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* ESTRUTURA GERAL DOS AMIONOÁCIDOS DE OCORRÊNCIA BIOLÓGICA Grupamento amino Grupamento carboxilato (ácido carboxílico) Hidrogênio Grupamento “R”, ou cadeia lateral Essa parte ( R) é que define as propriedades cada aminoácido de acordo com suas características de estrutura, tamanho, caga elétrica , solubilidade Exceção: * OS AMINOÁCIDOS POSSUEM (PELO MENOS) UM CARBONO QUIRAL Estéreo isômeros Ópticamente ativos, isto é mudam o plano de polarização da luz polarizada (enantiomeros) Os aminoácidos utilizados nas proteínas são L-estereoisômeros Exceção: Centro quiral A B C D A B C D * CLASSIFICANDO OS AMINOÁCIDOS * UMA CLASSIFICAÇÃO DOS AMINOÁCIDOS * OUTRA CLASSIFICAÇÃO: * APOLARES ALIFÁTICOS Alanina , valina, leucina e isoleucina tendem a se agrupar no interior das proteínas, estabilizando sua esrutura por meio de interações hidrofóbicas. Metionina possui um grupamento tioéter apolar (contendo enxofre) na sua cadeia lateral. Prolina: tem uma cadeia alifática ciclica na sua cadeia lateral. Sua amina secundária (imino) confere rigidez à região do polipeptídeo onde está presente. Glicina: É o que tem a estrutura mais simples. Embora esteja classificada como apolar, sua cadeia lateral é muito pequena para contribuir com as interações hidrofóbicas * POLARES NÃO CARREGADOS São mais hidrofílicos que os aminoácidos apolares porque contém grupamentos funcionais capazes de fazer pontes de hidrogênio com a água. A polaridade as serina e da treonina é devida ao seus grupamentos hidroxila (–OH). A polaridade da cisteína é devida ao seu grupamentoa sulfidrila (-SH). Os grupamentos amida conferem polaridade às cadeias laterais da asparagina e da glutamina Asparagina e glutamina são amidas de outros dois aminoácidos também encontrados em proteínas: aspartato e glutamato * CISTEÍNA E CISTINA A cisteína é facilmente oxidada para formar um dímero através de uma ligação covalente do tipo dissulfeto . Esse dímero, que se chama cistína, é extremamente apolar . As ligações dissulfeto tem um papel muito importante na estrutura de muitas proteínas formando ligações covalentes entre diferentes partes de uma molécula de proteína * AMINOÁCIDOS AROMÁTICOS São relativamente apolares (hidrofóbicos). Os três podem participar de interações hidrofóbicas O grupamento hidroxila da tirosina pode formar pontes de hidrogênio, é um importante grupamento funcional no sítio catalítico de algumas enzimas. Tirosina e triptofano são significativamente mais polares do que fenilalanina, devido a hidroxila fenólica da tirosina e ao nitrogênio indólico do triptofano fenol indol * GRUPAMENTOS R COM CARGA POSITIVA (BÁSICOS) Muito hidrofílicos Apresentam carga elétrica positiva em pH fisiológico Lisina contem uma amina primária Arginina contém um grupamento guanidino Histidina contém um grupamento imidazol amina guanidino imidazol * GRUPAMENTOS R COM CARGA NEGATIVA (ÁCIDOS) Possuem carga negativa em pH fisiológico. * OS AMINOÁCIDOS PODEM SE COMPORTAR COMO ÁCIDOS E COMO BASES Doador de H+ Aceptor de H+ Substância anfotérica,ou anfólito, ou anfiprótico * CURVA DE TITULAÇÃO DA GLICINA Dois patamares de tamponamento, um para cada grupamento ativo do ponto de vista ácido-base: uma amina e uma carboxila. Em pH extremamente baixo temos a predominância da forma totalmente protonada Em pH 2.34 (pH =pKa) temos a carboxila semititulada e quantidades equimolares das espécies negativa e neutra. Em pH 5,97 a carboxila está totalmente titulada, a espécie zwiteriônica é a predominante Informações obtidas com a curva de titulação: Dois patamares de tamponamento Valores de pK1 e pK2 Espécies envolvidas e suas cargas elétricas 1+ 0 1- * CURVA DE TITULAÇÃO DO GLUTAMATO 1+ 0 1- 2- Quantos patamares? R: três Quais os valores de pKs? Quais as espécies (os estados de protonação