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BIOQUÍMICA – 26/02/2021 Purinas e Pirimidinas Ao pensar em purinas e pirimidinas, pensa-se em DNA e RNA Bases nitrogenadas compõem essas purinas e pirimidinas Todos os organismos são constituídos por bases nitrogenadas Compostos formados por purinas e pirimidinas: 1. DNA e RNA 2. Proteínas 3. Ribossomos 4. RNAtransportador Cadeias de DNA: adenina, citosina, guanina e timina Uracila é uma base nitrogenada associada com o RNA Todas essas bases, incluindo a uracila, possuem uma configuração comum - nucleotídeo: Nucleotídeo é formado por: uma base nitrogenada, grupamento fosfato e pentose Base nitrogenada vai depender da molécula que ela é, ou seja, pode ser uma purina ou uma pirimidina Pentose é sempre um glicídio (tem 5 carbonos) Está associado a outras diversas funções dentro da célula como moléculas isoladas: CoA, FAD, AMP- cíclico, NAD, ATP, AMP, ADP, GTP, ADP-ribose, UDP- diacilglicerol e UDP-glicose Na base de uma pirimidina, tem-se um anel de pirimidina Na base de uma purina, tem-se dois anéis Presença de um anel de pirimidina e um anel imidazólico Glicose é uma hexose, ou seja, é uma molécula que possui 6 carbonos Formato “aberto” é o mais comum Dentro da célula, apresenta uma configuração “fechada” (α-D- glicopiranose) Carbono anomérico é aquele que pode sofrer uma reação e, nesse caso, faz uma reação com o álcool OH da molécula de D-glicose reage com a molécula de álcool (presente dentro da mesma cadeia) Sofre uma ciclização Reação entre o carbono anomérico e o álcool para formar o anel Carbonos não perdem sua numeração, continua a mesma No caso de uma molécula de frutose, tem-se uma molécula de aldeído, com 5 carbonos também Somente os carbonos são numerizados Quando a molécula apresenta uma numeração com “linha” serve para dizer que a pentose pertence ao nucleotídeo Carbono 1’ = pentose de um nucleotídeo A base nitrogenada SEMPRE estará ligada ao carbono 1’ de um nucleotídeo e, o grupamento fosfato, SEMPRE estará ligado ao carbono 5’ Quando se fala de um grupamento fosfato, ele pode apresentar uma variação Um nucleotídeo de RNA não pode se associar a uma cadeia de DNA A mesma coisa acontece para um DNA Isso acontece porque são moléculas diferentes e, essa diferença, já começa pelo nome: ácido desoxirribonucleico (DNA) e ácido ribonucleico (RNA) Nome correto do DNA é ácido 2-desoxirribonucleico No RNA, a molécula de glicídio está completa, ou seja, tem todos os seus OHs associados No caso do DNA, perde um oxigênio no carbono 2’ Se tiver na base nitrogenada uma uracila e não tiver um oxigênio no carbono 2’ será uma molécula de DNA Quem define se é uma molécula de DNA ou RNA vai ser o carbono 2 da pentose, não é a base nitrogenada Independente da base nitrogenada, o que tiver no carbono 2’ vai ser uma molécula de DNA ou RNA Se tiver oxigênio: RNA Sem oxigênio: DNA Molécula que não tem o grupamento fosfato Formação da base nitrogenada com a pentose, apenas PURINAS e PIRIMIDINAS Purinas: adenina e guanina São moléculas formadas por um anel de pirimidina e um anel imidazólico Grupamento amina em carbonos diferentes para cada molécula de purina Pirimidinas: citosina, timina e uracila Uracila preferencialmente no RNA, mas não vai ser definido pela base nitrogenada e, sim, pelo carbono Moléculas formadas por apenas um anel de pirimidina Grupamento amina associado à citosina Na timina, o grupamento amina é perdido e dá lugar a uma dupla ligação; além de ter um grupamento metil associado a um dos carbonos No caso da uracila, grupamento metil presente na timina vai ser perdido Purinas e pirimidinas vão ser sintetizadas na mesma linha de montagem NOMENCLATURA DE NUCLEOTÍDEO e ÁCIDO NUCLÉICO A nomenclatura varia se for uma base, nucleosídeo ou nucleotídeo As moléculas sempre são sintetizadas primeiro como RNA Se o ácido nucleico contém 2-desóxi-D- ribose, é um DNA por definição, mesmo que contenha uracila Da mesma forma, se o ácido nucleico contém D-ribose, é RNA, independentemente da sua composição de base DESOXIRRIBONUCLEOTÍDEOS: RIBONUCLEOTÍDEOS: BASES PÚRICAS e PIRIMÍDICAS SECUNDÁRIAS Ser secundária = sofreu alguma alteração A primeira alteração que se tem é a METILAÇÃO Adição de um grupo metil a uma molécula Todas as bases