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EVOLUÇÃO DA DIVERSIDADE BIOLÓGICA 2 NOME DA DISCIPLINA Apresentação da disciplina xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx... 3 NOME DA DISCIPLINA Sumário 1. Diversidade Biológica: Quantas formas de vida existem e/ou existiram? 2. Evolução Molecular 3. Organização da Variação Genética 4. Origem e Evolução do Sexo 5. Variação Genética e Estrutura Populacional 6. A evolução da diversidade biológica ao longo do tempo geológico: uma perspectiva paleontológica. 7. A grande explosão do cambriano: por que Burgess Shale é tão importante? 8. As taxas de especiação no registro fóssil. 9. As taxas de extinção no registro fóssil 10. Diversidade Biológica no presente e no futuro 4 NOME DA DISCIPLINA 1. Diversidade Biológica: Quantas formas de vida existem e/ou existiram? Marcos Machado1 1. Introdução A biodiversidade é definida como a variabilidade entre os organismos vivos de todos os tipos, incluindo, entre outros, os ecossistemas terrestres, marinhos e outros ecossistemas aquáticos e os complexos ecológicos dos quais fazem parte; Isso inclui a diversidade dentro das espécies, entre as espécies e os ecossistemas. Esta definição chama a atenção para as muitas dimensões da biodiversidade. Reconhece explicitamente que cada biota pode ser caracterizada pela sua diversidade taxonômica, ecológica e genética e que a forma como essas dimensões da diversidade variam em relação ao espaço e ao tempo é uma característica fundamental da biodiversidade. Assim, apenas uma avaliação multidimensional da biodiversidade pode fornecer informações sobre a relação entre mudanças na biodiversidade e mudanças no funcionamento do ecossistema e nos serviços ecossistêmicos. A biodiversidade inclui todos os ecossistemas gerenciados ou não gerenciados. Às vezes, a biodiversidade é presumida como uma característica relevante de ecossistemas apenas não gerenciados, tais como áreas selvagens, reservas naturais ou parques nacionais. Isso é incorreto. Os sistemas gerenciados – ou seja - plantações, fazendas, terras cultivadas, locais de aquicultura, pastagens, ou mesmo parques e ecossistemas urbanos - têm sua própria biodiversidade. Dado que os sistemas cultivados representam mais de 24% da superfície terrestre da Terra, é fundamental que qualquer decisão sobre a biodiversidade ou os serviços dos ecossistemas abordem a manutenção da biodiversidade nesses sistemas amplamente antropogênicos (Novacek, 2014). 2. Medindo a Biodiversidade Apesar de exitiram muitas ferramentas e fontes de dados, a biodiversidade continua a ser difícil de quantificar com precisão. Mas, raramente são necessárias respostas precisas para conceber uma compreensão eficaz de onde a biodiversidade está, como está mudando ao longo do espaço e do tempo, os responsáveis por essa mudança, as conseqüências de tal mudança para os serviços ecossistêmicos e o bem-estar humano e as opções de resposta acessível. Idealmente, para avaliar as condições e as tendências da biodiversidade, globalmente ou regionalmente, é necessário medir a abundância de todos os 1 Biólogo, Mestre em Geociências (UFRGS), Professor do Curso de Ciências Biológicas da ULBRA. 5 NOME DA DISCIPLINA organismos ao longo do espaço e do tempo, usando a taxonomia, traços funcionais e as interações entre espécies que afetam sua dinâmica e função. Existem muitas medidas de biodiversidade: a riqueza de espécies (o número de espécies em uma determinada área) representa uma métrica única, mas importante, que é valiosa como uma moeda comum da diversidade da vida - mas deve ser integrada com outras métricas para captar totalmente a biodiversidade. Estas incluem a riqueza de espécies de táxons específicos, o número de tipos funcionais distintos da planta (como gramíneas, arbustos ou árvores), ou a diversidade de sequências de genes distintos em uma amostra de DNA microbiano retirada do solo. As espécies ou outras medidas baseadas em táxons da biodiversidade, no entanto, raramente capturam atributos-chave, como variabilidade, função, quantidade e distribuição - tudo isso que fornece informações sobre os papéis da biodiversidade (Mora, 2011). Os indicadores ecológicos são construções científicas que utilizam dados quantitativos para medir aspectos da biodiversidade, condições do ecossistema, serviços ou mecanismos de mudança, mas nenhum indicador ecológico único captura todas as dimensões da biodiversidade. Os indicadores ecológicos constituem um componente crítico de monitoramento, avaliação e tomada de decisões e são projetados para comunicar informações de forma rápida e fácil aos formuladores de políticas. De forma semelhante, os indicadores econômicos são altamente influentes e bem compreendidos pelos tomadores de decisão. Alguns indicadores ambientais, como a temperatura média global e as concentrações atmosféricas de CO2, são amplamente aceitos como medidas de efeitos antropogênicos sobre o clima global. Os indicadores ecológicos são baseados em grande parte nos mesmos princípios e, portanto, carregam com eles prós e contras semelhantes (Costello, 2013). O conhecimento dos padrões de biodiversidade ao longo do tempo permite apenas estimativas muito aproximadas das taxas de extinção de fundo ou de quão rápidas as espécies se tornaram extintas ao longo do tempo geológico. Com exceção dos últimos 1.000 anos, a biodiversidade global tem sido relativamente constante na maior parte da história humana, mas a história da vida é caracterizada por mudanças consideráveis. A magnitude estimada das taxas de extinção de fundo é aproximadamente 0,1-1,0 extinção de espécie por milhão de espécies por ano. A maioria das medidas desta taxa surge da avaliação do tempo de vida das espécies através do registro fóssil: estas variam em 0,5-13 milhões de anos e, possivelmente, 0,2 a 16 milhões de anos. Esses dados provavelmente representam taxas de extinção de fundo porque são necessariamente derivadas de táxons que são abundantes e generalizados no registro fóssil (Sweetlove, 2004). 6 NOME DA DISCIPLINA Existe uma incompatibilidade entre a dinâmica das mudanças nos sistemas naturais e as respostas humanas a essas mudanças. Este desajuste resulta dos atrasos em respostas ecológicas, feedbacks complexos entre sistemas socioeconômicos e ecológicos e dificuldade de previsão de limiares. Múltiplos impactos (especialmente, mudanças climáticas) podem causar limiares ou mudanças rápidas e dramáticas na função do ecossistema, embora o aumento do estresse ambiental tenha sido pequeno e constante ao longo do tempo. Compreender tais limiares requer registros de longo prazo, mas esses registros geralmente não possuem monitoramento ou são infrequentes, possuem periodicidade incorreta ou muito restrita para fornecer os dados necessários para analisar e prever o comportamento do limiar entre a estabilidade e a mudança (Donald, 2013). Mudanças para regimes diferentes podem causar mudanças substanciais rápidas na biodiversidade, serviços ecossistêmicos e bem-estar humano. As mudanças de regime foram comumente documentadas em sistemas pelágicos devido a limiares relacionados a regimes de temperatura e sobreexploração. Algumas mudanças de regime são essencialmente irreversíveis, como os ecossistemas de recifes de coral que sofrem mudanças súbitas de sua condição de recifes dominados por corais para recifes dominados por. O gatilho para taismudanças de fase geralmente inclui o aumento de insumos de nutrientes que levam a condições eutróficas e a remoção de peixes herbívoros que mantêm o equilíbrio entre corais e algas. Uma vez que os limiares (tanto um limite superior como um limite inferior) para os dois processos ecológicos de carga de nutrientes e herbivoria são ultrapassados, a mudança de fase ocorre rapidamente (em meses), e o ecossistema resultante - embora estável - é menos produtivo e menos diversificado. Conseqüentemente, o bem-estar humano é afetado não só por reduções no fornecimento de alimentos e pela diminuição da renda das indústrias relacionadas ao recife (mergulho e snorkeling, coleta de peixes de aquário, etc.), mas também pelo aumento dos custos devido à diminuição da capacidade dos recifes de proteger costas. (Os recifes constituídos por algas são mais propensos a serem quebrados nos eventos de tempestade, levando à erosão da costa e à incursão das águas sobre as praias). Tais mudanças de fase foram documentadas na Jamaica, em outros lugares do Caribe e em recifes do Indo- Pacífico (Barnosky et al, 2011). 