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Ácidos Nucleicos: DNA e RNA Profa. Dra. Charlotte Cesty Borda de Saenz Disciplina: Processos Biológicos Escola de Ciências da Saúde Curso de Ciências Biológicas GENES Gene: Segmento do DNA Segmento da molécula de DNA que contém uma informação genética. Considerado a unidade básica da herança. Cada gene codifica a síntese de um polipeptídeo que direta, ou indiretamente, determinará uma característica do indivíduo. Há características condicionadas por um gene e outras por dois ou mais genes. Locus Gênico • Local específico nos cromossomos onde estão situados os genes. O plural de locus é Loci. Alelos • São genes situados no mesmo locus em cromossomos homólogos. Estão, portanto, envolvidos com a determinação da mesma característica. Podem ser iguais ou diferentes. Genótipo • Conjunto de genes de um indivíduo para uma ou mais características. É a própria constituição genética do indivíduo. Fenótipo: • É a expressão do genótipo no ambiente. Representa o conjunto de aspectos visíveis ou não de um indivíduo resultante da ação do genótipo com o meio. • FENÓTIPO = GENÓTIPO + AMBIENTE Do DNA ao Fenótipo Fenótipo (traços hereditários, características como tipo sanguíneo, cor da pele, estatura etc) Replicação Transcrição Tradução Proteína Dogma central da biologia RNA RNA: polímero de ácido nucléico que usa ribose como pentose (ao invés de desoxiribose do DNA) e base uracila (U) no lugar de timina (T). DNA (Fita simples) (Dupla fita) Dupla hélice de DNA: Watson-Crick, 1953 Sulco maior Sulco menor Ácidos Nucléicos São formados por subunidades chamadas nucleotídeos. Cada nucleotídeo é composto por três partes: um grupo fosfato, uma pentose (ribose no RNA e desoxirribose no DNA) e uma base nitrogenada. Pirimidinas Purinas Bases Nitrogenadas Uracila Timina Citosina 2´desoxirribose Ribose Adenina Guanina Ácido fosfórico Componentes dos Ácidos Nucleicos Bases Púricas, ou Purinas: Adenina e Guanina. Bases Pirimídicas, ou Pirimidinas: Citosina, Timina e Uracila. DNA e RNA DNA e RNA DNA RNA um grupo metil a menos Ligação Fosfodiéster: Une os ácidos nucleico Ligação Fosfodiéster: Une os ácidos nucleicos O número 5’ indica a ligação do fosfato (P) com o carbono 5 da desoxirribose. O número 3’ indica a ligação da hidroxila (OH) com o carbono 3 da desorribose. Por convenção, as bases de uma sequência são sempre descritas da extremidade 5’ para a extremidade 3’. As ligações fosfodiéster podem ser quebradas enzimaticamente por enzimas chamadas NUCLEASES. DNA RNA Adenina Guanina Citosina Timina Uracila AS PRINCIPAIS DIFERENÇAS ENTRE OS ÁCIDOS DNA E RNA DNA RNA Pentose Desoxirribose Ribose Bases púricas Adenina e Guanina Adenina e Guanina Bases pirimídicas Citosina e Timina Citosina e Uracila Estruturas Duas cadeias Helicoidais Uma cadeia Enzima hidrolítica Desoxirribonuclease (DNAase) Ribonuclease (RNAase) Origem Replicação Transcrição Enzima sintética DNA - polimerase RNA - polimerase Função Informação genética Síntese de proteínas http://www.enq.ufsc.br/labs/probio/disc_eng_bioq/trabalhos_pos2003/const_microorg/%E1cidos_nucl%E9icos.htm Dogma central da biologia Metabolismo celular é controlado pelos ácidos nucleicos, compostos que coordenam uma série de reações em que estão envolvidas inúmeras enzimas. DNA → replicação → DNA → transcrição → RNAm → tradução Replicação de DNA Profa. Dra. Charlotte Cesty Borda de Saenz Disciplina: Processos Biológicos Escola de Ciências da Saúde Curso de Ciências Biológicas Forquilha de replicação Polaridade da síntese define fitas líder e retardada (descontínua) Enzimas envolvidas na duplicação do DNA Enzima Função DNA iniciase / primase