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05/10/2017 1 PROTEÍNAS Universidade Federal do Pará – Instituto de Ciências Biológicas Prof. Barbarella Macchi PROTEÍNAS: polímeros compostos de n unidades monoméricas, os aminoácidos, ligados entre si por ligações peptídicas A ligação peptídica ocorre entre o grupo a- carboxila de um aminoácido e o grupo a- amino de outro aminoácido. Até 100 aminoácidos (10 kDa) peptídeo Mais de 100 aminoácidos proteína aminoácido COO C — H R H3N — + a Fórmula geral de um a aminoácido: os grupos amino e carboxila estão no carbono a. R – a cadeia lateral R diferencia os aminoácidos entre si (monômero) Proteína (polímero) um dipeptídeo Aminoácido 1 Aminoácido 2 Proteínas → união de aminoácidos... Mas diferem... a) quantidade de AA da cadeia polipeptídica b) tipos de AA presentes na cadeia c) sequência em que os AA estão unidos ∗ Existem aproximadamente 200 mil tipos diferentes de proteínas Composição de aminoácidos de duas proteínas Proteínas: - macromoléculas mais abundantes; - grande variedade (pequenos peptídeos a grandes polímeros); - diversidade funcional; - instrumento molecular (expressão da informação genética). Algumas funções das proteínas Luciferina + ATP luciferase Hemoglobina transportadora de gases Queratina forma o chifre dos rinocerontes 05/10/2017 2 - Proteínas simples - Proteínas conjugadas CLASSIFICAÇÃO DAS PROTEÍNAS A Citocromo C oxidase é uma proteína integral da membrana interna de mitocôndrias A Lipase gástrica é uma proteína solúvel em meio aquoso. Proteínas são moléculas tridimensionais. A forma da molécula é determinante de sua função. IMPORTANTE! A função de uma proteína depende da sua sequência de aminoácidos A sequência de AA determina a estrutura terciária da proteína Diferenças na função resultam de diferenças na composição dos AA Arquitetura das proteínas Estrutura primária. A α-hélice e a folha β são os tipos de estrutura secundária mais comum entre as proteínas, por que não dependem da composição e sequência de aminoácidos, sendo estabilizadas apenas por pontes de H dos átomos da ligação peptídica. Estrutura secundária. Estrutura secundária e propriedade de algumas proteínas fibrosas 05/10/2017 3 Estrutura do cabelo Estrutura do colágeno A estrutura terciária descreve a forma tridimensional final de uma cadeia polipeptídica, resultando da associação de partes organizadas da molécula, chamadas de “domínios” ou “motivos” proteicos. Estrutura terciária. Mioglobina de Cachalote Proteínas com estrutura quartenária são composta de mais de uma cadeia polipeptídica, que podem estar associadas covalentemente (pontes dissulfeto) ou não. Estrutura quaternária. Dados moleculares de algumas proteínas Conformação protéica - resumo Entendendo a relação estrutura versus função de uma proteína Mioglobina, proteína armazenadora de O2 nos músculos dos mamíferos. A mioglobina da baleia cachalote é uma proteína de forma globular, de 153 aminoácidos, contendo um grupo prostético heme. A proteína é bastante solúvel em meio aquoso. O interior da molécula é forrado com cadeias laterais de aminoácidos apolares, formando um ambiente hidrofóbico. Modelo simplificado Modelo com cadeias laterais dos aminoácidos (somente o “esqueleto” -N-C-C- da proteína) grupo heme grupo heme Mioglobina da baleia cachalote 05/10/2017 4 Forma globular da mioglobina: bolsão hidrofóbico em torno do heme - fundamental para o desempenho da função de armazenamento de O2. Heme O O2 liga-se ao átomo de Fe do heme. No meio apolar proporcionado pela mioglobina, a ligação do Fe2+ ao O2 é reversível e não envolve oxidação do Fe. Fe2+ + O2 Fe 2+.O2 apolar Fe2+ + O2 (Fe3+)2O3 polar X Em um meio aquoso, o Fe2+ combina-se com O2 de maneira irreversível, com oxidação do Fe2+ a Fe3+, formando óxido de ferro. Mutações nas globinas que levam a trocas de aminoácidos no bolsão do heme por outros mais polares podem ser letais, pois afetam a interação da proteína com o O2. Heme O O2 liga-se ao átomo de Fe do heme. Mioglobina da baleia cachalote Por que a mioglobina é solúvel em água ? As cadeias laterais de aminoácidos polares, carregados ou não, voltam-se para o meio aquoso e fazem contacto (pontes de H) com as moléculas de água do meio. água proteína Aminoácidos apolares voltados para o interior da molécula. Alguns tipos de pontes de H entre aminoácidos e a água Ponte de H formada entre duas moléculas de água (+) (=) (+)(=) (+) (+) A água é um dipolo permanente, devido à diferença de eletronegatividade de seus átomos. As cadeias laterais de aminoácidos polares podem fazer pontes de H entre si e com moléculas de água do