3. Biodiversidade Global A biodiversidade global é a medida da biodiversidade no planeta Terra e é definida como a variabilidade total das formas de vida. Mais de 99% de todas as espécies que já viveram na Terra, estão extintas. As estimativas sobre o número de espécies atuais da Terra variam de 2 milhões a 10 milhões, das quais, cerca de 1,6 milhão foram identificdos até 7 NOME DA DISCIPLINA agora e mais de 80% ainda não foram descritos. A quantidade total de pares de bases de DNA na Terra, como possível aproximação da biodiversidade global, é estimada em 5,0 x 1037 e pesa 50 bilhões de toneladas. Em comparação, a massa total da biosfera foi estimada em até 4 trilhões de toneladas de carbono. Em outros estudos relacionados, cerca de 1,9 milhão de espécies existentes acreditam ter sido descritas atualmente, mas alguns cientistas acreditam que 20% são sinônimos, reduzindo o total de espécies descritas válidas para 1,5 milhão. Em 2013, um estudo publicado na Science estimou que haveria 5 ± 3 milhões de espécies existentes na Terra. Outro estudo, publicado em 2011 pela PLoS Biology, estimou que haveria 8,7 milhões ± 1,3 milhão de espécies eucarióticas na Terra. Cerca de 250 000 espécies fósseis válidas foram descritas, mas acredita-se que essa seja uma pequena proporção de todas as espécies que já viveram (Sahney et Benton, 2008). A biodiversidade global é afetada pela extinção e especiação. A taxa de extinção de fundo varia entre os táxons. As espécies de mamíferos, por exemplo, geralmente persistem por 1 milhão de anos. A biodiversidade cresceu e diminuiu no passado da Terra devido a fatores (provavelmente) abióticos, como eventos de extinção causados por mudanças geologicamente rápidas no clima. Mudanças climáticas, ocorridas há 299 milhões de anos atrás foi um desses eventos. Um resfriamento e aridização resultaram em colapso catastrófico da floresta tropical e, posteriormente, uma grande perda de diversidade, especialmente dos anfíbios. No entanto, a taxa atual e a magnitude das extinções são muito superiores às estimativas de fundo. Isso, considerado por alguns como levando à sexta extinção em massa, é resultado de impactos humanos sobre o meio ambiente (Raup, 1986). A tabela a seguir resume estimativas acerca da diversidade existente entre os táxons atuais, considerando-se o número de espécies Grupo maior Descritos Estimativa Global Grupo componente Descrito Estimativa Global Grupo componente Descrito Estimativa Global Cordados 64,788 ~80,500 Mamíferos 5,487 ~5,500 Aves 9,990 >10,000 Répteis 8,734 ~10,000 8 NOME DA DISCIPLINA Anfíbios 6,515 ~15,000 Peixes 31,153 ~40,000 Agnatha 116 unknown Cephalochordata 33 unknown 2,760 unknown Invertebrados ~1,359,365 ~6,755,830 Hemicordata 108 ~110 Echinodermata 7,003 ~14,000 Insecta ~1,000,000 (965,431- ~5,000,000 Archeognatta 470 Blattodea 3,684- 4,000 Coleoptera 360,000- ~400,000 1,100,000 Dermaptera 1,816 Diptera 152,956 240,000 Embioptera 200-300 2,000 Ephemeroptera 2,500- <3,000 Grylloblattaria 24 Hemiptera 80,000- 88,000 Hymenoptera 115,000 >300,000 9 NOME DA DISCIPLINA Isoptera 2,600- 2,800 4,000 Lepidoptera 174,250 300,000- 500,000 Mantodea 2,200 Mecoptera 481 Megaloptera 250-300 Neuroptera ~5,000 Odonata 6,500 Orthoptera 24,380 Phasmatodea 2,500- 3,300 Phthiraptera >3,000- ~3,200 Plecoptera 2,274 Psocoptera 3,200- ~3,500 Sinphonaptera 2,525 Strepsitera 596 Thysanoptera ~6,000 Trichoptera 12,627 Zoraptera 28 Zygenthoma 370 Arachnida 102,248 ~600,000 10 NOME DA DISCIPLINA Pycnogonida 1,340 desconhecido Myriapoda 16,072 ~90,000 Crustacea 47,000 150,000 Onycophora 165 ~220 Hexápoda (não insecta) 9,048 52,000 Molusca ~85,000 ~200,000 Annelida 16,763 ~30,000 Nematoda <25,000 ~500,000 Acanthocephala 1,150 ~1,500 Plathyhelminthes 20,000 ~80,000 Cnidaria 9,795 desconhecido Porifera ~6,000 ~18,000 Outros invertebrados 12,673 ~20,000 Palcozoa 1 - Monoblastozoa 1 - Mesozoa 106 - Ctenophora 166 200 Nemerthea 1,200 5,000-10,000 Rotifera 2,180 - 11 NOME DA DISCIPLINA Gastrotricha 400 - Kinorhynka 130 - Nematomorpha 331 ~2,000 Entoprocta 170 170 Gnathostomulida 97 - Priapulida 16 - Loricifera 28 >100 Cycliophora 1 - Sipuncula 144 - Echiura 176 - Tardígrada 1,045 - Phoronida 10 - Ectoprocta (Bryozoa) 5,700 ~5,000 Brachiopoda 550 - Pentastomida 100 - Chaetognata121 - Plantas (senso lato) ~310,129 ~390,800 Bryophita 16,236 ~22,750 Liveworts ~5,000 ~7,500 12 NOME DA DISCIPLINA Hornworts 236 ~250 Musgo ~11,000 ~15,000 Algae (Plant) 12,272 desconhecido Clarophyta 2,125 - Clorophyta 4,045 - Glaucophyta 5 - Rodophyta 6,097 - Plantas 281,621 ~368,050 ~12,000 ~15,000 Gymnospermas ~1,021 ~1,050 Magnoliophyta ~268,600 ~352,000 Funghi 98,998 (incl. Lichens 17,000) 1,500,000 (incl. Lichens ~25,000) Outros ~66,307 ~2,600,500 Chromistas [incl. Algas marrons e Diatomáceas e outros grupos] 25,044 ~200,500 Prototista [i.e. residual protist groups] ~28,871 >1,000,000 Prokaryota (Bacteria e Archaea excl. 7,643 ~1,000,000 13 NOME DA DISCIPLINA Cyanophyta] Cyanophyta 2,664 unknown Vírus 2,085 400,000 Dados totais (2009) 1,899,587 ~11,327,630 No entanto, o número total de espécies para alguns táxons pode ser muito maior: 10-30 milhões de insetos; 5-10 milhões de bactérias; 1,5 milhão de fungos; ~ 1 milhão de ácaros; ~ 1 milhão de protistas; Em 1982, Terry Erwin publicou uma estimativa de riqueza de espécies globais de 30 milhões, extrapolando do número de besouros encontrados em uma espécie de árvore tropical. Em uma espécie de árvore, Erwin identificou 1200 espécies de besouros, das quais ele estimou que 163 foram encontrados apenas nesse tipo de árvore. Dadas as 50 mil espécies de árvores tropicais descritas, Erwin sugeriu que existem quase 10 milhões de espécies de besouros nos trópicos. Em 2011, um estudo publicado na PLoS Biology estimou que haveria 8,7 milhões ± 1,3 milhão de espécies eucarióticas na Terra. (Hawksworth, 2001). 4. Índices globais de biodiversidade Após a assinatura da Convenção sobre a Diversidade Biológica em 1992, a conservação biológica tornou-se uma prioridade para a comunidade internacional. Existem vários indicadores utilizados que descrevem as tendências da biodiversidade global. No entanto, não há um único indicador para todas as espécies existentes, já que nem todas foram descritas e medidas ao longo do tempo. Existem diferentes maneiras de medir as mudanças na biodiversidade. O Índice do Planeta Vivo é um indicador populacional que combina dados de populações individuais de muitas espécies de vertebrados para criar um único índice. O Índice do Planeta Vivo Global LPI para 2012 diminuiu em 28%. Existem também índices que separam espécies temperadas e tropicais e espécies 14 NOME DA DISCIPLINA marinhas e terrestres. O Índice de Lista Vermelha baseia-se na Lista Vermelha da União Internacional de Conservação Natural de espécies ameaçadas e mudanças no status de conservação ao longo do tempo inclui táxons que foram categorizados: mamíferos, pássaros, anfíbios e corais. O Ìndice Global de Aves Silvestres é outro indicador que mostra as tendências da população de grupos de aves selvagens em uma escala regional a partir de dados coletados em pesquisas formais. Os desafios para esses índices devido à disponibilidade de dados são lacunas taxonômica. A Parceria para Indicadores de Biodiversidade foi criada em 2006 para auxiliar o desenvolvimento de indicadores e aumentar a sua disponibilidade. (Pawlowski, et al., 2012) A biodiversidade é importante para os seres humanos através de serviços e bens ecossistêmicos. Os serviços do ecossistema são divididos em: serviços de regulação como purificação de ar e água, serviços de aprovisionamento (bens), como combustível e alimentos, serviços culturais e serviços de apoio como polinização e ciclagem de nutrientes. 5. RECAPITULANDO Biodiversidade, é uma contração da expressãode "diversidade biológica", geralmente se refere à variedade e variabilidade da vida na Terra. De acordo com o Programa das Nações Unidas para o Meio Ambiente, a biodiversidade tipicamente mede a variação genética, das espécies e do nível do ecossistema. A biodiversidade terrestre tende a ser maior perto do equador, que parece ser o resultado do clima quente e alta produtividade primária. A biodiversidade não é distribuída uniformemente na Terra, e é mais rica nos trópicos. Esses ecossistemas florestais tropicais cobrem menos de 10% da superfície terrestre e contêm cerca de 90% das espécies do mundo. A biodiversidade geralmente tende a se agrupar em hotspots, e tem aumentado através do tempo, mas provavelmente diminuirá no futuro. Mudanças ambientais rápidas causam extinções em massa. Mais de 99,9% de todas as espécies que já viveram na Terra, totalizando mais de cinco bilhões de espécies, são estimadas como extintas. As estimativas sobre o número de espécies atuais da Terra variam de 2 milhões a 14 milhões, dos quais cerca de 1,6 milhão foram documentados e mais de 86% ainda não foram descritos. 6. REFERÊNCIAS E OBRAS CONSULTADAS 1. Barnosky, A. D.; et al. (2011). "Has the Earth's sixth mass extinction already arrived?". Nature. 471 (7336): 51–57. 2. Costello, Mark; Robert May; Nigel Stork (2013). "Can we name Earth's species before they go extinct?". Science. 339 (6118): 413–416. 