do glutamato) envolvidas? Quais as cargas líquidas de cada espécie? * PROPRIEDADES QUÍMICAS E CONVENÇÕES RELACIONADAS AOS AMINOÁCIDOS Código de três letras Código uma letra Peso molecular pK do carboxilato pK da amina pK da cadeia lateral !!!?? !!!?? * É uma escala teórica que procura estimar se das cadeias laterais dos aminoácios vão procurar ambientes aquosos (como o citoplasma) ou lipídicos (como as membranas celulares). Valores negativos indicam hidrofilicidade, enquanto valores positivos indicam hidrofobiciadade. Pode ser usado para estimar como uma proteína de membrana se insere na bicamada lipídica PROPRIEDADES QUÍMICAS E CONVENÇÕES RELACIONADAS AOS AMINOÁCIDOS (CONT.) pI – Ponto isoelétrico Ponto isoelétrico é o valor de pH no qual a soma total das cargas de uma molécula (carga líquida) é igual a zero pI > 7 básicos pI < 7 ácidos O que é Ponto isoelétrico? Índice de hidrofobicidade O que é Índice de hidrofobicidade? Frequencia (%) É simplesmente uma estatística que mostra o percentual com que cada aminoácido aparece num universo de 1500 proteínas seqüenciadas * NOMES DOS AMINOÁCIDOS Asparagina foi o primeiro encontrada em aspargos, Glutamato no glúten de trigo; Glicina (glykos grego, "doce") assim chamada devido ao seu sabor doce. Tirosina foi isolada pela primeira vez do queijo (seu nome é derivado do grego ”tyros” , "queijo"); * PEPTÍDEOS SÃO CADEIAS DE AMINOÁCIDOS Dois aminoácidos podem se ligar covalentemente através de uma ligação peptídica (amarelo) pra formar um dipeptídeo Essa ligação ocorre com a liberação de uma molécula de água. Trata-se de uma reação de condensação Mais aminoácidos podem ser adicionados de forma parecida formando tri-, tetra-, pentapeptídeos e assim por diante... Para deslocar a reação no sentido de polimerização é necessário ativar o ácido carboxílico. As proteínas são polímeros lineares de centenas a milhares de aminoácidos * PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Ser–Gly–Tyr–Ala–Leu Seril-glicil-tyrosil-alanil-leucina A nomenclatura começa pela ponta amino-terminal, que é escrita à esquerda Embora a hidrólise das ligações peptídicas seja uma reação exergônica (favorável termodinamicamente) ela ocorre lentamente devido à sua alta energia de ativação. Isso quer dizer que as ligações peptídicas são bem estáveis, apresentam uma meia-vida de sete anos na maioria das condições fisiológicas. Carboxi terminal Amino terminal Ligações peptídicas Cadeias laterais * INFORMAÇÃO PARA A SEQUENCIA PRIMÁRIA DE AMINOÁCIDOS DE UMA PROTEÍNA * DOGMA CENTRAL DA BIOLOGIA MOLECULAR * NÍVEIS NA ESTRUTURA DE PROTEÍNAS A estrutura primária seqüência de aminoácidos unidos por ligações peptídicas e inclui todas as pontes dissulfeto. Estrutura secndária padrões em hélice, folhas, e alças frequentemente assumidos Estrutura terciária como os blocos (domínios) de estrutura secundária se agrupam para formar monomêros Estrutura quaternária como os monomêros se agrupam para formar oligomêros * FATORES QUE PARTICIPAM NO ENOVELAMENTO DE UMA PROTEÍNA Pontes de hidrogênio Pontes dissufeto Interações hidrofóbicas Interações eltroestáticas As cadeias laterais dos aminoácidos determinam o enovelamento das proteínas * * * * * * * * * DADOS MOLECULARES SOBRE ALGUMAS PROTEÍNAS * * LIPOPROTEINA (EX.) Lipoproteína de baixa densidade LDL Função: transporte de lipídeos Composição: Apoprotéinas Ester de colesterol Colesterol Fosfolipídios Triacilgliceróis * GLICOPROTEÍNA (EX.) Glicoproteínas de superfície celular Função: Reconhecimento celular Proteção Hidratação * HEME PROTEÍNA (EX. 1) Hemoglobina Funções: Transporte de O2 Transporte de CO2 * HEME PROTEÍNA (EX. 2) Citocromos: Função: Cadeia de transporte de elétrons(respiração celular) * HEME PROTEÍNA (EX. 3) Citocromos P450 Funções Detoxificação Síntese de hormônios esteróides OBS: Freqüentemente