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Faculdade de Integração do Sertão. Disciplina: Biologia Molecular. Profª.: Fernanda Andrade. Turma: 2016.1 Curso: Farmácia. Exercício de revisão – 2ª VA 1. Defina sequenciamento de DNA. R. Método de se determinar a ordem linear das bases em um fragmento de DNA. 2. Quais as vantagens do método de sequenciamento enzimático em relação ao método químico? R. Fornece informação sobre um número maior de bases; não requer uso de químicos insalubres; permite automação. 3. Explique como ocorre o sequenciamento pelo método enzimático. R. A síntese de DNA é feita usando alguns truques que permitem revelar a ordem das bases. O primeiro deles é a incorporação de um nucleotídeo análogo (ddNTP) na cadeia recém-sintetizada. O ddNTP impede a progressão da síntese pois na posição 3’ do C do açúcar aparece um H em vez do grupo OH. Dessa forma toda vez que um ddNTP entra na molécula que está sendo fabricada, a síntese é interrompida nesse ponto, pois ele não permite a ligação fosfodiéster. O segundo truque é a utilização de um primer marcado com fósforo radioativo, dessa forma as moléculas recém formadas poderão ser detectadas. Preparam-se 4 tubos de reação, mas em cada tubo o ddNTP adicionado é análogo a uma das quatro bases normais. A coleção de moléculas obtidas em cada tubo é desnaturada e, separadamente, organizada por ordem de tamanho em eletroforese. Terminada a eletroforese o gel é exposto a um filme de raios X, onde devido a radioatividade as moléculas de DNA podem ser observadas como inúmeras bandas, e a leitura é feita analisando os produtos das 4 reações pela ordem crescente do tamanho das bandas, que denotam a posição das bases na molécula-molde original. 4. Diferencie dNTPs de ddNTPs. R. dNTP: nucleotídeo. Na posição 3’ do carbono do açúcar tem um grupo OH, que permite a ligação fosfodiéster entre dois nucleotídeos. ddNTP: nucleotídeo análogo. Na posição 3’ do carbono do açúcar aparece um H em vez do grupo OH, que impede a ligação fosfodiéster. 5. Qual a diferença entre o sequenciamento enzimático manual e do automatizado? R. No manual a reação de síntese de DNA precisa ser realizada em 4 tubos diferentes, cada um contendo um tipo de ddNTP, a marcação dos primes é realizada por radioatividade e o resultado é analisado através de eletroforese. Embora o princípio seja o mesmo, o método automático usa quatro corantes fluorescentes com cores diferentes para detectar cada um dos ddNTPs, isso permite que a reação de síntese de DNA seja realizada em um único tubo. Dessa forma, em vez de se verificar os resultados em gel de poliacrilamida, o aparelho utiliza raio laser para ler a fluorescência do corante à medida que as bandas passam por um ponto fixo. Isso permite que sequências mais longas sejam lidas de uma só vez e a leitura é automaticamente registrada no computador acoplado ao aparelho. 6. O que são microarrays? R. Poderosa tecnologia também conhecida como chipe de DNA, chipe biológico ou biochipe. O princípio dessa tecnologia é referido como dot blot invertido, onde as sondas a serem testadas são fixadas no filtro e o DNA genômico é usado na solução de hibridização. 7. Defina bioinformática e cite seus objetivos. R. Ciência que gerencia e analisa dados biológicos utilizando ferramentas da matemática, estatística e computação. Tem como objetivos: desenvolver maneiras de estabelecer relações entre elementos de um grande conjunto de dados; analisar e interpretar vários tipos de dados, incluindo sequências de DNA e aminoácidos, proteínas e suas interações; desenvolver e implementar ferramentas que permitam o acesso eficiente e o manejamento de diferentes tipos de informação. 