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12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 1 Aminoácidos, Peptídios e Proteínas Prof. Dr. Rafael Miranda Enzimas AULA 6 Disciplina: BIOQUÍMICA GERAL Universidade Federal do Piauí Campus Universitário Profa. Cinobelina Elvas (CPCE) Graduação em Engenharia Florestal I. Introdução II. Nomenclatura e Classificação de Enzimas III. Enzimas e Cofatores IV. Funcionamento das enzimas V. Modelo Chave-Fechadura versus Encaixe Induzido VI. Fatores que interferem na atividade enzimática VII.Cinética enzimática VIII. Inibição da atividade enzimática IX. Enzimas reguladoras Enzimas e coenzimas Qual a importância do estudo das enzimas? INTRODUÇÃO Enzimas Muitas doenças decorrem da deficiência, ausência ou hiper- atividade de certas enzimas; Importantes ferramentas práticas na Indústria Química, Processamento de Alimentos e Agricultura. Enzimas Catalisadores Aumentam a velocidade das reações Atuam diminuindo a energia de ativação 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 2 INTRODUÇÃO Um organismo vivo deve ser capaz de se autoreplicar e catalisar reações químicas eficiente e seletivamente; Importância da Barreira de Ativação de Compostos; Importância das Catálises: reações químicas necessárias para sustentar a vida ocorrendo em escala de tempo útil; Enzimas INTRODUÇÃO Enzimas Processos Fisiológicos Ocorram de modo ordenado Homeostasia Enzimas: Catalisadores biológicos Alta eficiência catalítica; Alto grau de Especificidade pelo substrato; Aceleram Reações Químicas; Funcionam em soluções aquosas sob condições muito suaves (pH e temperatura fisiológicos); Não são consumidas durante a reação INTRODUÇÃOEnzimas: breve histórico Catálise biológica início séc. XIX • digestão da carne: estômago; • digestão do amido: saliva. Década de 1850: • Louis Pasteur - concluiu que a fermentação do açúcar em álcool pela levedura era catalisada por “fermentos” = enzimas. Eduard Buchner (1897): • extratos de levedo podiam fermentar o açúcar até álcool; • enzimas funcionavam mesmo quando removidas da célula viva. James Sumner (1926) • Isolou e cristalizou a urease; • Cristais eram de proteínas; • Postulou que “todas as enzimas são proteínas”. John Northrop (década 30) • Cristalizou a pepsina e a tripsina bovinas; Década de 50 – séc. XX • 75 enzimas isoladas e cristalizadas; • Ficou evidenciado caráter protéico. Atualmente + 2000 enzimas são conhecidas. Nomenclatura e classificação Enzimas e coenzimas 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 3 Nomenclatura e classificação Adicionava-se sufixo ASE ao nome do substrato Exemplo: enzimas que hidrolisam a) gorduras (lipo - grego) - LIPASE b) amido (amylon - grego) - AMILASE c) proteínas – PROTEASE Nomes arbitrários a) Tripsina e pepsina - proteases b) Catalase - H2O2 Nomenclatura existente se tornou ineficaz: Nomenclatura e classificação • Década de 60 - IUB - União Internacional de Bioquímica - novo sistema de nomenclatura e classificação: – mais complexo – sem ambiguidades – baseado no mecanismo de reação • Sistema Oficial IUB: – Cada enzima: no de código (E.C.- Enzyme Commission) com 4 dígitos que caracterizam o tipo de reação 1º dígito - classe 2º dígito - subclasse 3º dígito - sub-subclasse 4º dígito - indica o substrato CATALASE E.C. 1.11.1.6 Nomenclatura e classificação E quantos aos cofatores? Apoenzima: parte proteica da enzima Cofator: grupamento químico adicional não proteico requerido pela enzima Coenzima: cofator não está ligado covalentemente à enzima. Exemplo: íons inorgânicos Grupo Prostético: cofator ligado covalentemente à enzima. Exemplo: vitaminas Holoenzima: enzima + cofator (enzima ativa) 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 4 Enzimas e cofatores RNA Estrutura Enzimática Ribozimas Se covalente Apoenzima ou Apoproteína Grupo Prostético Holoenzima Cofator Coenzima Proteína Pode ser: • íon inorgânico • molécula orgânica Como as enzimas funcionam? Funcionamento das enzimas Enzimas e coenzimas Coordenação de sequências organizadas de reações: conservação e transformação de energia 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 5 ENZIMAS: conceitos e definições Ação catalítica: fornecer uma ambiente específico onde uma dada reação é energeticamente mais favorável; Sítio Ativo: cavidade da enzima onde ocorre a reação enzimática; Substrato: molécula que se liga ao sítio ativo e sofre a ação da enzima; Complexo Enzima Substrato: proposto por Wurtz (1980): E + S E S E + P E – Enzima S - Substrato(s) P – Produto(s) ES - Complexo Enzima -Substrato Constante de equilíbrio (K’eq) e Variação de energia livre padrão (ΔG’o) ENZIMAS: conceitos e definições Aceleram reações