tem atividade de hidroxilação * * FUNÇÕES DAS PROTEÍNAS * FUNÇÃO ESTRUTURAL- COLÁGENO * FUNÇÃO ESTRUTURAL- COLÁGENO * FUNÇÃO ESTRUTURAL- QUERATINA * FUNÇÃO ESTRUTURAL- QUERATINA * FUNÇÃO ESTRUTURAL- QUERATINA * DIGESTÃO E ABSORÇÃO DE PROTEÍNAS PROTEÍNAS EXÓGENAS: da dieta. Quantidade recomendada para manter o balanço nitrogenado: 70 a 100 g/dia. PROTEÍNAS ENDÓGENAS: secretadas, enzimas, de células descamadas, de bactérias na luz do TGI. Quantidade: 35-200g/dia. NAS FEZES: 1-2 g de N correspondentes a 6-12 g proteína/dia originárias do cólon. PROCESSOS DIGESTIVOS E ABSORTIVOS: altamente eficientes, no delgado. 1 g de proteína fornece ca. de 4 Cal * DIGESTÃO E ABSORÇÃO DE PROTEÍNAS Fontes: dieta, células descamadas, enzimas Pepsinas (estômago): hidrólise variável (~ 15%) Intestino delgado: grande capacidade de digestão 3 etapas: luminal membrana intracelular * DIGESTÃO DAS PROTEÍNAS: FASE GÁSTRICA PEPSINOGÊNIO clivagem de 44 AA da terminação NH2 a pH < 5 PEPSINOGÊNIO LIGADO AO PEPTÍDEO: inativador da pepsina reação intramolecular pH < 2 liberação do peptídeo pela pepsina PEPSINA pH ótimo de ação = 2 a 3 - inativação a pH >5 Pepsina = endopeptidase: origina oligopeptídeos, não é essencial Importância: (a) hidroliza colágeno, facilitando ação de outras enzimas; (b) oligopeptídeos estimulam secreção de gastrina e de CCK no duodeno. auto-catálise * FASE INTESTINAL OU PANCREÁTICA Tripsinogênio Ativada por uma endopeptidase da borda em escova Tripsinogênio Quimiotripsinogênio Pró-elastase Pró-carboxipeptidases Tripsina Quimiotripsina Elastase Carboxipeptidases Proenzimas Enzimas ativas PRODUTOS FINAIS oligopeptídeos di e tripeptídeos aminoácidos livres Tripsina Secreção Pancreática: pró-enzimas proteolíticas tripsinogênio; quimiotripsinogênio; pró-carboxipeptidase. Borda em Escova: enterocinase, aminopeptidases, carboxipeptidase e elastase * pepsina, tripsina, quimotripsina e elastase * Lembre-se! A Entrada de alimentos→ estimula mucosa gástrica secretar gastrina →essa estimula produção de HCl e pepsinogênio pelas glândulas gástricas; O pH (1,0 a 2,5) age como antiséptico e desenovela proteínas para ação das enzimas hidrolíticas; Pepsinogênio é convertido em pepsina ativa; Conteúdo gástrico no intestino delgado induz, a secreção de secretina que estimula o pâncreas a produzir HCO3 que neutraliza HCl, aumenta pH = 7,0; A presença dos Aas no duodeno promove a liberação do hormônio colecistoquinina (CCK) que estimula a secreção de tripsina, quimotripsina e carboxipeptidases (pH 7,0 e 8,0); Aminoácidos são absorvidos pela mucosa intestinal. * CASCATA DE ATIVAÇÃO DAS PROTEASES Proteína Proteína Desnaturada Polipeptídeos Oligopeptídeos Aminoácidos receptor luminal Célula endócrina Intestinal CCK Enteropeptidase aa livres + 2-4 aa peptídeos Absorvidos via carreador no lúmen HCl Pepsina Pepsinogênio Mucosa Intestinal Tripsina Quimotripsina Elastase Tripsinogenio Quimotripsinogenio Proelastase Procarboxipeptidase A&B Célula pancreática acinar Mucosa Intestinal * AMINOPEPTIDASES * ABSORÇÃO Aa livres ou peptídeos de 2-4 resíduos Jejuno: 33-40% = aa livres 60-67% = peptídeos (absorve a maior parte) Íleo: aa livres * Visão Geral da Digestão e Absorção de Proteínas * Degradação de proteínas endógenas Degradação intracelular de proteínas: 1. Degradação lisossomal - Os lisossomos contêm cerca de 50 enzimas hidrolíticas (proteases). Estas enzimas agem em pH próximo de 5, que é o pH interno dos lisossomos e são inativas no pH do citosol. 