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Microbiota normal e relação parasita hospedeiro
Microbiota normal e transitória
Quando a criança nasce o primeiro contato de microrganismos que ela vai ter é no canal vaginal, que são principalmente lactobacilos e microrganismos ambientais, que vão colonizando a superfície do corpo e no trato gastrointestinal 
No intestino tem a predominância da colonização de bactérias da microbiota normal, por ser um ambiente anaeróbico e na boca a mesma coisa.
A microbiota normal tem vantagens e desvantagens. Uma das vantagens é o que chamamos de efeito barreira, uma vez que ela começa a se estabelecer impede que outras bactérias ambientais transitórias colonizem esse ambiente, isso ocorre por exemplo na pele onde tem muitas bactérias gram-positivas da microbiota normal e eles por competição eliminam os microrganismos da microbiota transitória onde muitos podem ser perigosos.
Relações entre a microbiota e o hospedeiro
Pode ser uma relação simbiótica, essa simbiose pode ser relação de comensalismo e de mutualismo;
-Comensalismo é quando um se beneficia e o outro não, porém não faz mal a esse outro
-Mutualismo em que os dois se beneficiam em que um pode absorver nutrientes e o outro pode doar um nutriente como por exemplo bactérias intestinais que produzem vitamina K (não é produzida pelo nosso corpo).
Algumas espécies da microbiota normal em condições atípicas principalmente quando temos uma baixa no sistema imune, elas podem causar doenças, ou quando elas estão fora do seu sitio normal de colonização, como por exemplo em casos de imunossupressão pode ocorrer esse quadro inverso do parasitismo da microbiota normal, como no caso dos aidéticos.
Microrganismos oportunistas da microbiota normal
São chamados de anfibiônticos, por terem um caráter duplo (causando vantagens e desvantagens aos indivíduos). Eles não causam mal em condições normais, pois o próprio sistema imune do indivíduo vai controlando as populações, pela defesa imune celular (linfócitos B, macrófagos e outros) e através dos anticorpos (como por exemplo os secretados pela saliva) produzidos pelos linfócitos T.
-escherichia coli: faz patê das enterobacterias da família enterobactereacea. Coloniza o intestino de vertebrados de sangue quente seja mamífero ou não, ela é facilmente isolada, em alguns quadros de imunossupressão, acidentes com perfuração intestinal, ela pode se desloca para o abdômen, assim a bactéria ira se desorientar por não estra no seu sitio normal, então ela tem que buscar uma forma de sobreviver e acaba causando uma infecção intra-abdominal, na tentativa de sobreviver ela se torna oportunista. Em casos de imunossupressão, se a população de eschilia coli aumentar muito, pode levar a uma infecção intestinal 
- bacterioides fragilis: é uma espécie de bactéria anaeróbica obrigatória que também coloniza o intestino, com uma quantidade maior do que a eschlia coli, elas crescem mais facilmente, e produzem vitamina K, tendo uma relação mutualista com o hospedeiro. No entanto também podem causar infecções com alguns casos, ou seja, pode causar doenças.
- Cândida albicans: é uma levedura que pode ser isolada da cavidade oral, logo ela é transmitida pelo beijo. Se ocorrer um desequilíbrio e essa população aumentar muito, pode causar o ‘’sapinho’’, uma doença normal em bebes pois eles ainda estão em processo de formação de sua microbiota normal e em algum momento pode ocorrer um desequilíbrio, pessoas aidéticas também podem adquirir esse problema. Se o sapinho não for tratado vai evoluindo passando para a língua, para o esôfago (esofagite), e assim sucessivamente, podendo chegar ao estômago (estomatite).
-estreptococos pneminuae: é uma bactéria gram-positiva do trato respiratório superior, algumas linhagens dentro dessa espécie podem causar infecções no trato respiratório superior, incluindo casos graves como a pneumonia, isso pode ocorrer em pessoa com tratamento antitumoral, ou quimioterápico, em indivíduos transplantados, ou cardíacos crônicos que possuem uma baixa imune crônica.
-neisseria meningitidis: que também coloniza o trato respiratório superior , se um indivíduo teve um traumatismo craniano , as vezes parte da secreção nasal vai para o celebro , ocorrendo uma Transaminação de microrganismos, causando uma meningite pode ocorrer em casos de imunossupressão.
Interações microbiana dos microrganismos entre eles
Tem as interações que chamamos de positivas (sinergismo) e negativas (antagonistas), que são parecidas com as relações deles com os hospedeiros.
-Positivas: são relações simbióticas, mutualismo e comensalismo. Tem populações que vivem juntas onde uma paciente possa produzir uma vitamina ou outra coisa que beneficia o crescimento de outra, assim, apenas uma se beneficia, já em outros aos dois podem 
-Negativas: que muitas vezes podem ser um parasitismo, uma parasita a outra, onde uma mata a outra (canibalismo), tem as relações de competição por espaço, nutriente, oxigênio onde acaba inibindo o crescimento da outra por inúmeras razoes.