Inicia a síntese do fragmento do DNA iniciador DNA helicase Desenrola a dupla hélice de DNA DNA polimerase Adiciona ou remove nucleotídeos durante a síntese DNA ligase Une o nucleotídeo correto à fita em síntese DNA topoisomerase Desfaz as “regiões de superdobramento” da dupla hélice de DNA Tipos de DNA polimerase DNA polimerase I Descoberta em 1956 (Kornberg pai) Função precisa descoberta apenas em 1969: remove o primer de RNA da fita descontínua DNA polimerase III Descoberta em 1970 (Kornberg filho) Principal enzima que realiza a replicação em procariotos DNA polimerase II Lenta, envolvida em reparo do DNA Replicação das fitas • Fita líder (rápida, contínua) –Primase age uma vez • Fita retardada (lenta) –Primase age várias vezes –1967, Fragmentos de Okasaki Okazaki R, Okazaki T, Sakabe K, Sugimoto K. Mechanism of DNA replication possible discontinuity of DNA chain growth. Jpn J Med Sci Biol. 1967 Jun;20(3):255-60 Replicação semi-conservativa Replicação semi-conservativa Um complexo enzimático contendo a enzima HELICASE se liga à molécula de DNA em uma região → sequência de nucleotídeos → origem de replicação. HELICASE → separa as duas cadeias de DNA através da quebra pontes de hidrogênio. TOPOISOMERASES: “força extra” nas forquilhas de replicação. I. Ação das Helicases (e das topoisomerases) II. Ação das SSBP Proteínas de ligação à cadeia simples (SSBP – single strand binding proteins). Ligam-se às cadeias separadas Impedem que as fitas voltem a se unir. III. Ação da Primase DNA polimerase não consegue iniciar a síntese de uma nova cadeia de DNA do “zero”→ sintetiza a partir de uma cadeia pré-existente. Quem inicia a cadeia → região de iniciação→ enzima PRIMASE → sintetizará um fragmento de cadeia simples de RNA → primer ou iniciador de RNA IV. Ação da DNA polimerase III Após a síntese do iniciador de RNA, a primase se desliga/desassocia da molécula de DNA. Enzima DNA POLIMERASE III se liga à cadeia de DNA, na ponta do iniciador de RNA. Inicia a leitura das bases nitrogenadas da cadeia de DNA que serve de molde, adicionando à nova cadeia nucleotídeos com bases nitrogenadas complementares V. Ação da Ligase Na cadeia líder → complexo DNA polimerase só se desliga ao término do processo de replicação → cadeia contínua → só um primer. Cadeia lenta → descontínua → síntese de vários primers de RNA → ligações repetidas de DNA polimerases III → fragmento de Okazaki → Antes do término do processo, DNA polimerase I remove os primers de RNA (atividade exonuclease), a enzima LIGASE adiciona nucleotídeos de DNA e liga todos os fragmentos das novas cadeias. VI. Ação da DNA Polimerase II A DNA polimerase II → efetua checagem de erros (adição de nucleotídeo cuja base nitrogenada não seja o par correto daquele lido na cadeia mãe). Neste caso → remoção pela DNA POLIMERASE II do nucleotídeo mal pareado → substituição pelo correto Sistema de reparos → eficaz → taxa de erros: 1/1 a cada 1 bilhão → agentes mutagênicos diversos elevam esta taxa.. Reparo pela Polimerase • Mecanismo de verificação (Proof-reading) • DNA-polimerase possui • Uma atividade de polimerização 5’→ 3’ • Uma atividade de exonuclease 3’→ 5’ Visão geral Repare na posição do primer de RNA Eliminação dos fragmentos de Okasaki DNA Pol I DNA Replication • DNA Pol precisa de um molde inicial • Primase: gera um molde de RNA complementar • A DNA Pol III agora é capaz de adicionar bases à extremidade 3’OH Doenças causadas por problemas no mecanismos de replicação • Ataxia de Friedreich's • dano progressivo no sistema nervoso (problemas musculares, na fala e doenças no coração) • forma mais comum das ataxias herdadas • A seqüência GAATTC se repete, quando