de purinas e pirimidinas podem sofrer metilação Essa metilação acontece na impressão gênica A metilação do DNA significa que ele vai ser ou não expresso Quando acontece a adição de um grupo metil em uma base nitrogenada de uma molécula de DNA, significa que a molécula de DNA pode ser expresso Genoma humano é igual, a metilação do DNA é o que faz com que as pessoas apresentem características diferentes Metilação que acontece no DNA faz com que ele seja mais expresso ou menos expresso Oncogenes ao serem metilados, podem começar a ser expressos e causar um câncer EXEMPLOS DE BASES SECUNDÁRIAS: Grupamento fosfato pode sofrer algumas alterações de posição Uma das alterações mais conhecida é o AMP cíclico Está relacionado com a cadeia de sinalização AMP cíclico é uma adenosina onde o grupamento fosfato está ligado ao carbono 5’ e ao carbono 3’ A mesma coisa pode acontecer com o GMP cíclico As alterações que acontecem no grupamento fosfato estão relacionadas com a integridade e estabilidade de uma molécula de DNA/RNA LIGAÇÃO FOSFODIÉSTER As ligações fosfodiéster ligam unidades nucleotídicas sucessivas Nucleotídeos associados EM CADEIA para formar RNA ou DNA Para ter a formação dessas moléculas os nucleotídeos devem estar associados em cadeia, caso contrário, são apenas nucleotídeos O esqueleto de pentose e de grupos fosfato alternados nos dois tipos de ácidos nucleicos é altamente polar As extremidades 5’ e 3’ da macromolécula podem estar livres ou ligadas a um grupo fosforila A ligação acontece entre o carbono 5’ de uma pentose com um carbono 3’ de outra pentose Ligações no sentido 5’ 3’ RNA veio primeiro que o DNA Evolutivamente, a molécula de DNA é mais estável Estabilidade está relacionada com o oxigênio presente no carbono 2’ Quando se tem uma molécula de RNA, acontece um processo de hidrólise muito mais rápido que o do DNA O grupamento 2’-hidroxila atua como grupamento nucleofílico no deslocamento intramolecular O derivado 2’,3’- monofosfato cíclico é posteriormente hidrolisado para gerar uma mistura de nucleosídeos 2’ e 3’- monofosfato O DNA, o qual não apresenta grupamentos 2’-hidroxila, é estável em condições semelhantes Degradação de DNA ou de RNA significa a quebra entre as ligações fosfodiéster FORMAÇÃO DAS PURINAS e PIRIMIDINAS A purina é um composto orgânico aromático heterocíclico que consiste em um anel de pirimidina fundido a um anel imidazólico Dois tipos de vias levam aos nucleotídeos: 1. Vias de novo: inicia com seus precursores metabólicos (aminoácidos, ribose-5-fosfato, CO2 e NH3) 2. Vias de recuperação: reciclam as bases livres e os nucleosídeos liberados a partir da degradação de ácidos nucleicos As bases nitrogenadas só serão produzidas na sua forma de nucleotídeos Para isso, precisam de uma pentose Via das pentoses fosfato são provenientes dos carboidratos que vão ser metabolizados pelas células, entrar na corrente sanguínea e vão entrar no fígado como glicídios Transformadoem glicose-6- fosfato no fígado: faz com que a glicose fique presa dentro da célula Produto formado pela glicólise é o piruvato que entra na cadeia respiratória para formar o ATP Um dos produtos da via das pentoses fosfato é a ribose- 5-fosfato sofre ciclização, para formar um anel, e vai ser processada por uma enzima (5-fosforribosil pirofosfato sintetase) que vai converter a ribose-5-fosfato em 5- fosforribosil-1-pirofosfato Molécula 5-fosforribosil-1- pirosfosfato (PRPP) é fundamental para a formação das purinas e pirimidinas no carbono 1 tem o pirofosfato e, no carbono 5, o fosfato SÍNTESE DE NOVO DE NÚCLEOTÍDEOS PÚRICOS Iniciação do zero Os aminoácidos glutamina, glicina e aspartato fornecem todos os átomos de nitrogênio das purinas São: 2 glutaminas oxidadas, 1 aspartato e 1 glicina Além disso, tem-se os carbonos: 1 vem do CO2, 2 do formato e 2 carbonos da glicina 1ª etapa: A molécula inicial para que se tenha a síntese da purina vai ser através de uma PRPP um grupo amina, doado pela glutamina, é ligado ao carbono 1 do PRPP Glutamina perde esse grupamento e vira um glutamato, além disso, tem a liberação de um grupo fosfato Processo catalisado pela enzima glutamina- PRPP-amidotransferase A 5-fosforribosil-1-pirofosfato com a adição do grupamento amina forma a 5-fosfo-β-D- ribosilamina 