8. Quais os principais objetivos do PGH? R. Identificar todos os genes no DNA humano; determinar a sequência dos 3 bilhões de pares de bases que compõem o genoma humano; armazenar essa informação em bancos de dados disponíveis ao público; aperfeiçoar a análise de dados; lidar com as questões éticas, legais e sociais advindas do desenvolvimento do projeto. 9. Faça um esquema mostrando como o genoma humano está organizado. R. pessoal. 10. Defina: a) Sequências simples: sequências de nucleotídeos que são únicas ou aparecem poucas vezes representadas no genoma. b) Íntrons: são regiões não codificantes que intercalam os éxons. Os íntrons são inicialmente transcritas em RNA no núcleo, mas não estão presentes no mRNA final no citoplasma. c) Pseudogenes: genes que se acredita foram um dia ativos mas que perderam sua atividade ao longo da evolução. d) DNA extragênico; sequências dispersas entre os genes. e) Sequências repetidas: sequências que se repetem de centenas a milhões de vezes no genoma. f) Famílias de multigenes: compostas por genes similares, embora eles possam exibir funções diferentes. Acredita-se que as famílias de multigenes sejam formadas por uma série de eventos de duplicação durante a evolução e que o acúmulo de mutações ocorridas ao longo do tempo é responsável pelas pequenas diferenças observadas hoje entre esses genes. g) DNA satélite: compreende sequências relativamente grandes e sem atividade de transcrição, que se repetem em tandem. h) DNA minissatélite: sequência repetida em tandem que apresenta tamanho moderado e expande-se em um comprimento de 15-20 kb. i) DNA microssatélite: sequências muito pequenas que se repetem em tandem contendo, geralmente, de 1 a 4pb. 11. Cite a composição do genoma mitocondrial. R. O cromossomo mitocondrial contem 16.569pb e 37 genes, que codificam 2 RNA ribossômicos, 22 RNA transportadores e 13 polipeptídeos. 12. Faça uma tabela mostrando as diferenças entre o genoma nuclear e o genoma mitocondrial. R. Pessoal. 13. Explique as possíveis origens para as doenças genéticas. R. Monogênicas – causadas pela alteração de um único par de genes. Multifatoriais – provêm de fatores ambientais e da interação de vários genes. Cromossômicas – decorrentes da deficiência ou do excesso de cromossomos. Células somáticas – decorrentes de mutações genéticas nas células somáticas provocadas por vírus, radiação e agentes químicos. 14. Cite uma doença monogênia e explique o padrão de herança genética. R. Pessoal. 15. Defina genômica e proteômica. R. Genômica: subdivisão da genética de mapeamento, sequenciamento e análise do funcionamento de genomas inteiros (Thomas Roderick, 1986). Proteômica: identificação, caracterização e quantificação de todas as proteínas envolvidas em uma cadeia particular, organela, célula, tecido, órgão ou organismo que pode ser estudado com o objetivo de fornecer dados confiáveis para o entendimento de determinado sistema. 16. Quais os objetivos da genômica estrutural e da genômica funcional? R. Genômica estrutural - Visa a caracterização física do genoma; Genômica funcional – visa a caracterização do transcriptoma e do proteoma. 17. Quais fatores podem afetar o proteoma de uma célula? R. Condições culturais, stress, temperatura, interações, fisiologia e fármacos. 18. O que são OGMs? R. Organismos geneticamente modificados. Eles possuem alterações em trechos do genoma realizadas através da tecnologia do RNA/DNA recombinante ou engenharia genética. 19. OGMs é o mesmo que transgênicos? Explique. R. Não. Todo transgênico é um organismo geneticamente modificado, mas nem todo OGM é um transgênico. Os transgênicos são organismos que contém um ou mais genes transferidos artificialmente de outra espécie. 20. Cite vantagens da utilização de OGMs em animais, plantas e na saúde humana. R. Pessoal. 21. Quais os possíveis riscos a saúde humana e ao meio ambienteo uso de OGMs pode provocar? R. Pessoal.
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