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Medicina FTC – 2020.2 Catarina Viterbo GENOMA HUMANO Genética – Prof. Ana Catarina– 27/08/2020 Conteúdo • Introdução ao genoma humano; • PGH, um legado permanente • A transmissão do genoma humano Revisando... A espécie humana carrega em torno de 28 mil genes. Entenda como eles ficam armazenados Genoma: Reúne toda a informação genética dos seres vivos. Está guardado dentro do núcleo das células do nosso corpo. Tudo que eu carrego em relação aos meus genes está aqui. O genoma está contido no cromossomo. Cromossomo: homens e mulheres trazem sempre 23 pares. São como novelos onde se enrolam os genes Gene: é uma sequência que guarda informações específicas. Há trechos sobre a cor de olhos, outros sobre a altura. São constituídos de bases nitrogenadas Base nitrogenada: Adenina, citosina, guanina e timina. São cadeias que se combinam para formar os genes. RNA: O DNA comanda o que a célula vai fazer. As ordens são dadas por meio de uma molécula chamada RNA mensageiro. Introdução ao genoma humano Lembrando que ele constituído pela molécula inteira de DNA, então tem vários genes no genoma humano e consequentemente milhares de bases nitrogenadas. Compreende: • Organização • Variação → genoma humano • Transmissão Papel da genética na medicina A sequência do genoma humano e sua variação principalmente a variação, porque ela vai me dizer o que está relacionado a saúde. Então, explorar essa variação, gera um impacto na saúde humana em alta escala. Porque é a variação que vai diferenciar os indivíduos, o saudável do doente. Foi essa variação que foi identificada no genoma humano. Explorar o impacto dessa variação na saúde humana em alta escala A análise genômica tem se tornado um procedimento importante na medicina clínica Essas implicações incluem: • Diagnóstico clínico: principalmente com o aconselhamento genético. • Identificação de genes: a partir da identificação de genes específicos e assim a elucidação dos seus papeis na saúde e na doença. Mostrando como é que esses genes vão se comportar. • Genômica do câncer: sabe-se hoje que algumas alterações genômicas estão envolvidas no início até na progressão de muitos tipos de Câncer. • Tratamento de doenças • Diagnóstico pré-natal Avanços na tecnologia genômica e a explosão do conhecimento Isso só foi possível graças ao Genoma Humano. O projeto genoma foi divulgado nas duas principais revistas de ciência do mundo a Nature e a Science, em simultâneo e foi um marco na genética. Sequenciou o DNA de vários indivíduos com características diferentes de lugares diferentes e modos de vida diferentes, para gerar assim um genoma consenso. Um genoma que seja similar para todos os organismos humanos. Aquelas regiões que eram diferentes se fossem pequenas alterações, elas eram descartadas, se fossem grandes, queria dizer que aquela região era responsável por determinada patologia. Sequenciamento de DNA Diferente do PCR que precisa usar uma pequena porção, temos um alvo, ou seja, eu tenho um primer e ele vai ampliar uma região. O sequenciamento ele é TOTAL. Identificação da ordem exata de pares de bases (A,T,G,e C) em um segmento de DNA. Se forem dois segmentos é necessário sequenciar os dois. Lembrando que eu não preciso sequenciar as duas fitas do segmento, apenas a 5’-3’, o molde não será sequenciado. Importância: O conhecimento da sequência de bases de um gene fornece informações sobre a sua estrutura, função e relação evolutiva com outros genes (de um mesmo organismo ou de organismos diferentes). Viu- se que nós seres humanos, temos regiões similares a outras espécies, inclusive de espécies que não são de mamíferos. Resultados do PGH Até então era consenso sobre a constituição do DNA e como ele era replicado, como era produzida a proteína que o gene era responsável por essa codificação. 