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Bioquímica Estrutural Prof. MSc Fábio Cáuper O N T A R G E T Proteínas catalisadoras que aumentam a velocidade da reação. Não sofrem alterações no processo global. De forma seletiva, catalisam reagentes (substratos) para rotas uteis. Nomenclatura União Internacional de Bioquímica e Biologia Molecular. O sufixo –ase é adicionado à descrição da reação química catalisada, incluindo os nomes dos substratos. Ex: Fosfofrutoquinase. FFK F-1,6-DP + ADPF-6-P + ATP O N T A R G E T Propriedades das enzimas A – Sítio ativo Região específica em forma de fenda ou bolso. Contem cadeias laterais de aminoácidos, as quais criam uma superfície tridimensional complementar ao substrato. Complexo Enzima Substrato (ES) É convertido em Enzima Produto (EP) Posteriormente se dissocia em Enzima e Produto Sítio Ativo Enzima Substrato Produto O N T A R G E T Propriedades das enzimas B – Eficiência Catalítica Reações catalisadas por enzimas são 103 a 108 vezes mais rápidas que as reações não-catalisadas. Kcat* Nº de moléculas de substratos convertidas em moléculas de produto por segundo C – Especificidade Enzimas são altamente específicas, interagindo com um ou alguns substratos e catalisando um só tipo de reação química. D – Regulação Enzimas podem ser reguladas/ ativadas ou inibidas. O N T A R G E T Propriedades das enzimas E – Holoenzimas Precisam de outras moléculas além das proteínas para sua atividade enzimática. ENZIMA ATIVA. Apoenzima Enzima inativa sem seu componente não-proteico. Cofator Componente metálico → Zn2+ ou Fe2+. Coenzima Componente é uma molécula orgânica. O N T A R G E T Como funcionam as enzimas A – Alterações de energia que ocorrem durante a reação Reações Barreira de energia que separa reagentes do produto. Energia livre de reação. Não existe uma diferença na energia livre da reação global (a energia dos produtos menos a energia dos reagentes) entre reações catalisadas e não- catalisadas Energia livre de ativação (não- catalisada) Energia livre de ativação (catalisada) Estado de Transição T* E n e rg ia L iv re ( G ) Estado inicial (reagentes) Estado final (produto) Progresso da reação → ΔG O N T A R G E T Como funcionam as enzimas 1. Energia livre de ativação Diferença de energia entre reagente e T*. Um intermediário rico em energia é formado durante a conversão do reagente em produto. 2. Velocidade de Reação Para as moléculas reagirem, devem ter energia suficiente para superar a barreira do estado de transição. E n e rg ia L iv re ( G ) Estado inicial (reagentes) Estado final (produto) Progresso da reação → ΔG Bioquímica Estrutural Fatores que afetam a catálise enzimática Prof. MSc Fábio Cáuper V e lo c id a d e d e R e a ç ã o ( v 0 ) [Substrato] Vmáx Fatores que afetam a catálise enzimática Fatores ➢ Concentração de Substrato ➢ Temperatura ➢ pH 1 – Velocidade de uma reação Nº de moléculas de substrato convertidas em produto por unidade de tempo. Geralmente expressa como μmol do produto formado por minuto Concentração do substrato 2 – Velocidade máxima A velocidade de uma reação catalizada por uma enzima aumenta com a concentração do substrato até atingir sua velocidade máxima. Enzima alostéricas apresentam cura sigmoidal Enzima que seguem a cinética de Michaelis- Mentem apresentam curvas hiperbólicas Fatores que afetam a catálise enzimática 1- Aumento da velocidade com a temperatura Aumenta até um pico Temperatura Devido ao aumento do nº de moléculas com energia suficiente para atravessar a barreira de