15 NOME DA DISCIPLINA 3. Donald R. (2013), Bringing Fossils to Life: An Introduction to Paleobiology (3rd ed.), Columbia University Press, p. 21 4. Hawksworth, David L.,(2001). "The magnitude of fungal diversity: the 1•5 million species estimate revisited" Mycological Research 105: 1422-1432 Cambridge University Press Abstract. 5. http://www.pnas.org/content/early/2016/04/26/1521291113.full 6. Mora, Camilo; Tittensor, Derek P.; Adl, Sina; et al. (2011). “How Many Species Are There and in the Ocean?” PLOS Biology. San Francisco, CA: PLOS. 9 (8): e 1001127. ISSN 1545-7885. PMC 3160336 PMID 21886479. Doi:10.1371/jornal.pbio.1001127 7. Novacek, Michael J. (8 November 2014). “Prehistory’s Brilliant Future” The New York Times. New York: The New York Times Company. ISSN 0362-4331. 8. Pawlowski, J. et al. (2012). CBOL Protist Working Group: Barcoding Eukaryotic Richness beyond the Animal, Plant, and Fungal Kingdoms. PLoS Biol 10(11): e1001419. doi:10.1371/journal.pbio.1001419, [1]. 9. Raup. D.M. (1986). "Biological extinction in Earth history Science . 231 (4745): 1528-1533. 10. Sahney, S.; Benton, M.J. (2008).” Recovery from the most profound mass extinction of all time. Proceedings of the Royal Society: Biological. 11. Sweetlove, Lee (2004). “Number of species on Earth tagged at 8.7 million”. Nature. Macmillan Publishers Limited. 7. ATIVIDADES 1. Marque a alternativa correta: A ( ) A biodiversidade é uma variável unidimensional, pois reconhece que as biotas são caracterizadas pela sua diversidade taxonômica em relação ao espaço e ao tempo. B ( ) A biodiversidade é uma variável multidimensional, pois reconhece explicitamente que cada biota pode ser caracterizada pela sua diversidade taxonômica, ecológica e genética e que a forma e comoessas dimensões da diversidade variam em relação ao espaço e ao tempo é uma característica fundamental da biodiversidade. 16 NOME DA DISCIPLINA C ( ) A biodiversidade é uma variável bidimensional, pois reconhece explicitamente que cada biota pode ser caracterizada pela sua diversidade taxonômica, e ao longo do espaço e do tempo. D ( ) A biodiversidade é uma variável multidimensional, pois reconhece explicitamente a diversidade taxonômica, ecológica e genética como constituintes imutáveis dos organismo vivos. E ( ) A biodiversidade é uma variável tridimensional, pois reconhece explicitamente que cada biota pode ser caracterizada pela sua diversidade taxonômica, ecológica e genética e que a forma e como essas dimensões ocorrem depende exclusivamente da seleção natural. 2. Marque a alternativa correta: A ( ) Os indicadores ecológicos constituem um componente crítico de tomada de decisão aos formuladores de políticas. Alguns indicadores ambientais, entretanto, como temperatura média global e concentrações atmosféricas de CO2, não são aceitos pela comunidade científica mundial. B ( ) Os indicadores ecológicos constituem-se em indicadores ambientais fundamentais para formuladores de políticas. Alguns indicadores ambientais, como a temperatura média global e as concentrações atmosféricas de CO2, são amplamente aceitos como medidas de efeitos antropogênicos sobre o clima global. C ( ) Os indicadores ecológicos são insuficientes para tomadas de decisão pelos formuladores de políticas, pois desconsideram variáveis genéticas de diversidade biológica. D ( ) Temperatura média global e concentrações de CO2 não são considerados bons indicadores ambientais para tomada de decisões, pois não são considerados parâmetros consensuais sobre os efeitos da ação antropogênica. E ( ) Temperatura média global e concentrações de CO2 são parâmetros científicos consensuais para estimar os efeitos da ação antropogênica. 3. Marque a alternativa correta: A ( ) A magnitude estimada das taxas de extinção de massa é aproximadamente 0,1-1,0 extinção de espécie por milhão de espécies por ano. 17 NOME DA DISCIPLINA B ( ) A magnitude estimada das taxas de extinção de massa é aproximadamente 1,0-10 extinções de espécie por milhão de espécies por ano. C ( ) A magnitude estimada das taxas de extinção de fundo é aproximadamente 0,1-1,0 extinção de espécie por milhão de espécies por milhão de anos. D ( ) A magnitude estimada das taxas de extinção de fundo é aproximadamente 0,1-1,0 extinção de espécie por mil espécies por ano. E ( ) A magnitude estimada das taxas de extinção de fundo é aproximadamente 0,1-1,0 extinção de espécie por milhão de espécies por ano. 4. Marque a alternativa correta: A ( ) As atuais taxas de extinção de espécies são compatíveis com taxas catastróficas de extinção. B ( ) As atuais taxas de extinção de espécies são incompatíveis com taxas catastróficas de extinção. C ( ) As atuais taxas de extinção de espécies são compatíveis com taxas de extinção de fundo. D ( ) As atuais taxas de extinção de espécies são compatíveis com taxas de extinção observadas ao longo de períodos de estabilidade evolutiva durante o Fanerozóico. E ( ) As atuais taxas de extinção de espécies são incompatíveis com taxas de extinção observadas ao longo de períodos de catástrofe evolutiva durante o Fanerozóico. 5. Marque a alternativa correta: A ( ) Existem vários indicadores utilizados que descrevem as tendências da biodiversidade global. No entanto, o mais confiável utiliza caraterísticas genéticas e moleculares. B ( ) Existem vários indicadores utilizados que descrevem as tendências da biodiversidade global. No entanto, o mais confiável utiliza caraterísticas ecológicas. C ( ) Existem vários indicadores utilizados que descrevem as tendências da biodiversidade global. No entanto, o mais confiável utiliza caraterísticas anatômicas. 18 NOME DA DISCIPLINA D ( ) Existem vários indicadores utilizados que descrevem as tendências da biodiversidade global. No entanto, não há um único indicador para todas as espécies existentes, já que nem todas foram descritas e medidas ao longo do tempo. Existem diferentes maneiras de medir as mudanças na biodiversidade. E ( ) Existem vários indicadores utilizados que descrevem as tendências da biodiversidade global. No entanto, o mais confiável utiliza caraterísticas populacionais. 8. GABARITO 1. B 2. B 3. E 4. A 5. D 19 NOME DA DISCIPLINA 2. Evolução Molecular Juliana da Silva & Vivian Francília Silva Kahl 2.1. Introdução Dos anos 1950 em diante, houve várias descobertas e avanços científicos que impulsionaram a Genética e a Biologia Molecular, incluindo a elucidação da estrutura da dupla hélice por Watson e Crick (1953), graças aos dados de raio X obtidos por Rosalind Franklin (1952), passando pelo método mais popular de sequenciamento de DNA, até a revolução extraordinária do campo molecular pelo desenvolvimento da reação da cadeia em polimerase (PCR), por Kary Mullis em 1983. Todas essas metodologias impactaram na quantidade extraordinária de dados moleculares disponíveis em bancos de dados, como o BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), o ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements Project), o GO (Gene Ontology Consortium) e o GOLD (Genomes OnLine Database), apenas para citar alguns exemplos. Genoma é o somatório dos genes de uma célula haplóide de um organismo conforme a definição dada por Hans Winkler (1920). As sequências de DNA não codificantes foram descobertas posteriormente, sendo também incluídas na definição. O estudo com sequências genômicas facilita o entendimento da evolução dos cromossomos, quanto a número e tamanho, permitindo inferir como os genes se deslocaram entre cromossomos durante a evolução e como a estrutura dos cromossomos mudou com o tempo. Atualmente, o genoma é tratado como um sistema dinâmico, no qual se consideram seus aspectos estruturais, funcionais e evolutivos. A notável flexibilidade do genoma é evidenciada pela grande variação quanto ao seu tamanho, organização e composição entre os diferentes organismos. O primeiro genoma a ser sequenciado e publicado foi o de Haemophilus influenzae, uma bactéria de vida livre. A obtenção da sequência completa desse genoma, juntamente com os de Methanococcus jannaschii, Escherichia coli e Saccharomyces cerevisiae, revolucionou o campo da evolução molecular e da genômica. O primeiro projeto de sequenciamento de um genoma de planta foi o de Arabidopsis thaliana, especialmente porque essa espécie tornou-se um modelo de estudo em diferentes abordagens. O tamanho reduzido de seu genoma, de 125 Mb (megabases, ou milhões das bases A, C, G e T), contribuiu para que essa espécie fosse a primeira planta a ser sequenciada. Sabe-se hoje que a evolução molecular desse organismo envolveu a duplicação de todo o genoma, seguida por perda de genes e duplicações gênicas, além de eventos de transferência lateral de um ancestral semelhante a uma 20 NOME DA DISCIPLINA cianobactéria. As duplicações de DNA em tempos remotos e, posteriormente, a divergência de função, foram o que originaram as famílias gênicas. O genoma humano, com 3 bilhões de bases (e 80 mil genes estimados), é por exemplo 24 vezes maior que A. thaliana. A variação no tamanho dos