1990→2003 • 3,3 BILHOES de nucleotídeos → Tudo isso foi observado. • Genes – 3000 bases • Função de 50% dos genes descobertos é desconhecida. Não se sabe a função desses genes., o que ele é responsável e codifica. • A sequência é de 99,9% exatamente a mesma em todas as pessoas Indivíduos diferentes → sequência consenso: ela foi formada a partir de uma fita 5’-3’. FOTO DA SEQUÊNCIA CONSESOS DO LADO. Como mostra na foto, sequenciou o DNA de 5 indivíduos. O indivíduo 1 é exatamente igual a consenso e alguns indivíduos têm algumas diferenças nas bases. Essas diferenças, que não mudam e não vão codificar um gene diferente. São aqueles genes que não se sabe a função, eles foram retirados e se formou uma sequência consenso. Banco de dados públicos: A sequência consenso juntamente com todo o sequenciamento do genoma, ela está cadastra em Banco de públicos. Você consegue se cadastrar e ter acesso a toda a sequência do genoma humano. Na verdade, não só do humano, também dos microrganismos, os mamíferos e aves. Praticamente tudo já foi sequenciado. A bioinformática é um dos ramos da genética que evoluem muito rápido, então existem pessoas que são especialistas só em sequenciamento, até porque precisa, porque quando você sequência, você não recebe tão bonitinho, então é necessário identificar e mexer em programas extremamente complexos, para poder identificar os genes e fazer essa comparação. Um exemplo disso foi que essa semana saiu um artigo que foi publicado, porque até então não se sabia se as pessoas que estavam tendo COVID pela segunda vez, que fazem o PCR e dá positivo para o SARS-CoV-2 e apresentam novos sintomas, elas fazem o teste e dá positivo. Então, não se sabia o que era, ser era uma questão do sistema imunológico do paciente, um erro laboratorial, outro vírus, outro coronavírus. Inclusive teve um caso de COVID no hospital de Ribeirão Preto, de uma técnica de enfermagem, que teve COVID, PCR +, sintomática e depois de um tempo de novo, sintomática e PCR+. Essa semana a partir do sequenciamento do paciente viu-se que era uma reinfecção, porque no sequenciamento foi comprovado que as cepas eram diferentes. Painel Viral: PCR multiplex Dois tipos gerais de genes: • Produtos é uma proteína, é proveniente de um RNA. • O nome do RNA codificante é o RNA mensageiro. • RNA não codificante (RNAnc) Cerca de 2% do genoma codifica instruções para síntese de proteínas (20;000-25.000) Sequencias repetidas que não codificam proteínas constituem mais do que 50% do genoma humano. PGH – Um legado permanente Qual a importância do RNAnc para medicina? Papel em várias doenças humanas – síndromes precoces/distúrbios na idade adulta • Síndrome de Feingold (deleção): Síndrome precoce • Perda auditiva em adultos (mutação); • Câncer, doença cardiovascular, distúrbio do sistema nervoso central (níveis alterados): são níveis altos do RNA não codificador. • Síndrome HELLP (expressão anormal do RNA não codificador) → Distúrbio na idade adulta. Nem sempre uma síndrome vai estar relacionada com o meu RNA codificador, ele pode estar relacionado com o gene que gera o seu próprio RNA. O RNA codificante é o RNA mensageiro, tem a capacidade de codificar proteínas e os não codificantes. Os principais RNAs não codificantes que tem influência nessas doenças são: • MicroRNAs que tem a função de regular a expressão genica pelo bloqueio da tradução do RNA mensageiro específico e provocam a sua degradação e os • RNA não codificadores longos: muitos tem a função de suporte estrutural, onde ocorrem diversos processos celulares como inclusive, a inativação do cromossomo X. Então, esses 2 RNA não codificantes são os RNAs que participam ou que provocam essas alterações que podem estar relacionadas com síndromes, cânceres ou outras doenças. Variações genéticas mostradas no PGH Algumas sequencias genicas específicas foram associadas com numerosas doenças e disfunções, incluindo câncer de mama, doenças musculares, surdez e cegueira.Os cientistas localizaram, no genoma humano, milhares de locais nos quais há diferença de apenas uma base. Como a gente falou de mutação, deleção e inserção. No entanto, no genoma humano tinham pessoas que tinham diferenças em apenas uma base, repetidamente. • Não