2. Ubiquitinação de proteínas - A degradação de proteínas em células eucarióticas também ocorre através de um processo dependente de ATP envolvendo a ubiquitina, uma proteína monomérica com 76 resíduos de aminoácidos. * Ubiquitina se liga a proteínas para degradação; Complexo protéico dito proteossomo reconhece proteínas ligadas a ubiquitina e hidrolisam, liberando ubiquitina livre; Proteínas são degradadas até aminoácidos e peptídeos. * Degradação proteínas endógenas * * Destino dos aminoácidos A maioria dos aminoácidos usados pelo organismo para a síntese de proteínas, ou como precursores para outros aminoácidos são obtidos da dieta ou da renovação das proteínas endógenas: * Em animais, os aminoácidos sofrem degradação oxidativa nas três diferentes condições metabólicas: Durante a síntese e degradação do proteínas celulares (turnover protéico): alguns aminoácidos são liberados a partir de proteínas e que não são necessários para nova proteína; Quando a dieta é rica em proteínas e os aminoácidos ingeridos excedem as necessidades do corpo para a síntese proteína, o excesso é catabolizado; (aminoácidos não pode ser armazenados); Durante a fome ou a diabetes mellitus não controlada, quando os carboidratos estão indisponíveis ou não utilizado corretamente, as proteínas celulares são usadas como combustível. * Dependendo do destino destes aminoácidos, eles podem ser classificados como aminoácidos glicogênicos (quando participam da gliconeogênese), cetogênicos (quando geram corpos cetônicos) e glico-cetogênicos (quando a rota metabólica leva à formação de glicose e de corpos cetônicos) METABOLISMO DOS AMINOÁCIDOS * Transferência de grupo amino de um aminoácido para outro; Aminoácidos são desaminados por transaminação: Enzimas que catalisam a transaminação designadas aminotransferases ou transaminases, necessitam da coenzima piridoxal-fosfato (derivado vit B6). Para cada aminoácido existe uma aminotransferase correspondente. Transaminação * O piridoxal fosfato liga-se às transaminases através de uma ligação aldimina com um resíduo de lisina da cadeia polipeptídica da enzima. * Reações de transaminação * A determinação dos níveis séricos das transaminases glutâmico pirúvica (TGP) e glutâmico oxaloacética (TGO) é um dado diagnóstico utilizado rotineiramente na confirmação de problemas cardíacos ou hepáticos. A concentração dessas enzimas no plasma é baixo. No entanto, quando ocorre rompimento de tecido - no infarto do miocárdio - a concentração plasmática aumenta, denunciando a lesão. * Desaminação Glutamato produzido por transaminação é desaminado formando cetoglutarato liberando amônia livre; Reações dessas no fígado e rins, fornecem α-cetoácidos e NH4, fonte de nitrogênio na síntese de uréia; Reação de transaminação e desaminação do glutamato é uma rota onde grupos NH2 dos AA são liberados como NH4. * Desaminação pela glutamato desidrogenase * Glutamato desidrogenase glutamato Fígado O fígado centraliza a desaminação oxidativa do glutamato e a produção de amônia * Glutamato desidrogenase: No fígado, essa enzima está localizada na mitocôndria, onde têm início as reações do ciclo da uréia. A enzima catalisa também a incorporação de amônia, como grupo amino, no alfa-cetoglutarato gerando glutamato e utiliza NADPH como coenzima, envolvendo consumo de ATP. A reação reversa é catalisada pela mesma enzima utilizando NAD como coenzima. * Transaminação Glutamato desidrogenase Em vez de transferências de grupos aminos, um aminoácido pode perder diretamente seu grupo amino desaminação * Desaminação * Aminoácidos Síntese de proteínas hepáticas e plasmáticas Transporte a tecidos periféricos Piruvato Intermediários do ciclo de Krebs Glicose Acetil-CoA Síntese de porfirinas Síntese de ácidos graxos CO2 + O2 Ciclo de Krebs e fosforilação oxidativa ADP ATP * METABOLISMO DOS COMPOSTOS NITROGENADOS NH4 é tóxica em altas concentrações; Deve ser incorporada em compostos biologicamente utilizáveis; Glutamina representa cinqüenta por cento desses aminoácidos circulantes A conversão de glutamato a glutamina é catalisada pela glutamina sintase na reação com gasto ATP; NH4 + glutamato + ATP glutamina + ADP + Pi glutamina