existem mais de 40 repetições, o indivíduo apresenta a doença. • Xerodermapigmentosum • envelhecimento precoce • aumento na incidência de câncer • Falha no mecanismo de reparação do DNA causado pela luz UV Resumo Replicação semi-conservativa Bolha de replicação avança em duas direções Fita líder e fita retardada Helicases (tb topoisomerases) desenrolam o DNA Primase faz o primer DNA polimerase III, DNA polimerase I DNA ligase Telomerase Revisão da aula anterior https://www.youtube.com/watch?v=TNKWg cFPHqw https://www.youtube.com/watch?v=TNKWgcFPHqw https://www.youtube.com/watch?v=TNKWgcFPHqw O “Dogma Central da Biologia” (Watson & Crick, 60’s) DNA RNA PROTEÍNA TTTrrraaannnssscccrrriiiçççãããooo TTTrrraaaddduuuçççãããooo RRReeeppplll iiicccaaaçççãããooo GENE → segmento de uma molécula de DNA que contém um código para a produção dos aminoácidos da cadeia polipeptídica + as sequências reguladoras para sua expressão. No gene: sequências codificantes e não codificantes. Sequências codificantes → são denominadas ÉXONS Sequências não - codificantes → são denominadas ÍNTRONS Os íntrons são inicialmente transcritos em RNA no núcleo, mas não estão presentes no mRNA final no citoplasma. Em muitos genes, o tamanho dos exons é muito menor que o de íntrons. Transcrição Profa. Dra. Charlotte Cesty Borda de Saenz Disciplina: Processos Biológicos Escola de Ciências da Saúde Curso de Ciências Biológicas Transcrição é a primeira etapa da expressão do gene. Envolve a cópia da sequência de DNA de um gene para produzir uma molécula de RNA. É realizada por enzimas chamadas RNA polimerases, que ligam nucleotídeos para produzir uma cadeia de RNA (usando uma cadeia de DNA como modelo). A transcrição tem três estágios: - iniciação, alongamento e término. A transcrição é controlada separadamente para cada gene em seu genoma. A RNA polimerase liga-se a uma sequência de DNA chamada REGIÃO PROMOTORA ou PROMOTOR, encontrada próximo ao início de um gene. Cada gene tem seu próprio PROMOTOR. Uma vez ligada, a RNA polimerase separa as fitas de DNA, provendo o molde de cadeia simples, de um só filamento, necessário à transcrição. INICIAÇÃO Um filamento de DNA → molde para a RNA polimerase. Conforme "lê" esse molde uma base por vez, a RNA polimerase constrói uma molécula de RNA feita de nucleotídeos complementares, formando uma cadeia que cresce de 5´para 3´. O transcrito de RNA carrega a mesma informação que o filamento não-molde (codificador) de DNA , mas ele contém a base Uracila (U) em vez de tiamina (T) ALONGAMENTO Sequências chamadas finalizadores sinalizam que o transcrito de RNA está completo. Uma vez transcritos os finalizadores, a fita de RNA transcrita se libera da RNA polimerase. Um exemplo de um mecanismo de término envolvendo a formação de um grampo no RNA é mostrado abaixo. TÉRMINO Modificações no RNA de eucariontes Nas bactérias, os transcritos de RNA podem atuar imediatamente como RNAs mensageiro (RNAms). Nos eucariontes, o transcrito de um gene codificador de proteínas é chamado um pré- RNAm → ainda no núcleo → processamento → antes da tradução. Pontas modificadas: adição de um cap 5' (no começo) e uma cauda poli A 3' (no final). Os pré-RNAms também sofrem splicing → íntrons são removidos e os éxons são unidos. Tradução Profa. Dra. Charlotte Cesty Borda de Saenz Disciplina: Processos Biológicos Escola de Ciências da Saúde Curso de Ciências Biológicas O código genético será decifrado..... “Decifra-me ou devoro-te.” Édipo Rei - Sófocles A, O, M, R. AMOR, ROMA, ORAM, MORA, RAMO. Se uma das letras puder ser repetida: MORRO e AMORA, por exemplo. Observe que usamos as mesmas letras, porém formamos palavras com significados