Segundo o modelo da chave

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1) Segundo o modelo da chave-fechadura proposto por Emil Fischer, uma enzima e seu substrato são complementares. As enzimas apresentam uma região específica (sítio ativo) onde o substrato se encaixa. Esse encaixe ocorre em razão das ligações formadas entre o substrato e as cadeias laterais de aminoácidos no sítio ativo. Seria como se cada substrato se encaixasse perfeitamente em uma única enzima, assim como uma chave é usada para abrir uma determinada fechadura. De acordo com esse modelo, tanto a enzima como o substrato são fatores rígidos, ou seja, não apresentam flexibilidade e, por isso, as reações enzimáticas apresentam alta especificidade.
2) Esta complementaridade, a nível molecular, seria observada através de interações intermoleculares (e.g. interações hidrofóbicas, interações de van der Waals, interações entre nuvens π, ligações de hidrogênio, interações eletrostáticas, etc.) capazes de estabilizar a energia livre do complexo fármaco-receptor.
3) Devido a possuir estudos comprovam que enzimas apresentam certa flexibilidade, o que viabiliza uma variedade conformacional. Além disso, alguns trabalhos comprovam que o substrato pode induzir tais mudanças.
4) De acordo com essa teoria, o substrato é capaz de induzir uma mudança na conformação de uma enzima. Essa modificação pode ser passada para as enzimas próximas, garantindo assim que estas desempenhem seu papel catalítico. A teoria do encaixe induzido sugere, portanto, que a interação entre enzima e substrato não é um processo tão preciso e simples como se imaginava. Um exemplo de encaixe induzido entre um análogo da neocarzinostatina.
5) Hoje sabemos que as proteínas (e ácidos nucléicos) podem assumir um grande número de conformações praticamente isoenergéticas, denominadas subestados conformacionais. Além disso, estas estruturas são capazes de sofrerem mudanças conformacionais induzidas pela complexação a substratos ou inibidores, sendo este tipo de mudança conformacional importante na compreensão da modulação da atividade de enzimas alostéricas por diferentes efetores.
6) Na seleção conformacional o mecanismo de seleção conformacional, o ligante se liga a um subconjunto de conformações acessíveis mesmo na ausência do ligante e estabiliza este subconjunto de conformações. 
O conceito de indução conformacional, segundo o qual um agonista induz uma conformação de seu receptor nunca encontrada na sua ausência.
7) A modelagem molecular fornece informações importantes para o processo de descoberta de fármacos. Ela permite a obtenção de propriedades específicas de uma molécula que podeminfluenciar na interação com o receptor. Como exemplos, podemos citar o mapa de potencial eletrostático, o contorno da densidade eletrônica e a energia e os coeficientes dos orbitais de fronteira HOMO (Highest Occupied Molecular Orbital) e do LUMO (Lowest Unoccupied Molecular Orbital) etc. Outras informações importantes também podem ser obtidas a partir da comparação estrutural entre diferentes moléculas, o que pode permitir a geração de um índice de similaridade que pode ser correlacionado com a atividade farmacológica.
8) O método da mecânica molecular baseia-se na visão clássica da estrutura molecular como um conjunto de esferas unidas por molas com constantes de força características. O campo de forças neste caso é constituído pelo somatório de termos de energia relacionados às posições de equilíbrio do sistema (distâncias de ligação, ângulos de ligação, ângulos diedros, distâncias de van der Waals, ligações hidrogênio, interações eletrostáticas, etc.) às quais podem ser associadas penalidades energéticas para seu afastamento, isto é, as constantes de força das “molas”.
9) O grupo de pesquisas da Abbott desenvolveu o ritonavir baseado na premissa de que compostos contendo um eixo de simetria C2 apresentariam uma complementaridade estrutural adequada com a enzima que contém da mesma forma um eixo de simetria C2, levando assim a uma potência farmacológica adequada. Compostos com eixo de simetria C2, por mostrarem uma menor relação estrutural com peptídeos, apresentariam ainda uma melhor estabilidade metabólica in vivo e uma menor afinidade com enzimas humanas.