A contaminação por leveduras é um dos contaminantes mais comuns em iogurte

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Contaminantes Deteriorantes
 As leveduras são os contaminantes deteriorantes mais comuns dos iogurtes principalmente pelas condições climáticas do nosso país e pelas características do próprio produto (seu baixo pH). O ar é o seu veículo transmissor o que torna a higienização do ambiente e monitoramento o monitoramento rigoroso de todas as etapas pós fermentação. 
 A multiplicação das leveduras é favorecida pelo calor e alta umidade, resultando "flavour" não característico ao produto, perda de textura devido à produção de gás e à dilatação, acidez e liberação de ar final do recipiente (estufamento de embalagens).
 Os dois tipos mais comuns de leveduras que contaminam iogurtes são : Kluyveromyces marxianus e Saccharomyces cerevisiae. 
 A Kluyveromyces marxianus apesar de interferir negativamente na produção de iogurte, ela é muito querida pela industria na produção de outros alimentos, devido as suas características como : o crescimento em elevadas temperaturas, baixos custos de resfriamento, altas velocidades de crescimento e etc. Usadas em processamentos biotecnológicos em produções de alimentos, bebidas, enzimas, química fina, farmacêutica e de reagentes. Obs produz kefir caracterizado não só pelos benefícios, mas também pela sua acidez.
 A Saccharomyces cerevisiae também é de grande importância pra industria , cuja a temperatura ótima de seu crescimento entre 20 e 30°C, com o pH entre 4,5 e 5,5, favorecem a sua utilização. Atuando em vários setores como : panificação onde faz papel de fermento biológico, por liberando dióxido de carbono, por exemplo, na massa de pão; bebidas alcoólicas produzidas pelo processo de fermentação, a Saccharomyces cerevisae converte o açúcar em álcool etílico e também pode contribuir na formação de constituintes secundários responsáveis pelo sabor - é o caso da cerveja, rum e uísque; e na produção do etanol que resulta da fermentação alcoólica de açúcares, como a glicose.
Contaminante Patogênico
 Os microorganismos patogênicos que mais se destacam em iogurtes são os do grupo coliformes. São capazes de fermentar a lactose em 24h, 48h com temperatura de 35°C e possui mais de 20 espécies , dentre elas o E. Coli (mais conhecida), presente no intestino de humanos e outros animais de sangue quente, liberadas nas fezes. A forma mais segura de evitar é manter a higienização de utensílios, funcionários e dos ambientes de produção de iogurte, assim como o uso de matéria prima(leite) não contaminada. 
 Seu contágio pode causar toxinfecção alimentar, colescistite, apendicite, meningite e etc. O diagnóstico é realizado através de analise bioquímica e o tratamento ocorre através de antibióticos.
 Também é utilizada na industria para produzir proteínas recombinantes, grande exemplo foi sua atuação na produção da insulina humana em laboratório.