diferentes. A mesma idéia pode ser aplicada para o DNA. Os 4 tipos de nucleotídeos se arrumam de diversas maneiras na molécula de DNA, formando os diferentes seres vivos. mRNA (RNA mensageiro) processado: carrega a “informação”(ou seja, a sequencia de bases) para a síntese da proteína; rRNA (RNA ribossômico): um constituinte estrutural e funcional dos ribossomos → onde acontece a síntese proteica; tRNA (RNA transportador): carrega os aminoácidos que serão adicionados a proteína nascente, e faz a “leitura”da sequencia de bases do mRNA. Isso quer dizer que o tRNA é a molécula que decodifica o código genético. RNAs necessários para efetuar a síntese proteica RNAm Leva a informação da seqüência protéica a ser formada do núcleo para o citoplasma, onde ocorre a tradução. Ele contém uma seqüência de trincas correspondente a uma das fitas do DNA. Cada trinca (três nucleotídeos) no RNAm é denominada códon e corresponde a um aminoácido na proteína que irá se formar 1 códon 3 nucleotídeos no RNAm 7 códons 21 nucleotídeos Código Genético • “Dicionário” → correspondência da sequencia de nucleotídeos levando à sequencia de aminoácidos; • Códon → 3 bases nucleotídicas no RNAm que codificam cada aminoácido (“palavra”); • Códon: –RNAm → A, G, C e U; –“escrita” da direção 5’ para 3’; –64 combinações diferentes de bases; O código genético "padrão" AUG é também sinal de iniciação aminoácidos com quatro códons aminoácidos com seis códons aminoácidos com três códons aminoácidos com dois códons aminoácidos com um códon CÓDIGO GENÉTICO CÓDONS DE FINALIZAÇÃO: UAA,UGA e UAG que indicam à célula que a sequência de aminoácidos destinada àquela proteína acaba ali CÓDON DE INICIAÇÃO AUG: • indica que a sequência de aminoácidos da proteína começa a ser codificada ali. • codifica o aminoácido Metionina (Met) de forma que todas as proteínas começam com o aminoácido Met. RNAt Levam os aminoácidos para o RNAm durante o processo de síntese protéica. As moléculas de RNAt apresentam, em uma determinada região, uma trinca de nucleotídeos que se destaca, denominada anticódon. É através do anticódon que o RNAt reconhece o local do RNAm onde deve ser colocado o aminoácido por ele transportado. Cada RNAt carrega em aminoácido específico, de acordo com o anticódon que possui Etapas da Tradução 1. Ativação do Aminoácido (metionina se liga ao tRNA) 2. Iniciação 3. Elongação ou Alongamento 4. Terminação e Liberação do complexo mRNA + rRNA + tRNA 5. “Folding” (moldagem) e Processamento proteico pós-tradução A Iniciação da Tradução: - A subunidade menor do ribossomo tem três sítios de ligação: um sítio de aminoácido (A), um sítio polipeptídico (P) e um sítio de saída (E). - O tRNA iniciador carrega o aminoácido metionina liga-se ao códon start AUG.do RNAm, correspondente à subunidade P – onde os aminoácido serão incorporados. https://www.nature.com/scitable/topicpage/transl ation-dna-to-mrna-to-protein-393 https://www.nature.com/scitable/topicpage/transl ation-dna-to-mrna-to-protein-393 A subunidade maior do ribossomo se liga à subunidade menor e completa o complexo de iniciação. A molécula tRNA iniciadora – carregando o aminoácido metionina (que servirá como primeiro aminoácido da cadeia polipeptídica – liga-se ao sítio p do ribossomo.. O sítio A irá se alinhar com o próximo anticódon do próximo tRNA A Elongação da Tradução: códon Sítio de ligação ao aminoácido C G C RNAm A U G U U U C U U G A C C C C U G A U A C A A A Quando o RNAm chega ao citoplasma, ele se associa ao ribossomo. Nessa organela existem 2 espaços onde entram os RNAt com aminoácidos específicos (P e A). Somente os RNAt que têm sequência do anticódon complementar à sequência do