sintase * * * Ciclo de Krebs Oxaloacetato Oxaloacetato Oxaloacetato Fumarato Fumarato Aspartato Aspartato Aspartato Citrulina Citrulina Citrulina Arginina Arginina Arginina Ornitina Ornitina Ornitina Argininossuccinato Argininosuccinato Citrato - Isocitrato a - cetoglutarato Succinil - CoA Succinato Glutamato -Cetoglutarato H 2 O ATP PPi + AMP H 2 O Uréia Uréia Uréia Carbamil fosfato Carbamil Carbamil fosfato fosfato CO2 + NH4+ Pi + H 2 O Ornitina transcarbamilase Arginase Arginino- succinato sintase Argininosuccinase P Malato Eliminação pela urina Matriz mitocondrial Citoplasma Carbamilase fosfato sintase 2 ATP 2 ADP + Pi Transaminação 1 * A uréia é a forma de excreção de amônia em mamíferos terrestres; A enzima carbamilfosfato sintetase I (presente na micotôndria e sua atividade depende de N-acetil glutamato) catalisa a condensação da amônia com bicarbonato, para formar carbamilfosfato; O ciclo da uréia tem início, na mitocôndria, com a condensação da ornitina e do carbamilfosfato gerando citrulina; a Citrulina sai da mitocôndria e reage com aspartato gerando argininosuccinato; * A formação da citrulina é catalisada pela transcarbamilase, enquanto a argininosuccinato sintetase gera argininosuccinato, que sofre a ação da argininosuccinato liase e produz arginina; Finalmente a arginase transforma arginina em uréia e ornitina; Este último composto volta para a mitocôndria, dando continuidade ao ciclo; Este ciclo requer 4 ATP para excretar duas moléculas de amônia na forma de uréia, através dos rins. * O ciclo da uréia é o principal mecanismo de eliminação de amônia; Defeito na atividade de enzimas do ciclo causam aumento nos níveis de amônia circulante (hiperamonemia), que gera coma e morte; Deficiência parcial dessas enzimas causam retardamento mental, letargia e vômitos episódicos; Uma explicação para esses distúrbios talvez seja porque níveis altos de amônia favorecem a transformação de alfa-cetoglutarato em glutamato * Isso deve comprometer as reações do ciclo do ácido cítrico gerando uma redução na produção de ATP; O tratamento pode ser feito pela redução na ingestão de aminoácidos, substituindo-os, se necessário, pelos alfa-cetoácidos equivalentes; ou pela remoção do excesso de amônia, através da administração de fármacos que se ligam covalentemente aos aminoácidos e que são excretados através da urina; Benzoato e fenilacetato são exemplos de fármacos utilizados na eliminação de amônia; Benzoato se liga com a glicina e forma hipurato, enquanto fenilacetato liga-se com a glutamina gerando fenilacetilglutamina. Esses produtos são excretados através da urina. * * * RESUMINDO : O metabolismo do nitrogênio -processo em 4 etapas Ocorrem no Fígado * Balanço Apenas considerando o balanço redox energético e de carbonos * DETALHANDO -Catabolismo dos grupamentos amino Íon amônio Proteínas Intracelulares Proteínas da dieta Músculo Músculo e outros tecidos Fígado transaminação Deaminação oxidativa * Pi O nitrogênio é transportado na forma de glutamina Fígado Tecidos periféricos O excesso de amônia nos tecidos periféricos é preso ao glutamato para formar glutamina Após o transporte pela circulação a glutamina entra no fígado e a amônia é liberada pela enzima mitocondrial glutaminase * Ciclo da glicose-alanina Glicose Piruvato Alanina Alanina Piruvato a-cetoglutarato glutamato NH4+ Aminoácidos Proteínas musculares Glicose Glicose NH4+ Uréia a-cetoglutarato glutamato alanina aminotransferase alanina aminotransferase Glico-neogênese Alanina O músculo libera seu nitrogênio na forma de alanina A alanina também carrega consigo carbonos que são convertidos em glicose pelo fígado Fígado Músculo O fígado desamina o glutamato e utiliza o piruvato produzido para sintetizar glicose A glicose é exportada para o sangue onde é utilizada por tecidos glicolíticos (como o