genomas não é explicada pelas diferenças de complexidade fenotípica ou genotípica dos organismos.O projeto genoma humano permitiu a produção do mapa genético, do mapa físico e da sequência de DNA do conjunto completo dos cromossomos humanos. O “1.000 Genomes”, do instituto Wellcome Trust Sanger, do Reino Unido, está produzindo um mapa das variações nas sequências de DNA de 1.000 genomas humanos. A terceira fase do programa está pronta e já resultaram do esforço do consórcio diversas publicações. A importância desse projeto é a compreensão das pequenas variações do DNA humano, podendo contribuir para melhor entendimento da função dos genes em doenças humanas. Novos genes, por exemplo, não entram no genoma a partir do nada. Eles se originam como duplicata de genes mais antigos, os quais ao longo do tempo evolutivo seguem caminhos distintos por meio de mutação, seleção e deriva genética. As mutações gênicas originam-se de alterações na sequência de bases nitrogenadas de um determinado gene, durante a duplicação da molécula de DNA. Essa alteração inclui a perda (deleção), adição (inserção ou duplicação) ou substituição de nucleotídeos, originando ou não uma proteína alterada. As mutações gênicas são consideradas as fontes primárias da variabilidade, pois aumentam o número de alelos disponíveis em um locus, condição que incrementa o conjunto gênico da população. Embora ocorram espontaneamente, podem, no entanto ser provocadas por agentes mutagênicos, como radiações e certas substâncias químicas. Mas são as mutações que ocorrem ao acaso, onde não é possível prever o gene a ser mutado nem relacionar a existência de mutação com a adaptabilidade às condições ambientais, que têm papel fundamental no processo evolutivo. As mutações não ocorrem para adaptar o indivíduo ao ambiente, elas ocorrem ao acaso e, por seleção natural, são mantidas quando são adaptativas (seleção positiva) ou eliminadas no caso contrário (seleção negativa). As mutações podem ocorrer em células somáticas ou em células germinativas sendo, neste último caso, de fundamental importância para a evolução, pois são transmitidas aos descendentes. 2.2. Evolução do tamanho e organização do genoma Além do tamanho do genoma, a organização dos genomas também é surpreendente e importante para a compreensão da evolução molecular. O conteúdo GC varia significativamente entre as diferentes regiões do genoma de um organismo e ainda entre genomas de diferentes organismos. Ainda pode refletir a composição do genoma como um todo, de genes específicos, ou mesmo 21 NOME DA DISCIPLINA de cada posição de um códon. A variação do conteúdo GC pode ser observada ainda entre as duas fitas do DNA. Entre os genomas bacterianos, por exemplo, este conteúdo varia enormemente. O genoma dos vertebrados apresenta um conteúdo GC muito menor do que os apresentados em bactérias. Não há dúvidas de que aves são parentes mais próximos das tartarugas, lagartos, cobras e crocodilos do que de mamíferos. Surpreendentemente, mamíferos e aves têm sequências de DNA com semelhanças muito maiores do que as esperadas para esse parentesco tão distante. Ambas têm um excesso de conteúdo GC em seu DNA não codificador. Como o pareamento GC é quimicamente mais forte do que AT por conter três pontes de hidrogênio ao invés de duas, é possível que aves e mamíferos, por serem animais homeotérmicos, necessitem do DNA mais fortemente ligado. Isso significa que as diferenças nas composições de bases nucléicas seriam causadas por variações regionais nos padrões de mutação. A degeneração do código genético é o nome que se dá ao fato de que a grande maioria dos aminoácidos é codificada por mais de um códon. Códons sinônimos são aqueles que codificam para um mesmo aminoácido, como o caso da leucina, que apresenta seis códons que podem codificá-la: TTA, TTG, CTT, CTC, CTA e CTG. Diferentemente, uma substituição de códons não-sinônimos leva a substituição do resíduo aminoácido na sequência proteica. Ainda assim, os códons sinônimos não são utilizados na mesma frequência pela maquinaria de tradução de proteínas de um organismo. Um vasto espectro de organismos apresenta essa característica na utilização dos códons, incluindo bactérias, fungos, aves, plantas, mamíferos e vírus. Essa substituição na utilização dos códons pode resultar de um desvio nas taxas de substituição e/ou da ação da seleção atuando sobre as trocas “silenciosas” no DNA, ou seja, substituições de nucleotídeos nos códons que não acarretam a troca do aminoácido na proteína. Em organismos cujos genomas são altos no conteúdo GC, logicamente os códons usados preferencialmente são aqueles terminados em guanina ou citosina, em contraste ao uso de códons terminados em adenina e timina nos genomas no qual o conteúdo GC é pequeno. Alguns genomas são muito ricos em conteúdo AT, como é o caso de diversas bactérias, do próprio genoma humano e do parasita da malária Plasmodium falciparium. Humanos apresentam cerca de 60% do genoma rico em AT, enquanto P. falciparium apresentam 80%. A utilização dos códons em Bacillus subtilis, uma bactéria, reflete a composição dos nucleotídeos do seu genoma, rico em AT. Em E. coli foi demonstrado que alguns códons são reconhecidos preferencialmente pelas espécies de tRNAs mais comuns nesses organismos. Sob o ponto de vista da tradução, a escolha desses códons garante uma vantagem, sendo considerados códons “ótimos”, os quais são escolhidos no caso de genes com alta expressão gênica. No caso de genes com baixos níveis de expressão, o 22 NOME DA DISCIPLINA que se observa é a uma utilização mais uniforme dos códons. Precisamente, pode-se concluir que, no caso das bactérias, além da composição dos nucleotídeos, a ligação aos tRNAs atua no uso dos códons sinônimos. A vantagem do uso dos códons “ótimos” é tornar a tradução mais eficiente. Atualmente, a seleção para a eficiência no processo de tradução das proteínas é a hipótese mais aceita para explicar o mecanismo de substituição de códons. Acredita-se que a substituição dos códons sinônimos em genes altamente expressos resulta em códons raros no conjunto dos tRNAs, o que leva a eliminação dessas substituições por seleção natural. Nesse caso, tanto a velocidade quanto a eficiência da tradução seriam fundamentais em se tratando de proteínas com elevada taxa de reposição, tornando-as os agentes seletivos. Os membros das famílias gênicas e multigênicas apresentam sequências nucleotídicas semelhantes, mas que desempenham funções diferentes de seus produtos em menor ou maior grau. A hemoglobina, por exemplo, é a molécula que transporta o oxigênio para os tecidos e dá ao sangue a sua cor. A hemoglobina no humano adulto é uma molécula de alta complexidade: são quatro cadeias de proteínas chamadas globinas, as quais são muito próximas, mas não idênticas, conforme mostram suas sequências de DNA. Duas dessas cadeias são alfa, sendo codificadas por sete genes localizados no cromossomo 11. Quatro destes genes são versões “desativadas” com falhas na sequência, nunca traduzidos em proteínas. As outras duas cadeias são chamadas beta, codificadas por seis genes, alguns dos quais também desativados, localizados no cromossomo 16. Mesmo com toda essa complexidade, uma análise cuidadosa de cada nucleotídeo do DNA mostra que os diferentes tipos de globina são literalmente primos uns dos outros. Estes primos distantes coexistem dentro de adultos humanos, javalis, corujas e lagartos. Os membros de uma família multigênica podem estar localizados em uma região limitada de um único cromossomo ou dispersos ao longo do genoma, como no caso das globinas acima. Sob o ponto de vista evolutivo, o arranjo dos genesem famílias pode ser considerado uma aquisição importante, uma vez que permite a regulação eficiente dos genes que codificam produtos com funções semelhantes. Ainda assim, nem todos os membros das famílias multigênicas são funcionais. Os pseudogenes são as cópias não funcionais dos genes que codificam proteínas, mas que foram inativadas ao longo do processo evolutivo. Os pseudogenes podem surgir, por exemplo, a partir da duplicação gênica via retrotransposição ou via duplicação do DNA genômico. Apenas no cromossomo humano 21 foram identificados 59 pseudogenes e 134 no cromossomo 22, correspondendo a 19,7% e 20,7% dos pseudgenes identificados na sequência destes dois cromossomos, respectivamente. Os genes desativados das globinas, tanto alfa quanto beta, acima citados, são exemplos de pseudogenes. Apesar da sequência ser semelhante a um ou mais genes parálogos da mesma família, 23 NOME DA DISCIPLINA falhas no processo de transcrição, tradução e/ou processamento de uma proteína levaram a perda funcional. 