energia e formar os produtos V e lo c id a d e d e R e a ç ã o ( v 0 ) Temperatura (ºC) 20 40 60 80 Inatividade térmica da enzima 2 – Diminuição da velocidade com temperaturas mais altas Temperatura ótima das enzimas humanas é etre 35º e 40º. Desnaturação da Enzima Fatores que afetam a catálise enzimática 1- Efeito do pH sobre a ionização do sítio ativo Enzima e substrato tenham determinados grupos químicos em estados ionizados ou não-ionizados (Ex: Enzima → NH3 +) pH Concentração de H+ afeta: Valores extremos de pH podem levar à desnaturação da enzima pois a estrutura da molécula proteica cataliticamente ativa depende do caráter iônico dos cadeias laterais dos aminoácidos V e lo c id a d e d e R e a ç ã o ( v 0 ) pH 2 7 9 Pepsina Amilase salivar Tripsina Equação de Michaelis-Menten E – Enzima S – Substrato ES – complexo enzima-substrato P – Produto K1, k-1 e k2 – Constante de velocidade “A velocidade da reação varia de acordo com a concentração do substrato” E + PESE + S K1 K-1 K2 V0 – Velocidade Inicial Vmax – Velocidade máxima Km – Constante de Michaelia-Menten = (k-1 + k2)/ K1 [S] – Concentração do Substrato+ [S]V0 = Vmax [S]Km A – Modelo de Reação B – Equação de Michaelis-Menten Equação de Michaelis-Menten 1 – Concentrações relativas de E e S [S] é muito maior que a [E] Porcentagem de substrato total ligado a enzima em qualquer momento é pequena 2– Hipótese do estado de equilíbrio A [ES] não varia com o tempo Velocidade de formação de ES é igual a de degradação de ES (para E + S e para E + P) 3– Velocidade inicial - V0 V0 é muito utilizada na análise de reações enzimáticas É medida assim que a enzima e o substratos são misturados. Equação de Michaelis-Menten 1 - Características do Km (Constante de Michaelis-Menten) •Reflete a afinidade da enzima com seu substrato. •Numericamente é igual à [S] em que a velocidade de reação é igual a ½ Vmáx. •Não varia com [E]. C – Conclusões importantes acerca da cinética de Michaelis-Menten V e lo c id a d e d e R e a ç ã o ( v 0 ) [Substrato] Vmáx O menor Km para a enzima 1 reflete uma alta afinidade da enzima pelo substrato O maior Km para a enzima 2 reflete uma baixa afinidade da enzima pelo substrato Km1 Km2 Enzima 1 Enzima 2 Vmáx/2 Equação de Michaelis-Menten 2 – Relação da velocidade e a concentração da enzima •A velocidade da reação é diretamente proporcional a [E] em qualquer [S]. •Redução [E] → V0 e Vmáx. C – Conclusões importantes acerca da cinética de Michaelis-Menten 3 – Ordem de Reação V e lo c id a d e d e R e a ç ã o ( v 0 ) [Substrato] Vmáx Em altas concentrações de substrato ([S] >> Km ), a velocidade de reação é de ordem zero – isto é, é constante e independente da concentração de substrato. Em baixas concentrações de substrato ([S] << Km ), a velocidade de reação é de primeira ordem – isto é, é proporcional à concentração de substrato. Km Vmáx/2 Equação de Michaelis-Menten •Nem sempre é possível determinar quando a Vmáx é alcançada, devido a inclinação gradual da curva hiperbólica em altas concentrações de substrato. D – Gráfico de Lineweaver-Burk +V0 = Km [S]Vmáx 1 + Vmáx 1 1 – A equação que descreve o gráfico de Lineweaver-Burk •Entretanto, em uma curva de 1/V0 contra 1/[S], obtém- se uma linha reta → gráficos dos duplos recíprocos. -1/Km 1/[S] 1/V0 1/Vmáx Inibição da Atividade Enzimática “Qualquer substância que possa diminuir a velocidade das reações catalisadas por enzimas é chamada de inibidor. Inibidores irreversíveis Ligações covalentes Inibidores reversíveis Ligações não- covalentes Diluição