músculo) * Transaminações desaminação e síntese de carbamoil fosfato Glutamato desidrogenase Aminotransferases Carbamoil fosfato sintase I Matriz Citoplasma Mitocôndria * ornitina citrulina ATP PPi Ciclo da Uréia AMP Matriz Citoplasma Mitocôndria Ornitina transcarbamilase Arginino- succinato sintase Argininosuccinase Arginase * Ligações entre o ciclo do ácido cítrico e o ciclo da uréia fumarato malato aspartato fumarato malato oxaloacetato glutamato a-cetoglutarato Matriz Citoplasma Ciclo do ácido cítrico Mitocôndria * MUTAÇÕES PODEM LEVAR A DEFICIÊNCIAS EM ENZIMAS QUE CATALISAM PROTEÍNAS Fenilcetonúria – alteração na metabolização da fenilalanina em tirosina Albinismo - falta a enzima tirocinase, enzima responsável pela conversão de tirosina em melanina Porfirias - faltam enzimas que catalisam reações de síntese de porfirinas; Conseqüências neurológicas. * * * * * * Fenilalanina e Tirosina: A transformação de fenilalanina em tirosina é catalisada pela fenilalanina hidroxilase; A ausência dessa enzima ou de sua coenzima, a tetraidrobiopterina, gera retardo mental devido ao aumento nos níveis de fenilalanina e seus derivados (fenilpiruvato, fenillactato e fenilacetato - que da à urina um odor de rato) na circulação sangüínea; Este defeito genético é conhecido como fenilcetonúria. * * A maior parte da tirosina não incorporada às proteínas é metabolizada a acetoacetato e fumarato; Parte é usada na síntese de catecolaminas, cujo processo tem início com a tirosina hidroxilase, enzima dependente de tetraidrobiopterina; O produto dessa reação é a diidroxifenilalanina (DOPA); Dopamina - produto de descarboxilação da DOPA - é convertida, na medula adrenal, em norepinefrina e epinefrina (ou adrenalina). * * * A tirosinase, uma proteína que contém cobre, está envolvida com a conversão de tirosina em melanina; Nessa reação DOPA é usada como cofator interno e produz dopaquinona; A perda da atividade da tirosinase gera albinismo; Existem vários tipos de melanina. Todas são quinonas aromáticas e o sistema conjugado de ligação dá origem à cor. * Serotonina e melatonina são derivadas do triptófano; A serotonina é um neurotransmissor presente no cérebro e causa contração da musculatura lisa de arteríolas e bronquíolos; Como a melatonina, a serotonina também é uma indutora do sono. * Metionina e Cisteína Metionina, ao reagir com ATP, gera o composto S-adenosilmetionina (AdoMet); S-adenosilmetionina é utilizada em algumas reações como doador de grupamento metil (CH3), transformando-se em S-adenosil-homocisteína; Este composto é metabolizado e pode gerar o aminoácido cisteína. * * FENILCETONÚRIA * * METABOLISMO DAS PROTEÍNAS BALANÇO NITROGENADO: ingestão = excreção POSITIVO: ingestão > excreção proteína fixada crescimento, gestação, recuperação de doenças e treinamento de força NEGATIVO: excreção > ingestão catabolismo inanição * * * * Polar, Uncharged R Groups The R groups of these amino acids are more soluble in water, or more hydrophilic, than those of the nonpolar amino acids, because they contain functional groups that form hydrogen bonds with water. This class of amino acids includes serine, threonine, cysteine, asparagine, and glutamine. The polarity of serine and threonine is contributed by their hydroxyl groups; that of cysteine by its sulfhydryl group; and that of asparagine and glutamine by their amide groups. Asparagine and glutamine are the amides of two other amino acids also found in proteins, aspartate and glutamate, respectively, to which asparagine and glutamine are easily hydrolyzed by acid or base. Cysteine is readily oxidized to form a covalently linked dimeric amino acid called cystine, in which two cysteine molecules or residues are joined by a disulfide bond (Fig. 3–7). The disulfide-linked residues are strongly hydrophobic (nonpolar). Disulfide bonds play