2ª etapa: Vai haver a adição de 3 átomos doados pela glicina 1 ATP é consumido para ativar o grupo carboxila da glicina para essa reação de condensação 5-fosfo-β-D-ribosilamina reage com uma glicina e forma a glicinamida-ribonucleotídeo (GAR) Enzima envolvida é a GAR-sintetase 3ª etapa: Glicinamida-ribonucleotídeo (GAR) vai receber um outro carbono do formil (doa o carbono com a dupla ligação) O grupamento amino da glicina, que foi adicionado, é então formilado pelo N10-formiltetra-hidrofolato Vai haver a formação de formilglicinamida- ribonucleotídeo (FGAR) Enzima envolvida no processo é a GAR- transformilase 4ª etapa: Próxima molécula a fazer uma doação é uma glutamina Um nitrogênio é doado pela glutamina Glutamina glutamato Vai ser doado para começar a formação do anel de pirimidina Formação da formilglicinamidina- ribonucleotídeo (FGAM) Há o consumo de um ATP Enzima envolvida no processo é a FGAR- amidotransferase 5ª etapa: FGAM vai ser convertido em uma molécula de 5-aminoimidazol-ribonucleotídeo (AIR), fechando o primeiro anel imidazólico Enzima FGAM-ciclase (ou AIR-sintetase) vai unir os carbonos, fechando o anel Formação do anel imidazólico do núcleo púrico, com cinco membros Nesse processo, ocorre desidratação e fechamento do anel Quando chega nessa etapa, três dos seis átomos necessários para o segundo anel da estrutura das purinas estão colocados no lugar 6ª e 7ª etapas: AIR vai formar uma estrutura chamada carboxiaminoimidazol-ribonucleotídeo (CAIR) Duas possibilidades para essa formação: 1. Enzima AIR-carboxilase vai adicionar um CO2 que vai ser o carbono do próximo anel em humanos 2. AIR vai ser processado na molécula de 𝑁5-CAIR que resultará em uma molécula de CAIR fungo e bactérias enzimas envolvidas são: 𝑁5- CAIR sintetase e 𝑁5-CAIR- mutase 8ª etapa: Próxima molécula a fazer uma doação é um aspartato Doa seu grupo amina Há formação de uma ligação amida com o consumo de um ATP Formação de uma N-succinil-5- aminoimidazol-4-carboxamida- ribonucleotídeo (SAICAR) Enzima envolvida é a SAICAR-sintetase 9ª etapa: Etapa importante para a remoção do corpo do aspartato Eliminação do esqueleto de carbono do aspartato (como fumarato) Enzima responsável é a SAICAR-liase 10ª etapa: Último carbono é doado pelo N10- formiltetra-hidrofolato AICAR forma a molécula N- formilaminoimidazol-4-carboxamida- ribonucleotídeo (FAICAR) Todas as moléculas estão prontas para formar o anel, falta apenas fechá-lo Ação da enzima FAICAR-transformilase 11ª etapa: Ocorre um segundo fechamento de anel, produzindo o segundo anel fundido ao núcleo púrico O primeiro intermediário com um anel púrico completo é formato iosinato (IMP) É um produto comum aos dois tipos de purinas Dessa molécula, tem-se duas possibilidades: formar um adenilil (AMP) ou um guanilato (GMP) Formação do AMP: aspartato vai ser adicionado na dupla ligação com o oxigênio da molécula de IMP, libera fumarato e forma AMP Formação do GMP: tem ação do NAD e quem doa o grupamento amina vai ser uma glutamina GTP é a fonte do fosfato de alta energia para a síntese de adenilossuccinato com subsequente remoção do fumarato e formação de adenilil (AMP) guanilato é produzido pela oxidação dependente de NAD1 no carbono 2 do inosinato, seguindo-se a adição de um grupo amina derivado da glutamina na etapa final, um ATP é clivado em AMP e fosfato inorgânico Enzima envolvida é a IMP-sintetase SÍNTESE DE NOVO DE NUCLEOTÍDEOS PIRIMÍDICOS Quem faz a doação dos átomos para que a síntese seja feita é o aspartato Todos os átomos serão provenientes do aspartato ou do carbamoil-fosfato Os ribonucleotídeos pirimídicos comuns são 5’-monofosfato de citidina (CMP-citidilato) e 5’-monofosfato de uridina (UMP-uridilato) UMP é uma molécula de RNA 1ª etapa: Carbamoil-fosfato, juntamente com a adição do aspartato, formando uma molécula de N- carbamoil-aspartato Anel está praticamente montado, no entanto, ele ainda se encontra aberto Reação é catalisada pela aspartato- transcarbamoilase 2ª reação: Vai acontecer um processo de hidrólise para formar o orotato (já é o anel de pirimidina formado) Principal molécula com anel já formado Pela remoção de água do N-carbamoil- aspartato, uma reação catalisada pela di- hidro-orotase, o anel pirimídico vai ser fechado, formando