2.3. Mecanismos de evolução dos genes e genomas O tamanho dos genomas varia enormemente entre os organismos, conforme dito anteriormente. Dentre os mecanismos que levam à expansão do tamanho do genoma, estão a duplicação gênica, a duplicação cromossômica parcial ou completa, a transposição, o deslizamento de replicação, o crossing over desigual e a amplificação de DNA. A duplicação gênica, seguida pela divergência, parece ser o mecanismo mais plausível para explicar a origem de genes e famílias gênicas e, portanto, explicar também a evolução molecular. Em 1932 Haldane, seguido de Muller (1936), sugeriram que a “duplicata redundante” de um gene poderia acumular substituições e eventualmente emergir como um novo gene. Esse foi o primeiro reconhecimento do significado evolutivo de duplicação gênica, mas apenas com o advento das técnicas de biologia molecular foi possível investigar melhor esse aspecto. Após o evento de duplicação gênica, as cópias novas podem ser distribuídas na população por deriva genética ou seleção, podendo, ao longo do tempo, manter a mesma sequência de DNA, como no caso de genes ribossômicos, ou divergirem, originando as famílias multigênicas. De forma alternativa, uma das cópias pode acumular mutações e ser inativada ao longo de gerações sucessivas, originando um pseudogene, como já abordado. Se mutações ao acaso e deriva genética fossem as únicas explicações das divergências entre as sequências de DNA, seria esperado que não houvesse um padrão de similaridade entre as sequências intra- e interespécies. Porém, estudos moleculares demonstraram que as sequências repetitivas em eucariotos apresentam maiores semelhanças em uma dada espécie do que entre as sequências de espécies diferentes. Esse processo molecular que leva à homogeneidade das sequências de DNA dentro de uma dada espécie pertencente a uma dada família é chamado de evolução em concerto ou, ainda, evolução coincidente. Embora os estudos iniciais tenham sido realizados majoritariamente com eucariotos, atualmente uma vasta gama de experimentos concentrados em bactérias corroboram a hipótese de que as sequências repetitivas, assim como membros das famílias multigênicas, não evoluem independentemente. Segundo a hipótese da “replicação saltatória”, as sequências repetitivas seriam resultantes de duplicações recentes na história molecular. Nesse caso, ainda não haveria tido tempo suficiente para que ocorresse acúmulo de substituições nelas. Entretanto, essa explicação não se aplica à maioria das sequências repetitivas, pois nelas verificam-se padrões de substituição distintos os quais parecem ter sido fixados entre cada unidade de repetição. A variação no tamanho e nos 24 NOME DA DISCIPLINA padrões de substituição também não são condizentes com outras teorias que surgiram buscando elucidar a origem destas sequências. Atualmente, acredita-se que esta homogeneidade dos genes e das famílias gênicas (homogeneidade aqui referindo-se ao alto grau de similaridade observado entre as sequências repetitivas de DNA) seja o resultado dos processos de crossing over desigual, conversão gênica, deslizamento de DNA durante a replicação e amplificação. O DNA apresenta mudanças aleatórias pequenas, que ocorrem com suficiente raridade para não atrapalhar as informações mais importantes nele contidas, mas com frequência suficiente para permitir classificações distintas, que originam diversidade biológica e diferentes espécies ao longo de milhares de anos. A mensagem principal, a informação mais importante, está no DNA de forma fundamental e transmitida pela sucessão de eventos da seleção natural. O DNA difere da linguagem escrita por conter “ilhas” de sentido separadas por um “mar” sem sentido, nunca transcrito. Durante a transcrição, genes inteiros são montados pelas ilhas com sentido, os éxons, os quais são separados pelo mar sem sentido, os íntrons. A leitura do DNA feita durante a transcrição pela DNA polimerase e as demais enzimas do processo, simplesmente desconsideram os íntrons. Até mesmo muitos genes com sentido nunca são transcritos. Quando aprendermos a ler corretamente o DNA, ele talvez nos conte o que evidências anatômicas e fisiológicas já nos relatam: o DNA de um golfinho pode nos confirmar que seus ancestrais viveram em terra firme. Em Bacteria e Archaea, a maior parte do DNA codifica proteínas e RNA, em contraste com o genoma eucarioto, no qual predominam sequências de DNA não codificantes, ou seja, os mares sem sentido. Estudos comprovam que uma grande parcela do DNA dos vertebrados é composta de DNA repetitivo, nunca traduzido, chegando a mais de 50%. Além dos íntrons, o DNA codificante inclui sequências promotoras, sequências regulatórias, DNA satélite, minissatélite e microssatélite, DNA espaçador, centrômeros, telômeros e sequências de retrovírus integradas ao genoma. Assim, observa-se uma grande variação quanto ao tamanho do genoma nos diferentes organismos, conforme discutido anteriormente. Apesar de existir uma correlação positiva entre o tamanho do genoma e a quantidade de DNA não codificante, o significado biológico e evolutivo dessas sequências ainda não é completamente entendido. Ao contrário do que se acreditava, porém, as sequências repetitivas estão envolvidas em diferentes processos no genoma. Elas podem exercer papel na recombinação, agirem como elementos reguladores da transcrição, atuar como sítios de poliadenilação, entre outros papéis. Diversos estudos demonstraram que a quantidade de DNA microssatélite parece estar diretamente relacionada ao tamanho do genoma. Os microssatélites são globais e altamente polimórficos no genoma dos eucariotos. Em humanos, as 25 NOME DA DISCIPLINA repetições (A)n e (CA)n são as mais comuns, enquanto (AT)n são mais encontradas em plantas e (CT)n em algumas espécies de insetos. Tais dados mostram que certas repetições ocorrem com mais frequência do que outras, em espécies ou grupos distintos. Conforme já mencionado, acreditava-se que essas sequências repetitivas não desempenhassem nenhuma função no genoma e, frequentemente, eram referidas como DNA-lixo ou DNA parasita. Ao contrário, o DNA satélite localiza-se principalmente em regiões de heterocromatina e está envolvido na estrutura e função dos centrômeros. Alelos raros dos minissatélites estão relacionados ao oncogene ras, aumentanto o risco do indivíduo desenvolver alguns tipos de câncer. Por sua vez, já se sabe que alterações nos microssatélites estão associadas a doenças neurodegenerativas humanas, como adoença de Huntington e a síndrome do X frágil. Em procariotos, parecem estar associados à regulação da expressão gênica e algumas outras funções celulares. Entretanto, seu papel nos eucariotos ainda não é claro. Os centrômeros são conjuntos dinâmicos da cromatina, constituídos por sequências curtas de DNA repetitivo, e que existem em regiões especializadas e funcionais dos cromossomos. Na maioria das espécies, o padrão de organização dos centrômeros parece ser a ausência de conservação das sequências e a grande quantidade de sequências repetitivas. Acredita-se que as repetições em série presentes nos centrômeros podem ser vantajosas durante o processo de evolução. Os centrômeros fornecem sítios específicos para a ligação da maquinaria de segregação do cromossomo durante a divisão celular. A função destas unidades é conservada em quase todos os eucariotos, mas o perfil de DNA-satélite é quase espécie-específico, e muitos estudos demonstram que as repetições em série das regiões centroméricas desempenham um papel importante na plasticidade do genoma. De forma geral, os centrômeros atuam unindo as cromátides irmãs, fornecendo a base primária para a origem do cinetócoro, e funcionando como um sítio de fixação para as cromátides irmãs no fuso mitótico. Dessa forma, o centrômero assegura o processo adequado de segregação cromossômica. Postula-se que essa função concatenada das proteínas centroméricas seja resultado da evolução molecular da unidade do centrômero, através da adição de sequências repetitivas (DNA satélites) ao longo de milhares de anos. Os telômeros, por sua vez, são repetições curtas ricas em guaninas nos terminais 5’-3’ dos cromossomos e em citosinas nos terminais 3’-5’. Tais repetições ligam-se a seis proteínas, num complexo chamado shelterin. Essa estrutura é responsável por prevenir que porções finais de cromossomos se fundam ou sejam degradados enzimaticamente, facilita a replicação completa dos cromossomos, e auxilia no posicionamento dos cromossomos no núcleo. As proteínas do shelterin podem apresentar nomeações diferentes dependendo da espécie estudada, mas a homologia funcional e estrutural demonstra a evolução do complexo proteico, provavelmente de origem ancestral. 