códon entram no ribossomo. AUG = aa Metionina Códon de iniciação A U G U U U C U U G A C C C C U G A U A C A A A Uma enzima presentena subunidade maior do ribossomo realiza a ligação peptídica entre os aminoácidos. A U G U U U C U U G A C C C C U G A U A C A A A O RNAt “vazio” volta para o citoplasma para se ligar a outro aminoácido. A U G U U U C U U G A C C C C U G A U A C A A A G A A O ribossomo agora se desloca uma distância de 1 códon. o espaço vazio é preenchido por um outro RNAt com seqüência do anti-códon complementar à seqüência do códon. A U G U U U C U U G A C C C C U G A U A C A A A G A A Uma enzima presente na subunidade maior do ribossomo realiza a ligação peptídica entre os aminoácidos. A U G U U U C U U G A C C C C U G A U A C A A A G A A O RNAt “vazio” volta para o citoplasma para se ligar a outro aminoácido. E assim o ribossomo vai se deslocando ao longo do RNAm e os aminoácidos são ligados. A U G U U U C U U G A C C C C U G A G G G Códon de terminação Quando o ribossomo passa por um códon de terminação nenhum RNAt entra no ribossomo, porque na célula não existem RNAt com sequencias complementares aos códons de terminação. Fator de liberação: não codifica nenhum aa A Terminação da Tradução: A U G U U U C U U G A C C C C U G A G G G Então o ribossomo se solta do RNAm, a proteína recém formada é liberada e o RNAm é degradado. Vários ribossomos podem traduzir simultaneamente uma molécula de mRNA Os ribossomos movem-se ao longo de um mRNA na direção 5'3' O conjunto é conhecido como polissomo ou polirribossomo Cada ribossomo funciona independentemente dos demais https://youtu.be/Ikq9AcBcohA https://youtu.be/Ikq9AcBcohA Resumindo proteína + de 70 aminoácidos 1 códon 3 nucleotídeos no RNAm 1 códon 1 aminoácido na proteína Anticódon 3 nucleotídeos no RNAt 1. O processo de síntese de proteínas é denominado de tradução e se baseia na união de aminoácidos a fim de se formar uma proteína. Qual tipo de RNA está envolvido no processo? a. Apenas RNA mensageiro e RNA transportador. b. Apenas RNA mensageiro e RNA ribossômico. c. Apenas RNA transportador e RNA ribossômico. d. RNA mensageiro, transportador e ribossômico. e. Nenhum tipo de RNA, pois a síntese de proteína ocorre graças a moléculas de DNA. 2. A síntese proteica pode ser dividida em três etapas. A etapa em que ocorre a junção dos aminoácido por ligações peptídicas é chamada de a. iniciação. b. finalização. c. conexão. d. alongamento. e. ligação 3. Na síntese proteica, observam-se os seguintes eventos: I. o gene (segmento de DNA) é transcrito em RNA mensageiro; II. o RNA mensageiro combina-se com um complexo de ribossomo, RNAs transportadores e aminoácidos; III. a proteína é sintetizada. Num experimento de laboratório hipotético, realizou-se uma síntese proteica utilizando-se: DNA de um gene humano, RNAs transportadores de ovelha e aminoácidos de coelho. Ao final do experimento, obteve-se uma proteína a. humana. b. de ovelha. c. de coelho. d. quimérica de homem e ovelha. e. híbrida de homem e coelho. 4. Assinale a alternativa correta a respeito do processo de síntese proteica. a. Para sintetizar moléculas de diferentes proteínas é necessário que diferentes ribossomos percorram a mesma fita de RNAm. b. Se todo o processo de transição for impedido em uma célula, a tradução não será afetada. c. É a sequência de bases no RNAt que determina a sequência de aminoácidos em uma proteína. d. Se houver a substituição de uma base nitrogenada no DNA, nem sempre a proteína resultante será diferente. e. A sequência de aminoácidos determina a função de uma proteína, mas não tem relação com sua forma.
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