l-di-hidro-orotato L-di-hidro-orotato é oxidado, produzindo o derivado pirimídico orotato Reação na qual NAD vai ser o aceptor final de elétrons Nos eucariotos, as primeiras três enzimas dessa via (carbamoil- fosfato-sintetase II, aspartato- transcarbamoilase e di-hidro- orotase) são parte de uma única proteína trifuncional proteína CAD 3ª etapa: O PRPP (5-fosforribosil-1-pirofosfato) doa a ribose-5-fosfato para formar o orotidilato Formação de um anel de pirimidina com um COO- associado COO- vai ser removido Reação realizada pela orotato-fosforribosil- transferase 4ª etapa: Remoção do COO- do orotidilato forma uridilato (UMP) Enzima envolvida na reação é a orodilato- descarboxilase 5ª etapa: O uridilato é fosfotilado pela ATP para formar a uridina 5’-trifosfato (UTP) São adicionados mais dois grupamentos fosfatos Essa molécula está “livre” para formar um molécula de RNA 6ª etapa: UTP vai dar origem a citidina 5’-trifosfato (CTP) Essa CTP pode ser processada depois pelo organismo Tem ação da enzima citidilato-sintetase, com formação de um intermediário acil-fosfato Consumindo um ATP Purinas e pirimidinas são nucleotídeos de ribonucleotídeos No carbono 2’ tem um OH completo Quem determina se é uma molécula de DNA ou RNA é o carbono 2’ da pentose Todos os desoxirribonucleotídeos são produzidos a partir dos ribonucleotídeos correspondentes, por redução direta do átomo de carbono 2’ da D-ribose, formando o derivado 2’-desóxi Ação final da ribonucleotídeo- redutase Para que se tenha a formação de uma timina, primeiro, deve ser feita a conversão de uracila a DNA, para posterior conversão completada uracila em timina Uracila perde o oxigênio, formando uma desoxiuracila (dUMP) dUMP, por sua vez, vai formar uma desoxitimina (dTMP) síntese da enzima timidilato-sintase DEGRADAÇÃO DAS PURINAS e PIRIMIDINAS A degradação das PURINAS produz ÁCIDO ÚRICO GMP ou AMP vai gerar, como produto final das purinas, um ácido úrico Ácido úrico é uma molécula que vai ser produzida na via de degradação das purinas GMP e AMP produzem xantina, oxidada pela enzima xantina-oxidase para formar o ácido úrico Objetivo é ser eliminado na urina A degradação das PIRIMIDINAS produz UREIA Todas as pirimidinas são degradas da mesma forma Ureia pode ser aproveitada pelas células ou ser eliminada CASO CLÍNICO Paciente do sexo masculino, 50 anos de idade, branco, com história de artrite gotosa havia 20 anos. As regiões habitualmente comprometidas eram os pés, joelhos e acromioclavicular esquerda. Episódios de lombalgia discreta e eventual havia dois anos. Há 15 dias foi acometido de crise aguda de lombalgia, com irradiação difusa para membros inferiores, mais para o direito, que o impossibilitava de sentar ou deambular. Submetido a tratamento conservador de repouso, analgésicos de anti-inflamatório sem, contudo, obter qualquer alívio. Os exames laboratoriais mostraram apenas elevação da hemossedimentação (92mm na 1ª hora). A uricemia, na ocasião, era de 6,41mg/dl. Esses achados são comuns, mesmo na crise da gota Aumento de ácido úrico pode estar relacionado com: doença renal, diabetes mellitus, hipotireoidismo, alguns tipos de câncer e quimioterapia, obesidade, alterações genéticas e estresse Gota é uma doença relacionada com a degradação de ácido úrico Apesar de ser solúvel, pode se acumular em grande quantidade nas articulações Causa muita dor e impacto na vida do paciente Quem tem maior risco de ter gota: Homens de meia idade e mulheres na pós-menopausa Pais, irmãos ou outros membros da família com gota (genético) Dieta rica em purina como carnes vermelhas, miúdos e peixes Consumo de álcool Uso de medicamentos como diuréticos Pressão alta, doença renal, tireóide, diabetes ou apneia do sono Gota é uma doença das articulações, causada pela concentração elevada de ácido úrico e nos tecidos As articulações tornam-se inflamadas, doloridas e artríticas devido à deposição anormal de cristais de urato de sódio Os rins também são afetados, pois o ácido úrico em excesso se deposita nos túbulos renais Um grande alívios dos sintomas pode ser obtido pela administração de alopurinol que inibe a xantina-oxidase, a enzima que catalisa a conversão de purinas em ácido úrico
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