meio, solubilizando proteínas. Ligação de H ou ponte de H: ambos os termos têm o mesmo significado A Citocromo C oxidase é uma proteína de membrana. Proteínas de membrana possuem uma região de aminoácidos hidrofóbicos apolares, cujas cadeias laterais projetam-se para “fora” e interagem com a porção lipídica de membrana celulares. Outras regiões dessas proteínas ricas em aminoácidos hidrofílicos polares projetam-se para os meios aquosos extra- ou intracelular, e podem formar “canais” hidrofílicos que atravessam a membrana, interconectando os meios separados por ela. Corte transversal da membrana interna da mitocôndria Aminoácidos apolares Aminoácidos polares Como as proteínas assumem uma forma tridimensional a partir de suas estruturas lineares? Que tipo de forças físicas mantêm a estrutura tridimensional das proteínas? . Estrutura primária: é a sequência dos aminoácidos na cadeia polipeptídica; mantida por ligações peptídicas aminoácido É o esqueleto covalente (fio do colar), formado pela seqüência dos átomos (- N-C-Ca-)n na proteína. Entendendo a estrutura 3D das proteínas: níveis organizacionais Estrutura quaternária: • Associação de mais de uma cadeia polipeptídica • No modelo, um tetrâmero composto de 4 cadeias polipeptídicas x 4 Estrutura terciária: • Enovelamento de uma cadeia polipeptídica como um todo. • Ocorrem ligações entre os átomos dos radicais R de todos os aminoácidos da molécula Estrutura secundária: • Enovelamento de partes da cadeia polipeptídica • Formada somente pelos átomos da ligação peptídica, através de pontes de H. • Ex: alfa-hélices e folhas beta. 05/10/2017 5 As características físico-químicas • da ligação peptídica • das cadeias laterais dos aminoácidos determinam como o esqueleto covalente de uma proteína vai se enovelar determinam os tipos de forças, covalentes e não covalentes, que irão estabilizar a estrutura tridimensional de uma proteína. A ligação peptídica ocorre entre o grupo a- carboxila de um aminoácido e o grupo a- amino de outro aminoácido. um dipeptídeo Aminoácido 1 Aminoácido 2 O laço covalente que liga os aminoácidos no esqueleto covalente de uma proteína é a ligação peptídica. FORÇAS NÃO COVALENTES Pontes de H -Aminoácidos polares Ligações iônicas - Aminoácidos carregados Interações hidrofóbicas -Aminoácidos apolares Forças de Van der Waals -Qualquer aminoácido ProteínaProteína NH — CH2 — OH ... O — C — CH2 — CH2 — 2 ProteínaProteína O —CH Ponte de Hidrogênio Interações hidrofóbicas e Forças de van der Waals 2 CH—CH3 CH3 CH3 CH3 — CH — CH2 — — CH — CH3 H3C — CH — CH3 CH3 ++—CH2—CH2—NH3 O C —CH2—CH2—Ligação Iônica Quais são os tipos de forças que mantém a estrutura tridimensional de uma proteína ? O hormônio insulina é composto por duas subunidades, A e B, unidas por duas pontes dissulfeto intercadeia. Além disso, a cadeia B possui uma ponte dissulfeto intracadeia A B Além dos laços não covelentes, uma proteína pode ter pontes dissulfeto formada a partir de dois resíduos do aminoácido Cys (cisteína). Pontes dissulfeto são covalentes e só podem ser rompidas por agentes redutores, como 2-mercapto-etanol. Quais são os tipos de forças que mantéma estrutura tridimensional de uma proteína ? Conformação nativa de uma proteína refere-se à estrutura tridimensional em que a molécula apresenta suas propriedades biológicas naturais. Desnaturação refere-se a alterações da conformação nativa de uma proteína, podendo resultar em perda parcial ou total, reversível ou irreversível, de sua atividade biológica. O pesquisador sueco Cristian Anfisen foi um pioneiro no estudo da estrutura 3D de proteínas, e recebeu o Prêmio Nobel (1972) por suas descobertas. Anfisen estudou a Ribunuclease (14.000d), proteína com 8 cisteínas formando 4 pontes dissulfeto. Ele demonstrou que era possível fazer uma desnaturação reversível da proteína, adicionando uréia e 2- mercaptoetanol para abrir as suas 4 pontes dissulfeto. Ao retirar lentamente (por diálise), esses reagentes, a proteína volta a ter atividade biológica, mostrando que voltou à sua conformação nativa. Esse fato é surpreendente pois as 8 cisteínas, combinadas 2 a 2, dariam 28 = 256 possibilidades, de formar diferentes pontes dissulfeto, mas apenas o arranjo original de pontes se forma. A conclusão de Anfisen foi a de que a sequência dos aminoácidos (não alterada na desnaturação) é o que determina a estrutura 3D das proteínas. Por que diferentes moléculas de uma proteína apresentam sempre a mesma estrutura 3D ? De onde vem a informação para a estrutura tridimensional de uma proteína ? 05/10/2017 6 FUNÇÕES DAS PROTEÍNAS
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