uma molécula de RNA complementar. Transcrição • DNA – Encontrado no núcleo • Proteínas – Sintetizadas no citoplasma • É necessário um intermediário. • Através de marcação se comprova que o RNA é sintetizado no núcleo e depois se desloca para o citoplasma onde são sintetizadas as proteínas – Bom candidato na transferência de informações DNA para Proteinas. Transcrição • É realizada por um complexo enzimático cuja enzima chave é a RNA polimerase, composta de várias subunidades e que realiza a polimerização do RNA a partir de um molde de DNA. (Uma das fitas do DNA e não ambas) Transcrição • Esse processo ocorre em três etapas principais, a iniciação, o alongamento e o término, w w w .i cb .u fm g. b r/ .. ./ gr u p o 1 /t ra n sc ri ca o .h tm RNA mensageiro RNA ribossômico RNA transportador Promotores • Os promotores são seqüências de DNA específicas importantes para o início da transcrição. Tais seqüências são reconhecidas por algumas proteínas específicas, chamadas de fatores de transcrição, que trazem a RNA polimerase para realizar a montagem dos RNAs. Etapas do processamento pós- transcricional spliceosomo • Outra grande modificação que ocorre no pré-mRNA é a remoção dos Introns pelo processo chamado de splicing. O splicing requer a presença de três seqüências no Intron: o final do Intron é chamado splice site 5’ e a outra terminação é o splice site 3; a terceira seqüência é o branch point, que é uma adenina que está a 18 a 40 nucleotídeos do splice site 3’. A remoção de um Intron é um processo em dois passos: (1) a terminação 5’ é clivada e ligada ao branch point; (2) a terminação 3’ é clivada e as duas terminações são unidas. Estas reações ocorrem em um complexo chamado spliceosomo, que consiste em diversas moléculas de RNA e proteínas. Recomposição alternativa • Um processo que ocorre com freqüência é o splicing alternativo, no qual um único pré- mRNA é processado em formas diferentes para produzir diferentes tipos de mRNA através da união de diferentes Codons, o que resulta na produção de diferentes formas de proteínas a partir de um único DNA. Transcrição • A transcrição em eucariontes é bem mais complexa que em procariontes. Nos eucariontes a transcrição ocorre no núcleo, enquanto a tradução ocorre no citoplasma. Já nos procariontes tal separação celular não existe, sendo os dois processos muito bem acoplados no espaço. A separação temporal e espacial desses dois processos nos eucariontes permite a eles uma melhor regulação da expressão gênica. Daniel Realce Transcrição em eucariotos e em procariotos Código genético • A sequencia de pares de nucleotídeo dita a sequencia de aa nas proteínas. (Código) • Códigos são não superpostos • Cada código – trincas – • Quatro letras – 64 combinações • 20 aas – excesso de codons. • O código é dito degenerado – diferentes codons, mesmo aa; alguns codons não codificam nada. • Redundância do código genético. Decifrando o código genético • tRNA é que reconhece o códon. • Anticodon – no tRNA – se pareiam com as bases do códon. • Alguns genes não codificam proteínas – codificam RNA (tRNA e rRNA) que são componentes do aparelho traducional. Decifrando o código genético • Redundante mas não Ambíguo • Diz-se que o código genético é redundante por existirem vários códons que codificam o mesmo aminoácido. Por exemplo, os códons UCU, UCC,UCA e UCG codificam todos o aminoácido Serina (Ser). Este fenômeno é também apelidado de degenerescência. Já o contrário não é possível e não existe nenhum códons que possa codificar mais do que um único aminoácido e, logo, nunca é ambíguo. Decifrando o código genético • Universalidade • Afirma-se que o Código Genético é universal porque os códons têm o mesmo significado em quase todos os organismos. Assim, o códons AAU codifica o aminoácido Asparagina (Asn) tanto num ser humano como num babuíno. • Obtido em "http://pt.wikipedia.org/wiki/C%C3%B3digo_gen%C3 %A9tico" Síntese de proteínas Como a informação armazenada como ácido nucléico pode ser decodificada em proteína? RNA molécula mensageira Trincas ribonucleotídicas Códon 1 Códon 1 aminoácido Tradução Transformação da informação contida no mRNA em cadeias polipeptídicas que se dobram em moléculas de proteínas Peptídeo: Molécula constituída de aminoácido Tradução • O mRNA funciona como molde para síntese de proteínas carrega a informação genética do DNA ao ribossomo e indica a ordem dos aminoácidos. O mRNA possui três regiões primárias: 5’ não traduzida (5’ UTR), uma seqüência de nucleotídeos que não codifica aminoácidos; região codificadora da proteína, que compreende os Codons que especificam a seqüência de aminoácidos, inicia com com um start Codon e termina com um stop Codon; e 3’ não traduzida (3’ UTR), que afeta a estabilidade do mRNA e a tradução da seqüência codificadora da proteína. Tradução • Os tRNA são os responsáveis pela tradução. • tRNA – Carrega numa das pontas, extremidade 3’OH, um aa ligado covalentemente. Existe pelo menos um tRNA p\ra cada CODON. • tRNA possui uma região chamada anticodon. Tradução • Início da tradução em bactérias: existem sítios de ligação dos ribossomas ao mRNA. Geralmente um sítio de ligação para cada proteina (algumas vezes mesmo ribossoma le duas proteinas). Com este tipo de arranjo pode ter várias proteinas sintetizadas a partir do mesmo mRNA. Tradução • Tradução em eucariotos: sem sítio inicial de ligação do ribossoma ao mRNA. O ribossoma se liga ao início do mRNA e vai