26 NOME DA DISCIPLINA Diversos estudos mostram a participação dos telômeros em processos celulares, tais como divisão celular, regulação da expressão gênica, senescência (pela sua característica de relógio mitótico) e câncer, em diversos organismos. Frequentemente, a sequência de DNA da unidade de repetição do telômero é compartilhada entre espécies distantes, sugerindo que o conjunto de sequências teloméricas é relativamente limitado. As plantas, por exemplo, apresentam sequências curtas de TTTAGGG, enquanto Schizosaccharomyces pombe apresenta G2-8TTAC(A) como sequência telomérica e os insetos, TTAGG. Destes últimos, a diferença para humanos é de apenas uma guanina extra ao final da sequência, TTAGGGn. O comprimento do tamanho telomérico, ou seja, a quantidade de vezes em que a sequência de bases ocorre, demonstra grande variação interespécies e varia de menos de 100 pb no ciliado Oxytricha, centenas de pares de bases em Saccharomyces cereviseae até 50-150 kb em camundongos de laboratório, ou até mais em galinhas. A variação no comprimento dos telômeros tem sido demonstrada entre cromossomos não- homólogos e homólogos nas células de humanos e camundongos, entre outros organismos. Um dos traços mais marcantes dos telômeros eucarióticos é a sua conservação sob o ponto de vista evolutivo. A manutenção dos telômeros requer a presença das repetições teloméricas associadas à presença da telomerase, uma transcriptase reversa com molde próprio de RNA, atuante unicamente nos telômeros. 2.4. Evolução dos genomas das organelas Processos evolutivos atuaram diretamente sobre algumas organelas ao longo do tempo. O conhecimento acerca do conteúdo e da organização do genoma particular das organelas é o ponto de partida para a compreensão destes processos. De acordo com a teoria endossimbionte, a mitocôndria e o cloroplasto seriam ancestrais de uma eubactéria, cujos genes foram transferidos para o DNA nuclear, processo conhecido como transferência lateral. Uma característica comum entre o genoma mitocondrial dos metazoários e o genoma do cloroplasto de plantas vasculares é que ambos são compostos por uma única molécula de DNA circular. Tal DNA é responsável pela codificação de genes essenciais à respiração, no caso da mitocôndria, e à fotossíntese, no caso do cloroplasto. Geralmente, uma única cópia de cada gene está presente em tais genomas. Apesar da teoria endossimbionte ser a mais aceita para explicar o surgimento destas organelas, no curso da evolução acredita-se que novos genes podem ter sido adquiridos pelo núcleo. Ou seja, nem todos os genes nucleares que codificam proteínas mitocondriais foram originados do procarioto exógeno que colonizou a célula eucariótica primitiva. Por exemplo, a forma mitocondrial da glutamina sintetase de Drosophila divergiu a partir da forma citoplasmática: estima-se que o tempo de divergência da quantidade de variação acumulada nessas proteínas ao longo da evolução seja de aproximadamente 600 milhões de 27 NOME DA DISCIPLINA anos, o que corresponde ao tempo aproximado de divergência entre vertebrados e invertebrados. O tamanho do genoma mitocondrial pode variar muito: de 6kb a 2000kb. O GenBank apresenta os dados de diversos genomas mitocondriais já sequenciados, como o do Plasmodium falciparium (5.966 pb), do nematódeo Caenorhabditis elegans (13.794 pb), do mosquito hospedeiro da malária (15.363) e do ser humano (16.569), apenas para citar alguns exemplos. Com pouquíssimas exceções, o genoma mitocondrial codifica duas espécies de RNAs ribossomais (rRNA), um conjunto mais ou menos completo de RNAs transportadores (tRNA) e um limitado número de RNAs mensageiros (mRNA). Os produtos dos genes mitocondriais são vários complexos enzimáticos e se localizam na membrana mitocondrial interna, junto com alguns produtos gênicos codificados pelo núcleo. De forma geral, as principais diferenças encontradas entre o genoma mitocondrial dos vários organismos dizem respeito à presença e ausência de genes codificantes, que podem estar na mitocôndria ou no núcleo no caso dos metazoários. Em plantas, há a presença de DNA não codificante na mitocôndria, além da migração de genes para o genoma mitocondrial e a presença de três espécies de rRNAs. Aqui, por consequência de um genoma mitocondrial muito maior do que nos metazoários pela presença de cópias múltiplas dos genes, há informação genética redundante, o que não é observado em metazoários. A organização gênica do DNA mitocondrial apresenta uma grande diversidade, a qual pode ser atribuída, principalmente, à história evolutiva das várias linhagens. Em vertebrados, por exemplo, o DNA mitocondrial apresenta uma organização bem conservada em grupos taxonômicos distintos, como em peixes ósseos e cartilaginosos, anfíbios e mamíferos placentários. Como nem tudo é tão padronizado na evolução molecular, aves, alguns répteis e marsupiais apresentam variação quanto ao número de genes e na organização do genoma desta organela. O DNA mitocondrial é transmitido exclusivamente pela linhagem feminina. As mitocôndrias, conforme descrito acima, são relíquias de bactérias outrora livres, que fixaram residência exclusivamente dentro das células há cerca de 2 bilhões de anos. Elas perderam muito das suas qualidades bacterianas e a maior parte do seu DNA, mas conservam o suficiente para serem úteisaos geneticistas. As mitocôndrias constituem uma linha independente de reprodução genética em nosso corpo, desvinculada da linha nuclear principal que vemos como genes “próprios”. O DNA mitocondrial também pode ser revelador, particularmente para análises de padrões antigos. Se compararmos o DNA de quem está lendo com de quem está escrevendo esse texto, poderemos determinar a quanto tempo esses dois indivíduos compartilham uma mitocôndria ancestral. Como todos herdam suas mitocôndrias das suas mães e, portanto, das avós maternas, 28 NOME DA DISCIPLINA bisavós maternas, etc., as comparações mitocondriais podem informar quando viveu o ancestral mais recente pela linha feminina. Esse DNA mitocondrial ancestral de toda a humanidade é às vezes chamado de Eva Mitocondrial. Um dos questionamentos com relação à espécie humana é se descendemos de Neandertais. Se a resposta for positiva, os Neandertais e o Homo sapiens sapiens deveriam ter tido uma relação de troca genética, e não apenas a mera coexistência das duas espécies na Europa, conforme se sabe que ocorreu. A questão é: os europeus modernos herdaram algum gene dos Neandertais? Graças a uma notável extração de DNA mitocondrial do osso de um Homem Neandertal, sabe-se que as mitocôndrias do Neandertal são muito distintas das encontradas em todos os humanos sobreviventes, indicando que os Neandertais não são mais próximos do que de qualquer outro povo moderno. Isso significa que a ancestral comum feminina dos Neandertaleses e de todos os humanos sobreviventes é muito mais antiga do que a Eva Mitocondrial do homem moderno: cerca de 400 mil anos, em contraste com 140 mil anos desta última. Esse dado sugere que o intercruzamento entre Homens de Neandertal e Homens Modernos foi raramente bem-sucedido- talvez nunca. A cor verde das algas, assim como dos pinheiros, das couves e da grama, provém de pequenos corpos verdes chamados cloroplastos no interior das suas células. Assim como as mitocôndrias, os cloroplastos são descendentes distantes de bactérias que, antigamente, tinham vida livre. Eles ainda têm seu próprio DNA e se reproduzem por divisão assexuada, formando uma população dentro de cada célula “hospedeira”. Do ponto de vista de um cloroplasto, ele é membro de uma população reprodutiva de bactérias verdes, e seu mundo, é o interior de uma célula vegetal. O genoma do cloroplasto é uma molécula circular de DNA, mas geralmente maior do que o genoma mitocondrial, variando de 120 a 220 kb. Algumas algas unicelulares flageladas apresentam um DNA de cloroplasto com 143.172 pb, enquanto o pinheiro Pinus thunbergii tem 119.707 pb como tamanho de genoma do seu cloroplasto. A variação no tamanho do genoma desta organela deve-se, especialmente, à presença de repetições invertidas, as quais separam regiões de cópias únicas pequenas e grandes. Na maioria das espécies, o genoma do cloroplasto codifica quatro tipos de rRNAs, 30 tRNAS e aproximadamente 100 mRNAs, cujos produtos estão envolvidos na síntese protéica ou na fotossíntese. Alguns genomas podem apresentar íntrons, mesmo sendo mais raro. De forma geral, o conteúdo gênico do cloroplasto é basicamente o mesmo entre os organismos, podendo apresentar variações espécie-específicas, as quais resultaram do processo de migração dos genes do cloroplasto para o genoma nuclear. 