do complexo Dissociação do Inibidor Enzima Inibidor Inibidores reversíveis Ligam-se às enzima por meio de ligação não covalente Recuperação da atividade Enziática Enzima + Inibidor Inibição da Atividade Enzimática 1– Efeito sobre a Vmáx Presença do inibidor competitivo aumenta a [S]. Em uma [S] muito alta a Vmáx é alcançada. A – Inibição Competitiva O inibidor liga-se reversivelmente ao mesmo sítio que o substrato normalmente ocuparia. V e lo c id a d e d e R e a ç ã o ( v 0 ) [Substrato] Vmáx A Km é aumentada na presença de um inibidor competitivoKm Sem inibidor Com inibidor Vmáx/2 A Vmáx é a mesma na presença de um inibidor competitivo Inibição da Atividade Enzimática 2– Efeito sobre a Km Um inibidor competitivo aumenta o Km Aparente para determinado substrato. Na presença de um inibidor competitivo mais substrato é necessário para atingir a ½ Vmáx. V e lo c id a d e d e R e a ç ã o ( v 0 ) [Substrato] Vmáx A Km é aumentada na presença de um inibidor competitivo Km Sem inibidor Com inibidor Vmáx/2 A Vmáx é a mesma na presença de um inibidor competitivo A – Inibição Competitiva Inibição da Atividade Enzimática 3– Efeito sobre a gráfico de Lineweaver-Burk 1/ Vmáx Não é alterada 1/V0 1/[S] Sem inibidor Inibidor competitivo 1/Vmáx A Vmáx é a mesma na presença de um inibidor competitivo A Km é aumentada na presença de um inibidor competitivo 1/Km A – Inibição Competitiva 2 – Estruturas como exemplo de inibidores competitivos Anti-liperpidêmicas → Inibem competitivamente o 1º passo comprometido com a síntese do colesterol. Diminuição dos níveis de colesterol no plasma A – Inibição Competitiva Inibição da Atividade Enzimática B – Inibição Não-competitiva O inibidor e o substrato ligam-se em sítios diferentes na enzima. O inibidor liga-se tanto na enzima quanto no complexo enzima- substrato. Inibição da Atividade Enzimática 1– Efeito sobre a Vmáx A inibição não-competitivo não pode ser superado pelo aumento da [S] → diminuição da Vmáx. B – Inibição Não-competitiva V e lo c id a d e d e R e a ç ã o ( v 0 ) [Substrato] Vmáx A Km não é alterada na presença de um inibidor não-competitivo Km Sem inibidor não-competitivo Com inibidor não-competitivo Vmáx/2 A Vmáx é reduzida na presença de um inibidor não- competitivo 2– Efeito sobre a Km A inibição não-competitivo não interfere na ligação do substrato com a enzima → A Km não é alterada. Inibição da Atividade Enzimática 3– Efeito sobre a gráfico de Lineweaver-Burk A Vmáx é reduzida na presença de um inibidor não-competitivo 1/V0 1/[S] Sem inibidor Inibidor competitivo 1/Vmáx A Vmáx é reduzida na presença de um inibidor não-competitivo A Km não é alterada na presença de um inibidor não-competitivo 1/Km B – Inibição Não-competitiva Exercício No caso do envenenamento por etilenoglicol e sua acidose metabólica característica, o tratamento envolve a correção da acidose, a remoção de todo etilenoglicol remanescente e a administração do inibidor da álcool desidrogenase (ADH. Álcool:NAD+ oxidorredutase), enzima que oxida o etilenoglicol aos ácidos orgânicos que causam acidose. O etanol (álcool de cerais) frequentemente é o inibidor utilizado no tratamento do envenenamento por etilenoglicol. Ele age inibindo competitivamente o ADH. Como inibidor competitivo, o etanol: a) Aumenta o Km aparente sem afetar a Vmáx. b) Diminui o Km aparente sem afetar a Vmáx. c) Aumenta a Vmáx aparente sem afetar o Km. d) Diminui a Vmáx aparente sem afetar o Km. e) Diminui o Km e a Vmáx aparente.
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