é aquela que, teve a diferença de uma base e foi retirado e virou um DNA consenso, mas alguns indivíduos apresentavam, essa diferença. Não se sabe ao certo, não foi divulgado, mas as vezes só apresentava diferença em uma base só. Essa informação-sequencias de DNA associadas com doenças muito comuns tais como disfunções cardiovasculares, diabetes e artrite. Está sendo estudado, ainda não foi comprovado, que doenças muito comuns podem estar associadas apenas a diferença de algumas bases e não de um gene inteiro. Desenvolvimento do PGH A engenharia genética – fornecer ferramentas não apenas pera o isolamento e estudo do DNA e RNA, mas também para observação das alterações, que é o que vai ser responsável pela maioria das doenças genéticas. Mudanças revolucionarias na prática clínica e na saúde publica (diagnóstico, tratamento e prevenção) Testes genéticos • Diagnosticar e confirmar doenças mesmo em indivíduos assintomáticos; • Fornecer informações sobre prognóstico da doença, predizer o risco futuro de doenças em indivíduos sadios e seus descendentes. • Detecta mutações associadas a doenças genéticas rara. o Ex: Fibrose cística, câncer, doenças monogenéticas (FC, Anemia falciforme) Farmacogênomica • Individualização da terapia: tem medicamentos que vão fazer efeitos em uns, vão fazer poucos efeitos em outros, causar efeitos colaterais. Seria uma produção individualizada. o Um exemplo disso são as pessoas que são alérgicas, tem alguns medicamentos que elas não podem tomar de jeito nenhum. o Além das alergias existem situações ainda mais graves, então a medicina com precisão ela vai beneficiar todos os tipos de pacientes. Então, você fazer testes genéticos em determinados pacientes e ver se ele responde ou não a aquele medicamento é extremamente importante. • Direcionar o tratamento com drogas mais efetivas, além de reduzir os efeitos colaterais. • Variações em genes relacionados ao metabolismo de drogas, particularmente da família multigênica do citocromo P450. Os estudos hoje estão em torno desse citocromo que está relacionado com o metabolismo das drogas. Ainda não existe esse aconselhamento de forma clínica. Terapia genica Potencial para o tratamento e mesmo para cursa de determinadas doenças genéticas ou adquiridas como câncer, AIDS, por meio do uso de genes normais para suplementar ou substituir os genes defeituosos. Etapas: 1. isolamento do gene, 2. a construção de um vetor, a 3. transferência para células no tecido-alvo 4. produção da proteína codificada e expressa pelo gene- terapêutico nessas células. Lembrado que o vírus é um intracelular obrigatório, que vai entrar na célula alvo para se multiplicar e então vai ser produzido e codificado a produção de uma proteína e vai ser expressa pelo gene-terapêutico Estratégias de terapia genica in vivo ou ex vivo Ex vivo: 1. Coleta e cultivo in vitro das células do paciente; precisa das células do paciente para a cultura. 2. Transdução com vetor carregando o gene terapêutico; 3. Seleção e expansão das células com gene terapêutico 4. Reintrodução das células modificadas no paciente. Por isso, que se chama Ex vivo, porque ele retirou as células do paciente e tudo isso foi feito no laboratório. Aqui só são introduzidas as células do paciente modificadas, a modificação todas acontece in vitro a partir de uma célula ex-vivo, de uma célula viva de um paciente. In vivo: 1. Formulação apropriada de vetor que carrega o gene terapêutico 2. Injeção direta do vetor no tecido alvo do paciente. Esse material vai ser injetado no local que eu quero que ocorra a produção das minhas células, pode ser na musculatura ou na medula. Essa terapia gênica é utilizada principalmente para o câncer. Distribuição da aplicação de protocolos clínicos por tipo de doença Outras aplicações 1. Medicina molecular Melhorar o diagnóstico de doenças Detectar predisposições genéticas para doenças (aconselhamento genético) 2. Genômica microbiana • Detectar rapidamente e tratar, na prática clínica, doenças causadas por organismos