2.5. Considerações finais 29 NOME DA DISCIPLINA O fato é que é extraordinário o quanto a área de estudo da evolução molecular já se desenvolveu nas últimas décadas. Hoje somos capazes de explorar dados e conhecimentos em uma velocidade impressionante, através de metodologias moleculares de alta definição e, ao mesmo tempo, globais o suficiente a ponto de nos permitirem enxergarmos as semelhanças e diferenças entre os organismos existentes e ancestrais. Tais abordagens nos permitem aplicar o conhecimento para a melhoria da vida do homem e outros seres em todos os habitats do planeta em que vivemos. Finalmente, o conhecimento adquirido de evolução molecular, e o que ainda está por vir, contribui significativamente para o entendimento sobre a evolução dos genes, dos genomas e dos organismos, assim como, da origem da vida. Mas continua a dúvida de quem surgiu primeiro foi o DNA, o RNA ou as proteínas? As discussões se concentram na informação de que o DNA é uma molécula bastante complexa em estrutura, assim uma baixa probabilidade de ter sido o primeiro a surgir de maneira abiótica. Além disso, o DNA não é capaz de fazer cópias dele mesmo de forma independente, precisando da ajuda de RNAs e de proteínas. Embora as proteínas se mostrem bastante versáteis, existe uma grande tendência dos pesquisadores em aceitar que o RNA parece ser o mais primordial. Isto decorre do fato de que RNA pode armazenar informações e catalisar reações. Entretanto, diversas objeções a esta teoria, principalmente devido ao RNA não poder ter ocorrido em condições de química prebiótica, e que teria sido uma invenção posterior, quando certo grau de complexidade já havia sido atingido pelos primeiros organismos (não vivos). Assim, os defensores de uma ou de outra possibilidade têm discutido muito, e até agora não chegaram a algum consenso. Saiba mais: Dawkins, R. A grande história da evolução: na trilha dos nossos ancestrais. Tradução: Laura Teixeira Motta. São Paulo: Companhia das Letras, 2009. 759 p. Freeman, S.; Herron, J.C. Mecanismos de mudança Evolutiva. In: Análise Evolutiva. 4 ed. Porto Alegre: Artmed, 2009. 848 p. Matioli, S.R. (ed.) Biologia Molecular e Evolução. Matioli, S.R.; Fernandes, F.M.C. (editores). Ribeirão Preto: Holos, Editora. Sociedade Brasileira de Genética. 2012. 256 p. Sadava, D.; Heller, C.; Orians, G.H.; Purves, W.K.; Hills, D.M. Vida: A Ciência da Biologia. Volume II. Evolução, diversidade e ecologia. Porto Alegre: Artmed, 2009. 448 p. 30 NOME DA DISCIPLINA 3. Organização da Variação Genética Juliana da Silva 3.1. Introdução Uma condição fundamental para que haja evolução é a existência de variação genética. A seleção natural atua entre as variantes dentro das populações em relação à adaptação ao ambiente, proporcionando variação entre populações e, por fim, variação entre espécies. A conservação de espécies tem por base a manutenção dos níveis naturais de variabilidade genética nas populações. A variabilidade é o fator essencial para a não extinção das espécies. O conhecimento dos níveis e distribuição da variação genética dentro e entre populações é de fundamental importância para o estabelecimento de práticas conservacionistas efetivas e eficientes. Aliando teorias genéticas às técnicas moleculares, a genética da conservação tem o intuito de reduzir o risco de extinção das espécies, disponibilizando ferramentas de análise que permitam direcionar de forma mais eficiente estratégias de gerência e proteção das espécies. Estratégias potencialmente eficientes para a conservação da diversidade de espécies requerem o conhecimento fundamental da estrutura genética de suas populações. O 31 NOME DA DISCIPLINA conhecimento da composição genética de populações é importante para o estudo da evolução. Pode-se conhecer a composição genética de uma população calculando as freqüências de genes e de genótipos que a compõem. Os marcadores moleculares baseados em DNA permitem ampla cobertura genômica, e tornam-se assim, ferramentas para o acesso à variabilidade genética das populações. Entre as técnicas para a detecção de marcadores moleculares que utilizam o princípio da PCR (Reaçãoem cadeia da polimerase) podem ser destacadas as técnicas de RFLP, RAPD e microssatélite. Potencialmente, todas as espécies podem ser estudadas com estas técnicas. Uma população é composta de indivíduos da mesma espécie, que se acasalam e que apresentam certas características em comum. A Genética de Populações é um ramo da Genética que trata das frequências alélicas e genotípicas nas populações e as forças capazes de alterar essas frequências ao longo das gerações e consequentemente, busca interpretar os fenômenos evolutivos. A genética de populações tornou-se uma ferramenta importante devido à sua finalidade de descrever a variação genética em populações e estudar os mecanismos de manutenção dessa variabilidade. Tal variabilidade é introduzida continuamente nas populações por mutação ou migração de indivíduos de outras populações e é perdida por deriva genética, por endocruzamentos e, no caso de genes neutros, pela maior parte dos tipos de seleção natural. O tamanho da população é importante na determinação da sua estrutura. Se a população for pequena, ela apresentará certa endogamia, alterando sua estrutura; se for grande e a união dos gametas aleatória, a população apresentará equilíbrio genético. Os genes e genótipos, na ausência de outras forças que favoreçam a formação de um ou outro gameta, permanecerão na mesma proporção, geração após geração. Dois pesquisadores, Wilhelm Weinberg (médico alemão; 1862-1937) e Godfrey Harold Hardy (matemático inglês; 1877-1947) chegaram independentemente, e quase que simultaneamente, às mesmas conclusões a respeito daquilo que é considerado o fundamento da Genética de Populações, isto é, o ramo da Genética que visa à investigação da dinâmica dos genes nas populações naturais, buscando a elucidação dos mecanismos que alteram a sua composição gênica (efeito de fatores evolutivos, isto é, mutações, seleção natural, deriva genética e fluxo gênico de 32 NOME DA DISCIPLINA populações migrantes) ou apenas a freqüência genotípica pelo aumento da homozigose (efeito dos casamentos consangüíneos ou da subdivisão da população em grandes isolados). As conclusões concordantes a que chegaram passaram a ser conhecidas como a lei do equilíbrio de Hardy e Weinberg ou, mais simplesmente, teorema de Hardy e Weinberg. No período de 1903 a 1930 ocorreram as grandes descobertas em Genética de Populações, podendo-se destacar os nomes Fisher, Wright e Haldane, dentre outros. Antes de explorarmos mais sobre este teorema devemos discutir alguns conceitos fundamentais. 3.2. Conceitos Fundamentais 3.2.1. População mendeliana Grupo de indivíduos da mesma espécie que se intercasalam e que por isso apresenta propriedades numa dimensão de espaço (devido ao intercasalamento dos indivíduos da mesma espécie) e de tempo (devido aos elos de reprodução). A caracterização da variabilidade genética dentro de populações é efetuada a partir de medidas de diversidade intrapopulacional, como a porcentagem de locos polimórficos; o número médio de alelos por loco polimórfico; o número médio de alelos observados; a heterozigose média esperada por loco e o número efetivo de alelos. Algumas vezes, também é utilizada a heterozigose média observada por loco. 3.2.2. Frequências Gênicas e Genotípicas Para descrever a constituição genética de um grupo de indivíduos, seria necessário especificar seus genótipos e saber em que frequência estariam representados. Esta seria uma descrição completa, se a natureza das diferenças fenotípicas entre os genótipos não nos interessasse. Os genes encontrados em populações têm continuidade de geração a geração, o que não acontece com os genótipos nos quais eles aparecem. A constituição genética da população, com relação aos genes, que ela transporta, é descrita pela relação das frequências gênicas ou alélicas. A descrição da constituição genética de uma população conduz ao estudo das frequências relativas dos indivíduos com determinados genótipos. Supondo que o número de indivíduos em uma população seja igual a N, considerando para efeito de simplicidade um loco autossômico com dois alelos [A1 e A2] e, admitindo ainda uma DENGUE Realce 33 NOME DA DISCIPLINA população de organismos diplóides, teremos três tipos possíveis de genótipos: A1A1, A1A2, A2A2 . A determinação da freqüência gênica e da freqüência genotípica de uma população pode ser exemplificada em uma população com as seguintes características: Genótipo N° de indivíduos AA 3600 Aa 6000 aa 2400 Total 12000 A freqüência dos genes A ou a, nessa população, pode ser calculada do seguinte modo: A frequência (f) do gene A é: 3600 indivíduos com genótipo AA: n° de genes A = 7200 (cada indivíduo possui um alelo herdado da mãe e outro do pai, neste caso da mãe A e do pai A, sendo 3600+3600); 6000 indivíduos Aa: n° de genes A = 6000 (cada indivíduo possui um alelo herdado da mãe e outro do pai, neste caso um passa o alelo A e o outro a, sendo 6000 cada); Assim, resultantes de 7200 + 6000, teremos um Total de genes A = 13200. O número total de genes na população para esse locus é 24000, pois o número de indivíduos apresenta dois alelos para o locus em questão e temos um total de 12000 indivíduos. Freqüência = n° total desse gene de um gene n° total de genes para aquele locus 34 NOME DA DISCIPLINA f(A) = n° total de genes A = 13200 = 0,55 n° total de genes 24000 para esse locus Para calcular a frequência de a, pode-se proceder do mesmo modo ou, então, utilizar