a special role in the structures of many proteins by forming covalent links between parts of a protein molecule or between two different polypeptide chains. * Nonpolar, Aliphatic R Groups The R groups in this class of amino acids are nonpolar and hydrophobic. The side chains of alanine, valine, leucine, and isoleucine tend to cluster together within proteins, stabilizing protein structure by means of hydrophobic interactions. Glycine has the simplest structure. Although it is formally nonpolar, its very small side chain makes no real contribution to hydrophobic interactions. Methionine, one of the two sulfur-containing amino acids, has a nonpolar thioether group in its side chain. Proline has an * Polar, Uncharged R Groups The R groups of these amino acids are more soluble in water, or more hydrophilic, than those of the nonpolar amino acids, because they contain functional groups that form hydrogen bonds with water. This class of amino acids includes serine, threonine, cysteine, asparagine, and glutamine. The polarity of serine and threonine is contributed by their hydroxyl groups; that of cysteine by its sulfhydryl group; and that of asparagine and glutamine by their amide groups. Asparagine and glutamine are the amides of two other amino acids also found in proteins, aspartate and glutamate, respectively, to which asparagine and glutamine are easily hydrolyzed by acid or base. Cysteine is readily oxidized to form a covalently linked dimeric amino acid called cystine, in which two cysteine molecules or residues are joined by a disulfide bond (Fig. 3–7). The disulfide-linked residues are strongly hydrophobic (nonpolar). Disulfide bonds play a special role in the structures of many proteins by forming covalent links between parts of a protein molecule or between two different polypeptide chains. * Cysteine is readily oxidized to form a covalently linked dimeric amino acid called cystine, in which two cysteine molecules or residues are joined by a disulfide bond (Fig. 3–7). The disulfide-linked residues are strongly hydrophobic (nonpolar). Disulfide bonds play a special role in the structures of many proteins by forming covalent links between parts of a protein molecule or between two different polypeptide chains. * Aromatic R Groups Phenylalanine, tyrosine, and tryptophan, with their aromatic side chains, are relatively nonpolar (hydrophobic). All can participate in hydrophobic interactions. The hydroxyl group of tyrosine can form hydrogen bonds, and it is an important functional group in some enzymes. Tyrosine and tryptophan are significantly more polar than phenylalanine, because of the tyrosine hydroxyl group and the nitrogen of the tryptophan indole ring. * Positively Charged (Basic) R Groups The most hydrophilic R groups are those that are either positively or negatively charged. The amino acids in which the R groups have significant positive charge at pH 7.0 are lysine, which has a second primary amino group at the position on its aliphatic chain; arginine, which has a positively charged guanidino group; and histidine, which has an imidazole group. Histidine is the only common amino acid having an ionizable side chain with a pKa near neutrality. In many enzyme-catalyzed reactions, a His residue facilitates the reaction by serving as a proton donor/acceptor. * Negatively Charged (Acidic) R Groups The two amino acids having R groups with a net negative charge at pH 7.0 are aspartate and glutamate, each of which has a second carboxyl group. * * The plot has two distinct stages, corresponding to deprotonation of two different groups on glycine At very low pH, the predominant ionic species of glycine is the fully protonated form, H3NOCH2 OCOOH. * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
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