patogênicos • Identificar por meio do DNA Qual a diferença do PCR para um sequenciamento microbiano? Se eu tenho uma doença que eu não sei o patógeno eu não posso fazer o PCR, porque no PCR eu digo quem eu quero identificar. Lembram que teve uma doença aqui na Bahia, semelhante a dengue e que ninguém sabia o que era, só ficou sabendo quando houve o sequenciamento do Zica vírus. Isso porque quando fazia o PCR para dengue dava negativo, mesmo tendo uma clínica semelhante. A mesma coisa aconteceu com o SARS-Cov-2. Antes do sequenciamento e do PCR como era feita essa identificação? Era feita a cultura e depois disso cultivava em meio seletivo, meio diferencial, testes de fermentação, prova bioquímica, uma bateria de exames, usava uma chave de identificação Chave de identificação: você tem em livros de diagnóstico microbiológico, então a gente cultiva o microrganismo em um meio que cresce tudo, por exemplo, ágar, coloco a bactéria em um meio super nutritivo e ela cresce, é um meio de eu crescer essa bactéria e depois colocar em um meio seletivo e diferencial, como eu quero identificar eu não posso colocar em um meio seletivo porque pode matar quem eu quero estudar, então coloco só em um meio diferencial que ele vai diferenciar, algumas características, como se produz lactose, ou seja, tem algumas características morfofisiológicas da bactéria. Eu pego essa bactéria e faço provas bioquímicas e eu preciso de uma tabela, se ela fermenta, glicose, aerobiose e vou colocando um x e no final eu vejo o resultado. Mas não é algo simples, tem que testar uns 20 açúcares, prova de motilidade. Outra forma de se chegar a isso é a prova de resistência e sensibilidade aos anti-microbianos. Depois de tudo isso o teste ainda pode estar errado. –’ Não tem como você provar apenas com esses testes, hoje só são aceitos trabalhos com biologia molecular. 3. Identificar suspeitos por DNA • Excluir pessoas erroneamente acusadas de crime • Encontrar doadores que possuam órgãos compatíveis com os de receptores Outra aplicação são os filhos consanguíneos. Porque se os filhos forem de primos e se quiserem fazer o teste de DNA tem que fazer o sequenciamento. Mayana Zatz Exame genético. Quando fazer? Recebo frequentemente e-mail de pessoas que desejam se testar para doenças genéticas. E eu pergunto: O que você quer saber? Por quê? O que fazer com essa informação? Como isso pode ajudar você? É fundamental discutir essas questões antes de se submeter ou indicar um exame genético a alguém. Diferentemente de exames clínicos ou exames que medem taxa de colesterol ou glicose no sangue, se for encontrada uma alteração de um teste de DNA, esse achado não muda durante a vida. Vai nos acompanhar para sempre. Dependendo do resultado, ela e pode ter um impacto muito importante na nossa vida, nas nossas decisões reprodutivas ou mesmo em parentes próximos. Por isso é tão importante discutir as implicações de um teste genético. Quais são as indicações para se fazer um exame genético? Os testes genéticos são indicados em duas situações: a) Crianças ou adultos afetados por uma doença genética cujo diagnóstico precisa se esclarecido; b) pessoas clinicamente normais, que têm risco aumentado de vir a ter uma criança com doença genética No primeiro caso, a confirmação do diagnóstico pode ser muito importante para o tratamento precoce e para evitar que o paciente se submeta a inúmeros exames, muitas vezes invasivos, e de pouco valor diagnóstico. Além disso, o estabelecimento do diagnóstico molecular, atravésdo exame de DNA, permite que se avalie o risco de repetição dessa condição na família. É o caso por exemplo, da fibrose cística ou da mucovisidose, caracterizada por pneumonias de repetição. O tratamento precoce com antibióticos e enzimas pancreáticas, tem um impacto muito positivo na expectativa e qualidade de vida. Além disso, pais de crianças com fibrose cística devem ser informados que tem um risco de 25% de ter outra criança afetada pela mesma doença. Teste em pessoas clinicamente normais aqui