buscando primeiro triplete AUG de início de tradução. Neste caso, geralmente o primeiro AUG corresponde à proteina que vai ser feita. Tradução • Os ribossomos são estruturas ribonucleoproteicas com 2 subunidades, uma maior (50S) e outra menor (30S), que criam todo o ambiente onde a tradução vai ocorrer. • A tradução começa sempre no CODON AUG para metionina • Os fatores de iniciação são proteínas que vão ajudar o ribossomo a se ligar no mRNA e reconhecer o 1º CODON. • Ribossomo vai caminhando pela fita até encontrar um “stop codon” (UGA, UAA e UAG) seguida por uma sequência de terminação. • Os fatores de terminação quebram a ligação entre tRNA e aas e os aas então se ligam. • “Open read frame” – Sequência aberta de leitura – São sequências que podem traduzir um peptídeo. Componentes da tradução Componentes de tradução Conceitos de Genética – William S. Klug, Michael R. Cummings, Charlotte A. Spencer & Michael A. Palladino Alongamento da cadeia polipeptídica Finalização da tradução Relações gene-proteína • Todas as enzimas são proteínas. • Proteína – macromolécula composta de aminoácidos (aa) ligados em um filamento linear. • Existem 20 aa comuns nos organismos vivos. • Vários aa ligados por ligações peptídicas (inclui a remoção de uma molécula de água), formam um polipeptídeo. Tradução simultânea (Procariotos) Processamento pós-tradução - Após a tradução algumas proteínas podem sofrer alterações: - adição de fosfatos e carboidratos. - clivagem de proteínas (zimogênio e pró- insulina - 82 aminoácidos, a insulina duas cadeias polipeptídicas uma de 21 e outra de 30 aminoácidos). Manifestação fenotípica Substrato Pigmentos coloridosFunção enzimática • Controle indireto • Ex: cor da flor em uma espécie vegetal • Controle direto • Ex: produção de colágeno (função estrutural) • Caracteres complexos • Ex: produção de grãos (muitos genes envolvidos) Manifestação fenotípica Genética do funcionamento do DNA • Qual a natureza do gene e como eles controlam o fenótipo? • Como os genes funcionam? – Os genes especificam a seqüência linear de aminoácidos nos polipeptídeos e logo nas proteínas. Assim os genes determinam o fenótipo. • Hipótese um gene – uma enzima – As moléculas são sintetizadas em uma série de etapas, cada uma delas, catalisada por uma enzima. Mutações do material genético • São mudanças herdáveis que representam as bases genéticas da variação e, portanto, servem como matéria prima aos processos de melhoramento e evolução. Gene alteração na sequência novo alelo • Causas das alterações nas sequências de DNA: – Substituição de bases: A C Transição Transversão G T Tipos de mutação • Mutação silenciosa • Não altera a sequência de aminoácido • Mutação neutra • Ocasiona substituição de um aminoácido mas não altera a sua função • Mutação de sentido errado • A substituição de uma base do DNA resulta na substituição do aa • Mutação sem sentido • Quando a troca de bases no DNA resulta em um dos códons de terminação (5’UAA3’, 5’UAG 3’e 5’UGA3’) • Adição ou deleção de bases • Provoca alterações na sequência de DNA a partir do ponto que ocorreu a adição ou deleção Relações entre mutações gênicas e proteínas alteradas. • A mudança de um aa pode ser suficiente para alterar o funcionamento da proteína. • Uma mutação em um gene pode corresponder a uma mudança de um aa na seqüência da proteína. Mutações de mudança Genes, alelos e DNA • Todo DNA de um organismo constitui os seus genes? Procariotos vs eucariotos • Genes – Possuem números muito diferentes de pares de nucleotídeos – segmentos de DNA diferentes em regiões diferentes do cromossomo • Alelos – Segmentos homólogos de DNA – números de pb iguais ou semelhantes Pontos importantes • Conceitos essenciais: – O material genético é o DNA – DNA – Dupla hélice composta de cadeia de nucleotídeos orientadas em sentidos opostos. – Na replicação do DNA... – As unidades funcionais do DNA são os genes – Um gene é um segmento de DNA • DNA RNA Produto Gênio Pontos importantes • Conceitos essenciais: – As proteínas são os determinantes principais das propriedades estruturais e fisiológicas – As características de uma espécies são codificadas por seus genes – A variação: hereditária, ambiental, ambas – A variação hereditária – formas variantes dos genes (alelos) Pontos importantes • O DNA é transcrito em uma molécula de de mRNA que é traduzido durante a síntese protéica. • A tradução requer tRNA e ribossomos. • O código genético é de trincas não-superpostas. • Sequências específicas sinalizam o início e o término tanto da transcrição quanto da tradução. • Em eucarióticos o RNA inicialmente transcrito é processado para gerar mRNA final. • Muitos genes eucarióticos contém segmentos de DNA chamados “introns”... • O transcrito eucarióticos primário é recomposto (remoção do RNA codificado pelos introns para gerar o mRNA) Pontos importantes • Transcrição – DNA-----mRNA • Tradução - mRNA------Proteína • mRNA – Traduzidos em proteínas • RNA funcionais – tRNAs – Transporte de aa para o mRNA durante a síntese protéica – rRNAs – Combinam-se a proteínas para formar os ribossomos, as máquinas para a síntese de proteínas. • snRNAs – RNAs pequenos nucleares – tomam parte na recomposição dos transcritos primários em mRNAs no núcleo. • snRNA + proteínas = ribonucleoproteínas (snRNPs) • scRNAs = RNAs pequenos citoplasmáticos – dirigem o tráfico de proteínas na célula eucariótica.
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