a fórmula que estabelece a relação entre genes alelos: 0,55+ f(a) = 1 f(a) = 1 - 0,55 f(a) = 0,45 ou f(a) = 45% Nessa população, as freqüências dos genes A e a são, portanto, respectivamente: A freqüência genotípica, neste caso, pode ser calculada do seguinte modo: As freqüências dos genótipo AA, Aa e aa nessa população são, respectivamente: f(A) = 55% f(a) = 45% f(A) = 55% ou f(A) = 0,55 f(A) + f(a) = 1 n° de indivíduos com um Freqüência = determinado genótipo genotípica n° de indivíduos da população 35 NOME DA DISCIPLINA AA = 3600 = 0,30 12000 Aa = 6000 = 0,50 12000 aa = 2400 = 0,20 12000 3.3. Teorema De Hardy-Weinberg Este teorema, o qual é a base da teoria genética da evolução, formulado independentemente em 1908 pelos cientistas Hardy e Weinberg, tem o seguinte enunciado: Assim, o teorema assume, sob certas premissas que, de uma geração para outra não há mudança na abundância relativa dos alelos; a única mudança na composição genética da população é a redistribuição dos genótipos em freqüências que serão mantidas em todas as gerações subseqüentes. As premissas subordinadas a este teorema são: i) o tamanho da população é infinito ou efetivamente infinito; ii) os indivíduos cruzam-se aleatoriamente; iii) os alelos são igualmente componentes na síntese de cópias de si mesmo (isto implica ausência de seleção) e iv) não ocorre a introdução de novas cópias de qualquer alelo a partir de fonte externa, ou seja, não há migração ou mutação. Uma população caracterizada com as condições do teorema encontra-se em equilíbrio genético. Na natureza, entretanto, não existem populações sujeitas rigorosamente a essas condições. Partindo-se de uma população com frequências alélicas f(A)=p e f(a)=q, as proporções genotípicas esperadas na próxima geração, podem ser facilmente calculadas, usando a suposição de que acasalamentoao acaso de indivíduos é equivalente à união ao acaso de gametas. Em uma população infinitamente grande, em que os cruzamentos ocorrem ao acaso e sobre o qual não há atuação de fatores evolutivos, as freqüências gênicas e genotípicas permanecem constantes ao longo das gerações. 36 NOME DA DISCIPLINA Essa relação pode ser representada do seguinte modo: Os genótipos possíveis são AA, Aa e aa e as freqüências genotípicas em cada geração serão: m Sob a suposição de acasalamento ao acaso o arranjo genotípico é o quadrado do arranjo gamético na população inicial, quando cada pai contribui igualmente para a descendência. Hardy e Weimberg compreenderam que esse resultado nada mais era AA: a probabilidade de um óvulo portador do gene A ser fecundado por u espermatozóide portador do gene A é: p X p = p² aa: a probabilidade de um óvulo portador do gene a ser fecundado por um espermatozóide portador do gene a é: q X q = q² Aa: a probabilidade de um óvulo portador do gene A ser fecundado por um espermatozóide portador do gene a é: p X q = pq aA: a probabilidade de um óvulo portador do gene a ser fecundado por um espermatozóide portador do gene A é: q X p = qp 37 NOME DA DISCIPLINA do que o desenvolvimento do binômio (p+q) elevado à segunda potência, aprendido em álgebra elementar: No caso de dominância completa, é chamando de p a freqüência de um alelo dominante e de q a freqüência do alelo recessivo, e sabendo-se que p+q =1, obtém-se a fórmula de Hardy-Weimberg: A importância do teorema de Hardy-Weinberg para as populações naturais está no fato de ele estabelecer um modelo para o comportamento dos genes. Desse modo, é possível estimar frequências gênicas e genotípicas ao longo das gerações e compara-las com as obtidas na prática. Se os valores observados são significativamente diferentes dos valores esperados, pode-se concluir que fatores evolutivos estão atuando sobre essa população e que ela está evoluindo. Se os valores não diferem significativamente, pode-se concluir que a população está equilíbrio e que, portanto, não está evoluindo. (p+q)² = p² + 2pq + q² p² + 2pq + q² = 1 38 NOME DA DISCIPLINA Exemplos de aplicação da fórmula de Hardy-Weimberg: EXEMPLO 1 Para exemplificar numericamente este teorema, vamos supor uma população com as seguintes freqüências gênicas: Pode-se estimar a freqüência genotípica dos descendentes utilizando a fórmula de Hardy- Weimberg: Se a população estiver em equilíbrio, a freqüência será sempre mantida constante ao longo das gerações. Se, no entanto, verificarmos que os valores obtidos na prática são significativamente diferentes desses esperados pela fórmula de Hardy- Weimberg (para isto se utiliza o teste estatístico do Qui-quadrado=2), a população não se encontra em equilíbrio genético e, portanto, está evoluindo. A freqüência de cada gene também não sofrerá alteração ao longo das gerações, se essa população estiver em equilíbrio genético. p= freqüência do gene B = 0,9 q= freqüência do gene b = 0,1 39 NOME DA DISCIPLINA EXEMPLO 2 A fórmula de Hardy-Weimberg pode ser utilizada para estimar a freqüência de determinado par de alelos em uma população em equilíbrio, conhecendo-se o aspecto fenotípico. Supondo que, em uma população teórica em equilíbrio, 16% dos indivíduos são míopes e o restante tem visão normal, qual a freqüência de genes recessivos e dominantes para esse caráter nessa população, sabendo-se que a miopia é derteminada por gene recessivo? Pela fórmula de Hardy-Weimberg: onde: A freqüência do gene m é 0,4 e a do gene M é 0,6. p² + 2pq + q² = 1 40 NOME DA DISCIPLINA Sabendo disto, podemos estimar a freqüência genotípica do seguinte modo: p2 + 2pq + q2 (0,6)2 + 2.(0,6).(0,4) + (0,4)2 Logo, as frequências genotípicas são: MM = 0,36 = 36% Mm = 0,48 = 48% mm = 0,16 = 16% SAIBA MAIS: Freeman, S. and Herron, J.C. 2009. Análise Evolutiva. Artmed. Futuyma, D. J. 1992. Biologia Evolutiva. Sociedade Brasileira de Genética. Hartl, D. and Clark, A. 2010. Princípios de Genética de Populações. Artmed. Ridley, M. 2006. Evolução. Artmed. 41 NOME DA DISCIPLINA 4. Origem e evolução do sexo 1. Introdução Marcos Machado2 A reprodução sexual é uma forma de reprodução em que dois tipos morfologicamente distintos de células reprodutoras especializadas, denominadas gametas, se fundem, envolvendo o óvulo grande (ou o ovo) de uma fêmea e o esperma menor de um macho. Cada gameta contém metade do número de cromossomos das células normais. Eles são criados por um tipo especial de divisão celular, que só ocorre em células eucarióticas, conhecido como meiose. Os dois gametas se fundem durante a fertilização para produzir a replicação do DNA e a criação de um zigoto unicelular que inclui material genético de ambos os gametas. Em um processo chamado recombinação genética, o material genético (ADN) se une permitindo que as sequências cromossômicas homólogas estejam alinhadas entre si, e esta é seguida pela troca de informações genéticas. Duas rodadas de divisão celular, em seguida, produzem quatro células filhas com a metade do número de cromossomos de cada célula original e o mesmo número de cromossomos que ambos os pais, embora a autofecundação possa ocorrer. Por exemplo, na reprodução humana, cada célula humana contém 46 Fig 01. Ciclo reprodutivo com a produção de gâmetas durante a meiose, com genoma haploide. Na fertilização, gâmetas juntam-se para formar um zigoto diploide. Modificado de https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons /5/51/Sexual_cycle.svg cromossomos, 23 pares, exceto células de gametas, que contêm apenas 23 cromossomos, de modo que a criança terá 23 cromossomos de cada pai geneticamente recombinados em 23 pares. A divisão celular inicia o desenvolvimento de um novo organismo individual em organismos multicelulares, incluindo animais e plantas, em sua grande maioria (TOGASHI T., P. COX, 2011). 2 Biólogo, Mestre em Geociências (UFRGS), Professor do Curso de Ciências Biológicas da ULBRA. 42 NOME DA DISCIPLINA A evolução da reprodução sexual é um grande enigma porque a reprodução assexuada pode ser capaz de superá-la à medida que todo organismo jovem criado pode suportar seus próprios jovens. Isso implica que uma população assexuada tem uma capacidade intrínseca para crescer mais rapidamente com cada geração. Este custo de 50% é uma desvantagem em termos de condição física da reprodução sexual. O duplo custo do sexo inclui essa desvantagem e o fato de que qualquer organismo só pode transmitir 50% de seus próprios genes à sua prole. Uma vantagem definitiva da reprodução sexual é que impede a acumulação de mutações genéticas. A seleção sexual é um modo de seleção natural em que alguns indivíduos escolhem outros de uma população porque eles são melhores para proteger os companheiros de reprodução sexual. Foi descrito como "uma poderosa força evolutiva que não existe em populações assexuadas". Organismos procariontes, cuja célula inicial possui material genético adicional ou transformado, se reproduzem através de reprodução assexuada,
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