também existem duas situações: • Pessoas que têm risco aumentado de vir a ter uma criança com uma doença genética, mas que não serão afetadas por ela; • pessoas jovens, clinicamente normais que têm, além de um risco aumentado de ter filhos afetados, o de desenvolver elas mesmas doença de início tardio, como a coreia de Huntington, doença de Alzheimer (DA) ou ataxias espino-cerebelares, entre outras. São testes preditivos, cujo prós e contras são muito discutidos. Quem deveria ser testado? Em primeiro lugar, é fundamental deixar claro que ninguém DEVE ser testado. Submeter-se a um teste genético é uma decisão única e exclusiva da pessoa ou dos pais, no caso de terem uma criança afetada por uma doença genética a ser diagnosticada. Só recomendamos testes genéticos a pessoas que têm ou tiveram uma criança afetada ou parentes próximos com doenças genéticas na família, coisas que tiveram uma criança malformada, abortos de repetição (dois ou mais) ou em alguns casos de casamentos consanguíneos. Existe mais de 7.000 patologias conhecidas, mas não existem testes para detectar todas elas. No entro de estudos do genoma humana (http:genoma.ib.usp.br) testamos as mais frequentes e orientamos casais sobre dúvidas em relação a doenças genéticas. Estamos todos em risco É fundamento deixar claro que o teste genético pode excluir uma determinada doença genética. Por outro lado, ninguém pode garantir a um casal que vai ter uma criança normal. Ou que não vai desenvolver uma doença de início tardio, como Alzheimer ou doença de Parkinson. As doenças genéticas Quando a pessoa sabe de tudo, como será a vida dela em relação a isso. Será que a pessoa não viveria de uma forma totalmente diferente se ela não soubesse? Isso não vai trazer problemas familiares? E se for uma doença que não tem cura, vai adiantar o que? E se a pessoa tiver condições financeiras você como médico indicaria isso a ela, sendo que é uma paciente que não tem nenhuma doença e nem um histórico na família. Tem que verificar se existe a indicação, já que são testes caros que não estão disponíveis para a maioria da população. Precisa saber se realmente esse paciente precisa fazer esse exame e tudo isso tem que ser ponderado na hora de decidir. Ver também quais são as questões éticas envolvidas nisso. Mas eu acho que se existe a possibilidade, se existe a necessidade e a procura do paciente deve ser feito sim. O importante é ter o senso crítico de quando passar, de quando orientar, saber que há a possibilidade desse aconselhamento e quando fazer. Quando são doenças hereditárias que envolvem crianças, para o desenvolvimento e para a vida é muito melhor fazer. Porque pode salvar a vida de uma criança. A transmissão do genoma humano. Ocorre durante a divisão celular. Ela é típica que vai gerar durante a próxima reprodução quando cópias únicas do genoma de cada um dos pais se reúnem e um embrião. Esse tipo de divisão celular se chama mitose, porque estamos falando de célula somáticas. A mitose produz células filhas com o mesmo número de cromossomos da célula mãe Ocorre a replicação do DNA e no final geram duas células filhas haploides com o mesmo material genético dos pais. Esse tipo de divisão é semiconservativa. A mitoses tem suas fases e é dividia em: • Interfase: início tem duração de 9h a primeira fase, seguida da fase S e GII, que existe no final a separação dos centríolos e a duplicação dos cromossomos homólogos. • Prófase: formação do fuso cromático e a condensação dos cromossomos • Metáfase: ligação o fuso mitótico, • Anáfase: separação dos cromossomos • Telófase: divisão celular. A transmissão do genoma ocorre a partir da divisão celular. A partir da divisão celular que ocorre a transmissão. É assim que o meu filho vai apresentar o mesmo gene, as mesmas doenças que eu apresento, ou seja, existe a possibilidade não é 100%. As células germinativas também se dividem. Uma divisão anormal pode causar funções anormais como anomalias, câncer e síndromes.
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