Relação parasita-hospedeiro
Que se estabelece quando tem patógenos, ou um processo bem estabelecido.
Muitas espécies bacterianas e fungos de microrganismos em geral tem habilidades de causar doenças, essa habilidade chamada virulência ou patogenicidade. Essa habilidade e desenvolvida, muitas vezes é de um produto que o microrganismo sintetiza ou é parte da sua estrutura biológica que causa danos ao hospedeiro, isso chama fator de virulência ou fator de patogenicidade.
Fatores de virulência que promovem a colonização
- Fimbrias: é uma espicula proteica que algumas bactérias sintetizam na sua superfície e que serve de adesão, quando a microbiota é patogênica ela produz uma fimbria e vai penetrando no tecido causando infecção, então muitas vezes o processo infeccioso começa com a aderência pela fimbria
-Cápsula: bactéria capsulada (nem todas produzem), ela se adere melhor no ambiente e amenta o volume da célula dificultando sua fagocitose quando é uma bactéria patogênica.
-Lipopolissacarideo (LPS): só existe em bactéria gram–negativas, é uma substancia indigesta, nosso organismo não reconhece essa molécula química como sendo nossa, então o organismo tem uma reação imunológica as vezes ruim em relação ao LPS, se a bactéria for destruída pedaços de LPS vão ficar circundando o organismo para pessoas que são muito sensíveis a essa molécula podem desencadear um quadro de choque anafilático, logo, um excesso de LPS no local da infecção não é bom.
-bactericinas: são proteínas de baixo peso molecular que as bactérias sintetizam onde estão crescendo e que vão matar outras bactérias, muitas bactérias infecciosas intestinais podem produzir bactericina ai ela podem matar nossa microbiota normal.
-motilidade e quimiotaxia: são dois fatores que andam juntos, motilidade quer dizer que a bactéria se move (possui flagelo) então ela pode sair do foco primário da infecção e ir para outros. Algumas bactérias intestinais, começam uma infecçãono intestino e de lá ela vai se aprofundando na mucosa intestinal e muitas vezes ela pode atingir o fígado ou pâncreas. A quimiotaxia é o fator que motiva a bactéria a sair só local onde está.
-Mecanismo de aquisição de ferro (sinderófagos): o ferro é um micronutriente importante, o microrganismo patogênico vai precisar roubar o ferro do hospedeiro, um local onde tem muito ferro é o sangue dentro das hemácias e algumas bactérias sintetizam toxinas que explodem ou absorvem as hemácias para roubar o ferro, outros microrganismos sintetizam uma substancia, uma proteína chamada sinderófago na parede celular que é uma proteína de alta afinidade ao ferro
-Ácidos orgânicos: algumas bactérias produzem ácido de baixo peso molecular que são perigosos no tecido onde ela faz infecção e causa uma irritação no tecido, uma lesão no tecido.
-Resistência aos antibióticos: são vários microrganismos resistentes, toda bactéria resistente a antibiótico é perigosa, pois a infecção é mais complicada de se tratar
-Fatores imunossupressores: muitas vezes algumas bactérias sintetizam enzimas que destroem anticorpos, essas enzimas vão ter uma ação imunossupressora.
Fatores de virulência que causam danos ao hospedeiro
 Outros fatores de virulência importantes são toxinas que algumas bactérias patogênicas podem sintetizar, tem-se dois grupos de toxinas, as que são produzidas dentro da célula e ela exporta chamadas exotoxinas, e tem a toxina que faz parte da sua estrutura biológica, chamada endotoxina 
-Exotoxinas: são muito perigosos, alguma tem nome especifico como citotoxinas que é uma toxina que lisa uma célula eucariota e mata essa célula, logo, toda bactéria patogênica que produz uma citotoxina é muito perigosa, tem citotoxinas que lisam hemácias que são chamadas de hemolisinas, tem-se também as leutoxinas que são toxinas que matam os leucócitos. As neurotoxinas são produzidas no local de infecção, absorvidas na corrente sanguínea e vão ter um efeito no sistema nervoso periférico ou central. Já as enterotoxinas, algumas são termo resistentes, são toxinas que tem efeito no trato digestório, principalmente no intestino ou estomago, então algumas bactérias produzem toxinas que as vezes são pré-formadas em alimentos, são o exemplo de bactérias toxigenicas, as enterotoxinas tem efeito vomitivos e emético, e tem as que causam diarreia.
-endotoxinas: a principal né o LPS
-Enzimas: são outro grupo de fator de virulência importante, são diversos, as principais são colagenases (destroem o colágeno) fosfolipases (dissolvem fosfolipídios), lectinases (dissolve célula eucariota) hialuronidase(quebra o acida hialuronico), proteases (dissolvem proteínas do nosso corpo).

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