Modelagem molecular

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Modelagem molecular
Conceitue, fundamente e destaque os objetivos dos estudos de modelagem molecular. 
Modelagem molecular é um conjunto de técnicas usadas para criar modelos de estruturas e simular propriedades utilizando leis clássicas quanto mecânicas. 
Segundo a IUPAC, é a investigação das estruturas e das propriedades moleculares pelo uso de química computacional e técnicas de visualização gráfica, visando forneceruma representação tridimensional, sob um dado conjunto de circunstâncias.
Seus objetivos são: 
Construção, desenho, manipulação e visualização gráfica de estruturas moleculares;
Determinação e análise de propriedades moleculares;
Estudo da interação fármaco-ligante com o receptor-sítio de ação;
Proposição de novos candidatos a fármacos.
Quais as propriedades que são estudadas nos estudos de modelagem molecular?
As propriedades estudadas são propriedades estéricas, eletrônicas e fisico-químicas, de mecanismo de ação, das relações entre estrutura química e atividade biológica (SAR) e das interações fármaco-ligante-receptor.
Quais as estratégicas que podem ser usadas para realização dos ensaios de modelagem molecular? Justifique cada uma.
Destaque e fundamente os aspectos e conhecimentos iniciais para realização dos ensaios de docking.
Docking molecular ou acoragem molecular é uma ferramenta chave para predizer a melhor orientação de ajuste de um ligante em uma proteína. Essa abordagem nos permite caracterizar o comportamento de pequenas moléculas no sítio de ligação das proteínas alvo, assim como, elucidar as interações moleculares. O processo de docking envolve dois passos: (1) predição da conformação, posição, orientação do ligante dentro dos sítios e (2) avaliação da afinidade de ligação.1 O docking também pode ser utilizado para realizar triagem virtual de grandes bibliotecas de compostos, classificar resultados e propor hipóteses estruturais de como ligantes ligam-se aos alvos, que é de extrema importância para a otimização de leads.
Quais as etapas e conhecimentos alcançados no processo de planejamento de fármacos por modelagem molecular?
O sistema de planejamento de fármacos deve ser capaz de: exigir, sobrepor e comparar modelos moleculares geométicos e eletrônicos, encontrar e exibir relações quantitativas e qualitativas entre representações de moléculas e atividade biológica, acessar, manusear e gerenciar bancos de dados químicos e biológicos.
Quais os modelos de cálculo que podem ser utilizados nos estudos de modelagem molecular? Diferencie os dois modelos mostrando as peculiaridades de cada um, e os fatores que influenciam na escolha de um ou outro.
Dentro dos modelos de cálculos na modelagem molecular, pode-se destacar a minimização de energia e a análise conformacional. Em que consiste cada uma destas técnicas?
Quais as vantagens e desvantagens dos estudos de modelagem molecular? 
Vantagens: Os programas empregados nos experimentos de modelagem molecular permitem que sejam realizados estudos de afinidade/atividade de um potencial fármaco frente a um alvo biológico e o design de novos compostos com base na compreensão das interações que ocorrem entre bio-receptor e ligante. Ambas representam uma economia de tempo e custo no processo de desenvolvimento de um novo fármaco.
Desvantagens:
Em que consiste os ensaios de CoMFA e CoMSIA?
Bibliografia a ser consultada http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-40422003000300023
PATRICK, G. L. An Introduction to Medicinal Chemistry. 3th ed. New York: Oxford University Press, 2005. 741 p.
THOMAS, G. Química Medicinal – Uma Introdução. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2003. 413 p.