químicas H2O2 H2O O2+ Catalase Condições da Reação Energia Livre de Reação(kJ/mol) Energia Livre de Reação (kCal/mol) Velocidade Relativa Sem catalisador 75,2 18,0 1 Platina 48,9 11,7 2,77 x 104 Catalase 23,0 5,5 6,51 x 108 ENZIMAS: conceitos e definições Não são consumidas na reação H2O2 H2O O2+ Catalase E + S E + P 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 6 ENZIMAS: conceitos e definições São atuantes em baixas concentrações 1 molécula de Catalase decompõe 5.000.000 de moléculas de H2O2 pH = 6,8 em 1 min Número de renovação (Kcat) = n° de moléculas de substrato convertidas em produto por uma única molécula de enzima em uma dada unidade de tempo. ENZIMAS: conceitos e definições Não influenciam no equilíbrio da reação Abaixam a energia de ativação; Keq não é afetado pela enzima. Sem atividade enzimática Com atividade enzimática (linha azul) O que é energia de ativação? Energia de Ativação - energia necessária para que a reação ocorra em uma das duas direções; ou seja, uma barreira energética para: - Alinhamento dos grupos químicos reagentes; - Formação de cargas transientes instáveis; - Rearranjos de ligações; - Dentre outras transformações. Reação catalisada enzimaticamente E + S E S E P E + P As enzimas aumentam a velocidade da reação, não afetando seu equilíbrio, diminuindo a energia de ativação 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 7 Reação catalisada enzimaticamente Os aumentos da velocidade provocados pela enzima são bastante variáveis; mas todas as enzimas são bastante específicas, discriminando entre substratos com estruturas muito similares. Como esse aumentos, enormes e altamente seletivos, na velocidade das reações podem ser explicados? De onde vem a energia que diminui drasticamente a energia de ativação para reações específicas? Modelos propostos para o funcionamento das enzimas 1. Chave-Fechadura 2. Encaixe Induzido Modelos propostos para o funcionamento das enzimas 1. Chave-Fechadura Modelo proposto por Emil Fischer (1894) Alto grau de especificidade das enzimas originou Chave-Fechadura, que considera que a enzima possui sitio ativo complementar ao substrato. Interação específica e exclusiva entre duas moléculas biológicas mediada por superfícies moleculares com formas complementares; Uma enzima totalmente complementar ao seu substrato seria muito eficiente? 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 8 Modelos propostos para o funcionamento das enzimas 2. Encaixe induzido Haldane (1930), Linus Pauling (1946); Koshland (1958): enzima e o substrato sofrem conformação para o encaixe. O substrato é distorcido para conformação exata do estado de transição; A enzima é complementar ao seu estado de transição (interações ótimas entre enzima e substrato só ocorrem no estado de transição); Modelos propostos para o funcionamento das enzimas 2. Encaixe induzido Energia de Ligação: é a energia derivada da interação enzima- substrato. É a maior fonte de energia livre usada pelas enzimas para diminuir a energia de ativação das reações. Modelos propostos para o funcionamento das enzimas 2. Encaixe induzidoEnergia de ligação – a fonte de energia para o funcionamento das enzimas 1. Energia resultante das interações fracas entre a enzima e o substrato; 2. Responsável pela especificidade enzima-substrato; 3. Diminui a entropia entre moléculas reagentes, favorecendo a orientação correta para choques efetivos; 4. Provoca retirada da camada de solvatação dos reagentes; 5. Ajuda a compensar termodinamicamente qualquer tensão ou torção que o substrato precise sofrer para reagir; 6. Responsável pelo ajuste induzido (mudança conformacional da enzima); 7. A enzima é complementar ao seu substrato no estado de transição; 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 9 A Energia de ligação contribui para especificidade e catálise Cinética enzimática Enzimas e coenzimas Como mensurar a atividade de uma enzima? Fatores que interferem na atividade enzimática a) Fatores decorrentes da natureza protéica das enzimas: - pH; - temperatura; b) Fatores decorrentes da formação do complexo ES: - concentração do substrato; - concentração da enzima; c) Presença de inibidores; d) Presença de ativadores. Fatores que interferem na atividade enzimática a) Fatores decorrentes da natureza protéica das enzimas: - pH; - temperatura; % a ti vi da de e nz im át ic a m áx im a pH ótimo=1,5 pH ótimo=6,8 pH ótimo=9,9 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 10 Fatores que interferem na atividade enzimática b) Fatores decorrentes da formação do complexo ES: - concentração do substrato; E E E E S +S P P+ Baixa concentração de substrato Formação do produto é PROPORCIONAL à concentração de substrato E E E E E E E E Fatores que interferem na atividade enzimática b) Fatores decorrentes da formação do complexo ES: - concentração do substrato; 100 % de saturação do centro ativo da enzima S S S S + S S + P P P P P P P P Formação do produto é PROPORCIONAL à concentração de substrato E E E E E E E E E E E E S S Fatores que interferem na atividade enzimática b) Fatores decorrentes da formação do complexo ES: - concentração do substrato; Substrato em excesso S S S S S S S S + + P P P P P P P P S S S S S S S S Velocidade da reação independe da [S] E E E E E E E E E E E E S S S S b) Fatores decorrentes da formação do complexo ES: - concentração do substrato; Quando a formação de P for proporcional à [S], a velocidade da reação é de 1a ORDEM Quando a velocidade da reação independe da [S], a reação é de ORDEM ZERO [S] 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 11 Como mensurar a velocidade de uma reação? V Quantidade de produto formado em unidade de tempo Quantidade de substrato transformado em unidade de tempo Atividade enzimática pode ser medida pela velocidade da reação catalisada E + S E S E + P Como mensurar a velocidade de uma reação? Velocidade Inicial da Reação (Vo); Velocidade Máxima da Reação (Vmáx); Complexo ES. Como mensurar a velocidade de uma reação? E + S K1 K-1 ES Kp E + P Etapa rápida Etapa lenta Equação de Michaelis-Menten Como mensurar a velocidade de uma reação? Km Km= [S] Vmáx [S] Vo Vmáx 2 Numericamente, Km pode ser expresso como a [substrato] necessária para que a velocidade da reação seja metade da velocidade máxima 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 12 Como mensurar a velocidade de uma reação? Km – comumente conhecido como constante de afinidade Km Pequena [substrato] é necessária para que a reação atingir metade da Vmáx Km Grande [substrato] é necessária para que a reação atingir metade da Vmáx Característico de cada enzima Pode refletir a afinidade da enzima pelo seu substrato É numericamente IGUAL a [substrato] na qual a velocidade da reação é metade da Vmáx Existem várias transformações para a Equação de Michaelis-Menten Tipos de inibição da atividade enzimática Enzimas e coenzimas Tipos de inibição da atividade enzimática Inibidores Agentes moleculares que interferem na catálise, diminuindo ou cessando as reações enzimáticas; Importantes alvos para ação de fármacos; Estudos com inibidores oferecem informações válidas sobre mecanismos enzimáticos e têm ajudado a definir algumas vias metabólicas; 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 13 Tipos de inibição da atividade enzimática Quanto ao tipo de inibição: 1. Inespecífica: • inibidor a atividade de todas as enzimas • ex: agentes desnaturantes 2. Específica: • inibidor a atividade de uma única enzima ou de um grupo restrito de enzimas: – Irreversível – Reversível Tipos de inibição da atividade enzimática Inibição irreversível Inibidor se combina com grupo funcional (sítio ativo) da enzima; Forma um complexo estável; Forma-se ligação covalente entre inibidor e enzima; Inibição reversível Inibidor forma com a enzima composto instável; Inibição não envolve formação de ligação covalente Inibição reversível 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 14 Enzimas reguladoras Enzimas e coenzimas As vias metabólicas possuem uma ou mais enzimas que têm um maior efeito na velocidade de toda a via; Essas enzimas reguladoras exibem aumento ou diminuição de sua atividade catalítica em resposta a certos sinais; Os ajustes na velocidade das reações, e também em sequências metabólicas, catalisadas por enzimas reguladoras permitem às células minimizar os gastos desnecessários de energia e de biomoléculas requeridas para crescimento e reparo. Dois tipos: i) reguladas alostericamente; ii) reguladas por modificações covalentes reversíveis Enzimas reguladoras Enzimas Alostéricas Apresenta-se em 2 conformações R – sítio regulatório S – sítio catalítico Relaxada Tensa equilíbrio A forma R tem afinidade pelo substrato e/ou efetor positivo A forma T tem afinidade pelo efetor negativo Enzimas reguladas por modificações covalentes reversíveis Modificações de grupos como: – Fosforil; – Adenilil; – Uridilil; – Metil; – Ribosil adeninosina difosfato; Clivagem proteolítiva do precursor enzimático: – Precursor inativo: zigmogênio; – Ativado por proteases específicas. 12/04/2018 Dis. Bioquímica Geral; Prof. Rafael Miranda 15 Aminoácidos, Peptídios e Proteínas Prof. Dr. Rafael Miranda Enzimas AULA 6 Disciplina: BIOQUÍMICA GERAL Universidade Federal do Piauí Campus Universitário Profa. Cinobelina Elvas (CPCE) Graduação em Engenharia Florestal
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